View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16877_low_2 (Length: 377)

Name: NF16877_low_2
Description: NF16877
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16877_low_2
NF16877_low_2
[»] scaffold0028 (2 HSPs)
scaffold0028 (8-362)||(94786-95140)
scaffold0028 (8-362)||(104227-104581)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (8-362)||(7592485-7592839)
chr7 (8-362)||(15172798-15173152)
chr7 (8-358)||(15202224-15202571)
chr7 (8-248)||(4118893-4119133)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (8-362)||(18420031-18420385)
chr6 (8-362)||(23895971-23896325)
chr6 (108-361)||(14101770-14102022)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (8-362)||(30445184-30445538)
chr5 (8-362)||(30454556-30454910)
chr5 (8-362)||(30459614-30459968)
chr5 (8-362)||(18568517-18568871)
chr5 (8-362)||(24412307-24412661)
chr5 (8-362)||(22488666-22489019)
chr5 (8-362)||(24421767-24422110)
chr5 (8-321)||(4635442-4635754)
chr5 (37-211)||(24278813-24278987)
chr5 (37-211)||(24383227-24383401)
chr5 (267-352)||(22118460-22118545)
chr5 (327-362)||(4635744-4635779)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (8-362)||(3242642-3242996)
chr4 (8-362)||(3917545-3917899)
chr4 (8-362)||(26811987-26812341)
chr4 (8-362)||(26821454-26821808)
chr4 (8-362)||(54690268-54690622)
chr4 (8-362)||(54699699-54700053)
chr4 (8-362)||(37058566-37058920)
chr4 (8-362)||(15843252-15843605)
chr4 (139-360)||(18125763-18125981)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (8-362)||(28352076-28352430)
chr3 (8-362)||(28368009-28368362)
chr3 (8-362)||(28375827-28376180)
chr3 (8-362)||(28383649-28384002)
chr3 (8-330)||(38529524-38529846)
chr3 (97-359)||(4951164-4951426)
chr3 (108-312)||(7784561-7784764)
chr3 (139-362)||(27168983-27169205)
chr3 (139-360)||(4361867-4362085)
chr3 (331-362)||(24794901-24794932)
[»] scaffold0482 (1 HSPs)
scaffold0482 (8-362)||(3012-3366)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (8-362)||(7789433-7789787)
chr8 (277-362)||(20713818-20713903)
chr8 (294-362)||(15827408-15827475)
chr8 (294-362)||(15833720-15833787)
[»] scaffold0040 (2 HSPs)
scaffold0040 (8-321)||(31203-31516)
scaffold0040 (41-362)||(9559-9879)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (8-317)||(412777-413086)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (12-362)||(24023096-24023445)
chr2 (8-362)||(31710820-31711162)
chr2 (73-362)||(14272600-14272888)
[»] scaffold0233 (2 HSPs)
scaffold0233 (8-321)||(26500-26812)
scaffold0233 (328-366)||(26471-26509)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (8-362)||(15810335-15810688)
chr1 (94-259)||(41000835-41001003)
chr1 (294-362)||(40999387-40999455)


Alignment Details
Target: scaffold0028 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 95140 - 94786
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  95140 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaa 95041  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  95040 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 94941  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  94940 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 94841  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  94840 actacaaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 94786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028; HSP #2
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 104581 - 104227
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  104581 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaa 104482  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  104481 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 104382  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  104381 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 104282  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  104281 actacaaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 104227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Original strand, 7592485 - 7592839
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7592485 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaa 7592584  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7592585 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 7592684  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7592685 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 7592784  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7592785 actacaaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 7592839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Original strand, 15172798 - 15173152
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15172798 gacatcatcagaagtgagcagcaagttatacagctcattatagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaa 15172897  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15172898 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 15172997  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15172998 cccttgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatc 15173097  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  15173098 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagaaaattccatgctctctcactatatc 15173152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 8 - 358
Target Start/End: Original strand, 15202224 - 15202571
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||    
T  15202224 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacaactcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgcttttaaagccagacaaatcagaa 15202323  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15202324 agaacattcatagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacaactctattttct 15202423  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||    
T  15202424 cccttgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaag---atatctctctaagtgaaaatcatc 15202520  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcacta 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15202521 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaaggaaattccaagctctctcacta 15202571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 8 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 4119133 - 4118893
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4119133 gacatcatcagaagtgagcaacaagttatacagctcattaaagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaa 4119034  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4119033 agaacattctgagaacgttttggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 4118934  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaaggg 248  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4118933 cccttgatcaccaagacactcctcacctataaatacaaggg 4118893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Original strand, 18420031 - 18420385
