View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16857_low_1 (Length: 337)

Name: NF16857_low_1
Description: NF16857
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16857_low_1
NF16857_low_1
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (49-313)||(29940109-29940388)
chr2 (49-323)||(34715814-34716103)
chr2 (49-323)||(34693402-34693691)
chr2 (250-324)||(40445380-40445454)
chr2 (72-152)||(40445270-40445347)
chr2 (151-192)||(40445383-40445424)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (74-323)||(47128271-47128527)
chr4 (49-323)||(23510344-23510632)
chr4 (49-292)||(35780080-35780338)
chr4 (74-323)||(34769064-34769331)
chr4 (82-282)||(54779731-54779939)
chr4 (74-257)||(48208734-48208925)
chr4 (49-257)||(9579058-9579271)
chr4 (49-257)||(9584753-9584966)
chr4 (49-257)||(10978369-10978582)
chr4 (94-185)||(10431126-10431217)
chr4 (253-294)||(35780188-35780229)
chr4 (253-294)||(48208811-48208852)
chr4 (253-294)||(54779800-54779841)
chr4 (253-293)||(10978468-10978508)
chr4 (253-294)||(9579131-9579172)
chr4 (253-294)||(9584826-9584867)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (49-323)||(5316021-5316300)
chr1 (49-323)||(21741418-21741707)
chr1 (74-286)||(50880833-50881052)
chr1 (74-264)||(4977497-4977695)
chr1 (189-323)||(4977370-4977512)
chr1 (151-324)||(50881019-50881210)
chr1 (84-214)||(23182180-23182310)
chr1 (151-192)||(4977399-4977440)
chr1 (253-294)||(4977577-4977618)
chr1 (84-122)||(4977441-4977479)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (82-323)||(23285421-23285674)
chr5 (49-323)||(27078455-27078734)
chr5 (74-292)||(22987016-22987241)
chr5 (74-323)||(30853554-30853820)
chr5 (74-199)||(16592486-16592611)
chr5 (253-294)||(16592493-16592534)
chr5 (253-294)||(22987123-22987164)
chr5 (278-323)||(22986975-22987020)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (49-323)||(19740733-19741021)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (49-292)||(41878432-41878679)
chr8 (84-203)||(45472560-45472679)
chr8 (253-294)||(41878530-41878571)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (74-323)||(3954381-3954647)
chr3 (116-313)||(8073597-8073802)
chr3 (49-81)||(8073827-8073859)
chr3 (84-122)||(8073658-8073696)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 176; Significance: 9e-95; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 9e-95
Query Start/End: Original strand, 49 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 29940388 - 29940109
Alignment:
Q  49 accaaatcatcactgattcacgtagactctcaa-------ggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctct 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||    
T  29940388 accaaatcatcactgattcacgtagactctcaactctcaaggtttcaatcaattttcccctttccaaaacaacactgtctggtaagtaaataaactctct 29940289  T
Q  142 ttcattaatttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgtt-------tcaatcggtttt-ccctt 233  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||| |||||    
T  29940288 ttcattaatttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgtttcaaatttcaatcggttttcccctt 29940189  T
Q  234 tccaaaacaacactgcttgttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatagatttggttgattattaacagaatt 313  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29940188 tccaaaacaactctgtttgttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttggttgattattaacagaatt 29940109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 49 - 323
Target Start/End: Original strand, 34715814 - 34716103
Alignment:
Q  49 accaaatcatcactgattcacgtagactctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcatta 148  Q
    ||||||||||||||||||| |    ||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  34715814 accaaatcatcactgattctca---actctcaaggtttaaatcagtttttccctttccaaaacaacattgtttggtaagtaaataaactttctttcatta 34715910  T
Q  149 atttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactg-------tttcaatcggtttt-ccctttccaaaa 240  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||| ||||||||||||    
T  34715911 atttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgtttcaaatttcaatcggttttcccctttccaaaa 34716010  T
Q  241 caacactgcttgttgaatgttgaatttgctaaaatag----------agattgatatagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 323  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||          ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34716011 caacactgtttgttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgataaagattgatagagatttggttgattattaacagaattggtaataatt 34716103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 49 - 323
Target Start/End: Original strand, 34693402 - 34693691
Alignment:
Q  49 accaaatcatcactgattcacgtagactctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcatta 148  Q
    ||||||||||||||||||| |    ||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| || ||||||||||    
T  34693402 accaaatcatcactgattctca---actctcaaggtttaaatcagtttttccctttccaaaacaacattgtttggtaagtaaataaactttctttcatta 34693498  T
Q  149 atttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactg-------tttcaatcggtttt-ccctttccaaaa 240  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||       |||||||||||||| ||||||||||||    
