View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF16840_low_2 (Length: 847)
Name: NF16840_low_2
Description: NF16840
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16840_low_2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 715; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 715; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 820
Target Start/End: Original strand, 13886888 - 13887697
Alignment:
| Q |
13 |
aatatttaaatgccggaaagttagaaccatcatggaataacaagnnnnnnnnnn---ggctaagaaagtgtttcagaatgaattgacaacatatcttact |
109 |
Q |
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| T |
13886888 |
aatatttaaatgccggaaagttagaaccatcatggaataacaagaaaaaaaaaaaaaggctaagaaagtgtttcagaatgaattgacaacatatcttact |
13886987 |
T |
|
| Q |
110 |
tttgagaattcaactatacttgcattatcaccagcaaaataatcatttgctaagggatcaaaggcaatagattcatcttcccaaatcgataatgtatcat |
209 |
Q |
| |
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|
|
| T |
13886988 |
tttgagaattcaactatacttgcattatcaccagcaaaataatcatttgctaagggatcaaaggcaatagattcatcttcccaaatcgataatgtatcat |
13887087 |
T |
|
| Q |
210 |
cggtggctttaggaaaatattcacctgtatttcatccaacaatagaatccttaagacatataaacatccatatcaataaaatagaaaatattcacctgtt |
309 |
Q |
| |
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|
|
| T |
13887088 |
cggtggctttaggaaaatattcacctgtatttcatccaacaatagaatccttaagacatataaacatccatatcaataaaatagaaaatattcacctgtt |
13887187 |
T |
|
| Q |
310 |
tgaacttactgctataaacattgatactgagaggacatggcaagaaatgcttgccatcaaaagaagcacaaatctcataagtgccaatatctttaaccat |
409 |
Q |
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|
|
| T |
13887188 |
tgaacttactgctataaacattgatactgagaggacatggcaagaaatgcttgccatcaaaagaagcacaaatctcataagtgccaatatctttaaccat |
13887287 |
T |
|
| Q |
410 |
atagctacagttgtatgatccatccttattatctatggtgtcccatgtagaaaatccagaactattaattgaagtaagctccaattttaacattgattgt |
509 |
Q |
| |
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| T |
13887288 |
atagctacagttgtatgatccatccttattatctatggtgtcccatgtagaaaatccagaactattaattgaagtaatctccaattttaaccttgattgt |
13887387 |
T |
|
| Q |
510 |
tgcgagaggaccggattaaaataggaatccacaagctgcacaagtacttcattttttgacatctttggtacctttgaagaaaacctcacaacactcgaca |
609 |
Q |
| |
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| T |
13887388 |
tgcgagaggaccggattaaaataggaatccacaagctgcacaagtacttcattttttgacatcttaggtacctttgaggaaaacctcacaacactcgaca |
13887487 |
T |
|
| Q |
610 |
aggagatatttacttcacctgcagcaagctaagggcacatgagaaatggttggaaatattcaaagcaataaacatttcactgccaaccacccttctctat |
709 |
Q |
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| T |
13887488 |
aggaaatatttacttcacctgtagcaagctaagggcacatgagaaatggttggaaatattaaaagcaataaacatttcactgccaaccacctttctctat |
13887587 |
T |
|
| Q |
710 |
tacctatgtatagtgttgtcaaatagaggctatagcgcagcatactgcaatttgaacaaaccactattgttccgcgatttagtatgaaatgttttcaaat |
809 |
Q |
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| T |
13887588 |
tacctatgtatagtgctgtcaaatagaggctatagcgcagcatactgcaatttgaacaaaccactattg-tccgcgatttagtacgaagtgttttcaaat |
13887686 |
T |
|
| Q |
810 |
agcagctataa |
820 |
Q |
| |
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| T |
13887687 |
agcagctataa |
13887697 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 715; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 820
Target Start/End: Original strand, 14027013 - 14027822
Alignment:
| Q |
13 |
aatatttaaatgccggaaagttagaaccatcatggaataacaagnnnnnnnnnn---ggctaagaaagtgtttcagaatgaattgacaacatatcttact |
109 |
Q |
| |
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|
|
| T |
14027013 |
aatatttaaatgccggaaagttagaaccatcatggaataacaagaaaaaaaaaaaaaggctaagaaagtgtttcagaatgaattgacaacatatcttact |
14027112 |
T |
|
| Q |
110 |
tttgagaattcaactatacttgcattatcaccagcaaaataatcatttgctaagggatcaaaggcaatagattcatcttcccaaatcgataatgtatcat |
209 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
14027113 |
tttgagaattcaactatacttgcattatcaccagcaaaataatcatttgctaagggatcaaaggcaatagattcatcttcccaaatcgataatgtatcat |
14027212 |
T |
|
| Q |
210 |
cggtggctttaggaaaatattcacctgtatttcatccaacaatagaatccttaagacatataaacatccatatcaataaaatagaaaatattcacctgtt |
309 |
Q |
| |
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|
|
| T |
14027213 |
cggtggctttaggaaaatattcacctgtatttcatccaacaatagaatccttaagacatataaacatccatatcaataaaatagaaaatattcacctgtt |
14027312 |
T |
|
| Q |
310 |
tgaacttactgctataaacattgatactgagaggacatggcaagaaatgcttgccatcaaaagaagcacaaatctcataagtgccaatatctttaaccat |
409 |
Q |
| |