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18420031 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaa 18420130  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18420131 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 18420230  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18420231 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 18420330  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18420331 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattcaaagctctctcactatatc 18420385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 23896325 - 23895971
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23896325 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaa 23896226  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23896225 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacaactatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 23896126  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23896125 cccttgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgtaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 23896026  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23896025 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 23895971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 108 - 361
Target Start/End: Original strand, 14101770 - 14102022
Alignment:
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    |||||||||||||||||||||  |  |||||| ||||||||| |||||||| |||  ||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||     
T  14101770 agaacattctgagaacgttcttcccgttttaatgaagaaaagtgaaatcaattgaagctttggacagctgccaaaaacgtatccaacaactctattttca 14101869  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaata-tctctcaaagtgaaaatcat 306  Q
    | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  |  |||||| || | | |||||||||||  |||| |||| | |||| |||||||||||||    
T  14101870 ctcttgatcaccaaggcactcctcacctataaatacaattggttttgaatgttaaatgcaagagtttttaaagcaaatattatctc-aagtgaaaatcat 14101968  T
Q  307 cactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatat 361  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||  ||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  14101969 cactacatacaaaactcttcacaattaaaacaaactccaa-ctctctcactatat 14102022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 30445538 - 30445184
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30445538 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 30445439  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30445438 agaacattctgagaacgttctggctatttttaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 30445339  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30445338 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 30445239  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30445238 actacaaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 30445184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 30454910 - 30454556
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30454910 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 30454811  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30454810 agaacattctgagaacgttctggctatttttaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 30454711  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30454710 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 30454611  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30454610 actacaaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 30454556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 30459968 - 30459614
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30459968 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 30459869  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30459868 agaacattctgagaacgttctggctatttttaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 30459769  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30459768 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 30459669  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30459668 actacaaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 30459614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Original strand, 18568517 - 18568871
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18568517 gacatcatcagaagtggactgcaagttacacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 18568616  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18568617 agaacattctgagaacgttctggctatttttaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 18568716  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18568717 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 18568816  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18568817 actacaaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 18568871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Original strand, 24412307 - 24412661
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24412307 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaa 24412406  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24412407 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 24412506  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24412507 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 24412606  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24412607 actacaaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactgtatc 24412661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Original strand, 22488666 - 22489019
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22488666 gacatcatcagcattaggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgtgcaagcaa-gcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaa 22488764  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22488765 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 22488864  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22488865 cccttgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggtctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatc 22488964  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22488965 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 22489019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Original strand, 24421767 - 24422110
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24421767 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaa 24421866  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24421867 agaacattct-----------ggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccagcagctctattttct 24421955  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24421956 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 24422055  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24422056 actacaaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactgtatc 24422110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 8 - 321
Target Start/End: Original strand, 4635442 - 4635754
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4635442 gacatcatcagcagtgcgcaacaagttatacaactcattacaactggttctctcacgcgcaagcaa-gcaatagtgctttcaaagccaggcaaatcagaa 4635540  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  4635541 agaacattttgagaacattctagctattttaaagaagaaaagaaaaatcaattgagactttggacaactatcaaaaacgcatccaacagctctattttct 4635640  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4635641 cccttgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggtctttgaaggtcataagctagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatc 4635740  T
