View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16839_low_5 (Length: 449)

Name: NF16839_low_5
Description: NF16839
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16839_low_5
NF16839_low_5
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (12-429)||(115594-116011)
chr8 (111-430)||(606565-606884)
chr8 (15-430)||(177779-178197)
[»] scaffold0209 (2 HSPs)
scaffold0209 (15-428)||(9987-10400)
scaffold0209 (15-428)||(23441-23854)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-426)||(37438223-37438640)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 116011 - 115594
Alignment:
Q  12 aagaaaagtgatttcatgaactacaaagttttccttcaacaagaagagcaaaaaatacgccgatgttaccaaaagaaattcacagatatcaacagtgagc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  116011 aagaaaagtgatttcatgaactacaaagttttccttcaacaagaagagcaaaaaatacgccgatgttaccaaaagaaattcacagatatcaacagtgagc 115912  T
Q  112 aattggttgacatgatactattggattctgtgttcatcatggagttgtttctaagagaaaataaaaaatgggagcacaaagatgattatataataactca 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  115911 aattggttgacatgatactattggattctgtgttcatcatggagttgtttctaagagaaaataaaaaatgggagcacaaagatgattatataataactca 115812  T
Q  212 actttgtgtaagtaaaagtatccaacgggatttgttgcttcttgagaatcagcttccaatttatgtgttggaaaaactatatgacacaattgttccaagc 311  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  115811 actttgtgtaagtaaaagtatccagcgggatttgttgcttcttgagaatcagcttccaatttatgtgttggaaaaactatatgacacaattgttccaagc 115712  T
Q  312 aaggtcaaaaagcacaattggtttctcaagcttgcacatgagtattttgcatcttgttacccgcatcacaaggaatcttcagaaagaaagtttgaggcaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  115711 aaggtcaaaaagcacaattggtttctcaagcttgcacatgagtattttgcatcttgttacccgcatcacaaggaatcttcagaaagaaagtttgaggcaa 115612  T
Q  412 agaaatgggagaaatcac 429  Q
    ||||||||||||||||||    
T  115611 agaaatgggagaaatcac 115594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 111 - 430
Target Start/End: Original strand, 606565 - 606884
Alignment:
Q  111 caattggttgacatgatactattggattctgtgttcatcatggagttgtttctaagagaaaataaaaaatgggagcacaaagatgattatataataactc 210  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| |||||| |||||||||||||| ||| ||||||    
T  606565 caatttgttgatatgatactattggatgctgtgttcatcatggagttgtttcttagagagaaaaaaagatgggaacacaaagatgattacatagtaactc 606664  T
Q  211 aactttgtgtaagtaaaagtatccaacgggatttgttgcttcttgagaatcagcttccaatttatgtgttggaaaaactatatgacacaattgttccaag 310  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  606665 aacattgtgtaagcaaaagtatccaacgggatttgttgcttcttgagaatcagcttccaatctatgtgttagaaaaattatatgacacggttgttccaag 606764  T
Q  311 caaggtcaaaaagcacaattggtttctcaagcttgcacatgagtattttgcatcttgttacccgcatcacaaggaatcttcagaaagaaagtttgaggca 410  Q
    ||  |||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||| |||||||| |    
T  606765 cagtgtcaaaaaccacaatcggtttatcaagctagcacatgagtattttgcatcttgttaccctcatcacaaggagtcatcagaaagaatgtttgaggaa 606864  T
Q  411 aagaaatgggagaaatcact 430  Q
    || || ||||||||||||||    
T  606865 aaaaattgggagaaatcact 606884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 15 - 430
Target Start/End: Original strand, 177779 - 178197
Alignment:
Q  15 aaaagtgatttcatgaactacaaagttttccttcaacaagaagagcaaaaaatacgccgatgttaccaaaagaaattcacagatatcaacagtgagcaat 114  Q
    |||| |||||| || |||||||||| ||||||  ||||||||||| |||| || ||||  |||||||||||||| ||  | ||||||| |  ||| ||||    
T  177779 aaaaatgatttaattaactacaaagctttcctagaacaagaagagaaaaatattcgccattgttaccaaaagaagtttcctgatatcagccatgaacaat 177878  T
Q  115 tggttgacatgatactattggattctgtgttcatcatggagttgtttctaagagaaaataaaaaatgggagcacaaagatgattatataataactcaact 214  Q
    | |||||||||||| | ||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  177879 ttgttgacatgatattgttggatgttgtgttcatcatggagctgtttttaagagaagctaaaaaatgggaacacaaagatgattatatagtaactcaact 177978  T
Q  215 ttgtgtaagtaaaagtatccaacgggatttgttgcttcttgagaatcagcttccaatttatgtgttggaaaaactatatgacacaattgttccaagcaag 314  Q
    |||| ||||||||| ||| || |  || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      
T  177979 ttgtttaagtaaaaatattcagcatgacttgttgcttcttgagaatcagattccaatttatgtgttggaaaaactatatgacacagttgttccaagcagt 178078  T
Q  315 gtcaaaaagcacaattggtttctcaagcttgcacatgagtattttgcatcttgttacccgcatcacaagga---atcttcagaaagaaagtttgaggcaa 411  Q
    | |||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||| || |||||  | ||   |||||||||||| | ||||| | |||    
T  178079 gacaaaaagcacaaatggtttctaaatcttgcacatgaatattttgtatcttgttatcctcatcaacatgaatcatcttcagaaagtatgtttgggtcaa 178178  T
Q  412 agaaatgggagaaatcact 430  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  178179 agaagtgggagaaatcact 178197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 2)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 15 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 10400 - 9987
