View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16867_high_3 (Length: 225)

Name: NF16867_high_3
Description: NF16867
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16867_high_3
NF16867_high_3
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (1-223)||(33411134-33411357)
chr4 (3-218)||(19861464-19861680)
chr4 (34-223)||(27678138-27678326)
chr4 (1-215)||(3798976-3799190)
chr4 (34-223)||(56197669-56197857)
chr4 (45-223)||(15430938-15431116)
chr4 (45-223)||(15437552-15437730)
chr4 (8-223)||(49637670-49637884)
chr4 (44-219)||(53895115-53895292)
chr4 (34-212)||(39500523-39500701)
chr4 (14-201)||(26061005-26061193)
chr4 (1-186)||(15163002-15163188)
chr4 (115-223)||(19826421-19826529)
chr4 (48-113)||(22091041-22091106)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (1-223)||(25456212-25456435)
chr6 (1-215)||(24409133-24409347)
chr6 (4-211)||(14968390-14968599)
chr6 (18-223)||(23379986-23380191)
chr6 (34-218)||(12745589-12745772)
chr6 (1-211)||(12981369-12981581)
chr6 (1-210)||(11126791-11127000)
chr6 (1-223)||(28108837-28109067)
chr6 (34-187)||(22300907-22301059)
chr6 (44-184)||(32111888-32112028)
chr6 (35-211)||(21633191-21633367)
chr6 (116-197)||(7836889-7836971)
chr6 (34-74)||(7836827-7836866)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (1-223)||(17929834-17930058)
chr8 (34-223)||(8910501-8910689)
chr8 (1-223)||(23944990-23945212)
chr8 (1-218)||(12585078-12585295)
chr8 (34-223)||(33878410-33878599)
chr8 (10-208)||(38249547-38249745)
chr8 (34-223)||(23645917-23646105)
chr8 (44-223)||(25592672-25592851)
chr8 (34-223)||(22175063-22175251)
chr8 (2-223)||(22223501-22223724)
chr8 (2-223)||(22229843-22230066)
chr8 (14-211)||(31983726-31983924)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-223)||(24237159-24237382)
chr2 (34-223)||(1504489-1504677)
chr2 (1-223)||(25957535-25957760)
chr2 (34-223)||(45455940-45456128)
chr2 (34-223)||(25872843-25873031)
chr2 (34-223)||(9186515-9186702)
chr2 (34-223)||(31428609-31428797)
chr2 (44-223)||(13972985-13973164)
chr2 (33-210)||(11058666-11058844)
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (1-223)||(7832394-7832618)
chr3 (1-223)||(15196369-15196592)
chr3 (34-223)||(24127705-24127892)
chr3 (44-223)||(2777664-2777843)
chr3 (34-217)||(36533877-36534060)
chr3 (34-223)||(10883656-10883844)
chr3 (2-223)||(9157115-9157336)
chr3 (1-223)||(28329504-28329725)
chr3 (34-218)||(47053601-47053784)
chr3 (34-199)||(55032834-55032998)
chr3 (34-184)||(30159227-30159376)
chr3 (44-169)||(13558584-13558708)
chr3 (34-208)||(10962070-10962244)
chr3 (34-208)||(10965579-10965753)
chr3 (44-201)||(22994787-22994945)
chr3 (86-218)||(3839481-3839613)
chr3 (2-206)||(19302553-19302759)
chr3 (62-211)||(11635776-11635926)
chr3 (1-120)||(12541300-12541420)
chr3 (44-201)||(18541460-18541619)
chr3 (34-77)||(22026400-22026442)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (8-221)||(20595510-20595724)
chr7 (1-223)||(4544538-4544759)
chr7 (17-223)||(22256077-22256283)
chr7 (34-223)||(45288310-45288498)
chr7 (2-201)||(13810599-13810799)
chr7 (2-206)||(9274224-9274430)
chr7 (135-215)||(26137221-26137301)
chr7 (14-70)||(16222848-16222904)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (1-223)||(28057-28276)
[»] scaffold0321 (1 HSPs)
scaffold0321 (34-217)||(4026-4208)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (2-210)||(49718429-49718640)
chr1 (18-223)||(45940244-45940449)
chr1 (34-223)||(21019538-21019726)
chr1 (1-184)||(22454528-22454712)
chr1 (34-187)||(13640218-13640370)
[»] scaffold0048 (3 HSPs)
scaffold0048 (10-215)||(27885-28091)
scaffold0048 (102-223)||(23741-23863)
scaffold0048 (1-72)||(23671-23741)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (10-215)||(34134055-34134261)
chr5 (34-223)||(22938227-22938415)
chr5 (34-210)||(26550445-26550622)
chr5 (34-210)||(28563508-28563685)
chr5 (1-223)||(2837862-2838088)
chr5 (2-223)||(19688360-19688583)
chr5 (14-211)||(2455608-2455806)
chr5 (34-184)||(30763617-30763767)
chr5 (52-116)||(18766757-18766820)
[»] scaffold0084 (1 HSPs)
scaffold0084 (1-220)||(28187-28404)
[»] scaffold0270 (1 HSPs)
scaffold0270 (45-223)||(1236-1414)
[»] scaffold0214 (2 HSPs)
scaffold0214 (34-223)||(12325-12512)
scaffold0214 (34-223)||(26341-26528)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (14-211)||(9329-9527)
[»] scaffold0126 (1 HSPs)
scaffold0126 (34-201)||(767-933)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (14-211)||(226084-226282)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (44-186)||(99398-99539)
[»] scaffold0037 (1 HSPs)
scaffold0037 (49-223)||(96100-96258)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (34-201)||(49514-49681)
[»] scaffold1785 (1 HSPs)
scaffold1785 (34-137)||(486-587)
[»] scaffold0035 (1 HSPs)
scaffold0035 (34-137)||(63096-63197)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 33411357 - 33411134
Alignment:
Q  1 tggattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  33411357 tggattgaatttgtgctttaacttccgtaggagtgtctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccatt 33411258  T
Q  100 aaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgt 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33411257 aaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattgacattgattttgatcgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgt 33411158  T
Q  200 gtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    || |||||||||||||||||||||    
T  33411157 gtgtgaaccctttcatatttttgc 33411134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 3 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 19861680 - 19861464
Alignment:
Q  3 gattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaa 101  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||     
T  19861680 gattgaatttgtactttaattttcataggagtgcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgttat 19861581  T
Q  102 aacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19861580 aacccttaaagacctcaaagtgtgcattgacattgattttgattgacatttaaaaacttttcaagcatatggtaatatgtagaatgcatgtcgactgtgt 19861481  T
Q  202 atgaaccctttcatatt 218  Q
     |||||||||| |||||    
T  19861480 gtgaacccttttatatt 19861464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 27678326 - 27678138
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27678326 gcctaactcaaa-ttttatgtagcctacttatccaaatattatttcaccttcacctaagcccccttataacccttaaagacctcaaagtgtgcattgaca 27678228  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  27678227 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgtgaaccctttcatatgtttgc 27678138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 3799190 - 3798976
Alignment:
Q  1 tggattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||    
T  3799190 tggattgaatttgtgctttaacttccgtaggagtgcctaactcaaa-ttttgtgtaccctacttatccaaataatatctcaccttcacctaagtcccgtt 3799092  T
Q  100 aaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgt 199  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||    
T  3799091 ataacccttaaagacctcaaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatgataatatgtagattgtatgtccattgt 3798992  T
Q  200 gtatgaaccctttcat 215  Q
    || |||||||||||||    
T  3798991 gtgtgaaccctttcat 3798976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Original strand, 56197669 - 56197857
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  56197669 gcctaactcaaa-ttttgtgtaacctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataacctttaaagacctcaaagtgtgcattgaca 56197767  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  56197768 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcatatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgtgaaccctttcatattgttgc 56197857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 45 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 15431116 - 15430938
Alignment:
Q  45 aattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgat 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  15431116 aattttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccattataatcctttaagacctcaaaatgtgcattgacattgattttgat 15431017  T
Q  145 tgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  15431016 tgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtaggttgcatgtcgactgtgtgtgaaccctttcatattgttgc 15430938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 45 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 15437730 - 15437552
Alignment:
Q  45 aattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgat 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  15437730 aattttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccattataatcctttaagacctcaaaatgtgcattgacattgattttgat 15437631  T
Q  145 tgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  15437630 tgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtaggttgcatgtcgactgtgtgtgaaccctttcatattgttgc 15437552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 8 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 49637884 - 49637670
Alignment:
Q  8 aatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaaccc 106  Q
    |||||||| ||||||||   |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||   ||||    