Q  308 actacaaacaaagc 321  Q
    ||| ||||||||||    
T  4635741 actgcaaacaaagc 4635754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 37 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 24278987 - 24278813
Alignment:
Q  37 acagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttctggctattt 136  Q
    |||| |||||||| |||||  |||||||| ||||||| |||||| |||   |||||| |||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||    
T  24278987 acagttcattacaactggtactctcatgcacaagcaa-gcaacaatgcaagcaaagttaggcaaatcagacacaacatt-tgagaacgttctggctattt 24278890  T
Q  137 t-aaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatca-aaaacgtgtccaacagctctattttctccct 211  Q
    | ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24278889 ttaaagaagaagagagaaatcaactgagattttggacagctatcaaaaaacgtgtccaacaactctattttctccct 24278813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 37 - 211
Target Start/End: Original strand, 24383227 - 24383401
Alignment:
Q  37 acagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttctggctattt 136  Q
    |||| |||||||| |||||  |||||||| ||||||| |||||| |||   |||||| |||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||    
T  24383227 acagttcattacaactggtactctcatgcacaagcaa-gcaacaatgcaagcaaagttaggcaaatcagacacaacatt-tgagaacgttctggctattt 24383324  T
Q  137 t-aaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatc-aaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 211  Q
    | ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24383325 ttaaagaagaagagagaaatcaactgagattttggacagctatcaaaaaacgtgtccaacaactctattttctccct 24383401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 267 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 22118545 - 22118460
Alignment:
Q  267 aagagttttgcaagctaatat-ctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctc 352  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  22118545 aagagttttgaaagcaaatattctctcaa-gtgaaaatcatcactacatacaaagctcttcacaaacaaatcaaattccaagctctc 22118460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 327 - 362
Target Start/End: Original strand, 4635744 - 4635779
Alignment:
Q  327 gcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4635744 gcaaacaaagcaaattccaagctccctcactatatc 4635779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 3242996 - 3242642
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3242996 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaa 3242897  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3242896 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 3242797  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3242796 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 3242697  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3242696 actacaaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 3242642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Original strand, 3917545 - 3917899
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3917545 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaa 3917644  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3917645 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 3917744  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3917745 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 3917844  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3917845 actacaaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 3917899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Original strand, 26811987 - 26812341
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26811987 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaa 26812086  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26812087 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 26812186  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26812187 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 26812286  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26812287 actacaaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 26812341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Original strand, 26821454 - 26821808
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26821454 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaa 26821553  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26821554 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 26821653  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26821654 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 26821753  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26821754 actacaaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 26821808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 54690622 - 54690268
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  54690622 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaa 54690523  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54690522 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 54690423  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54690422 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 54690323  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54690322 actacaaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 54690268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 54700053 - 54699699
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  54700053 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaa 54699954  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54699953 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 54699854  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54699853 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgaaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 54699754  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54699753 actacaaacaaagctcttcgcatacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 54699699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Original strand, 37058566 - 37058920
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37058566 gacatcatcagaagtgggcacaaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaaacaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaa 37058665  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37058666 agaacattttgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacaactctattttct 37058765  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37058766 cccttgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatc 37058865  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37058866 actacaaacagagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 37058920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 15843605 - 15843252
