View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16839_low_1 (Length: 800)

Name: NF16839_low_1
Description: NF16839
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16839_low_1
NF16839_low_1
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (15-783)||(1900619-1901400)
chr3 (15-783)||(1910065-1910846)
chr3 (314-577)||(1894058-1894322)
chr3 (314-577)||(1903504-1903768)
chr3 (590-783)||(1894363-1894556)
chr3 (590-783)||(1903809-1904002)
chr3 (68-301)||(1893770-1894016)
chr3 (68-301)||(1903216-1903462)
chr3 (66-232)||(2934446-2934605)
chr3 (725-783)||(2934258-2934316)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 654; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 654; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 783
Target Start/End: Original strand, 1900619 - 1901400
Alignment:
Q  15 aaaggagagagggaagggctttagagagtcatctcttatctaggaggactggaggagcttagctctgagcggtaggagtaccggtcttttgtaattttcc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  1900619 aaaggagagagggaagggctttagagagtcatctcttatctaggaggactggagaagcttagctctgggcggtaggagtactggtcttctgtaattttcc 1900718  T
Q  115 tttttcgtaaataatagattccatttattaaacgttgttgtgttattttatccattaggttctgggttcctaacaggatatatggtaaatggggattcaa 214  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1900719 tttttcgtaaataatacattccatttattaagtgttgttgtgttattttctccgtaaggttctgggttcctaacaggatatatggtaaatggggcttcaa 1900818  T
Q  215 gaatctaccatgcaagatcga-------------atataatccatccattaagatgtacgtatgaatagaatctactcaaatgactctcccttggcaagt 301  Q
    |||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1900819 gaatctaccatgcaagatcgagcataacgacataatataatccatccattaagatgtacgtatgaatagactctactcaaatgactctcccttggcaagt 1900918  T
Q  302 ggttaatatggggtatagggaatgaaagaaaaactgtgctacggatgtgggtaatatggggtgccaaagtcccgcgatgagtaatatgtcgatgtgatgc 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1900919 ggttaatatggggtatagggaatgaaagaaaaactgtgctacggatgtctgtaatatggggtgccaaagtcccgcgatgagtaatatgtcgatgtgatgc 1901018  T
Q  402 tcggtgtagcatttaagtggtttggttttttcccaccgataactagcttttaaaggaagattatttcccaagcgctcaaatgcttgtcaaaatgcaacct 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1901019 tcggtgtagcatttaagtggtttggttttttcccaccgataactagcttttaaaggaagattatttcccaagcgctcaaatgcttgtcaaaatgcaacct 1901118  T
Q  502 tgtatttattttttctaccgctttgatttgttgattcaggagattaaaataaaaagtagttttgctagaataactgttacaaaacccaaaaagaaaacaa 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1901119 tgtatttattttttctaccgctttgatttgttgattcaggagattaaaataaaaagtagttttgctaaaataactgttacaaaacccaaaaagaaaacaa 1901218  T
Q  602 acaatggaaacagttactagtatgtcataccttgagcagttggtcagcatggcaaggtaactgatcaataatgtgtcattgtattcctgcaaggaaaaga 701  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1901219 acaatggaaacagttactagtacgtcataccttgagcagttggtcagcatggcaaggtaactgatcaataaggtgtcattgtattcctgcaaggaaaaga 1901318  T
Q  702 agatactgtaagctaagaaaaactatacgagcatttatgctatatcttactgtgatgttaatcccataatccagctcagata 783  Q
    ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1901319 agatattgtaagctaaaaaaaattatacgagcatttatgctatatcttactgtgatgttaatcccataatccagatcagata 1901400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 654; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 783
Target Start/End: Original strand, 1910065 - 1910846
Alignment:
Q  15 aaaggagagagggaagggctttagagagtcatctcttatctaggaggactggaggagcttagctctgagcggtaggagtaccggtcttttgtaattttcc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  1910065 aaaggagagagggaagggctttagagagtcatctcttatctaggaggactggagaagcttagctctgggcggtaggagtactggtcttctgtaattttcc 1910164  T
Q  115 tttttcgtaaataatagattccatttattaaacgttgttgtgttattttatccattaggttctgggttcctaacaggatatatggtaaatggggattcaa 214  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1910165 tttttcgtaaataatacattccatttattaagtgttgttgtgttattttctccgtaaggttctgggttcctaacaggatatatggtaaatggggcttcaa 1910264  T
Q  215 gaatctaccatgcaagatcga-------------atataatccatccattaagatgtacgtatgaatagaatctactcaaatgactctcccttggcaagt 301  Q