T  49637884 aatttgtgttttaacttatgtaggagtgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatc-caccttcacctaagccccgttgttaccc 49637787  T
Q  107 ttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaa 206  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  49637786 ttaaagacctcaaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtatagaaactcttcaagcgtatggtaatatgtagattgtatgtcgactgtgtgtgaa 49637687  T
Q  207 ccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||| ||||    
T  49637686 ccctttcatattgttgc 49637670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 44 - 219
Target Start/End: Original strand, 53895115 - 53895292
Alignment:
Q  44 aaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttga 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| | || ||||||||||||    
T  53895115 aaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccgttataaccctgaaagacctcaaagtgtgtaatgacattgattttga 53895214  T
Q  144 ttgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgtgtatgaaccctt-tcatattt 219  Q
    || ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  53895215 ttaacgtttagaaactcttcaagcgtatggtaatatgtagacctgcatgtcgactgtgtgtgaacccttatcatattt 53895292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 34 - 212
Target Start/End: Original strand, 39500523 - 39500701
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatat-tatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggc 132  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  39500523 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaataaatatcccaccttcacctaagcccagttataacccttaatgacctcaaagtgtgcattgac 39500621  T
Q  133 attgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaacccttt 212  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  39500622 attgattttgattgaagtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagattgcatgtcgattgtgtgtgaacccttt 39500701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 14 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 26061193 - 26061005
Alignment:
Q  14 tgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaag 112  Q
    |||||||| ||  ||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  26061193 tgctttaatttcaataggagtgcctaactcaaa-ttttatgtagtctacttatccaaataatatcacacctttacctaagccccgttataacccttaaag 26061095  T
Q  113 acctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgtgt 201  Q
    ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  26061094 acctcaaagtgtgtaatgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgcatggtaatatgtagacctacatgtcgactgtgt 26061005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 186
Target Start/End: Original strand, 15163002 - 15163188
Alignment:
Q  1 tggattgaattt-gtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccat 98  Q
    |||||||||||| ||||||| |||| | || ||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |    
T  15163002 tggattgaattttgtgctttcacttccgtatgagtgcttaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatctcaccttcgcctaagcccagt 15163100  T
Q  99 taaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagatt 186  Q
    || |||||| |||| |||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15163101 tataaccctgaaagtcctcaaagtgtgaaatgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagatt 15163188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 115 - 223
Target Start/End: Original strand, 19826421 - 19826529
Alignment:
Q  115 ctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttca 214  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  19826421 ctcaaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtttagaaatttttcaagcttatagtaatatgtagattgcatgtcaactgtgtgtgaaccctttca 19826520  T
Q  215 tatttttgc 223  Q
    |||| ||||    
T  19826521 tattgttgc 19826529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 48 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 22091106 - 22091041
Alignment:
Q  48 tttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaaga 113  Q
    ||||| || ||||||| |||||| |||||| |||||| |||||||| | |||| ||||||||||||    
T  22091106 tttgtttaacctacttttccaaaaattatcccaccttcacctaagctctattataacccttaaaga 22091041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 164; Significance: 8e-88; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 25456212 - 25456435
Alignment:
Q  1 tggattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatt 99  Q
    |||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||    
T  25456212 tggattaaatttgtgctttaacttccgtaggagtgcctaactcaaaattttatgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgtt 25456311  T
Q  100 aaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgt 199  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25456312 ataaccctttaagacctcaaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagattgcatgtcgactgt 25456411  T
Q  200 gtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    || |||||||||||||||| ||||    
T  25456412 gtgtgaaccctttcatattgttgc 25456435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 24409133 - 24409347
Alignment:
Q  1 tggattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||    
T  24409133 tggattgaatttgtgctttaacttccgtaggagtgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaataatatcccaccttcacctaagccccatt 24409231  T
Q  100 aaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgt 199  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  24409232 ataacccttaaagacctcaaagtgtgcattgacatggattttgattgacgtttagaaacttttcaagcatatggtaatatgtaaatttcatgtcgactgt 24409331  T
Q  200 gtatgaaccctttcat 215  Q
    || |||||||||||||    
T  24409332 gtgtgaaccctttcat 24409347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 4 - 211
Target Start/End: Original strand, 14968390 - 14968599
Alignment:
Q  4 attgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaa 102  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |    
T  14968390 attgaatttgtgctttaacttttgtaggagtgcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatcgcaccttcacctaagccccgttata 14968489  T
Q  103 acccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgtgt 201  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  14968490 accatttaagacctcaaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatgataatatgtagacctgcatgtcgactgtgt 14968589  T
Q  202 atgaaccctt 211  Q
     |||||||||    
T  14968590 gtgaaccctt 14968599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 23380191 - 23379986
Alignment:
Q  18 ttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacct 116  Q
    ||||||| | |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||  | ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  23380191 ttaacttccgtaggagtgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaataatatcccacaatcacctaagccccgttataacccttaaagacct 23380093  T
Q  117 caaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcata 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23380092 caaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattacatgtcgactgtgtgtgaaccctttcata 23379993  T
Q  217 tttttgc 223  Q
    || ||||    
T  23379992 ttgttgc 23379986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 34 - 218
Target Start/End: Original strand, 12745589 - 12745772
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  12745589 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataaccctttaagacctcaaagtgtgcattgaca 12745687  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||    
T  12745688 ttgattttgattgacgtttagaaatttttcaagtgtatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgttaaccttttcatatt 12745772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 12981581 - 12981369
Alignment:
Q  1 tggattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatt 99  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||    
T  12981581 tggaatgaatttgtgctttaactttcgtaggaatgcctaactcaaaattttgtatagcctacttatcgaaatattatcccaccttcacctaagccccgtt 12981482  T
Q  100 aaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactg 198  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || ||    
T  12981481 ataacccttcaagacctcaaagtgtgcattgacattgattttgattgatgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagatttgcatgttgattg 12981382  T
Q  199 tgtatgaaccctt 211  Q
     || |||||||||    
T  12981381 agtgtgaaccctt 12981369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 11127000 - 11126791
Alignment:
Q  1 tggattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatt 99  Q
    |||||||||||| || |||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||    
T  11127000 tggattgaatttatgttttaacttccgtaggagtgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcatctaagccccgtt 11126902  T
Q  100 aaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgt 199  Q
    | |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  11126901 ataaccctgaaagaccacaaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagtgtatggtaatatgtggattgcatgtcgattgt 11126802  T
Q  200 gtatgaaccct 210  Q
    || ||||||||    
T  11126801 gtgtgaaccct 11126791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 28109067 - 28108837
Alignment:
Q  1 tggattgaatttgtgctttaactttcataggagg-cctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  | |||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||    
