View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16815_low_15 (Length: 533)

Name: NF16815_low_15
Description: NF16815
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16815_low_15
NF16815_low_15
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (10-514)||(47712237-47712741)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (10-512)||(19795340-19795842)
chr5 (10-508)||(19785745-19786243)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (10-512)||(15834647-15835149)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 493; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 493; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 47712741 - 47712237
Alignment:
Q  10 attatacttatagggttcgtgatcgtttgaggaaggatgtgttggtgccgttgaggaaggttttggagttgcctgaggtgtttattggggctaatcgatg 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47712741 attatgcttatagggttcgtgatcgtttgaggaaggatgtgttggtgccattgaggaaggttttggagttgcctgaggtgtttattggggctaatcgatg 47712642  T
Q  110 gaaattgattccttacaacagggttgcgtctgtggcgatggagttttataaagagaagtttttgaagcatgataaaaagaggtttgagaagtatttggag 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47712641 gaaattgattccttacaacagggttgcgtctgtggcgatggagttttataaagagaagtttttgaagcatgataaaaagaggtttgagaagtatttggag 47712542  T
Q  210 gatgtgaaagtggggaagactacgatcgctgctggtgctttgcttcctcatgacattattcggtcgttgggggatggagatggtggagaggtggcggagt 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47712541 gatgtgaaagtggggaagactacgatcgctgctggtgctttgcttcctcatgatattattcggtcgttgggggatggagatggtggagaggtggcggagt 47712442  T
Q  310 tacagtggacgagaatggtggatgatttgctcaagaaagggaagatgaggaattgtcttgctgtgtgtgatgtttctgggagtatgactgggatccctat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47712441 tacagtggacgagaatggtggatgatttgctcaagaaagggaagatgaggaattgtcttgctgtgtgtgatgtttctgggagtatgactgggatccctat 47712342  T
Q  410 ggatgtgtgtgtggcattgggattgttggtgtctgaattgtgtgaggaaccttggaaagggaaggtgattactttcagtgctgagcctcagcttcatgtg 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47712341 ggatgtgtgtgtggcattgggattgttggtgtctgaattgtgtgaggaaccttggaaagggaaggtgattactttcagtgctgagcctcagcttcatgtg 47712242  T
Q  510 attca 514  Q
    |||||    
T  47712241 attca 47712237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 10 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 19795842 - 19795340
Alignment:
Q  10 attatacttatagggttcgtgatcgtttgaggaaggatgtgttggtgccgttgaggaaggttttggagttgcctgaggtgtttattggggctaatcgatg 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  19795842 attatgcttatagggttcgtgatcggttgaggaaagatgtgttggtgccgttgaggaaggtgttggagttgcctgaggtgtttattggtgctaatcaatg 19795743  T
Q  110 gaaattgattccttacaacagggttgcgtctgtggcgatggagttttataaagagaagtttttgaagcatgataaaaagaggtttgagaagtatttggag 209  Q
    |   |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  19795742 gggtttgattccatacaatagggttgcttctgtggcgatgaagttttataaggagaagtttttgaagcatgataaggagaggtttgagaagtacttggag 19795643  T
Q  210 gatgtgaaagtggggaagactacgatcgctgctggtgctttgcttcctcatgacattattcggtcgttgggggatggagatggtggagaggtggcggagt 309  Q
    |||||||| |  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||   ||| ||||  |||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  19795642 gatgtgaaggcagggaagactactattgctgctggtgctttgcttcctcacgagattatagagtctttggatgatgaagatggtggagaagtggctgagt 19795543  T
Q  310 tacagtggacgagaatggtggatgatttgctcaagaaagggaagatgaggaattgtcttgctgtgtgtgatgtttctgggagtatgactgggatccctat 409  Q
    | ||||||| |||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||    
T  19795542 tgcagtggaagagaattgttgatgatttgctcaagaagggaaaaatgaggaattgtcttgctgtgtgtgatgtgtctgggagtatgcatgggacccctat 19795443  T
Q  410 ggatgtgtgtgtggcattgggattgttggtgtctgaattgtgtgaggaaccttggaaagggaaggtgattactttcagtgctgagcctcagcttcatgtg 509  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||| |||||||||||    ||||||||||||||||||    