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15843605 gacatcatcagcattgggcagcaaattatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaa-gcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaa 15843507  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15843506 agaacattatgagaacgttatggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttgaacagctataaaaaacgtgtccaacagctctattttct 15843407  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15843406 cccttgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatc 15843307  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15843306 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 15843252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 18125981 - 18125763
Alignment:
Q  139 aagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaagacactcctcacctata 238  Q
    ||||||||||| |||| ||| |||  ||||||||||||  |||||| |||||||||| |||| ||||| | |||| |||| ||| |||||| ||  ||||    
T  18125981 aagaagaaaagtgaaaccaattgaagctttggacagctg-caaaaatgtgtccaacaactcttttttcacacttgatcactaagtcactccacatatata 18125883  T
Q  239 aatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaata-tctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagc 337  Q
    |||||||| |  ||| ||| |   ||  |||| ||||| |||| || | ||||||  ||| ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| |    
T  18125882 aatacaagtggttttaaagcttcaaataaagaattttgaaagcaaacattctctc-tagtaaaaatcatcactacatac-aagctcttcacaaacaaa-c 18125786  T
Q  338 aaattccaagctctctcactata 360  Q
    |||| ||||||||||||| ||||    
T  18125785 aaataccaagctctctcattata 18125763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 28352430 - 28352076
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28352430 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacaactcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaa 28352331  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28352330 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 28352231  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28352230 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 28352131  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28352130 actacaaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 28352076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 28368362 - 28368009
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28368362 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaa 28368263  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28368262 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 28368163  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28368162 cccttggt-accaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 28368064  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28368063 actacaaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 28368009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 28376180 - 28375827
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28376180 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaa 28376081  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28376080 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 28375981  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28375980 cccttggt-accaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 28375882  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28375881 actacaaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 28375827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 28384002 - 28383649
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28384002 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcatcacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttctaagtcaggcaaatcagaa 28383903  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28383902 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 28383803  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28383802 cccttggt-accaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 28383704  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28383703 actacaaacaaagctcttcacaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 28383649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 8 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 38529846 - 38529524
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||  | |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  38529846 gacatcatcaacattgggcaacaagttaaacaactcattacagctggttctctcacgcgcaagcaa-gcaacagtgctttcaaagtcagacaattcagaa 38529748  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaaga-gaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttc 206  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  38529747 agaacattctgagaacggtctggctattttaaagaagaaaaaaagaaatcaattgagactttggacaactataaaaaacgtgtccaacaactctattttc 38529648  T
Q  207 tcccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcat 306  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38529647 tcccttgatcaccaagacactcctcgcctataaatacaagggcctttgaagattataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcat 38529548  T
Q  307 cactacaaacaaagctcttcgcaa 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  38529547 cactacaaacaaagctcttcgcaa 38529524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 97 - 359
Target Start/End: Original strand, 4951164 - 4951426
Alignment:
Q  97 gcaaatcagaaagaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacag 196  Q
    |||||||||| | |||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||     
T  4951164 gcaaatcagacataacattatgagaacgttcttcctatttttaagaagaaaagagaaatcaattgagactttagacagttatcaaaaacgtgtccaacaa 4951263  T
Q  197 ctctattttctcccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaag-agttttgcaagctaata-tctctcaa 294  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||  || |||||||||||  |||| |||||| |    
T  4951264 ctctagtttctcccttgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagtggttttgaaggtta-aagatagaagttttgcaagtaaatattctctc-a 4951361  T
Q  295 agtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactat 359  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4951362 agtgaaaatcaccactacaaacaaaactctttgcaaacaaagcaaattccaagttctctcactat 4951426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 108 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 7784764 - 7784561
Alignment:
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    |||||||||| ||||| ||||| || ||| |||||||||||| |||||||| |||  ||||||| ||||  ||||||| ||||||||| | ||||||||     
T  7784764 agaacattctaagaacattctgtctgttt-aaagaagaaaagtgaaatcaattgaagctttggaaagctgccaaaaacatgtccaacaacactattttca 7784666  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaata-tctctcaaagtgaaaatcat 306  Q
    | |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| |  | |||||||   ||| |||||||||  |||| | || |||||| |||||||||||||    
T  7784665 ctcttgatcaccaaggcactgctcacctataaatacaagtggttatgaaggttgaaagtaagagttttaaaagcaagtattctctc-aagtgaaaatcat 7784567  T
Q  307 cactac 312  Q
    ||||||    
T  7784566 cactac 7784561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 139 - 362
Target Start/End: Original strand, 27168983 - 27169205