T  28109067 tggattgaatttgtgctttaacttccgcatgagttcctaacacaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacttaagccccatt 28108968  T
Q  100 aaaacccttaaagacctcaaagtgtgc-----attggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtag-attgcatgtc 193  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||     |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  28108967 ataaccctttaagacctcaaagtgtgcattatattaacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagtcttgcatgtc 28108868  T
Q  194 gactgtgtatgaaccct-ttcatatttttgc 223  Q
     ||||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  28108867 aactgtgtgtgaaacctattcatatttttgc 28108837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 34 - 187
Target Start/End: Original strand, 22300907 - 22301059
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |  ||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  22300907 gcctaactcaaa-ttttatgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacataagctctgttataaccctaaaagacctcaaagtgtgcattgaca 22301005  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattg 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22301006 ttgattttgattgacgtttagaaactttttaagcttatggtaatatgtagattg 22301059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 44 - 184
Target Start/End: Original strand, 32111888 - 32112028
Alignment:
Q  44 aaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttga 143  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| | || | ||||||||||    
T  32111888 aaattttgtatagcctacttatctaaataatatcccacctttacctaagccccattataacctttaaagacctcaaagtgtgtaatgacgttgattttga 32111987  T
Q  144 ttgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga 184  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  32111988 ttgacgtttagaaacttttcaagcgtatgataatatgtaga 32112028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 35 - 211
Target Start/End: Original strand, 21633191 - 21633367
Alignment:
Q  35 cctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcat 134  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| | || ||     
T  21633191 cctaactcaaa-tttcgtgtagcctacttatccaaatattatcccacatttacataagcctcgttataacccttaaagacctcaaagtgtgtaatgacaa 21633289  T
Q  135 tgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgtgtatgaaccctt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||  | |||||||||||||| |||| ||||    
T  21633290 tgattttgattgacgtttagaaacttttcaagtgtatggtaatatatagacctacatgtcgactgtgtgtgaaacctt 21633367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 116 - 197
Target Start/End: Original strand, 7836889 - 7836971
Alignment:
Q  116 tcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgact 197  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7836889 tcaaagtgtgtattgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcatatggtaatatgtagacttgcatgtcgact 7836971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 34 - 74
Target Start/End: Original strand, 7836827 - 7836866
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatatt 74  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  7836827 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctagttatccaaatatt 7836866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 161; Significance: 5e-86; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 17929834 - 17930058
Alignment:
Q  1 tggattgaatttgtgctttaactttca-taggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccat 98  Q
    |||||||||||| ||||||||  |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  17929834 tggattgaatttatgctttaaaattccgtaggagtgcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcaccttcacctaagccccgt 17929933  T
Q  99 taaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactg 198  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17929934 tataaccctttaagacctcaaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagattgcatgtcgactg 17930033  T
Q  199 tgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    | | |||||||||||||||||||||    
T  17930034 tctgtgaaccctttcatatttttgc 17930058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Original strand, 8910501 - 8910689
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  8910501 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcacaccttcacctaagccccgttataaccctttaagacctcaaagtgtgcattgaca 8910599  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  8910600 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatatagaatgcatgtcgactgtgtgtgaaccctttcatattgttgc 8910689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 23945212 - 23944990
Alignment:
Q  1 tggattgaattt-gtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccat 98  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| |||||  |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| |    
T  23945212 tggattgaattttgtgctt-aactttcgtaggaatgcctaactcaaa-ttttgtgtaacctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagtcccgt 23945115  T
Q  99 taaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactg 198  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  23945114 tataaccctttaagacctcaaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagattgcatgtcgactc 23945015  T
Q  199 tgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||    
T  23945014 tgtgtgaaccctttcatattgttgc 23944990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 12585078 - 12585295
Alignment:
Q  1 tggattgaattt-gtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccat 98  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |    
T  12585078 tggattgaattttgtgctt-aactttcgtaggaatgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgt 12585175  T
Q  99 taaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactg 198  Q
    || ||||||| || |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  12585176 tataaccctttaatacctcaaagtgtgcatcgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtaaggtaatatgtagattgcatgtcgactg 12585275  T
Q  199 tgtatgaaccctttcatatt 218  Q
    ||| ||||||||||||||||    
T  12585276 tgtgtgaaccctttcatatt 12585295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 33878599 - 33878410
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatat-tatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggc 132  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  33878599 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaataaatatcccaccttcacctaagccccgttataacccttaaagacctcaaagtgtgcattgac 33878501  T
Q  133 attgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  33878500 attgattttgattgatgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgtgaaccctttcatattgttgc 33878410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 38249745 - 38249547
Alignment:
Q  10 tttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaaccctt 108  Q
    |||||||||||| || | |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||     
T  38249745 tttgtgctttaatttccgtaggaatgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataaccctg 38249647  T
Q  109 aaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaacc 208  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38249646 aaagacatcaaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgtgaacc 38249547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Original strand, 23645917 - 23646105
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  23645917 gcctaactcaaa-ttttgtatagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgttacaaccctttaagacctcaaagtgtgcattgaca 23646015  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||| ||||    
T  23646016 ttgattttgattgacgtttagaaactttttaagcgtatggtaatatgtagattgcatgtcaactgtgtgtgaaccattttatattgttgc 23646105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 44 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 25592851 - 25592672
Alignment:
Q  44 aaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca-ttgattttg 142  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  25592851 aaattttgtgtagcctacttatccaaatat-atcccaccttcacctaagccctgttataaccctttaagacctcaaagtgtgcattgacaattgattttg 25592753  T
Q  143 attgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  25592752 attgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgtaaaccctttcatatgtttgc 25592672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 22175251 - 22175063
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||| ||    
T  22175251 gcctaactcaaa-tattgtgtagcctacttatcgaaatattgtcccaccttcacctaagccccgttataaccctttaaaacctcaaagtgtgcattgaca 22175153  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||    
T  22175152 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtgtggtaatatgtagattgcatgtcgattgtgtgtgaaccctttcatattgttgc 22175063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 22223724 - 22223501
Alignment:
Q  2 ggattgaatttgtgctttaactttcataggaggcc-taactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatta 100  Q
    ||||||||| | |||||||| ||||  ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  22223724 ggattgaatctttgctttaattttcgaaggagtccctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttattcaaatattatctcacctttacctaagccccgtta 22223626  T