T  19795442 ggaggtgtgtgtggcattggggttgttggtgtctgaattgaacgaggaaccatggaaagggaaggttattactttcagcagggagcctcagcttcatgtg 19795343  T
Q  510 att 512  Q
    |||    
T  19795342 att 19795340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 10 - 508
Target Start/End: Original strand, 19785745 - 19786243
Alignment:
Q  10 attatacttatagggttcgtgatcgtttgaggaaggatgtgttggtgccgttgaggaaggttttggagttgcctgaggtgtttattggggctaatcgatg 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  19785745 attatgcttatagggttcgtgatcgtttgaggaaagatgtgttggtgccgttgaggaaggtgttggagttgcctgaggtgtttattggtgctaatcaatg 19785844  T
Q  110 gaaattgattccttacaacagggttgcgtctgtggcgatggagttttataaagagaagtttttgaagcatgataaaaagaggtttgagaagtatttggag 209  Q
    |   |||||||||||||| || ||||| |||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||    
T  19785845 gggtttgattccttacaatagagttgcttctgtggcgatgaagttttataaggaaaagtttttgaagcatgataaggagaggtttgagaagtacttgaag 19785944  T
Q  210 gatgtgaaagtggggaagactacgatcgctgctggtgctttgcttcctcatgacattattcggtcgttgggggatggagatggtggagaggtggcggagt 309  Q
    |||||||| |  || |||||||| || |||||||||||||||||||||||  | |||||   ||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||    
T  19785945 gatgtgaaggcaggaaagactactattgctgctggtgctttgcttcctcaccagattatagagtctttgggggatggagatggtggagaagttgctgagt 19786044  T
Q  310 tacagtggacgagaatggtggatgatttgctcaagaaagggaagatgaggaattgtcttgctgtgtgtgatgtttctgggagtatgactgggatccctat 409  Q
    | ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||    
T  19786045 tgcagtggaagagaattgttgatgatttgctcaagaaaggaaagatgaaaaattgtcttgcagtgtgtgatgtttctgggagcatgtctgggactcctat 19786144  T
Q  410 ggatgtgtgtgtggcattgggattgttggtgtctgaattgtgtgaggaaccttggaaagggaaggtgattactttcagtgctgagcctcagcttcatgt 508  Q
    ||| |||| | |||||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||| || ||||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  19786145 ggaggtgtctttggcattggggttgttggtgtctgaattgagtgatgagccttggaaagggaaagttattactttcagcgaggagcctcagcttcatgt 19786243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 10 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 15835149 - 15834647
Alignment:
Q  10 attatacttatagggttcgtgatcgtttgaggaaggatgtgttggtgccgttgaggaaggttttggagttgcctgaggtgtttattggggctaatcgatg 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15835149 attatgcttatagggttcgtgatcgtttgaggaaagatgtgttggtgccgttgaggaaggcgttgcaattgcctgaggtgtttattggggctaatcaatg 15835050  T
Q  110 gaaattgattccttacaacagggttgcgtctgtggcgatggagttttataaagagaagtttttgaagcatgataaaaagaggtttgagaagtatttggag 209  Q
    |   ||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| ||| ||    
T  15835049 gggtttgattccttataatagggttgcttctgtggccatggagttttataaggagaagtttttgaagcatgatgaggagaggtttgagaagtacttgcag 15834950  T
Q  210 gatgtgaaagtggggaagactacgatcgctgctggtgctttgcttcctcatgacattattcggtcgttgggggatggagatggtggagaggtggcggagt 309  Q
    |||||||| |  ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | |||||   ||| ||   | ||||| |||||||||| ||||  ||||    
T  15834949 gatgtgaaggcagggaagactactatggctgctggtgctttgcttcctcataagattataaagtcttttttgaatggatatggtggagaagtggatgagt 15834850  T
Q  310 tacagtggacgagaatggtggatgatttgctcaagaaagggaagatgaggaattgtcttgctgtgtgtgatgtttctgggagtatgactgggatccctat 409  Q
    | ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||  ||||| ||||||    
T  15834849 tgcagtggaagagaattgttgatgatttgctcaagaaaggaaagatgaaaaattgtcttgcagtgtctgatgtgtctgcgagtatgtatgggacccctat 15834750  T
Q  410 ggatgtgtgtgtggcattgggattgttggtgtctgaattgtgtgaggaaccttggaaagggaaggtgattactttcagtgctgagcctcagcttcatgtg 509  Q
    ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  15834749 ggaggtgtctgtggcattggggttgttggtgtctgaattgagcgaggaaccatggaaagggaaggtgattagtttcagtgctgagcctgagcttcatgtg 15834650  T
Q  510 att 512  Q
    |||    
T  15834649 att 15834647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University