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|
|
| T |
14027313 |
tgaacttactgctataaacattgatactgagaggacatggcaagaaatgcttgccatcaaaagaagcacaaatctcataagtgccaatatctttaaccat |
14027412 |
T |
|
| Q |
410 |
atagctacagttgtatgatccatccttattatctatggtgtcccatgtagaaaatccagaactattaattgaagtaagctccaattttaacattgattgt |
509 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
14027413 |
atagctacagttgtatgatccatccttattatctatggtgtcccatgtagaaaatccagaactattaattgaagtaatctccaattttaaccttgattgt |
14027512 |
T |
|
| Q |
510 |
tgcgagaggaccggattaaaataggaatccacaagctgcacaagtacttcattttttgacatctttggtacctttgaagaaaacctcacaacactcgaca |
609 |
Q |
| |
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|
|
| T |
14027513 |
tgcgagaggaccggattaaaataggaatccacaagctgcacaagtacttcattttttgacatcttaggtacctttgaggaaaacctcacaacactcgaca |
14027612 |
T |
|
| Q |
610 |
aggagatatttacttcacctgcagcaagctaagggcacatgagaaatggttggaaatattcaaagcaataaacatttcactgccaaccacccttctctat |
709 |
Q |
| |
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|||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
14027613 |
aggaaatatttacttcacctgtagcaagctaagggcacatgagaaatggttggaaatattaaaagcaataaacatttcactgccaaccacctttctctat |
14027712 |
T |
|
| Q |
710 |
tacctatgtatagtgttgtcaaatagaggctatagcgcagcatactgcaatttgaacaaaccactattgttccgcgatttagtatgaaatgttttcaaat |
809 |
Q |
| |
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||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |
|
|
| T |
14027713 |
tacctatgtatagtgctgtcaaatagaggctatagcgcagcatactgcaatttgaacaaaccactattg-tccgcgatttagtacgaagtgttttcaaat |
14027811 |
T |
|
| Q |
810 |
agcagctataa |
820 |
Q |
| |
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||||||||||| |
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| T |
14027812 |
agcagctataa |
14027822 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 86 - 643
Target Start/End: Original strand, 7687658 - 7688223
Alignment:
| Q |
86 |
aatgaattgacaacatatcttacttttgagaattcaactatacttgcattatcaccagcaaaataatcatttgctaagggatcaaaggcaatagattcat |
185 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||| |
|
|
| T |
7687658 |
aatgaattgataacatatcttacttttgagaattcaactatacttgcattatcaccagcaaaagaatcatttgccaaggcatcgaaggcaatggattcat |
7687757 |
T |
|
| Q |
186 |
cttcccaaatcgataatgtatcatcggtggctttaggaaaatattcacctgtatttcatccaacaatagaatccttaagacatataaacatccatat--- |
282 |
Q |
| |
|
| |||||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||| |
|
|
| T |
7687758 |
cctcccaaatagataatgcatcgtcattggctttaggaaaatattcacctatatgtcatccaacaaaagaatccttaaggcatacaaagcagcatatttt |
7687857 |
T |
|
| Q |
283 |
--caa---taaaatagaaaatattcacc-tgtttgaacttactgctataaacattgatactgagaggacatggcaagaaatgcttgccatcaaaagaagc |
376 |
Q |
| |
|
||| || | ||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
7687858 |
accaaaattagattagtaaataa-cacaatgtttgaacttactactatacacattgatagtgagaggacatggcagtaaatgattgccgtcaaaagaagc |
7687956 |
T |
|
| Q |
377 |
acaaatctcataagtgccaatatctttaaccatatagctacagttgtatgatccatccttattatctatggtgtcccatgtagaaaatccagaactatta |
476 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
7687957 |
ggaaatctcataagtgccaacatctttaaccatatagctacagctgtatgatccatccttattatccatggtgtcccatgttgaaaattcagaactatta |
7688056 |
T |
|
| Q |
477 |
attgaagtaagctccaattttaacattgattgttgcgagaggaccggattaaaataggaatccacaagctgcacaagtacttcattttttgacatctttg |
576 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7688057 |
gttgaagtaatctccaattttaaccttaattgttgcgagaggaccgggtttaaataggaatccaaaagctgcacaactacttcattttttgacatctttt |
7688156 |
T |
|
| Q |
577 |
gtacctttgaagaaaacctcacaacactcgacaaggagatatttacttcacctgcagcaagctaagg |
643 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7688157 |
ctacctttgaagaaaacctcacaacactcgacaaggagatatttacttcacctgcagcaagctaagg |
7688223 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 672 - 717
Target Start/End: Original strand, 7688555 - 7688600
Alignment:
| Q |
672 |
aagcaataaacatttcactgccaaccacccttctctattacctatg |
717 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
7688555 |
aagcaataaacatttcattgccaaccatccttctctatcacctatg |
7688600 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 758 - 787
Target Start/End: Original strand, 16792285 - 16792314
Alignment:
| Q |
758 |
aatttgaacaaaccactattgttccgcgat |
787 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16792285 |
aatttgaacaaaccactattgttccgcgat |
16792314 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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