Q  101 aaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgt 199  Q
     |||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| || ||||||    
T  22223625 taacccttaaagacctcaaagtgtgtaatgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagacctgcacgtagactgt 22223526  T
Q  200 gtatgaaccctt-tcatatttttgc 223  Q
    || ||||||||| ||||||| ||||    
T  22223525 gtgtgaacccttatcatattgttgc 22223501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 22230066 - 22229843
Alignment:
Q  2 ggattgaatttgtgctttaactttcataggaggcc-taactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatta 100  Q
    ||||||||| | |||||||| ||||  ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  22230066 ggattgaatctttgctttaattttcgaaggagtccctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttattcaaatattatctcacctttacctaagccccgtta 22229968  T
Q  101 aaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgt 199  Q
     |||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| || ||||||    
T  22229967 taacccttaaagacctcaaagtgtgtaatgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagacctgcacgtagactgt 22229868  T
Q  200 gtatgaaccctt-tcatatttttgc 223  Q
    || ||||||||| ||||||| ||||    
T  22229867 gtgtgaacccttatcatattgttgc 22229843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 211
Target Start/End: Original strand, 31983726 - 31983924
Alignment:
Q  14 tgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaag 112  Q
    |||||||| |||| |||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  31983726 tgctttaattttcctaggagtgcctaactcaaa-ttttgtgtagtctacttatccaaataatatcatacctttacctaaaccccgttataacccttaaag 31983824  T
Q  113 acctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgtgtatgaaccctt 211  Q
    |||||||| |||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    |||||||||||||| |||||||||    
T  31983825 acctcaaaatgtgtaatgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcatattgtaatatgtagaccaacatgtcgactgtgtgtgaaccctt 31983924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 161; Significance: 5e-86; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 24237159 - 24237382
Alignment:
Q  1 tggattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatat-tatctcacctttacctaagccccat 98  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||||||||||| |    
T  24237159 tggattgaaattgtgctttaactttcgtaggagtgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaataaatatcccaccttcacctaagccccgt 24237257  T
Q  99 taaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactg 198  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24237258 tataacccttaaagacctcaaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactg 24237357  T
Q  199 tgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||    
T  24237358 tgtgtgaaccctttcatatgtttgc 24237382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 1504677 - 1504489
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  1504677 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatctcaccttcacctaagccccgttataaccgttaaagacctcaaagtgtgcattgaca 1504579  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  1504578 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgtgaaccctttcatattgttgc 1504489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 25957760 - 25957535
Alignment:
Q  1 tggattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatat---tatctcacctttacctaagcccc 96  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    |||| |||||| |||||||||||    
T  25957760 tggattgaaattgtgctttaactttcgtaggagtgcccaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaataaatatatcccaccttcacctaagcccc 25957662  T
Q  97 attaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgac 196  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25957661 gttataacccttaaagacctcaaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtttagaaacttttccagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgac 25957562  T
Q  197 tgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  25957561 tgtgtgtgaaccctttcatatgtttgc 25957535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Original strand, 45455940 - 45456128
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  45455940 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataaccctttaagacctcaaagtgtgcattgaca 45456038  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  45456039 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgtatgtcgactgtgtgtgaaccctttcatattgttgc 45456128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Original strand, 25872843 - 25873031
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||    
T  25872843 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataaccctttaagacctcaaaatgtgcattgaca 25872941  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||||    
T  25872942 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtggattgcatgtcgattgtgtgtgaaccttttcatatgtttgc 25873031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 9186702 - 9186515
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  9186702 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcccgccttcacctaagccccgttataacccttaaagacctcaaagc-tgcattgaca 9186605  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  9186604 ttgattttgattgacgtttagaaactttccaagcgtatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgtgaaccctttcatattgttgc 9186515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 31428797 - 31428609
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  31428797 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattattccaccttcacctaagccctgttataaccctttaagacctcaaagtgtgcattgata 31428699  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  31428698 ttgattttgattgatgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgtgaaccctttcatattgttgc 31428609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 44 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 13973164 - 13972985
Alignment:
Q  44 aaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttga 143  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||| | || ||||||||||||    
T  13973164 aaattttttgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataaccctttaagacctcaaagtgtgaactgacattgattttga 13973065  T
Q  144 ttgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  13973064 ttgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgggaaccctttcatattattgc 13972985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 33 - 210
Target Start/End: Original strand, 11058666 - 11058844
Alignment:
Q  33 ggcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggc 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||      
T  11058666 ggcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataacccttaaagaccttaaagtgtgcattgat 11058765  T
Q  133 attgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgtgtatgaaccct 210  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  11058766 attgatttttattgacgtttagaaatttttcaagcgtatggtaatatgtagatttgcatgtcgactgtgagtgaaccct 11058844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 7832394 - 7832618
Alignment:
Q  1 tggattgaatttgtgctttaa-ctttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccat 98  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  7832394 tggattgaatttgtgctttaaacttccgtaggagtgcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatcccacctttacctaagccccgt 7832493  T
Q  99 taaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactg 198  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||     
T  7832494 tataaccctttaagacctcaaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtagtatgtagattgcatatcgacta 7832593  T
Q  199 tgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
     || |||||||||||||||||||||    
T  7832594 agtgtgaaccctttcatatttttgc 7832618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 15196592 - 15196369
Alignment:
Q  1 tggattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatt 99  Q
    |||||||||||| || |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||    
T  15196592 tggattgaatttatgttttaacttccgtaggagtgcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgtt 15196493  T
Q  100 aaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgt 199  Q
    | |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15196492 ataaccattaaagacatcaaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcatatggtaatatgtaaattgcatgtcgactgt 15196393  T
Q  200 gtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    || |||||||||||||||| ||||    
T  15196392 gtgtgaaccctttcatattgttgc 15196369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Original strand, 24127705 - 24127892
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  24127705 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatat-atcccaccttcacctaagccccgttataacccttaaagacctcaaagtgtgcattgaca 24127802  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  24127803 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgtgaaccttttcatatttttgc 24127892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 44 - 223
Target Start/End: Original strand, 2777664 - 2777843
Alignment:
