View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16821_low_5 (Length: 570)

Name: NF16821_low_5
Description: NF16821
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16821_low_5
NF16821_low_5
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-540)||(14175339-14175878)
chr4 (1-540)||(28609999-28610539)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-540)||(12932069-12932608)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-241)||(15298159-15298398)
chr7 (243-421)||(15290614-15290791)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-429)||(38995651-38996083)
chr5 (497-535)||(38996099-38996137)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (123-537)||(24874000-24874413)
chr3 (28-113)||(24872077-24872161)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 508; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 14175878 - 14175339
Alignment:
Q  1 tcatcaataaacgtcacaaaatatctgctaccaccaagagtctccacttccatgggtccacacacatcagaatacaccatatccaatttattatctttca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175878 tcatcaataaacgtcacaaaatatctgctaccaccaagagtctccacttccatgggtccacacacatcagaatacaccatatccaatttattatctttca 14175779  T
Q  101 gctttgaagttctgctgaaagaaactctatgttgcttgccaaacaaacagtaatcacaaggattcaacttagtacctttgtcagacggaatgagggactt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175778 gctttgaagttctgctgaaagaaactctatgttgcttgccaaacaaacaataatcacaaggattcaacttagtacctttgtcagacggaatgagggactt 14175679  T
Q  201 ccttgacaaaatttgcaatcctttttcacttagatgagccagccttttatgccgcaaatctggcaaagtaacattctcgaccgcattcaagccatctttg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175678 ccttgacaaaatttgcaatcctttttcacttaaatgagccagccttttatgccacaaatctggcaaagcaacattctcgaccgcattcaagccatctttg 14175579  T
Q  301 atcagcttgacttgagttttgtaaagcgttgattacacggcgcctctagcaatcatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttgt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175578 atcagcttgacttgagttttgtaaagcgtcgaatacacgacgcctctagcaatcatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttgt 14175479  T
Q  401 tttgaaatccggctaaatcaagagcatggacagagattagatttagacgcaaatctggcacatgtctcacgtccttcagtgttagtgtaaaaccggtatt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175478 tttgaaatccggctaaatcaagagcatggacagagattagatttagacgcaaatctggcacatgtcgcacgtccttcagtgttagtgtaaaaccggtatt 14175379  T
Q  501 ggtttgaacacacacatcaccaattccaacaatatctgca 540  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175378 ggtttgaacacacacatcaccaattccaacaatatctgca 14175339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 493; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 540
Target Start/End: Original strand, 28609999 - 28610539
Alignment:
Q  1 tcatcaataaa-cgtcacaaaatatctgctaccaccaagagtctccacttccatgggtccacacacatcagaatacaccatatccaatttattatctttc 99  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28609999 tcatcaataaaacgtcacaaaatatctgctaccaccaagagtctccacttccatgggtccacacacatcagaatacaccatatccaatttattacctttc 28610098  T
Q  100 agctttgaagttctgctgaaagaaactctatgttgcttgccaaacaaacagtaatcacaaggattcaacttagtacctttgtcagacggaatgagggact 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28610099 agctttgaagttctgctgaaagaaactctatgttgcttgccaaacaaacaataatcacaaggattcaacttagtacctttgccagacggaatgagggact 28610198  T
Q  200 tccttgacaaaatttgcaatcctttttcacttagatgagccagccttttatgccgcaaatctggcaaagtaacattctcgaccgcattcaagccatcttt 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28610199 tccttgacaaaatttgcaatcctttttcacttaaatgagccagccttttatgccacaaatctggcaaagcaacattctcgaccgcattcaagccatcttt 28610298  T
Q  300 gatcagcttgacttgagttttgtaaagcgttgattacacggcgcctctagcaatcatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttg 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28610299 gatcagcttgacttgagttttgtaaagcgtcgaatacacggcgcctctagcaatcatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttg 28610398  T
