View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF16818_low_5 (Length: 558)
Name: NF16818_low_5
Description: NF16818
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16818_low_5 |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 32630213 - 32629682
Alignment:
| Q |
12 |
aagaatatcaaaagcactagcaccaaaaacacctggaccaagaatcttgaagatttgttcacctccagcagccaaatatgattctccatggaacaataag |
111 |
Q |
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| T |
32630213 |
aagaatatcaaaagcactagcaccaaaaacacctggaccaagaatcttgaatatttgttcacctccagcagccaaatatgattctccatggaacaataag |
32630114 |
T |
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| Q |
112 |
tactcataaaccaatatcagaaataaatgaccaagaatgttattagaacatggcaaaaacccatacatttgcttacaatactcctctgaattagaagaag |
211 |
Q |
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|
|
| T |
32630113 |
tactcataaaccaatatcagaaataaatgaccaagaatgttattagaacatggcaaaaacccatacatttgtttacaatactcctctgaattagaagaag |
32630014 |
T |
|
| Q |
212 |
attcagtaataactcctttctcattatcattgttaagaagtagataagaatcttcttctgcttgaacatcatcaactccattggaaatcaatttattggg |
311 |
Q |
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| T |
32630013 |
attcagtaataactcctttgtcattatcattgttaagaagtagatatgaatcttcttctgcttgaacatcatcaactccattggaaatcaatttattggg |
32629914 |
T |
|
| Q |
312 |
aagaaaacggctttgaacatgaagtgatactataga---aaagaagagaatgaagcatgatgcttttgaaatgtttctcattttgttctatctatctatg |
408 |
Q |
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| T |
32629913 |
aa-taaacggctttgaacatgaagtgctattatagaaagaaagaaaatattgaagcatgctatttttgtaatgtttctcattttgttctatctatctatg |
32629815 |
T |
|
| Q |
409 |
atgaactgagaaaggagaaataccggttgtagaaatatatacctcaactcaagcaaaactcaagaaacttcattaggtcaaca-nnnnnnncattaggtc |
507 |
Q |
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|
| T |
32629814 |
atgaactgagaaacgagaaataccggttgtagaaatatatacctcaactcaagcaaaactcaagaaacttcattaggtcaacattttttttcattaggtc |
32629715 |
T |
|
| Q |
508 |
aacatggcaagatgtgaaatgaatatcttatat |
540 |
Q |
| |
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| T |
32629714 |
aacatggcaagatgtgaaatgaatatcttatat |
32629682 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 32612007 - 32611574
Alignment:
| Q |
12 |
aagaatatcaaaagcactagcaccaaaaacacctggaccaagaatcttgaagatttgttcacctccagcagccaaatatgattctccatggaacaataag |
111 |
Q |
| |
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| T |
32612007 |
aagaatatcaaaagcactagcaccaaaaacacctggaccaagaatcttgaatatttgttcacctccagcagccaaatatgattctccatggaacaataag |
32611908 |
T |
|
| Q |
112 |
tactcataaaccaatatcagaaataaatgaccaagaatgttattagaacatggcaaaaacccatacatttgcttacaatactcctctgaattagaagaag |
211 |
Q |
| |
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| T |
32611907 |
tactcataaaccaatatcagaaataaatgaccaagaatgttattagaacatggcaaaaacccatacatttgtttacaatactcctctgaattagaagaag |
32611808 |
T |
|
| Q |
212 |
attcagtaataactcctttctcattatcattgttaagaagtagataagaatcttcttctgcttgaacatcatcaactccattggaaatcaatttattggg |
311 |
Q |
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| T |
32611807 |
attcagtaataactcctttgtcattatcattgttaagaagtagatatgaatcttcttctgcttgaacatcatcaactccattggaaatcaatttattggg |
32611708 |
T |
|
| Q |
312 |
aagaaaacggctttgaacatgaagtgatactataga---aaagaagagaatgaagcatgatgcttttgaaatgtttctcattttgttctatctatctatg |
408 |
Q |
| |
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| T |
32611707 |
aagaaaacggctttgaacatgaagtgctattatagaaagaaagaaaatattgaagcatgctatttttgtaatgtttctcattttgttttatctatctatg |
32611608 |
T |
|
| Q |
409 |
atgaactgagaaaggagaaataccggttgtagaa |
442 |
Q |
| |
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| T |
32611607 |
atgaactgagaaaggagaaacagtggttgtagaa |
32611574 |
T |
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