Q  44 aaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttga 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2777664 aaattttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataaccctttaagacatcaaagtgtgcattgacattgattttga 2777763  T
Q  144 ttgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  2777764 ttgacgtctagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgtgaaccctttcatattgttgc 2777843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 34 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 36534060 - 36533877
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  36534060 gcctaactcaaaattttgtgtagcctgcttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataaccctttaagacctcaaagtgtgcattgaca 36533961  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36533960 ttgattttgattgacgtttagaaactttttaagtgtatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgtgaaccctttcatat 36533877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Original strand, 10883656 - 10883844
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  10883656 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcccatcttcacctaagccccgttataaccctttaagacctcaaagtgtgcattgaca 10883754  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||    
T  10883755 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagattgcatgtcgattgtgtgtgaaccctttcatattgttgc 10883844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 2 - 223
Target Start/End: Original strand, 9157115 - 9157336
Alignment:
Q  2 ggattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatta 100  Q
    ||||||||| | |||||||| ||   |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||    
T  9157115 ggattgaatctttgctttaatttatgtaggagtgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcccgcctttacctaagccccgtta 9157213  T
Q  101 aaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtg 200  Q
     ||||||||||||| |||||||||| | || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9157214 taacccttaaagacatcaaagtgtgtaatgacattgattttgattgacatttagaaatttttcaagcgtatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtg 9157313  T
Q  201 tatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    | |||||||||||||||||||||    
T  9157314 tgtgaaccctttcatatttttgc 9157336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 28329504 - 28329725
Alignment:
Q  1 tggattgaattt-gtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccat 98  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| |||||||||||||    
T  28329504 tggattgaattttgtg-tttaacttccgtaggagtgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatat-atcccaacttcacctaagccccat 28329600  T
Q  99 taaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactg 198  Q
    || ||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28329601 tataaccctttaagacctcaaggtgtgcattgacattgattttgattgatgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactg 28329700  T
Q  199 tgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    ||| |||||||||||| || |||||    
T  28329701 tgtgtgaaccctttcaaatgtttgc 28329725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 34 - 218
Target Start/End: Original strand, 47053601 - 47053784
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  47053601 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttattcaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataaccctttaagacctcaaagtgtgcattaaca 47053699  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatt 218  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  47053700 ttgattttgattgacgtttagcaacttttaaagcgtatggtaatatgtagattgcatgtcgactatgtgtgaaccctttcatatt 47053784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 34 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 55032998 - 55032834
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  55032998 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatcgaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataaccctttaagacctcaaagtgtgcattgaca 55032900  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgt 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  55032899 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagattgcatatcgactgt 55032834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 34 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 30159376 - 30159227
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||| |||||| ||||||||||||||||| | ||  |    
T  30159376 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatctcaccttaacctaaacctcgttataaccctgaaagacctcaaagtgtgtaatgata 30159278  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga 184  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30159277 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtaga 30159227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 44 - 169
Target Start/End: Original strand, 13558584 - 13558708
Alignment:
Q  44 aaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttga 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13558584 aaattttgtgtagcctacttatccaaatat-atcccaccttcacctaagccccgttataacccttaaagacctcaaagtgtgcattgacattgattttga 13558682  T
Q  144 ttgacgtttagaaacttttcaagctt 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  13558683 ttgacgtttagaaacttttcaagctt 13558708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 34 - 208
Target Start/End: Original strand, 10962070 - 10962244
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||| || |||| |||||||||||||||| | || ||    
T  10962070 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattattccaccttcacctaagccccgttataatcctttaagacctcaaagtgtgtaatgaca 10962168  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgtgtatgaacc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||| || ||||| ||||||    
T  10962169 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatgataatatgtagacctgcatgttgattgtgtgtgaacc 10962244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 34 - 208
Target Start/End: Original strand, 10965579 - 10965753
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||| || |||| |||||||||||||||| | || ||    
T  10965579 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattattccaccttcacctaagccccgttataatcctttaagacctcaaagtgtgtaatgaca 10965677  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgtgtatgaacc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||| || ||||| ||||||    
T  10965678 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatgataatatgtagacctgcatgttgattgtgtgtgaacc 10965753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 44 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 22994945 - 22994787
Alignment:
Q  44 aaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttga 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| | || ||||| ||||||    
T  22994945 aaattttgtgtagcctacttatccaaatattatcccacctttacctaagccccgttataaccctaaaagacctcaaagtgtgtaatgacattggttttga 22994846  T
Q  144 ttgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgtgt 201  Q
    ||| | |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  22994845 ttggcatttagaaacttttcaagcgtttggtaatatgtagacttgaatggcgactgtgt 22994787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 86 - 218
Target Start/End: Original strand, 3839481 - 3839613
Alignment:
Q  86 acctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagat 185  Q
    |||||||| || ||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3839481 acctaagctccgttataactctttaagacctcaaagtgttcattgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagat 3839580  T
Q  186 tgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatt 218  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  3839581 tgcatgtcgactgtgtgtgaactctttcatatt 3839613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 2 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 19302759 - 19302553
Alignment:
Q  2 ggattgaattt-gtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatt 99  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||    
T  19302759 ggattgaattttgtgctttaacttccgtaggaatgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttattcaaatattatcccaccttcacctaagccccgtt 19302661  T
Q  100 aaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactg 198  Q
    | |||| | ||||||||||||||||| | ||  ||||| ||||||||||||||||||| | ||||||  ||| ||||||||||||  |||||||||| ||    
T  19302660 ataaccttgaaagacctcaaagtgtgtagtgatattgactttgattgacgtttagaaaatcttcaagtctatcgtaatatgtagacctgcatgtcgattg 19302561  T
Q  199 tgtatgaa 206  Q
    ||| ||||    
T  19302560 tgtgtgaa 19302553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 62 - 211
Target Start/End: Original strand, 11635776 - 11635926
Alignment:
Q  62 ttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttt 161  Q
    ||||||||||| |||| || ||||||||||||| | ||| ||| |||||| ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11635776 ttatccaaataatatcccatctttacctaagcctcgttataactcttaaatacctcaaagtgtgtaatgacattgattttgattgacgtttagaaacttt 11635875  T
Q  162 tcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgtgtatgaaccctt 211  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||    
T  11635876 tcaagcgtatggtaatatgtagacttgcacgttgattgtgtgtgaaccctt 11635926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 12541420 - 12541300
