View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16817_high_3 (Length: 800)

Name: NF16817_high_3
Description: NF16817
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16817_high_3
NF16817_high_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (11-782)||(52578068-52578827)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 630; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 630; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 782
Target Start/End: Original strand, 52578068 - 52578827
Alignment:
Q  11 ataagaacaagaacgagagcatcaaggaagtctttgtcccacaagatagggtcagacatatagatcaaacaacatcaattgactctaccgaaaaaccaat 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578068 ataagaacaagaacgagagcatcaaggaagtctttgtcccacaagatagggtcggacatatagatcaaacaacatcaattgactctaccgaaaaaccaat 52578167  T
Q  111 caatagatcagagaataaaatagtaaaatatatgaacagctatatgatataagggttttttgaatgacaagcacaaacacaaacgggaattcaactatcc 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578168 caatagatcagagaataaaatagtaaaatatatgaacagctatatgatataagggttttttgaatgacaagcacaaacacaaacgggaattcaactatcc 52578267  T
Q  211 tgaaatacacgaagaaagccagaatgctatccatattatattaactcttgattctttagaagcacatagcaattaaatgagctgtaatttttaacaatac 310  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578268 tgatatacacgaagaaagccagaatgctatccatattatattaactcttgattctttagaagcacatagcaattaaatgagctgtaatttttaacaatac 52578367  T
Q  311 ttttaacaaatttttgaagagatagccaacctttgaatttatgtggcatgatttatttcacaaatattgactaagcctcttaaactaaaaagtttactag 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578368 ttttaacaaatttttgaagagatagccaacctttgaatttatgtggcatgatttatttcac-aatattgactaagcctcttaaactaaaaagtttactag 52578466  T
Q  411 tttcagtctgtctcgcgtagtatt----nnnnnnnnnntgaagtggaatttaacacagaagtgtgtattaaatttatgatagctccaattgaagttactt 506  Q
    ||||||||||||||||| ||||||              |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578467 tttcagtctgtctcgcgcagtattaaaaaaaaaaaaaatgaagtagaatttaacacagaagtgtgtattaaatttatgatagctccaattgaagttactt 52578566  T
Q  507 agtattacctcaaccttgagctcaccgatggcatcagaaaatgacacaatattggttacgcgtggatcatttgtttgaagataaacctcttgaaatacac 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578567 agtattacctcaaccttgagctcaccgatggcatcagaaaatgacacaatattggttacgcgtggatcatttgtttgaagataaacctcttgaaatacac 52578666  T
Q  607 tnnnnnnntcaaccccaacaaacgttctctgaaagagcaatatagaataccatattgagagtcatatgatatgatgattaagcatgtgttgaactattga 706  Q
    |       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               | ||||||||||||||||||||||||    
T  52578667 taaaaaaatcaaccccaacaaacgttctctgaaagagcaatatagaataccatattgag---------------tcattaagcatgtgttgaactattga 52578751  T
Q  707 acaggtgagtgatccttgttgtgttagataggtattatcaagttggaagtatatttctaaatttatagatgagaaa 782  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578752 acaggtgagtgatccttgttgtgttagataggtattatcaagttggaagtatatttctaaatttatagatgagaaa 52578827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University