Alignment:
Q  15 aaaagtgatttcatgaactacaaagttttccttcaacaagaagagcaaaaaatacgccgatgttaccaaaagaaattcacagatatcaacagtgagcaat 114  Q
    |||| |||||| |||||||||||||  || |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||   ||||||| || ||| |||     
T  10400 aaaaatgatttgatgaactacaaagaatttcttcaacaagaagatcagaatatacgccgatgttaccaaaagaagttctatgatatcagcaatgaacaaa 10301  T
Q  115 tggttgacatgatactattggattctgtgttcatcatggagttgtttctaagagaaaataaaaaatgggagcacaaagatgattatataataactcaact 214  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10300 tggttgatatgatactgttggattctgtcttcatcatggagttatttttaagagaaaacaaaaaatgggaacacaaagatgattatattataactcaact 10201  T
Q  215 ttgtgtaagtaaaagtatccaacgggatttgttgcttcttgagaatcagcttccaatttatgtgttggaaaaactatatgacacaattgttccaagcaag 314  Q
    |||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||| |||| ||||||||| |||     
T  10200 ttgtgtgagtagaagtattcaaagggatttgttgcttattgagaatcaacttccaatgtatgtcttggagaaactctatggcacagttgttccaaacaat 10101  T
Q  315 gtcaaaaagcacaattggtttctcaagcttgcacatgagtattttgcatcttgttacccgcatcacaaggaatcttcagaaagaaagtttgaggcaaaga 414  Q
    |||||||| ||||||  ||||  || ||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||| | || || ||| |||||| |||||||| ||| |    
T  10100 gtcaaaaaccacaatctgtttaccatgctagcacatgactattttgcttcttgctaccctcatcaccaagagtcatcaaaaagaatgtttgaggaaaaaa 10001  T
Q  415 aatgggagaaatca 428  Q
    | ||||||||||||    
T  10000 attgggagaaatca 9987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 15 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 23854 - 23441
Alignment:
Q  15 aaaagtgatttcatgaactacaaagttttccttcaacaagaagagcaaaaaatacgccgatgttaccaaaagaaattcacagatatcaacagtgagcaat 114  Q
    |||| |||||| |||||||||||||  || |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||   ||||||| || ||| |||     
T  23854 aaaaatgatttgatgaactacaaagaatttcttcaacaagaagatcagaatatacgccgatgttaccaaaagaagttctatgatatcagcaatgaacaaa 23755  T
Q  115 tggttgacatgatactattggattctgtgttcatcatggagttgtttctaagagaaaataaaaaatgggagcacaaagatgattatataataactcaact 214  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23754 tggttgatatgatactgttggattctgtcttcatcatggagttatttttaagagaaaacaaaaaatgggaacacaaagatgattatattataactcaact 23655  T
Q  215 ttgtgtaagtaaaagtatccaacgggatttgttgcttcttgagaatcagcttccaatttatgtgttggaaaaactatatgacacaattgttccaagcaag 314  Q
    |||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||| |||| ||||||||| |||     
T  23654 ttgtgtgagtagaagtattcaaagggatttgttgcttattgagaatcaacttccaatgtatgtcttggagaaactctatggcacagttgttccaaacaat 23555  T
Q  315 gtcaaaaagcacaattggtttctcaagcttgcacatgagtattttgcatcttgttacccgcatcacaaggaatcttcagaaagaaagtttgaggcaaaga 414  Q
    |||||||| ||||||  ||||  || ||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||| | || || ||| |||||| |||||||| ||| |    
T  23554 gtcaaaaaccacaatctgtttaccatgctagcacatgactattttgcttcttgctaccctcatcaccaagagtcatcaaaaagaatgtttgaggaaaaaa 23455  T
Q  415 aatgggagaaatca 428  Q
    | ||||||||||||    
T  23454 attgggagaaatca 23441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 15 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 37438640 - 37438223
Alignment:
Q  15 aaaagtgatttcatgaactacaaagttttccttcaacaagaagagcaaaaaatacgccgatgttaccaaaagaaattcacagatatcaacagtgagcaat 114  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||   ||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || | | ||||    
T  37438640 aaaagtgatttaatgaactgcaaaaccttcgttgaacaagaagagcaaaatatacgccgatgttaccaaaagaaattctcaaatatcagcaataaacaat 37438541  T
Q  115 tggttgacat----gatactattggattctgtgttcatcatggagttgtttct-aagagaaaataaaaaatgggagcacaaagatgattatataataact 209  Q
    |  |  | ||    |||||| ||||||  |||||||||||||  ||||||| | |||||||  ||| |||| ||| || |||||||||||| || || |     
T  37438540 ttatgtatatatatgatactgttggatgttgtgttcatcatgatgttgttttttaagagaagctaataaataggaacaaaaagatgattatttagtatcc 37438441  T
Q  210 caa-ctttgtgtaagtaaaagtatccaacgggatttgttgcttcttgagaatcagcttccaatttatgtgttggaaaaactatatgacacaattgttcca 308  Q
    ||| | ||| |||||||||| | ||||||  || |||||| ||||  | ||||| |||||||||| | |||||| |||||||||||||| | |||| |||    
T  37438440 caaacattgagtaagtaaaattgtccaacatgacttgttgtttctctaaaatcaacttccaatttttttgttggtaaaactatatgacatagttgtccca 37438341  T
Q  309 agcaaggtcaaaaagcacaattggtttctcaagcttgcacatgagtattttgcatcttgttacccgcatcacaaggaatcttcagaaagaaagtttgagg 408  Q
    | ||  ||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||  || ||| |||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  37438340 accagtgtcaaaaaggacaattggtttatcaagctatcacatgcatacttttcatcttgttacccttgtcacaaagaatcttcagaaagaaagtttgagt 37438241  T
Q  409 caaagaaatgggagaaat 426  Q
    |||| || ||||| ||||    
T  37438240 caaaaaattgggacaaat 37438223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University