T  34693499 atttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttattgaatgttgaaaacaacactgtttcaaatttcaatcggttttcccctttccaaaa 34693598  T
Q  241 caacactgcttgttgaatgttgaatttgctaaaatag----------agattgatatagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 323  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||          ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34693599 caacactgtttgttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgataaagattgatagagatttggttgattattaacagaattggtaataatt 34693691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 250 - 324
Target Start/End: Original strand, 40445380 - 40445454
Alignment:
Q  250 ttgttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatagatttggttgattattaacagaattagtaataatta 324  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40445380 ttgttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttggttgattattaacaaaattagtaataatta 40445454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 72 - 152
Target Start/End: Original strand, 40445270 - 40445347
Alignment:
Q  72 agactctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcattaattt 152  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  40445270 agactctcaaggttccaatcg-ttttcccctttccaaaa--acattgtttggtaagtaaataacctctctttcattaattt 40445347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 151 - 192
Target Start/End: Original strand, 40445383 - 40445424
Alignment:
Q  151 ttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatagagatttg 192  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  40445383 ttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttg 40445424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 168; Significance: 5e-90; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 74 - 323
Target Start/End: Original strand, 47128271 - 47128527
Alignment:
Q  74 actctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcattaatttgaatgttgatattgttaaaat 173  Q
    ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  47128271 actctcaag-tttcaatcagttttcccctttccaaaacaacattgtttggtaagtaaataaactctctttcattaatttgaatgttgaaattgtgaaaat 47128369  T
Q  174 agagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactg-------tttcaatcggtttt-ccctttccaaaacaacactgcttgttgaatgttgaat 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  47128370 agagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgtttcaaatttcaatcggttttcccctttccaaaacaacactgtttgttgaatgttgaaa 47128469  T
Q  266 ttgctaaaatagagattgatatagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 323  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  47128470 ttgctaaaatagagattgatagagatttggttgattattaacagaagtagtaataatt 47128527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 49 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 23510632 - 23510344
Alignment:
Q  49 accaaatcatcactgattcacgtagactctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcatta 148  Q
    ||||||||||||||||||| |    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||    
T  23510632 accaaatcatcactgattctca---actctcaaggtttcaatcagttttcccctttccaaaacaacactgtttggttagtaaataaactctctttcatta 23510536  T
Q  149 atttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgtt-------tcaatcggttttccctttccaaaac 241  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  23510535 atttgaatgttgaaatttctaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgtttcaaatttcaatcggttttccctttccaaaac 23510436  T
Q  242 aacactgcttgttgaatgttgaatttgctaaaatag----------agattgatatagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 323  Q
    |||| || |||||||| |||||| ||||||||||||          ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23510435 aacattgtttgttgaacgttgaaattgctaaaatagagattgataaagattgatagagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 23510344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 49 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 35780338 - 35780080
Alignment:
Q  49 accaaatcatcactgattcacgtagactctca-------aggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctct 141  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||       |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||    
T  35780338 accaaatcatcactgattcacttagactctcacctctcaaggtttcaatcggtttttccctttccaaaacaacactgtttggtaagtaaataaactctct 35780239  T
Q  142 ttcattaatttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactg-------tttcaatcggtttt-ccctt 233  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||| |||| |||||    
T  35780238 ttcattagtttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgttttaaatttcaatcgattttcccctt 35780139  T
Q  234 tccaaaacaacactgcttgttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatagatt 292  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  35780138 tccaaaacaacactgtttgttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgataaagatt 35780080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 74 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 34769331 - 34769064
Alignment:
Q  74 actctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcattaatttgaatgttgatattgttaaaat 173  Q
