View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16851_low_3 (Length: 418)

Name: NF16851_low_3
Description: NF16851
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16851_low_3
NF16851_low_3
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (7-413)||(4443493-4443899)
chr6 (7-413)||(13512217-13512623)
chr6 (184-411)||(28694555-28694782)
chr6 (297-411)||(10082242-10082356)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-411)||(38965819-38966223)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (7-411)||(35600303-35600707)
chr2 (7-411)||(40656105-40656509)
chr2 (7-411)||(37363980-37364384)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (7-413)||(33886905-33887311)
chr5 (7-411)||(37567320-37567703)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (7-411)||(18334405-18334809)
chr7 (144-413)||(38702721-38702990)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (7-413)||(33901449-33901855)
chr3 (151-411)||(26249191-26249451)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-411)||(34676480-34676883)
[»] scaffold0164 (1 HSPs)
scaffold0164 (66-411)||(1-346)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (7-411)||(9764075-9764478)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 391; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 4443899 - 4443493
Alignment:
Q  7 gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 106  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4443899 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacctagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 4443800  T
Q  107 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4443799 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 4443700  T
Q  207 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4443699 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 4443600  T
Q  307 ggcaacagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 406  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4443599 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 4443500  T
Q  407 tgatgtc 413  Q
    |||||||    
T  4443499 tgatgtc 4443493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 413
Target Start/End: Original strand, 13512217 - 13512623
Alignment:
Q  7 gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 106  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13512217 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacctagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 13512316  T
Q  107 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggag 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  13512317 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccagcaggac 13512416  T
Q  207 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13512417 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 13512516  T
Q  307 ggcaacagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 406  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13512517 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 13512616  T
Q  407 tgatgtc 413  Q
    |||||||    
T  13512617 tgatgtc 13512623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 184 - 411
Target Start/End: Original strand, 28694555 - 28694782
Alignment:
Q  184 cccatatgcaaacccaacaggagctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctg 283  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28694555 cccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctg 28694654  T
Q  284 gaatatgaatgagcaaggtgttgggcaacagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtg 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28694655 gaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtg 28694754  T
Q  384 tatggtgagggcgaagaggatgatgatg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28694755 tatggtgagggcgaagaggatgatgatg 28694782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 297 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 10082356 - 10082242
Alignment:
Q  297 caaggtgttgggcaacagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcg 396  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10082356 caaggtgttgggcagcggagtggaagccgacaaaatgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcg 10082257  T
Q  397 aagaggatgatgatg 411  Q
    |||| ||||||||||    
T  10082256 aagatgatgatgatg 10082242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 38966223 - 38965819
Alignment:
Q  7 gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 106  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38966223 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 38966124  T
Q  107 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  38966123 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 38966024  T
Q  207 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38966023 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 38965924  T
Q  307 ggcaacagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 406  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38965923 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 38965824  T
Q  407 tgatg 411  Q
    |||||    
T  38965823 tgatg 38965819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 411
Target Start/End: Original strand, 35600303 - 35600707
Alignment:
Q  7 gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 106  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600303 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 35600402  T
Q  107 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  35600403 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 35600502  T
Q  207 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600503 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 35600602  T
Q  307 ggcaacagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 406  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600603 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 35600702  T
Q  407 tgatg 411  Q
    |||||    
T  35600703 tgatg 35600707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 411
Target Start/End: Original strand, 40656105 - 40656509
Alignment:
Q  7 gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 106  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40656105 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 40656204  T
Q  107 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  40656205 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 40656304  T
Q  207 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40656305 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 40656404  T
Q  307 ggcaacagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 406  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40656405 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 40656504  T
Q  407 tgatg 411  Q
    |||||    
T  40656505 tgatg 40656509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 37364384 - 37363980
Alignment:
Q  7 gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 106  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37364384 gtgagaagaaaaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 37364285  T
Q  107 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggag 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||     
T  37364284 gggctcttctcggcaacctgagctcactcccaaaatgcgggatatgatcactaggttgactcaagaacagcttgtttcccatatgcaaacccaacaggac 37364185  T
Q  207 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37364184 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacaagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaataggaatgagcaaggtgttg 37364085  T
Q  307 ggcaacagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 406  Q
    |||| ||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37364084 ggcagcagagtggaagccgacaaaatgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagatgatga 37363985  T
Q  407 tgatg 411  Q
    |||||    
T  37363984 tgatg 37363980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 33887311 - 33886905
Alignment:
Q  7 gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 106  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33887311 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacctagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 33887212  T
Q  107 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggag 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  33887211 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccagcaggac 33887112  T