    |||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1910265 gaatctaccatgcaagatcgagcataacgacataatataatccatccattaagatgtacgtatgaatagactctactcaaatgactctcccttggcaagt 1910364  T
Q  302 ggttaatatggggtatagggaatgaaagaaaaactgtgctacggatgtgggtaatatggggtgccaaagtcccgcgatgagtaatatgtcgatgtgatgc 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1910365 ggttaatatggggtatagggaatgaaagaaaaactgtgctacggatgtctgtaatatggggtgccaaagtcccgcgatgagtaatatgtcgatgtgatgc 1910464  T
Q  402 tcggtgtagcatttaagtggtttggttttttcccaccgataactagcttttaaaggaagattatttcccaagcgctcaaatgcttgtcaaaatgcaacct 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1910465 tcggtgtagcatttaagtggtttggttttttcccaccgataactagcttttaaaggaagattatttcccaagcgctcaaatgcttgtcaaaatgcaacct 1910564  T
Q  502 tgtatttattttttctaccgctttgatttgttgattcaggagattaaaataaaaagtagttttgctagaataactgttacaaaacccaaaaagaaaacaa 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1910565 tgtatttattttttctaccgctttgatttgttgattcaggagattaaaataaaaagtagttttgctaaaataactgttacaaaacccaaaaagaaaacaa 1910664  T
Q  602 acaatggaaacagttactagtatgtcataccttgagcagttggtcagcatggcaaggtaactgatcaataatgtgtcattgtattcctgcaaggaaaaga 701  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1910665 acaatggaaacagttactagtacgtcataccttgagcagttggtcagcatggcaaggtaactgatcaataaggtgtcattgtattcctgcaaggaaaaga 1910764  T
Q  702 agatactgtaagctaagaaaaactatacgagcatttatgctatatcttactgtgatgttaatcccataatccagctcagata 783  Q
    ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1910765 agatattgtaagctaaaaaaaattatacgagcatttatgctatatcttactgtgatgttaatcccataatccagatcagata 1910846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 314 - 577
Target Start/End: Original strand, 1894058 - 1894322
Alignment:
Q  314 gtatagggaatgaaagaaaaactgtgctacggatgtgggtaatatggggtgccaaagtcccgcgatgagtaatatgtcgatgtgatgctcggtgtagcat 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||  ||||||||| |||||  ||||||||||| |||||| ||    
T  1894058 gtatagggaatgaaagaaaaactgtgctatggatgtggttattatggggtaccaaagtcctacgatgagtagtatgttaatgtgatgctcagtgtagtat 1894157  T
Q  414 ttaagtggtttggtttttt-cccaccgataactagcttttaaaggaagattatttcccaagcgctcaaatgcttgtcaaaatgcaaccttgtatttattt 512  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  1894158 ttaagtggtttggttttttccccactgataactagcttttaaaggaagattatttcccaagcgctcaaatgcatgtcaaaatgcaaccttgtattta-tt 1894256  T
Q  513 tttctaccgctttgatttgttgattcaggaga-ttaaaataaaaagtagttttgctagaataactg 577  Q
    ||||||||  ||||||||| || || | || | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  1894257 tttctaccaatttgatttgctgcttaatgaaatttaaaataaaaagtagttatgctaaaataactg 1894322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 314 - 577
Target Start/End: Original strand, 1903504 - 1903768
Alignment:
Q  314 gtatagggaatgaaagaaaaactgtgctacggatgtgggtaatatggggtgccaaagtcccgcgatgagtaatatgtcgatgtgatgctcggtgtagcat 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||  ||||||||| |||||  ||||||||||| |||||| ||    
T  1903504 gtatagggaatgaaagaaaaactgtgctatggatgtggttattatggggtaccaaagtcctacgatgagtagtatgttaatgtgatgctcagtgtagtat 1903603  T
Q  414 ttaagtggtttggtttttt-cccaccgataactagcttttaaaggaagattatttcccaagcgctcaaatgcttgtcaaaatgcaaccttgtatttattt 512  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  1903604 ttaagtggtttggttttttccccactgataactagcttttaaaggaagattatttcccaagcgctcaaatgcatgtcaaaatgcaaccttgtattta-tt 1903702  T
Q  513 tttctaccgctttgatttgttgattcaggaga-ttaaaataaaaagtagttttgctagaataactg 577  Q
    ||||||||  ||||||||| || || | || | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  1903703 tttctaccaatttgatttgctgcttaatgaaatttaaaataaaaagtagttatgctaaaataactg 1903768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 590 - 783
Target Start/End: Original strand, 1894363 - 1894556
Alignment:
Q  590 aaaagaaaacaaacaatggaaacagttactagtatgtcataccttgagcagttggtcagcatggcaaggtaactgatcaataatgtgtcattgtattcct 689  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1894363 aaaagaaaacaaacaaaggaaacagttactagtatgtcataccttgagcagttggtcagcatggcaaggtaactgatcaataaggtgtcattgtattcct 1894462  T
Q  690 gcaaggaaaagaagatactgtaagctaagaaaaactatacgagcatttatgctatatcttactgtgatgttaatcccataatccagctcagata 783  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||    