    ||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  34769331 actctcaaggtttcaatcagtttacccctttccaaaacaacactgtttggtaagtaaataaactctctttcattaatttgaatgttgaaattgctaaaat 34769232  T
Q  174 agagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgtt-------tcaatcggttttcc-ctttccaaaacaacactgcttgttgaatgttgaat 265  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||||     
T  34769231 agagattgatagaaatttgttgaatgttgaaaacagcactgtttcaaatttcaatcggttttccaatttccaaaacaacactgtttattgaatgttgaaa 34769132  T
Q  266 ttgctaaaatag----------agattgatatagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 323  Q
    ||||||||||||          ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34769131 ttgctaaaatagagattgataaagattgatagagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 34769064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 82 - 282
Target Start/End: Original strand, 54779731 - 54779939
Alignment:
Q  82 ggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcattaatttgaatgttgatattgttaaaatagagattg 181  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  54779731 ggtttcaatcagttttcccctttccataacaacactgtttggtaagtaaataaactctctttcattaatttgaatgttgaaattgctaaaatagagattg 54779830  T
Q  182 atagagatttgttgaatgttgaaaacaacactg-------tttcaatcggtttt-ccctttccaaaacaacactgcttgttgaatgttgaatttgctaaa 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  54779831 atagagatttgttgaatgttgaaaacaacattgtttcaaatttcaatcggttttcccctttccaaaacaacactgtttgttgaatgttgaaattgctaaa 54779930  T
Q  274 atagagatt 282  Q
    |||||||||    
T  54779931 atagagatt 54779939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 74 - 257
Target Start/End: Original strand, 48208734 - 48208925
Alignment:
Q  74 actctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcattaatttgaatgttgatattgttaaaat 173  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  48208734 actctcaaggtttcaatcagttttcccctttccaaaacaacactgtttggtaagtaaataaactctctttcattaatttgaatgttgaaattgctaaaat 48208833  T
Q  174 agagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacact-------gtttcaatcggtttt-ccctttccaaaacaacactgcttgttgaa 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48208834 agagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactatttcaaatttcaatcggttttcccctttccaaaacaacactgtttgttgaa 48208925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 49 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 9579271 - 9579058
Alignment:
Q  49 accaaatcatcactgattcacgtagactctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcatta 148  Q
    ||||||||||||||||||| |    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  9579271 accaaatcatcactgattctca---actctcaaggtttcaatcagttttcccctttccaaaacaacactgtttggtaagtaaataaactctctttcatta 9579175  T
Q  149 atttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacact-------gtttcaatcggttttccc-tttccaaaa 240  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||| |||||||||    
T  9579174 atttgaatgttgaaattactaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactatttcaaatttcaatcggttttcccatttccaaaa 9579075  T
Q  241 caacactgcttgttgaa 257  Q
    |||||||| ||||||||    
T  9579074 caacactgtttgttgaa 9579058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 49 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 9584966 - 9584753
Alignment:
Q  49 accaaatcatcactgattcacgtagactctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcatta 148  Q
    ||||||||||||||||||| |    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  9584966 accaaatcatcactgattctca---actctcaaggtttcaatcagttttcccctttccaaaacaacactgtttggtaagtaaataaactctctttcatta 9584870  T
Q  149 atttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacact-------gtttcaatcggttttccc-tttccaaaa 240  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||| |||||||||    
T  9584869 atttgaatgttgaaattactaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactatttcaaatttcaatcggttttcccatttccaaaa 9584770  T
Q  241 caacactgcttgttgaa 257  Q
    |||||||| ||||||||    
T  9584769 caacactgtttgttgaa 9584753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 49 - 257
Target Start/End: Original strand, 10978369 - 10978582
Alignment:
Q  49 accaaatcatcactgattcacgtagactctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcatta 148  Q
    ||||||||||||||||||| |    ||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  10978369 accaaatcatcactgattctca---actctcaaggtttcaatcagtttccccctttccaaagcaacactgtttggtaagtaaataaactctctttcatta 10978465  T
Q  149 atttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactg-------tttcaatcggtttt-ccctttccaaaa 240  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||       |||||||||||||| ||||||||||||    
T  10978466 atttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagattttttgaatgttgaaaacaacactgtttcaaatttcaatcggttttcccctttccaaaa 10978565  T
Q  241 caacactgcttgttgaa 257  Q
    |||||||| ||||||||    
T  10978566 caacactgtttgttgaa 10978582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 94 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 10431217 - 10431126
Alignment:
Q  94 ttttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcattaatttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatag 185  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  10431217 tttttcccttttcaaaacaacactgtttggtaagtaaataaactctctttcattaatttgaatgatgaaattgttaaaatagagattgatag 10431126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 253 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 35780229 - 35780188
Alignment:
Q  253 ttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatagatttg 294  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35780229 ttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttg 35780188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 253 - 294
Target Start/End: Original strand, 48208811 - 48208852
Alignment:
Q  253 ttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatagatttg 294  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48208811 ttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttg 48208852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 253 - 294
Target Start/End: Original strand, 54779800 - 54779841
Alignment:
Q  253 ttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatagatttg 294  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  54779800 ttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttg 54779841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 253 - 293
Target Start/End: Original strand, 10978468 - 10978508
Alignment:
Q  253 ttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatagattt 293  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10978468 ttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagattt 10978508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 253 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 9579172 - 9579131
Alignment:
Q  253 ttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatagatttg 294  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||    
T  9579172 ttgaatgttgaaattactaaaatagagattgatagagatttg 9579131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 253 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 9584867 - 9584826
Alignment:
Q  253 ttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatagatttg 294  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||    
T  9584867 ttgaatgttgaaattactaaaatagagattgatagagatttg 9584826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 49 - 323
Target Start/End: Original strand, 5316021 - 5316300
Alignment:
Q  49 accaaatcatcactgattcacgtagactctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcatta 148  Q
    ||||||||||||||||||| |    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  5316021 accaaatcatcactgattctca---actctcaaggtttcaatcagttttcccctttccaaaacaacactgtttggtaagtaaataaactctctttcatta 5316117  T
Q  149 atttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactg-------tttcaatcggtttt-ccctttccaaaa 240  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||       ||||||| |||||| ||||||||||||    
T  5316118 atttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatataaatttgttgaatgttgaaaacaacactgtttcaaatttcaattggttttcccctttccaaaa 5316217  T
Q  241 caacactgcttgttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 323  Q
     ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5316218 taacaccgtttgttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 5316300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 49 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 21741707 - 21741418
Alignment:
Q  49 accaaatcatcactgattcacgtagactctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcatta 148  Q
    ||||||||||||||||||| |    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  21741707 accaaatcatcactgattctca---actctcaaggtttcaatcagttttcccctttccaaaacaacactgtttggtaagtaaataaactctctttcatta 21741611  T
Q  149 atttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgtt-------tcaatcggtttt-ccctttccaaaa 240  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||| |||||| |||||    
T  21741610 atttgaatgttgaaattgctaaaataaagattgataaaaatttgttgaatgttgaaaacaacactgtttcaaatttcaatcggttttccccttttcaaaa 21741511  T
Q  241 caacactgcttgttgaatgttgaatttgctaaaatag----------agattgatatagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 323  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||          ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21741510 caacactgtttgttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgataaagattgatagagatttggttgattattaacataattagtaataatt 21741418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 74 - 286
Target Start/End: Original strand, 50880833 - 50881052
Alignment:
Q  74 actctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcattaatttgaatgttgatattgttaaaat 173  Q
    |||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  50880833 actctcaaggtttcaataagtttttccctttccaaaacaa-actgtttggtaagtaaataaactgtctttcattaatttgaatgttgaaattgctaaaat 50880931  T
Q  174 agagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactg-------tttcaatcggtttt-ccctttccaaaacaacactgcttgttgaatgttgaat 265  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||||||     
T  50880932 agagattgatagtgatttgttgaatgttgaaaacaacactgtttcaaatttcaatcggttttccccttttcaaaacaatactgtttgttgaatgttgaaa 50881031  T