Alignment:
Q  1 tggattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatat-tatctcacctttacctaagccccat 98  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||||||||||| |    
T  12541420 tggattgaaattgtgctttaactttcgtaggagtgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaataaatatcccaccttcacctaagccccgt 12541322  T
Q  99 taaaacccttaaagacctcaaa 120  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  12541321 tataacccttaaagacctcaaa 12541300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 44 - 201
Target Start/End: Original strand, 18541460 - 18541619
Alignment:
Q  44 aaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatta-aaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttg 142  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| || |||  |||||||| |||||||  | || ||| || ||||    
T  18541460 aaattttgtgcagccaacttatccaaatattatcccagctttacctaagccccattataaccccaaaaagaccttaaagtgtctaatgacatggactttg 18541559  T
Q  143 attgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgtgt 201  Q
    ||| || |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  18541560 attaacatttagaaaattttcaagtgtatggtaatatgtagacctgcatgtcgactgtgt 18541619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 77
Target Start/End: Original strand, 22026400 - 22026442
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatc 77  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22026400 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatc 22026442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 156; Significance: 5e-83; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 8 - 221
Target Start/End: Original strand, 20595510 - 20595724
Alignment:
Q  8 aatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaaccc 106  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||    
T  20595510 aatttgtgctttaacttttgtaggagtgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataaccc 20595608  T
Q  107 ttaaagacctcaaagtgtgcattggca-ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatga 205  Q
    || ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  20595609 tttaagacctcaaagtgtgcattgacaattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgtga 20595708  T
Q  206 accctttcatattttt 221  Q
    ||||||||||||||||    
T  20595709 accctttcatattttt 20595724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 4544538 - 4544759
Alignment:
Q  1 tggattgaattt-gtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccat 98  Q
    |||||||||||| |||||| ||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |    
T  4544538 tggattgaattttgtgctt-aacttccataggaatgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctatttatccaaatat-atctcaccttcacctaagccccgt 4544634  T
Q  99 taaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactg 198  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4544635 tataaccctttaagacctcaaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactg 4544734  T
Q  199 tgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||    
T  4544735 tgtgtgaaccctttcatatgtttgc 4544759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 223
Target Start/End: Original strand, 22256077 - 22256283
Alignment:
Q  17 tttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacc 115  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | |  | ||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  22256077 tttaactttcgtaggagtgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaataatatccctcagtcacctaagccccgttataacccttaaagacc 22256175  T
Q  116 tcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcat 215  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22256176 tcaaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgtgaaccctttcat 22256275  T
Q  216 atttttgc 223  Q
    || |||||    
T  22256276 atgtttgc 22256283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 45288498 - 45288310
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  45288498 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagctccgttataaccctttaagacctcaaagtgtgcattgaca 45288400  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||    
T  45288399 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagattgcatgtcgattgtgtgtgaaccctttcatattgttgc 45288310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 2 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 13810799 - 13810599
Alignment:
Q  2 ggattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatta 100  Q
    |||||||||| ||||||||| || | |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | |||    
T  13810799 ggattgaattcgtgctttaatttccgtaggagtgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcccacctttacctaagacacgtta 13810701  T
Q  101 aaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgt 199  Q
     |||||| ||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  13810700 taaccctgaaagacctcaaagtgtgtaatgacattgattttgattgacgtttagagacttttcaagagtatggtaatatgtagacttgtatgtcgactgt 13810601  T
Q  200 gt 201  Q
    ||    
T  13810600 gt 13810599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 2 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 9274430 - 9274224
Alignment:
Q  2 ggattgaattt-gtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatt 99  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| |     
T  9274430 ggattgaattttgttctttaactttcgtatgagtgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagacccgtg 9274332  T
Q  100 aaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactg 198  Q
    | |||||| ||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  9274331 ataaccctgaaagacctcaaagtgtgtagtgatattgattttgattgatgtttagaaactcttcaagcgtatggtaatatgtagacctgcatgtcgactg 9274232  T
Q  199 tgtatgaa 206  Q
    ||| ||||    
T  9274231 tgtgtgaa 9274224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 135 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 26137301 - 26137221
Alignment:
Q  135 tgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcat 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  26137301 tgattttgattgacgtttagaaacctttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgtctgtgtgtgaaccctttcat 26137221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 14 - 70
Target Start/End: Original strand, 16222848 - 16222904
Alignment:
Q  14 tgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaa 70  Q
    ||||||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16222848 tgctttaacttccgtaggagtgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaa 16222904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 28057 - 28276
Alignment:
Q  1 tggattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatt 99  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  28057 tggattgaatt-gtgctttaactttcgtaggagtgtctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttattcaaatattatcccaccttcacctaagccccatt 28154  T
Q  100 aaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgt 199  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28155 ataacccttaaagacctcaaagtgtgaattgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactat 28254  T
Q  200 gtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    || ||  ||||||||||| |||||    
T  28255 gtgtg--ccctttcatatgtttgc 28276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0321 (Bit Score: 144; Significance: 7e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0321
Description:

Target: scaffold0321; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 34 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 4208 - 4026
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4208 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaataatatcccaccttcacctaagccccgttataacccttaaagacctcaaagtgtgcattgaca 4110  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  4109 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtttgaaccatttcatat 4026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 140; Significance: 2e-73; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 2 - 210
Target Start/End: Original strand, 49718429 - 49718640
Alignment:
Q  2 ggattgaattt-gtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatt 99  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||    
T  49718429 ggattgaattttgtgctttaacttccgtaggagtgcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgtt 49718528  T
Q  100 aaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactg 198  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  49718529 ataaccctttaagacctcaaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtttagaaatttttcaagcgtatggtaatatgtagatttgcatgtcgattg 49718628  T
Q  199 tgtatgaaccct 210  Q
    ||| ||||||||    
T  49718629 tgtgtgaaccct 49718640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 223
Target Start/End: Original strand, 45940244 - 45940449
Alignment:
Q  18 ttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacct 116  Q
    ||||||||| |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  45940244 ttaactttcgtaggaatgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttattcaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataacccttaaagacct 45940342  T