Q  207 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33887111 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 33887012  T
Q  307 ggcaacagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 406  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33887011 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 33886912  T
Q  407 tgatgtc 413  Q
    |||||||    
T  33886911 tgatgtc 33886905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 37567703 - 37567320
Alignment:
Q  7 gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 106  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37567703 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaacttccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 37567604  T
Q  107 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37567603 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 37567504  T
Q  207 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     ||||||||    
T  37567503 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagca---------------------aggtgttg 37567425  T
Q  307 ggcaacagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 406  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37567424 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 37567325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 18334809 - 18334405
Alignment:
Q  7 gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 106  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18334809 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 18334710  T
Q  107 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  18334709 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 18334610  T
Q  207 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18334609 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagatcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 18334510  T
Q  307 ggcaacagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 406  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18334509 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 18334410  T
Q  407 tgatg 411  Q
    |||||    
T  18334409 tgatg 18334405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 144 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 38702990 - 38702721
Alignment:
Q  144 cgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggagctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcc 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38702990 cgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccagcaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcc 38702891  T
Q  244 tagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcaacagagtggaagccgagagagtgtgagggctcc 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38702890 tagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcc 38702791  T
Q  344 tccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatgatgatgtc 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38702790 tccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatgatgatgtc 38702721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 33901855 - 33901449
Alignment:
Q  7 gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 106  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33901855 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 33901756  T
Q  107 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggag 206  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33901755 gggttcttctcggcaacctgagctcactccagaaatccgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggag 33901656  T
Q  207 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33901655 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtggtg 33901556  T
Q  307 ggcaacagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 406  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33901555 ggcagcatagtggaagccgagagagtgtgagggctcctctagtgtgtgatgatgatgcggaagacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 33901456  T
Q  407 tgatgtc 413  Q
    |||||||    
T  33901455 tgatgtc 33901449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 151 - 411
Target Start/End: Original strand, 26249191 - 26249451
Alignment:
Q  151 tgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggagctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactc 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26249191 tgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactc 26249290  T
Q  251 tcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcaacagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtg 350  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26249291 tcagttggacacatttaggcaagagcaaggcttgaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccaggg 26249390  T
Q  351 tgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatgatgatg 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26249391 tgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatgatgatg 26249451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 34676883 - 34676480
Alignment:
Q  7 gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 106  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34676883 gtgagaagaaaaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgttgggga 34676784  T
Q  107 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  34676783 gggctcttctcggcaacctgagctcactcccgaaatgcgggatatgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 34676684  T
Q  207 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34676683 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggaca-atttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 34676585  T
Q  307 ggcaacagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 406  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34676584 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtttgtgctgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagatgatga 34676485  T
Q  407 tgatg 411  Q
    |||||    
T  34676484 tgatg 34676480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0164 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0164
Description:

Target: scaffold0164; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 66 - 411
Target Start/End: Original strand, 1 - 346
Alignment:
Q  66 ggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctggggagggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttga 165  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1 ggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctggggagggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttga 100  T
Q  166 ctcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggagctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatt 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  101 ctcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatt 200  T
Q  266 taggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcaacagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcg 365  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  201 taggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtattaggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcg 300  T
Q  366 gatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatgatgatg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  301 gatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatgatgatg 346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 7 - 411
Target Start/End: Original strand, 9764075 - 9764478
Alignment:
Q  7 gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 106  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9764075 gtgagaagaaaaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 9764174  T
Q  107 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggag 206  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  9764175 gggctcttgtcggcaacctgagctcactcccgaaatgcgggatatgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccaaatgcaaacccaacaagag 9764274  T
Q  207 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 306  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9764275 ctgatccagaaggtggttaggaagcaacaagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagaacaaggctggaataggaatgagcaaggtgttg 9764374  T
Q  307 ggcaacagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 406  Q
    |||| || ||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  9764375 ggcagcatagtagaagccgacaaaatgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtga-ggcgaagatgatga 9764473  T
Q  407 tgatg 411  Q
    |||||    
T  9764474 tgatg 9764478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University