Alignment:
Q  139 aagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaagacactcctcacctata 238  Q
    ||||||||||| |||||||| |||  | ||||||||||     |||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||||| |||||||||||||||    
T  27168983 aagaagaaaagtgaaatcaattgaatcgttggacagctgcactaaacgtgtccaacacctctattttcactcttgatcaccaagtcactcctcacctata 27169082  T
Q  239 aatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaata-tctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagc 337  Q
    || ||||| |   | ||||||  ||   |||||||||| |||  |  | |||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||      
T  27169083 aacacaagtggtctagaaggttctatataagagttttgaaagtaagcattctctc-aagtgaaaatcatcactacatacaaagttcttcacaaacaaa-a 27169180  T
Q  338 aaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||    
T  27169181 aaatttcaagctctctcattatatc 27169205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 4362085 - 4361867
Alignment:
Q  139 aagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaagacactcctcacctata 238  Q
    ||||||||||| |||| ||| |||  ||||||||||||  |||||| |||||||||| |||| ||||| | |||| |||| ||| |||||| ||  ||||    
T  4362085 aagaagaaaagtgaaaccaattgaagctttggacagctg-caaaaatgtgtccaacaactcttttttcacacttgatcactaagtcactccacatatata 4361987  T
Q  239 aatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaata-tctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagc 337  Q
    |||||||| |  ||| ||| |   ||  |||| ||||| |||| || | ||||||  ||| ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| |    
T  4361986 aatacaagtggttttaaagcttcaaataaagaattttgaaagcaaacattctctc-tagtaaaaatcatcactacatac-aagctcttcacaaacaaa-c 4361890  T
Q  338 aaattccaagctctctcactata 360  Q
    |||| ||||||||||||| ||||    
T  4361889 aaataccaagctctctcattata 4361867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 331 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 24794932 - 24794901
Alignment:
Q  331 acaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24794932 acaaagcaaattccaagctctctcactatatc 24794901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0482 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0482
Description:

Target: scaffold0482; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Original strand, 3012 - 3366
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3012 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 3111  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3112 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaaagatactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 3211  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3212 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgtaagctaatatctgtcaaagtgaaaatcatc 3311  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3312 actacaaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 3366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 7789787 - 7789433
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7789787 gacatcatcagaagtgggctgcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 7789688  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7789687 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaaagatactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 7789588  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7789587 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgtaagctaatatctgtcaaagtgaaaatcatc 7789488  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7789487 actacaaacaaagctcttcacatacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 7789433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 277 - 362
Target Start/End: Original strand, 20713818 - 20713903
Alignment:
Q  277 caagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20713818 caagctaatatctctctaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagaaaattccaagctctctcactatatc 20713903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 294 - 362
Target Start/End: Original strand, 15827408 - 15827475
Alignment:
Q  294 aagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  15827408 aagtgaaaatcatcactacatacaaagtttttcacaaacaaa-caaattccaagctatctcattatatc 15827475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 294 - 362
Target Start/End: Original strand, 15833720 - 15833787
Alignment:
Q  294 aagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||    
T  15833720 aagtgaaaatcatcactacatacaaagctcctcacaaacaaa-caaattgcaagccctctcattatatc 15833787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0040 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 2)
Name: scaffold0040
Description:

Target: scaffold0040; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 8 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 31516 - 31203
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31516 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgtgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagccaggcaaatcagaa 31417  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31416 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 31317  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31316 cccttgttcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatc 31217  T
Q  308 actacaaacaaagc 321  Q
    ||||||||||||||    
T  31216 actacaaacaaagc 31203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0040; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 41 - 362
Target Start/End: Original strand, 9559 - 9879
Alignment:
Q  41 ctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttctggctattttaaa 140  Q
    ||||||| |||||||| | |||  ||||||||| ||||||| ||   |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  9559 ctcattatagctggttctttcactcgcaagcaa-gcaacagagcaagcaaagctaggcaaatcagacagaacattctgagaacgttctagctatttttaa 9657  T
Q  141 gaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaagacactcctcacctataaa 240  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  9658 gaagaaaagtgaaaacaaatgagactttggacagctatcaaaaatgtgtccatcaactctattttcacccttgatcaccaagacactcctcacctatata 9757  T
Q  241 tacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaata-tctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaa 339  Q
    |||||     ||||||||| | | |||||||||||| |||  |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9758 tacaaatagttttgaaggttaaaggcaagagttttgaaagaaaatattctctc-aagtgaaaaacatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaa 9856  T
Q  340 attccaagctctctcactatatc 362  Q
    ||| |||||||||||||||||||    
T  9857 atttcaagctctctcactatatc 9879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 8 - 317
Target Start/End: Original strand, 412777 - 413086
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  412777 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgtgcaagcaaagcaatagtgctttcaaagtcagacaaatcagaa 412876  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||    
T  412877 agaacattatgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacagctatcaaaaaagagtccaacaactctattttct 412976  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  412977 cccttgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 413076  T