Q  117 caaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcata 216  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  45940343 caaagtgtgcattgacattgattttgattgacgtttaaaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattacatgtcgactgtgtgcgaaccctttcata 45940442  T
Q  217 tttttgc 223  Q
    | |||||    
T  45940443 tgtttgc 45940449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 21019726 - 21019538
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||    
T  21019726 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataaccattaaagacctcaaagtgtacattgaca 21019628  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||| ||||    
T  21019627 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcatatggtaatatgtagattgcatgtcgattgtgcgtaaaccctttcatattgttgc 21019538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 22454712 - 22454528
Alignment:
Q  1 tggattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatt 99  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||    
T  22454712 tggaatgaatttgtgctttaacttcgataggaatgcctaactcaaaattttgtgtagcctatttatccaagtattatcccaccttcacctaagccccgtt 22454613  T
Q  100 aaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga 184  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22454612 ataaccctttaagacctcaaagtgtgcattgacattgattttgattgatgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtaga 22454528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 34 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 13640370 - 13640218
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |  ||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  13640370 gcctaactcaaa-ttttatgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacataagctctgttataaccctaaaagacctcaaagtgtgcattgaca 13640272  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattg 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13640271 ttgattttgattgacgtttagaaactttttaagcttatggtaatatgtagattg 13640218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0048 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 3)
Name: scaffold0048
Description:

Target: scaffold0048; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 10 - 215
Target Start/End: Original strand, 27885 - 28091
Alignment:
Q  10 tttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaaccctt 108  Q
    |||| |||| ||||||| |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  27885 tttgcgcttaaactttcgtaggaatgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataaccctt 27983  T
Q  109 aaagacctcaaagtgtgcattggcat-tgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaac 207  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27984 aaagacctcaaagtgtgcattgacaaatgattttgattgacgtttagaaacctttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgtgaac 28083  T
Q  208 cctttcat 215  Q
    ||||||||    
T  28084 cctttcat 28091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0048; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 102 - 223
Target Start/End: Original strand, 23741 - 23863
Alignment:
Q  102 aacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca-ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtg 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23741 aacccttcaagacctcaaagtgtgcattgacaattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtg 23840  T
Q  201 tatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    | |||||||||||| || |||||    
T  23841 tgtgaaccctttcaaatgtttgc 23863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0048; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 72
Target Start/End: Original strand, 23671 - 23741
Alignment:
Q  1 tggattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaata 72  Q
    ||||||||  || ||||||||||||| |||||| | |||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||    
T  23671 tggattgatattctgctttaactttcgtaggagtgtctaactcaaatttttgt--agcctacttatccaaata 23741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 10 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 34134261 - 34134055
Alignment:
Q  10 tttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaaccctt 108  Q
    |||| |||| ||||||| |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  34134261 tttgcgcttaaactttcgtaggaatgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataaccctt 34134163  T
Q  109 aaagacctcaaagtgtgcattggcat-tgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaac 207  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34134162 aaagacctcaaagtgtgcattgacaaatgattttgattgacgtttagaaacctttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgtgaac 34134063  T
Q  208 cctttcat 215  Q
    ||||||||    
T  34134062 cctttcat 34134055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 22938415 - 22938227
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  || ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  22938415 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgctataactctttaagacctcaaagtgtgcattgaca 22938317  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||    
T  22938316 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagattgcatgtcgactatgtgtgaaccctttcatattgttgc 22938227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 34 - 210
Target Start/End: Original strand, 26550445 - 26550622
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  26550445 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataacccttaaagacctcaaagtgtgcattgata 26550544  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgtgtatgaaccct 210  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||||||||    
T  26550545 ttgatttttattgacgtttagaaatttttcaagcgtatggtaatatgtagatttgcatgtcgactatgagtgaaccct 26550622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 34 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 28563685 - 28563508
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  28563685 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagccccgttataacccttaaagacctcaaagtgtgcattgata 28563586  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgtgtatgaaccct 210  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||||||||    
T  28563585 ttgatttttattgacgtttagaaatttttcaagcgtatggtaatatgtagatttgcatgtcgactatgagtgaaccct 28563508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 2838088 - 2837862
Alignment:
Q  1 tggattgaattt-gtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccat 98  Q
    |||||||||||| |||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||| |    
T  2838088 tggattgaattttgtgctttaacttccgtaggagtgcataactcaaaattttgtgtagcctacttaacaaaatattatcccaccttcacctaagccccgt 2837989  T
Q  99 taaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgact 197  Q
    || |||||||||||| |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||   |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2837988 tataacccttaaagatctcaaagtggacattgacattgattttgattgacgtttataaatttttcaaatgtatggtaatatgtagacttgcatgtcgact 2837889  T
Q  198 gtgtatgaaccct-ttcatatttttgc 223  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||    
T  2837888 gtgtgtgaaccctattcatatttttgc 2837862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 223
Target Start/End: Original strand, 19688360 - 19688583
Alignment:
Q  2 ggattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatta 100  Q
    ||||||||| | |||||||| ||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  19688360 ggattgaatctttgctttaatttctataggagtgcctaactcaaa-ttttgtgtagcttacttatccaaatattatcccacctttacctaagccccgtta 19688458  T
Q  101 aaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgt 199  Q
     |||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||     
T  19688459 taacccttaaagacctcaaagtgtgtaatgacattgattttgattgacgtttagaaatttttcaagcgtatggtaatatgtagacttgcacgtcgattga 19688558  T
Q  200 gtatgaaccctt-tcatatttttgc 223  Q
    || ||||||||| ||||||| ||||    
T  19688559 gtgtgaacccttgtcatattgttgc 19688583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 14 - 211
Target Start/End: Original strand, 2455608 - 2455806
Alignment:
Q  14 tgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaag 112  Q
    |||||||| |||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||| || ||| |||||||||||    
T  2455608 tgctttaattttcgtatgagtgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctatttatccaaataatatcacacctttacctaagctccgttataacccttaaag 2455706  T
Q  113 acctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgtgtatgaaccctt 211  Q
    ||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||    
T  2455707 acctcaaagtgtgtaatgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagaccagcatgtcgactgtgtgtgaaccctt 2455806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 34 - 184
Target Start/End: Original strand, 30763617 - 30763767
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatatta-tctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggc 132  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||| |||||| ||||||||||||||||| | ||      
T  30763617 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattaatctcacctttacctaaaccccgttataaccctgaaagacctcaaagtgtgtaatgat 30763715  T