Q  400 ttttgaaatccggctaaatcaagagcatggacagagattagatttagacgcaaatctggcacatgtctcacgtccttcagtgttagtgtaaaaccggtat 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28610399 ttttgaaatccggctaaatcaagagcatggacagagattagatttagacgcaaatctggcacatgtcgcacgtccttcagtgttagtgtaaaatcggtat 28610498  T
Q  500 tggtttgaacacacacatcaccaattccaacaatatctgca 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28610499 tggtttgaacacacacatcaccaattccaacaatatctgca 28610539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 496; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 496; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 12932608 - 12932069
Alignment:
Q  1 tcatcaataaacgtcacaaaatatctgctaccaccaagagtctccacttccatgggtccacacacatcagaatacaccatatccaatttattatctttca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12932608 tcatcaataaacgtcacaaaatatctgctaccaccaagagtctccacttccatgggtccacacacatcagaatacaccatatccaatttattatctttca 12932509  T
Q  101 gctttgaagttctgctgaaagaaactctatgttgcttgccaaacaaacagtaatcacaaggattcaacttagtacctttgtcagacggaatgagggactt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12932508 gctttgaagttctgctgaaagaaactctatgttgcttgccaaacaaacaataatcacaaggattcaacttagtacctttgtcagacggaatgagggactt 12932409  T
Q  201 ccttgacaaaatttgcaatcctttttcacttagatgagccagccttttatgccgcaaatctggcaaagtaacattctcgaccgcattcaagccatctttg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12932408 ccttgacaaaatttgcaatcctttttcacttaaatgagccagccttttatgccacaaatctgccaaagcaacattctcggccgcattcaagccatctttg 12932309  T
Q  301 atcagcttgacttgagttttgtaaagcgttgattacacggcgcctctagcaatcatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttgt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12932308 atcagcttgacttgagttttgtaaagcgtcgaatacacgacgcctctagcaatcatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttgt 12932209  T
Q  401 tttgaaatccggctaaatcaagagcatggacagagattagatttagacgcaaatctggcacatgtctcacgtccttcagtgttagtgtaaaaccggtatt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12932208 tttgaaatccggctaaatcaagagcatggacagagattagatttagacgcaaatctggcacatgtcgcacgttcttcagtgttagtgtaaaaccggtatt 12932109  T
Q  501 ggtttgaacacacacatcaccaattccaacaatatctgca 540  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12932108 ggtttgaacacacacatcaccaattccaacaatatctgca 12932069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 15298398 - 15298159
Alignment:
Q  1 tcatcaataaacgtcacaaaatatctgctaccaccaagagtctccacttccatgggtccacacacatcagaatacaccatatccaatttattatctttca 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15298398 tcattaataaacgtcacaaaatatctgctaccaccaag-gtctccacttccattggtccacacacattagaataccccatatccaatttattatctttca 15298300  T
Q  101 gctttgaagttctgctgaaagaaactctatgttgcttgccaaacaaacagtaatcacaaggattcaacttagtacctttgtcagacggaatgagggactt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  15298299 gctttgaagttctgctgaaagaaactctatgttgcttgctaaacaaacagtaagcacaaggattcaacttagtacctttttcagatggaatgagggactt 15298200  T
Q  201 ccttgacaaaatttgcaatcctttttcacttagatgagcca 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15298199 ccttgacaaaatttgcaatcctttttcacttagatgagcca 15298159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 243 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 15290791 - 15290614
Alignment:
Q  243 ccttttatgccgcaaatctggcaaagtaacattctcgaccgcattcaagccatctttgatcagcttgacttgagttttgtaaagcgttgattacacggcg 342  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  15290791 ccttttatgccacaaatttggcaaagcaacattctcgactgcat-caagccctctttgatcaacttgacttgagttttgtaaagtgtcgaatacacggcg 15290693  T
Q  343 cctctagcaatcatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttgttttgaaatccggctaaatcaa 421  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15290692 cctctagtaaccatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttgttttgaaatccggctaaatcaa 15290614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 429
Target Start/End: Original strand, 38995651 - 38996083
Alignment:
Q  1 tcatcaataaacgtcacaaaatatctgctaccaccaagagtctccacttccatgggtccacacacatcagaatacaccatatccaatttattatctttca 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| | |||||| ||||||  || |||||||||| |    
T  38995651 tcatcaataaacatcacaaaatatttgctaccaccaagagtatccacttccattggtctacacacattataatacatcatatctgatatattatctttaa 38995750  T
Q  101 gctttgaagttctgctgaaagaaactctatgttgcttgccaaacaaacagtaatcacaaggattcaacttagtacctttgtcagacggaatgagggactt 200  Q
    ||||||| ||| | |  || || ||| |||||| || |||||||||| | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||   | ||||  |||||    
T  38995751 gctttgatgttttacaaaacgatactttatgtttctcgccaaacaaaaaataatcacaaggattcaatttattacctttgtcaggtaggatgaaagactt 38995850  T
Q  201 ccttgacaaaa-tttgcaatcctttttcacttagatgagccagccttttatgccgcaaatctggcaaagtaacattctcgaccgcattcaagccatcttt 299  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| | |||||||||||||||||||||| |||||    
T  38995851 ccttgaaaaaaatttgtaatcctttttcacatagatgagccagccttttatgccgaaaatttggaaaagcatcattctcgaccgcattcaagccgtcttt 38995950  T
Q  300 gatcagcttgacttgagttttgtaaagcgttgattacacggcgcctctagcaatcat---caacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaag 396  Q
    ||||||||||||||||||||| || | ||| || |||||| ||||| |||||| |||    || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  38995951 gatcagcttgacttgagttttatacaacgtcgaatacacgacgcctttagcaaccatataaaaagatcctttgataagtttccattttccatcaccaaaa 38996050  T
Q  397 ttgttttgaaatccggctaaatcaagagcatgg 429  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  38996051 ttgttttgaaatttagctaaatcaagagcatgg 38996083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 497 - 535
Target Start/End: Original strand, 38996099 - 38996137
Alignment:
Q  497 tattggtttgaacacacacatcaccaattccaacaatat 535  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38996099 tattggtttaaacacacacatcaccaattccaacaatat 38996137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 176; Significance: 2e-94; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 123 - 537
Target Start/End: Original strand, 24874000 - 24874413
Alignment:
Q  123 aactctatgttgcttgccaaacaaacagtaatcacaaggattcaacttagtacctttgtcagacggaatgagggacttccttgacaaaatttgcaatcct 222  Q
    |||||||||||||||   |||||||||  |||||  |  |||||||||||||| ||||| ||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  24874000 aactctatgttgcttcaaaaacaaacaacaatcatgataattcaacttagtacatttgtgagatgcaacgagggacttccttgacagaatttgcaatctt 24874099  T
Q  223 tttt-cacttagatgagccagccttttatgccgcaaatctggcaaagtaacattctcgaccgcattcaagccatctttgatcagcttgacttgagttttg 321  Q
    |||| ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  24874100 tttttcacttaggtgagccatccttttatgccacaaatctgacaaagcaacattcttgaccacattcgagcaatctttgatcaacttaacttgatttttg 24874199  T
Q  322 taaagcgttgattacacggcgcctctagcaatcatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttgttttgaaatccggctaaatcaa 421  Q
    |||||| | |  |||||  || |||||| || |||||| | |||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||    
T  24874200 taaagcctcggatacacatcgtctctagtaaccatcaatgctcctttggtaggtatc-actttccatcaccaaagttgttttgaagtccagctaaa-caa 24874297  T
Q  422 gagcatggacagagattagatttagacgcaaatctggcacatgtctcacgtccttcagtgttagtgtaaaaccggtattggtttgaacacacacatcacc 521  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||      
T  24874298 gagcatggacggagattatatttagacgcaaatctagcacatgtcgcacgtcctttagtgttggtgttaaaccgatattggtttgaacacacacatcatt 24874397  T
Q  522 aattccaacaatatct 537  Q
    ||||||||||||||||    
T  24874398 aattccaacaatatct 24874413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 113
Target Start/End: Original strand, 24872077 - 24872161
Alignment:
Q  28 ctaccaccaagagtctccacttccatgggtccacacacatcagaatacaccatatccaatttattatctttcagctttgaagttct 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| || ||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||| |||||    
T  24872077 ctaccacgaagagtctccacttccatgagtccgcacgcagcagaatacaccatattcaatatattat-tttcaactttgaggttct 24872161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University