Q  266 ttgctaaaatagagattgata 286  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  50881032 ttgctaaaatagagattgata 50881052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 74 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 4977695 - 4977497
Alignment:
Q  74 actctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcattaatttgaatgttgatattgttaaaat 173  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  4977695 actctcaaggtttcaattggttttcccctttccaaaacaacattgtttggtaagtaaagaaactctctttcattaatttgaatgttgaaattgctaaaat 4977596  T
Q  174 agagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgtt-------tcaatcggtttt-ccctttccaaaacaacactgcttgttgaatgttgaa 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||||    
T  4977595 agagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgtttcaaatttcaatcggttttcccctgtccaaaacaacattgtttgttgaatgttgaa 4977497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 189 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 4977512 - 4977370
Alignment:
Q  189 tttgttgaatgttgaaaacaacactgtttcaa-------tcggttttccctt-tccaaaacaacactgcttgttgaatgttgaatttgctaaaatagaga 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4977512 tttgttgaatgttgaaaacaacactgtttcaaatttcaatcggttttcccctgtccaaaacaacactgtttgttgaatgttgaaattgctaaaatagaga 4977413  T
Q  281 ttgatatagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 323  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4977412 ttgatagagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 4977370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 151 - 324
Target Start/End: Original strand, 50881019 - 50881210
Alignment:
Q  151 ttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactg-------tttcaatcggtttt-ccctttccaaaaca 242  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  50881019 ttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagtgatttgttgaatgttgaaaacaacactgtttcaaatttcaatcggttttccccttttcaaaaca 50881118  T
Q  243 acactgcttgttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatag----------atttggttgattattaacagaattagtaataatta 324  Q
    | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||          ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  50881119 atactgtttgttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgataaagattgataaaaatttggttgattattaacataattagtaataatta 50881210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 84 - 214
Target Start/End: Original strand, 23182180 - 23182310
Alignment:
Q  84 tttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcattaatttgaatgttgatattgttaaaatagagattgat 183  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| | || |||||||| ||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||    
T  23182180 tttcaattggttttcccctttccaacacaacactatttggtaagtaaagaaactctctttaattaatttgaatgttgaaatccctaaaatagagattgat 23182279  T
Q  184 agagatttgttgaatgttgaaaacaacactg 214  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23182280 agagatttgttgaatgttgagaacaacactg 23182310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 151 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 4977440 - 4977399
Alignment:
Q  151 ttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatagagatttg 192  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4977440 ttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttg 4977399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 253 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 4977618 - 4977577
Alignment:
Q  253 ttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatagatttg 294  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4977618 ttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttg 4977577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 84 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 4977479 - 4977441
Alignment:
Q  84 tttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttg 122  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4977479 tttcaatcggttttcccctgtccaaaacaacactgtttg 4977441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 159; Significance: 1e-84; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 82 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 23285674 - 23285421
Alignment:
Q  82 ggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcattaatttgaatgttgatattgttaaaatagagattg 181  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  23285674 ggtttcaatcagttttcccctttccaaaacaacactgtttggtaagtaaataaactctctttcattaatttgaatgttgaaattgctaaaatagagattg 23285575  T
Q  182 atagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgtt-------tcaatcggtttt-ccctttccaaaacaacac----tgcttgttgaatgttgaatttgc 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| |||| ||||||||||||||||||    || ||||||||||||||| ||||    
T  23285574 atagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgtttcaaatttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttgtttgttgaatgttgaaattgc 23285475  T
Q  270 taaaatagagattgatatagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 323  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23285474 taaaatagagattgatagagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 23285421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 49 - 323
