View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1683-Insertion-2 (Length: 331)

Name: NF1683-Insertion-2
Description: NF1683
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1683-Insertion-2
NF1683-Insertion-2
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (8-331)||(7054234-7054558)
chr4 (179-306)||(16613403-16613531)
chr4 (179-305)||(9991053-9991180)
chr4 (179-305)||(1702401-1702528)
[»] scaffold0320 (1 HSPs)
scaffold0320 (8-327)||(13579-13898)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (8-331)||(9290616-9290940)
chr8 (8-320)||(8212355-8212668)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (8-331)||(38980922-38981242)
chr2 (54-306)||(24867137-24867391)
[»] scaffold0442 (1 HSPs)
scaffold0442 (8-331)||(12077-12401)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-324)||(51424808-51425125)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (74-182)||(24999465-24999573)
chr6 (229-282)||(24999625-24999678)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 8 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 7054558 - 7054234
Alignment:
Q  8 aagccaacatggaaagagattcattccatccgtttaatttagtatatttctctttcttttgtggacattgagagtgtggtgtcaattgagatgatgaaca 107  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7054558 aagccaacatgaaaagagattcattccatccttttaatttaatatatttctctttcttttgtggacattgagagtgtggtgtcaattgagatgatgaaca 7054459  T
Q  108 catcttacactttgatggtgaactctatatttaacaattttgattcatgtattgaagaatgctaggttttttgaatcaaagagggaagtaatagtataag 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7054458 catcttacactttgatggtgaactctatatttaacaattttgattcatgtattgaagaatgctaggttttttgaatcaaagagggaagtagtagtataag 7054359  T
Q  208 caa-cttgaaaaagagggcacaagaaagatcaaagtaccaagagatggtgcaaacaatatagaaacaaagccacatagtgggatgaaaagaccaagtagt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7054358 caagcttgaaaaagagggcacaagaaagatcaaagtaccaagagatggtgcaaacaatatagaaacaaagccacatagtgggatgaaaagaccaagtagt 7054259  T
Q  307 accaggatgaatatacatgcgcaag 331  Q
    || ||||||||||||||||| ||||    
T  7054258 acgaggatgaatatacatgctcaag 7054234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 179 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 16613531 - 16613403
Alignment:
Q  179 tgaatcaaagagggaagtaatagtataagcaa-cttgaaaaagagggcacaagaaagatcaaagtaccaagagatggtgcaaacaatatagaaacaaagc 277  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||    
T  16613531 tgaatcaatgagggaagtagtagtataagcaagcttgaaaaagaaggcactagatagatcaaagtaccaagagaaggtgcaagcaatatggaaacaaagc 16613432  T
Q  278 cacatagtgggatgaaaagaccaagtagt 306  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  16613431 cacgtagtaggatgaaaagaccaagtagt 16613403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 179 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 9991180 - 9991053
Alignment:
Q  179 tgaatcaaagagggaagtaatagtataagcaa-cttgaaaaagagggcacaagaaagatcaaagtaccaagagatggtgcaaacaatatagaaacaaagc 277  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  9991180 tgaatcaatgagggaagtagtagtataagcaagcttgaaaaagaaggcactagatagatcaaagtaccaagagaaggtgcaaaaaatatggaaacaaagc 9991081  T
Q  278 cacatagtgggatgaaaagaccaagtag 305  Q
    ||| |||| |||||||||| ||||||||    
T  9991080 cacgtagttggatgaaaaggccaagtag 9991053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 179 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 1702528 - 1702401
Alignment:
Q  179 tgaatcaaagagggaagtaatagtataagcaa-cttgaaaaagagggcacaagaaagatcaaagtaccaagagatggtgcaaacaatatagaaacaaagc 277  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  1702528 tgaatcaatgggggaagtagtagtataagcaagcttgaaaaagaaggcactagatagatcaaagtaccaagagaaggtgcaaaaaatatggaaacaaagc 1702429  T
Q  278 cacatagtgggatgaaaagaccaagtag 305  Q
    ||| |||| |||||||||| ||||||||    
T  1702428 cacgtagtaggatgaaaaggccaagtag 1702401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0320 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 1)
Name: scaffold0320
Description:

Target: scaffold0320; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 8 - 327
Target Start/End: Original strand, 13579 - 13898
Alignment:
Q  8 aagccaacatggaaagagattcattccatccgtttaatttagtatatttctctttcttttgtggacattgagagtgtggtgtcaattgagatgatgaaca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13579 aagccaacatggaaagagattcattc-atccttttaatttaatatatttctctttcttttgtggacattgagagtgtggtgtcaattgagatgatgaaca 13677  T