T  1894463 gcaagggaaagaagatattgtaagctaaaaaaaattatacgagcctttatgctatattttactgtgatattaagcccacaatccagcacagata 1894556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 590 - 783
Target Start/End: Original strand, 1903809 - 1904002
Alignment:
Q  590 aaaagaaaacaaacaatggaaacagttactagtatgtcataccttgagcagttggtcagcatggcaaggtaactgatcaataatgtgtcattgtattcct 689  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1903809 aaaagaaaacaaacaaaggaaacagttactagtatgtcataccttgagcagttggtcagcatggcaaggtaactgatcaataaggtgtcattgtattcct 1903908  T
Q  690 gcaaggaaaagaagatactgtaagctaagaaaaactatacgagcatttatgctatatcttactgtgatgttaatcccataatccagctcagata 783  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||    
T  1903909 gcaagggaaagaagatattgtaagctaaaaaaaattatacgagcctttatgctatattttactgtgatattaagcccacaatccagcacagata 1904002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 68 - 301
Target Start/End: Original strand, 1893770 - 1894016
Alignment:
Q  68 ggagcttagctctgagcggtaggagtaccggtcttttgtaattttcctttttcgtaaataatagattccatttattaaacgttgttgtgttattttatcc 167  Q
    ||||||| |||||| || |||||||||||| ||    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||    
T  1893770 ggagctttgctctgggcagtaggagtaccgttcaacggtaattttcctttttcgtaaatgatacattccatttattaagtgttgctgtgttattttctcc 1893869  T
Q  168 attaggttctgggttcctaacaggatatatggtaaatggggattcaagaatctaccatgcaagatcg-------------aatataatccatccattaag 254  Q
     ||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||  ||  |||||||||||| ||||| |             |||| |||||||||||||||    
T  1893870 gttaggttctgggtccctgacaggctatattgtaaatggggcatcgtgaatctaccatgaaagatagagcataacgacgtaatagaatccatccattaag 1893969  T
Q  255 atgtacgtatgaatagaatctactcaaatgactctcccttggcaagt 301  Q
     | ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1893970 ttatacatacgaatagactctactcaaatgactctcccttggcaagt 1894016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 68 - 301
Target Start/End: Original strand, 1903216 - 1903462
Alignment:
Q  68 ggagcttagctctgagcggtaggagtaccggtcttttgtaattttcctttttcgtaaataatagattccatttattaaacgttgttgtgttattttatcc 167  Q
    ||||||| |||||| || |||||||||||| ||    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||    
T  1903216 ggagctttgctctgggcagtaggagtaccgttcaacggtaattttcctttttcgtaaatgatacattccatttattaagtgttgctgtgttattttctcc 1903315  T
Q  168 attaggttctgggttcctaacaggatatatggtaaatggggattcaagaatctaccatgcaagatcg-------------aatataatccatccattaag 254  Q
     ||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||  ||  |||||||||||| ||||| |             |||| |||||||||||||||    
T  1903316 gttaggttctgggtccctgacaggctatattgtaaatggggcatcgtgaatctaccatgaaagatagagcataacgacgtaatagaatccatccattaag 1903415  T
Q  255 atgtacgtatgaatagaatctactcaaatgactctcccttggcaagt 301  Q
     | ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1903416 ttatacatacgaatagactctactcaaatgactctcccttggcaagt 1903462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 2934605 - 2934446
Alignment:
Q  66 gaggagcttagctctgagcggtaggagtaccggtcttttgtaattttcctttttcgtaaataatagattccatttattaaacgttgttgtgttattttat 165  Q
    |||||||||  ||||| || |||||||||||| ||    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||| |    
T  2934605 gaggagctttcctctgggcagtaggagtaccgttcaacggtaattttcctttttcataaataatacattccattt-------gttgctgtgttattttct 2934513  T
Q  166 ccattaggttctgggttcctaacaggatatatggtaaatggggattcaagaatctaccatgcaagat 232  Q
    || ||||||||| ||| ||||||||| || || ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  2934512 ccgttaggttctaggtccctaacaggctacattgtaaatggggcatcatgaatctaccatgcaagat 2934446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 725 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 2934316 - 2934258
Alignment:
Q  725 tatacgagcatttatgctatatcttactgtgatgttaatcccataatccagctcagata 783  Q
    |||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||    
T  2934316 tatatgagcctttatgctatattttactgtgatattaagcccacaatccagcacagata 2934258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University