Target Start/End: Original strand, 27078455 - 27078734
Alignment:
Q  49 accaaatcatcactgattcacgtagactctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcatta 148  Q
    ||||||||||||||||||| |    ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||| |||||||||||||    
T  27078455 accaaatcatcactgattctca---actctcaagatttcaatcagttttcccctttccaaaacaacacagtttgataagtaaataaactctctttcatta 27078551  T
Q  149 atttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgttt-------caatcggtttt-ccctttccaaaa 240  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| |||||| |||||    
T  27078552 atttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgtttcaaattacaatcggttttccccttttcaaaa 27078651  T
Q  241 caacactgcttgttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 323  Q
    |||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27078652 caacactgtttgttgaatgttaaaattgctcaaatagagattgatagagatttggttgattattaactgaattagtaataatt 27078734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 74 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 22987241 - 22987016
Alignment:
Q  74 actctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcattaatttgaatgttgatattgttaaaat 173  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  22987241 actctcaaggtttcaatcagttttcccctttccaaaacaatactgtttggtaagtaaataaactctctttcattaatttgaatgttgaaattgctaaaat 22987142  T
Q  174 agagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgtt-------tcaatcggtttt-ccctttccaaaacaacactgcttgttgaatgttgaat 265  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||       |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  22987141 agagattgatagagatttgtagaatgttgaaaacaacactgtttcaaatttcaatcggttttcccctttccaaaacaacactgtttgttgaatgttgaaa 22987042  T
Q  266 ttgctaaaatagagattgatatagatt 292  Q
    ||| | ||||||||||||||| |||||    
T  22987041 ttgat-aaatagagattgataaagatt 22987016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 74 - 323
Target Start/End: Original strand, 30853554 - 30853820
Alignment:
Q  74 actctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcattaatttgaatgttgatattgttaaaat 173  Q
    ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| | ||||    
T  30853554 actctcaagatttcaatcagttttcccctttccaaaacaatagtgtttggtaagtaaataaactctctttaattaatttgaatgttgaaattgct-aaat 30853652  T
Q  174 agagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactg-------tttcaatcggtttt-ccctttccaaaacaacactgcttgttgaatgttgaat 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  30853653 agagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgtgtcaaatttcaatcggttttcccctttccaaaacaacactgtttgttgaatgttgaaa 30853752  T
Q  266 ttgctaaaatag----------agattgatatagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 323  Q
    ||||||||||||          ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30853753 ttgctaaaatagagattgataaagattgatagagatttggttgattattaacagaattaataataatt 30853820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 74 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 16592611 - 16592486
Alignment:
Q  74 actctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcattaatttgaatgttgatattgttaaaat 173  Q
    |||||||| |||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  16592611 actctcaaagtttcaatcagttttccccttttcaaaacaacactgtttggtaagtaaataaactctctttcattaatttgaatgttgaaattgctaaaat 16592512  T
Q  174 agagattgatagagatttgttgaatg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  16592511 agagattgatagagatttgttgaatg 16592486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 253 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 16592534 - 16592493
Alignment:
Q  253 ttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatagatttg 294  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16592534 ttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttg 16592493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 253 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 22987164 - 22987123
Alignment:
Q  253 ttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatagatttg 294  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22987164 ttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttg 22987123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 278 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 22987020 - 22986975
Alignment:
Q  278 agattgatatagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 323  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  22987020 agattgatagagatttgattgattattaacacaattattaataatt 22986975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 156; Significance: 8e-83; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 49 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 19741021 - 19740733
Alignment:
Q  49 accaaatcatcactgattcacgtagactctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcatta 148  Q
    ||||||||||||||||||| |    ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  19741021 accaaatcatcactgattctca---actctcaaggtttcaatcagtttttccctttccaaaacaacactgtttggtaagtaaataaactctctttcatta 19740925  T