Q  108 catcttacactttgatggtgaactctatatttaacaattttgattcatgtattgaagaatgctaggttttttgaatcaaagagggaagtaatagtataag 207  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13678 catcttacactttgatggtgaactttatatttaacaattttgattcatgtattgaagaatgctaggttttttgaatcaaagagggaagtagtagtataag 13777  T
Q  208 caa-cttgaaaaagagggcacaagaaagatcaaagtaccaagagatggtgcaaacaatatagaaacaaagccacatagtgggatgaaaagaccaagtagt 306  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13778 caagcttgaaaaagagggcacaagaaagatcaaagtaccaagtgatggtgcaaacaatatagaaacaaagccacatagtgggatgaaaagacctagtagt 13877  T
Q  307 accaggatgaatatacatgcg 327  Q
    || || |||||||||||||||    
T  13878 acgagaatgaatatacatgcg 13898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 8 - 331
Target Start/End: Original strand, 9290616 - 9290940
Alignment:
Q  8 aagccaacatggaaagagattcattccatccgtttaatttagtatatttctctttcttttgtggacattgagagtgtggtgtcaattgagatgatgaaca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9290616 aagccaacatggaaagagattcattccatccttttaaattaatatatttctctttcttttgtggacattgagagtgtggtgtcaattgagatgatgaaca 9290715  T
Q  108 catcttacactttgatggtgaactctatatttaacaattttgattcatgtattgaagaatgctaggttttttgaatcaaagagggaagtaatagtataag 207  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9290716 catattacactttgatggtgaactctatatttagcaattttgattcatgtattgaagaatgctaggttttttgaatcaaagagggaagtagtagtataag 9290815  T
Q  208 caa-cttgaaaaagagggcacaagaaagatcaaagtaccaagagatggtgcaaacaatatagaaacaaagccacatagtgggatgaaaagaccaagtagt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9290816 caagcttgaaaaagagggcacgagaaagatcaaagtaccaagagatggtgcaagcaatatagaaacaaagccacatagtgggatgaaaagatcaagtagt 9290915  T
Q  307 accaggatgaatatacatgcgcaag 331  Q
    || ||||||||||||||||| ||||    
T  9290916 actaggatgaatatacatgctcaag 9290940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 8 - 320
Target Start/End: Original strand, 8212355 - 8212668
Alignment:
Q  8 aagccaacatggaaagagattcattccatccgtttaatttagtatatttctctttcttttgtggacattgagagtgtggtgtcaattgagatgatgaaca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8212355 aagccaacatggaaagagattcattccatcctttaaatttaatatatttctctttcttttatggacattgagagtgtggtgtcaattgagatgatgaaca 8212454  T
Q  108 catcttacactttgatggtgaactctatatttaacaattttgattcatgtattgaagaatgctaggttttttgaatcaaagagggaagtaatagtataag 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8212455 catcttacactttgatggtgaactctatatttaacaattttgattcatgtattgaataatgctaggttttttgaatcaaagagggaagtagtagtataag 8212554  T
Q  208 caa-cttgaaaaagagggcacaagaaagatcaaagtaccaagagatggtgcaaacaatatagaaacaaagccacatagtgggatgaaaagaccaagtagt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8212555 caagcttgaaaaagagggcacaagaaatatcaaagtaccaagagatggtgcaaaaaatatagaaacaaagccacatagtgggatgaaaagaccaagtagt 8212654  T
Q  307 accaggatgaatat 320  Q
    || ||||| |||||    
T  8212655 acgaggataaatat 8212668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 270; Significance: 1e-151; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 8 - 331
Target Start/End: Original strand, 38980922 - 38981242
Alignment:
Q  8 aagccaacatggaaagagattcattccatccgtttaatttagtatatttctctttcttttgtggacattgagagtgtggtgtcaattgagatgatgaaca 107  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38980922 aagccaacgtggaaagagattcattccatccttttaatttaatatatttctctttcttttgttgacattgagagtgtggtgtcaattgagatgatgaaca 38981021  T
Q  108 catcttacactttgatggtgaactctatatttaacaattttgattcatgtattgaagaatgctaggttttttgaatcaaagagggaagtaatagtataag 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||    
T  38981022 catcttacactttgatggtgaactctatatttaacaattttgattcatgtattgaagaatgctaggttttttgaatgaaagagggaagtggtagtataag 38981121  T
Q  208 caacttgaaaaagagggcacaagaaagatcaaagtaccaagagatggtgcaaacaatatagaaacaaagccacatagtgggatgaaaagaccaagtagta 307  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38981122 ---cttgaaaaagagggcacaagaaagatcaaagtaccaagagatggtgcaaacaatatagaaacaaagccgcatagtgggatgaaaagaccaagtagta 38981218  T
Q  308 ccaggatgaatatacatgcgcaag 331  Q
    | ||||||||||||||||| ||||    
T  38981219 cgaggatgaatatacatgctcaag 38981242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 54 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 24867391 - 24867137