Q  308 actacaaaca 317  Q
    ||||||||||    
T  413077 actacaaaca 413086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 12 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 24023445 - 24023096
Alignment:
Q  12 tcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaa 111  Q
    ||||||||| || ||  ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  24023445 tcatcagaattgagcgacaagttaaacagctcattacagttggttctctcacgcgcaag-aaagcaacagtgctttcaaagtaaggcaattcagacagaa 24023347  T
Q  112 cattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctccct 211  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24023346 cattctaagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggatagctatcaaaaacgtgtccaacaactctattttctccct 24023247  T
Q  212 tggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatcacta 311  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24023246 tgatcactaagacactcctcacctataaatacaagggcttttgaaggttataaccaagacttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatcacta 24023147  T
Q  312 caaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24023146 caaacaaagctcttcgcaaataaagcaaattccaagctctctcactatatc 24023096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 31711162 - 31710820
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  31711162 gacatcatcagcattgggcaacaagttatacagctcattacaactggttctctcacgcgcaagcaa-gcaacagtgctttcaaagccaggaaaatcagaa 31711064  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    |||||||||||           |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  31711063 agaacattctg-----------gctatttttaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggacaactatcaaaaacgcgtccaacaactctattttct 31710975  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31710974 cacttgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagtaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatc 31710875  T
Q  308 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31710874 actacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 31710820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 73 - 362
Target Start/End: Original strand, 14272600 - 14272888
Alignment:
Q  73 aagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggac 172  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14272600 aagcaacaatgctttcaaagttaggcaattcagacagaacattctgaaaacgttctggctatttataagtagaaaagagaaatcaattgagactttggac 14272699  T
Q  173 agctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttctcccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagt 272  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | | ||||||    
T  14272700 agctatcaaaaacgtgtccaacaactctattttctcccttgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggtctttgaaggttaaaggtaagagt 14272799  T
Q  273 tttgcaagctaata-tctctcaaagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    |||| |||| || | |||||  || ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||    
T  14272800 tttgaaagcaaacattctcttgaa-tgaaaatcatcactacatacaaaactcttcacaaacaaaacaaactccaa-ctctctcactatatc 14272888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0233 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 2)
Name: scaffold0233
Description:

Target: scaffold0233; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 8 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 26812 - 26500
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  26812 gacatcatcagcattgggcagcaagttatacagctcattacagctgattaactcatgcgcatacaa-gcaacagtgctttcaaagccagacaaatcagaa 26714  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  26713 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaattgagactttggatagctatcaaaaatgtgtccaacatctctattttct 26614  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaatatctctcaaagtgaaaatcatc 307  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26613 cccttgatcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagtaagagttttgcaagctaatatctctctaagtgaaaatcatc 26514  T
Q  308 actacaaacaaagc 321  Q
    ||||||||||||||    
T  26513 actacaaacaaagc 26500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0233; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 328 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 26509 - 26471
Alignment:
Q  328 caaacaaagcaaattccaagctctctcactatatccctt 366  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26509 caaacaaagcaaattccaagctctctcactatatccctt 26471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 148; Significance: 5e-78; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 15810688 - 15810335
Alignment:
Q  8 gacatcatcagaagtgggcagcaagttatacagctcattacagctggttatctcatgcgcaagcaaagcaacagtgctttcaaagtcaggcaaatcagaa 107  Q
    ||||| ||||||| || ||| ||||| | |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||   |||||| | ||||||||||     
T  15810688 gacataatcagaattgagcaacaagtaaaacagctcattacagctggttctctcactcgcaagcaa-gcaacagtgcaagcaaagttatgcaaatcagac 15810590  T
Q  108 agaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaacgtgtccaacagctctattttct 207  Q
    | |||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||  |||||||| |  |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |     
T  15810589 ataacattctgagatcattctgtctatttttaagaagaaaaatgaaatcaattaggactttggacagctatcaaaaatgtgtccaacaactctatttgca 15810490  T
Q  208 cccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggtcataagcaagagttttgcaagctaata-tctctcaaagtgaaaatcat 306  Q
    || ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||  | | | |||||||||||| |||  |||| |||||| ||||||||| |||    
T  15810489 ccattgatcaccaagacactcatcacctataaatacaagtggttttgaattttaaaggcaagagttttgaaagaaaatattctctc-aagtgaaaaacat 15810391  T
Q  307 cactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15810390 cactacaaacaaagctcctcgcaaacaaagcaaatttcaagctctctcactatatc 15810335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 94 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 41001003 - 41000835
Alignment:
Q  94 caggcaaatcagaaagaacattctgagaacgttctggctattttaaagaagaaaagagaaatcaaatgagactttggacagctatcaaaaa---cgtgtc 190  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| | ||||| | | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||   ||||||    
T  41001003 caggcaaatcagacataacattctgagatctttctgcccaattttaagaagaaaagtgaaatcaaatgagactttggacatctataaaaaaaaacgtgtc 41000904  T
Q  191 caacagctctattttctcccttggtcaccaagacactcctcacctataaatacaagggcctttgaaggt 259  Q
    ||||| |||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  41000903 caacatctctattttcactcttgatcaccaaggcactcctcacctataaatacaagtggttttgaaggt 41000835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 294 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 40999455 - 40999387
Alignment:
Q  294 aagtgaaaatcatcactacaaacaaagctcttcgcaaacaaagcaaattccaagctctctcactatatc 362  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  40999455 aagtgaaaaacatcactacatacaaagctcttcgcaaacaaagtaaattccaagctctctcactatatc 40999387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University