Q  149 atttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgtt-------tcaatcggtttt-ccctttccaaaa 240  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||| ||||||||||||    
T  19740924 atttgaatgttgaaattgttaaaatagagatagatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgtttcaaatttcaatcggttttcccctttccaaaa 19740825  T
Q  241 caacactgcttgttgaatgttgaatttgctaaa---------atagagattgatatagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 323  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||         ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19740824 caacactgtttgttgaatgttgaaattgctaaatagagattgataaagattgatagagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 19740733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 49 - 292
Target Start/End: Original strand, 41878432 - 41878679
Alignment:
Q  49 accaaatcatcactgattcacgtagactctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcatta 148  Q
    ||||||||||||||||||| |    ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  41878432 accaaatcatcactgattctca---actctcaag-tttcaatcagttttcccctttccaaaacaacattgtttggtaagtaaataaactctctttcatta 41878527  T
Q  149 atttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactg-------tttcaatcggtttt-ccctttccaaaa 240  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||| ||||||||||||    
T  41878528 atttgaatgttgaaattgttaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacattgtttcaattttcaatcggttttcccctttccaaaa 41878627  T
Q  241 caacactgcttgttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatagatt 292  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  41878628 caacactgtttgttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgataaagatt 41878679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 84 - 203
Target Start/End: Original strand, 45472560 - 45472679
Alignment:
Q  84 tttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcattaatttgaatgttgatattgttaaaatagagattgat 183  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||    
T  45472560 tttcaattggttttcccctttccaaaacaacactatttggtaagtaaagaaactctctttcattaatttgaatgttgaaatctctaaaatagagattgat 45472659  T
Q  184 agagatttgttgaatgttga 203  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  45472660 agagatttgttgaatgttga 45472679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 253 - 294
Target Start/End: Original strand, 41878530 - 41878571
Alignment:
Q  253 ttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatagatttg 294  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  41878530 ttgaatgttgaaattgttaaaatagagattgatagagatttg 41878571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 143; Significance: 4e-75; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 74 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 3954647 - 3954381
Alignment:
Q  74 actctcaaggtttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttggtacgtacataacctctctttcattaatttgaatgttgatattgttaaaat 173  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3954647 actctcaag-tttcaatcagttttcccatttccaaaacaacactgtttggtaagtaaataaactctctttcattaatttgaatgttgaaattgttaaaat 3954549  T
Q  174 agagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactg-------tttcaatcggtttt-ccctttccaaaacaacactgcttgttgaatgttgaat 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  3954548 agagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaaccctgtttcaaatttcaatcggttttcccctttccaaaacaacactgtttgttgaatgttgaaa 3954449  T
Q  266 ttgctaaaatag----------agattgatatagatttggttgattattaacagaattagtaataatt 323  Q
    ||||||||||||          ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3954448 ttgctaaaatagagattgataaagattgatagagatttggttgattattaacagaagtagtaataatt 3954381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 116 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 8073802 - 8073597
Alignment:
Q  116 ctgtttggtacgtacataacctctctttcattaatttgaatgttgatattgttaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgt 215  Q
    |||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8073802 ctgtttggtaagtaaataaactctctttcattaatttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttgttgaatgttgaaaacaacactgt 8073703  T
Q  216 t-------tcaatcggtttt-ccctttccaaaacaacactgcttgttgaatgttgaatttgctaaaatagagattgatatagatttggttgattattaac 307  Q
    |       |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8073702 ttcaaatttcaatcggttttcccctttctaaaacaacactgtttgttgaatgttgaaattgctaaaatagagattgatagagatttggttgattattaac 8073603  T
Q  308 agaatt 313  Q
    ||||||    
T  8073602 agaatt 8073597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 8073859 - 8073827
Alignment:
Q  49 accaaatcatcactgattcacgtagactctcaa 81  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8073859 accaaatcatcactgattcacgtagactctcaa 8073827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 84 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 8073696 - 8073658
Alignment:
Q  84 tttcaatcgattttcccctttccaaaacaacactgtttg 122  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8073696 tttcaatcggttttcccctttctaaaacaacactgtttg 8073658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University