Q  133 attgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga 184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  30763716 attgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggcaatatgtaga 30763767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 52 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 18766820 - 18766757
Alignment:
Q  52 tgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacct 116  Q
    |||| ||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||||    
T  18766820 tgtaacctacgtttccaaatattatcccacctatacctaagctccattataaccc-taaagacct 18766757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0084 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0084
Description:

Target: scaffold0084; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 28187 - 28404
Alignment:
Q  1 tggattgaatttgtgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccatt 99  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||   |||||||| |||| |||||| ||    
T  28187 tggattgagattgtgctttaactttcgtaggagtgcctaactcaaattttt-tgtagcctacttatccaaatat---ctcaccttcaccttagccccgtt 28282  T
Q  100 aaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca-ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactg 198  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  28283 ataacccttaaagacctcaaagtgtgcattgacaattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatctagattgcatgtcgattg 28382  T
Q  199 tgtatgaaccctttcatatttt 220  Q
    ||| |||||| |||||||||||    
T  28383 tgtgtgaaccttttcatatttt 28404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0270 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0270
Description:

Target: scaffold0270; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 45 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 1414 - 1236
Alignment:
Q  45 aattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgat 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||| || |||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  1414 aattttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagcccctttataaccttttaagacctcaatgtgtgcattgacattgattttgat 1315  T
Q  145 tgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  1314 tgatgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgtgaaacctttcatattgttgc 1236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0214 (Bit Score: 126; Significance: 4e-65; HSPs: 2)
Name: scaffold0214
Description:

Target: scaffold0214; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Original strand, 12325 - 12512
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||||||||| ||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||    
T  12325 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttattcaaatattctc-caccttaacctaagccccgttataaccttgaaagacctcaaagtgtgcattgaca 12422  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  12423 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagattgtatgtcgactgtgtgtgaaccctttcatattgttgc 12512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0214; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 34 - 223
Target Start/End: Original strand, 26341 - 26528
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||||||||| ||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||    
T  26341 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttattcaaatattctc-caccttaacctaagccccgttataaccataaaagacctcaaagtgtgcattgaca 26438  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  26439 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagattgtatgtcgactgtgtgtgaaccctttcatattgttgc 26528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 120; Significance: 1e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 14 - 211
Target Start/End: Original strand, 9329 - 9527
Alignment:
Q  14 tgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaag 112  Q
    |||||||| |||| |||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9329 tgctttaattttcgtaggcgtgcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaataatatcccacctttacctaagccccattataacccttaaag 9427  T
Q  113 acctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgtgtatgaaccctt 211  Q
    ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||    
T  9428 acctcaaagtgtgtaatgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcgcatggtaatatgtagaccagcatgtcgactgtgtgtgaaccctt 9527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0126 (Bit Score: 120; Significance: 1e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0126
Description:

Target: scaffold0126; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 34 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 933 - 767
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  933 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcctacttatccaaatattattgcaccttcacctaagccccgttataaccctttaagacctcaaagtgtgcattgaca 835  T
Q  134 ttgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgt 201  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  834 ttgattttgattgatgtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtaaattgcatgtcgactgtgt 767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 211
Target Start/End: Original strand, 226084 - 226282
Alignment:
Q  14 tgctttaactttcataggag-gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaag 112  Q
    |||||||| |||| |||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  226084 tgctttaattttcctaggagtgcctaactcaaa-ttttgtgtagtctacttatccaaataatatcatacctttacctaaaccccgttataacccttaaag 226182  T
Q  113 acctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgtgtatgaaccctt 211  Q
    |||||||| |||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    |||||||||||||| |||||||||    
T  226183 acctcaaaatgtgtaatgacattgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcatattgtaatatgtagaccaacatgtcgactgtgtgtgaaccctt 226282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 87; Significance: 7e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 44 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 99539 - 99398
Alignment:
Q  44 aaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttga 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||| | || |||| |||||||    
T  99539 aaattttgtgtagcctacttatccaaatattatcccacctttacctaagcctg-ttataacccttaaagacctcaaagtgtgtaatgacattaattttga 99441  T
Q  144 ttgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagatt 186  Q
    || ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  99440 ttaacgtttacaaacttttcaagtgtatggtaatatgtagatt 99398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0037 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0037
Description:

Target: scaffold0037; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 49 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 96258 - 96100
Alignment:
Q  49 ttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggcattgattttgattgac 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||                ||    
T  96258 ttgtgtagcctacttatccaaatattatcccaccttcacctaagtcccgttataaccctttaagacctcaatgtgtgcattg----------------ac 96175  T
Q  149 gtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtatgaaccctttcatatttttgc 223  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  96174 gtttagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagattgcatgtcgactgtgtgtgaaccctttcttattgttgc 96100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 66; Significance: 2e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 34 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 49681 - 49514
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctc-aaagtgtgcattggc 132  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || ||| |||||| ||||||||  ||| ||||   || |    
T  49681 gcctaactcaaa-ttttgtgtagcttacttatccaaatattatcccacctttacctaaactccgttataaccct-aaagacctttaaaatgtgtgatgac 49584  T
Q  133 attgattttgattgacgtttagaaacttttcaagcttatggtaatatgtaga-ttgcatgtcgactgtgt 201  Q
    ||  | |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  49583 atgtactttgattgacgtctagaaacttttcaagcgtatggtaatatgtagacttgcacgtcgactgtgt 49514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1785 (Bit Score: 48; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold1785
Description:

Target: scaffold1785; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 34 - 137
Target Start/End: Original strand, 486 - 587
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| | |||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  486 gcctaactcaaa-tgttgtgtagcctacttatccaaatattattccaccttcacctgatccccgttataa-cctttaagacctcaaagtgtgcattgaca 583  T
Q  134 ttga 137  Q
    ||||    
T  584 ttga 587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 48; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 34 - 137
Target Start/End: Original strand, 63096 - 63197
Alignment:
Q  34 gcctaactcaaaattttgtgtagcctacttatccaaatattatctcacctttacctaagccccattaaaacccttaaagacctcaaagtgtgcattggca 133  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| | |||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  63096 gcctaactcaaa-tgttgtgtagcctacttatccaaatattattccaccttcacctgatccccgttataa-cctttaagacctcaaagtgtgcattgaca 63193  T
Q  134 ttga 137  Q
    ||||    
T  63194 ttga 63197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University