View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16815_high_23 (Length: 453)

Name: NF16815_high_23
Description: NF16815
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16815_high_23
NF16815_high_23
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (11-451)||(30047778-30048218)
chr8 (13-451)||(7160137-7160575)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (11-451)||(197797-198237)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-451)||(3944032-3944472)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (11-451)||(39950958-39951398)
chr7 (11-451)||(26219692-26220132)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (14-451)||(22363663-22364100)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 451
Target Start/End: Original strand, 30047778 - 30048218
Alignment:
Q  11 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30047778 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 30047877  T
Q  111 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30047878 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 30047977  T
Q  211 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30047978 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 30048077  T
Q  311 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048078 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 30048177  T
Q  411 ggcttgttgtgaaaggatattcccaaatggctggaattgat 451  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30048178 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgat 30048218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 451
Target Start/End: Original strand, 7160137 - 7160575
Alignment:
Q  13 cagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaagag 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160137 cagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattggaaaaatgatgaggttcaaagaagtacagaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaagag 7160236  T
Q  113 cacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgttg 212  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160237 gacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctggctgaagtttatgaaaattgcaattttgttg 7160336  T
Q  213 agaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatggga 312  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7160337 tgaattaaccttctagttttgaagaagcttcattaataacataatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgaga 7160436  T
Q  313 actcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaagg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160437 actcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacaaaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaagg 7160536  T
Q  413 cttgttgtgaaaggatattcccaaatggctggaattgat 451  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7160537 cttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgat 7160575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 198237 - 197797
Alignment:
Q  11 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  198237 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 198138  T
Q  111 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  198137 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 198038  T
Q  211 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  198037 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 197938  T
Q  311 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197937 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 197838  T
Q  411 ggcttgttgtgaaaggatattcccaaatggctggaattgat 451  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  197837 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgat 197797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 451
Target Start/End: Original strand, 3944032 - 3944472
Alignment:
Q  11 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944032 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 3944131  T
Q  111 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944132 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccctaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 3944231  T
Q  211 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944232 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 3944331  T
Q  311 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944332 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 3944431  T
Q  411 ggcttgttgtgaaaggatattcccaaatggctggaattgat 451  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3944432 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgat 3944472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 429; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 39951398 - 39950958
Alignment:
Q  11 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39951398 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaattatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 39951299  T
Q  111 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39951298 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgt 39951199  T
Q  211 tgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 310  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39951198 tgtgaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgg 39951099  T
Q  311 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39951098 gaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaa 39950999  T
Q  411 ggcttgttgtgaaaggatattcccaaatggctggaattgat 451  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39950998 ggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgat 39950958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 11 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 26220132 - 26219692
Alignment:
Q  11 agcagagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaag 110  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  26220132 agcagagatattaatgttgatgaaaatgcatattcggattgagaaaatgatgaggtttaaattagtacaaaatctgctgaaattgctcctgacaaacaag 26220033  T
Q  111 agcacacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaa-ttgcaattttg 209  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  26220032 agcacataacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatttgattccccaattctaaggagcaaatctctggctgaagtttatgaaaaattgcaattttg 26219933  T
Q  210 ttgagaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatg 309  Q
    ||| |||| | ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||| ||    
T  26219932 ttgtgaataagccttctagttt-gaagaagtttcattgctaacagaatggaaagatgaaatgaaggaggagctactaactattaataaaaatggtacttg 26219834  T
Q  310 ggaactcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagca 409  Q
    ||||||||||  |||||| || ||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26219833 ggaactcacttcaagacccaatgataaaaatgtaatagatgttaaatgggtttatagaaccaagttaaatcctgatggttccattcacaaacacaaagca 26219734  T
Q  410 aggcttgttgtgaaaggatattcccaaatggctggaattgat 451  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  26219733 aggcttgctgtgaaaggatattctcaaatgactggaattgat 26219692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 451
Target Start/End: Original strand, 22363663 - 22364100
Alignment:
Q  14 agagacattgatgttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22363663 agagacattgatgttgatgaaaatgtatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaatctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagc 22363762  T
Q  114 acacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgttga 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22363763 acacaacaaatgaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctggctgaagtttatgaaaattgcaattttgttgt 22363862  T
Q  214 gaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgggaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22363863 gaatgaaccttctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggcacatgggaa 22363962  T
Q  314 ctcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggc 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  22363963 ctcactcaaagacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggatccattcacaaacacaaaacaaggc 22364062  T
Q  414 ttgttgtgaaaggatattcccaaatggctggaattgat 451  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  22364063 ttgttgtgaaaggatattctcaaatggctagaattgat 22364100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University