Alignment:
Q  54 tttctctttcttttgtggacattgagagtgtggtgtcaattgagatgatgaacacatcttacactttgatggtgaactctatatttaacaattttgattc 153  Q
    |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||| |||     
T  24867391 tttctctttcatttatgtacattgagagtgtggtgtcaattgagacgatgaacacgtcttacattttgatggtgaactttatatttaactatttttattt 24867292  T
Q  154 atgtattgaagaatgctaggttttttgaatcaaagagggaagtaatagtataagca--acttgaaaaagagggcacaagaaagatcaaagtaccaagaga 251  Q
    ||||||||||||| | ||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||| | | || |||||| || || |||    
T  24867291 atgtattgaagaacgataggtctcttgaatcaaagaaggaagtaatagtataagcaatacttgaaaaaggaggcaccaaatagttcaaagaacaaaaaga 24867192  T
Q  252 tggtgcaaacaatatagaaacaaagccacatagtgggatgaaaagaccaagtagt 306  Q
     ||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  24867191 aggtgcaaacaatatgagaacaaagccaaatagtgggatgaaaaggccaagtagt 24867137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0442 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 1)
Name: scaffold0442
Description:

Target: scaffold0442; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 8 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 12401 - 12077
Alignment:
Q  8 aagccaacatggaaagagattcattccatccgtttaatttagtatatttctctttcttttgtggacattgagagtgtggtgtcaattgagatgatgaaca 107  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12401 aagccaacatgtaaagagattcattccatccttttaatttaatatatatctctttcttttgtggacattgagagtgtggtgtcaattgagatgatgaaca 12302  T
Q  108 catcttacactttgatggtgaactctatatttaacaattttgattcatgtattgaagaatgctaggttttttgaatcaaagagggaagtaatagtataag 207  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||    
T  12301 catcttacactctgatggtgaactctatatttaacaattttgattcatgtattgaagaatgctaggttttttcaatcaaatagggaagtagtagtataag 12202  T
Q  208 caa-cttgaaaaagagggcacaagaaagatcaaagtaccaagagatggtgcaaacaatatagaaacaaagccacatagtgggatgaaaagaccaagtagt 306  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12201 caagcttaaaaaagagggcacaagaaagatcaaagtaccaagagatggtgcaaacaatatagaaacaaagccacatagttggatgaaaagaccaagtagt 12102  T
Q  307 accaggatgaatatacatgcgcaag 331  Q
    || ||||||||||||||||| ||||    
T  12101 acgaggatgaatatacatgctcaag 12077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 8 - 324
Target Start/End: Original strand, 51424808 - 51425125
Alignment:
Q  8 aagccaacatggaaa-gagattcattccatccgttt-aatttagtatatttctctttcttttgtggacattgagagtgtggtgtcaattgagatgatgaa 105  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51424808 aagccaacatggaaaagagattcattccatcctttttaattta--atatttctatttcttttgtggacattgagagtgtggtgtcaattgagacgatgaa 51424905  T
Q  106 cacatcttacactttgatggtgaactctatatttaacaattttgattcatgtattgaagaatgctaggttttttgaatcaaagagggaagtaatagtata 205  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  51424906 cgcatcttacactttgatggtgaactctatatttaacaagtttgattcatgaattgaagaatgctaggttttttgaatcaaagagggaagtagtagaata 51425005  T
Q  206 agcaa-cttgaaaaagagggcacaagaaagatcaaagtaccaagagatggtgcaaacaatatagaaacaaagccacatagtgggatgaaaagaccaagta 304  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51425006 agcaagcttgaaaaagagggcacaagaaagatcaaagtaccaagagatggtgcaaacaatatagaaacaaagccacatagtgggatgaaaagatcaagta 51425105  T
Q  305 gtaccaggatgaatatacat 324  Q
    |||| |||||||||||||||    
T  51425106 gtacaaggatgaatatacat 51425125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 74 - 182
Target Start/End: Original strand, 24999465 - 24999573
Alignment:
Q  74 attgagagtgtggtgtcaattgagatgatgaacacatcttacactttgatggtgaactctatatttaacaattttgattcatgtattgaagaatgctagg 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||    
T  24999465 attgagagtgtggtgtcaattgagatgatgaacacatcttacactttgacgatgaactctatatttaacaattttgatttctgtattgaagagtgctagg 24999564  T
Q  174 ttttttgaa 182  Q
    ||| |||||    
T  24999565 tttcttgaa 24999573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 229 - 282
Target Start/End: Original strand, 24999625 - 24999678
Alignment:
Q  229 agaaagatcaaagtaccaagagatggtgcaaacaatatagaaacaaagccacat 282  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  24999625 agatagatcaaagtaccaagagaaggtgcaaacaatatggaaataaagccacat 24999678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University