View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16885_high_1 (Length: 802)

Name: NF16885_high_1
Description: NF16885
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16885_high_1
NF16885_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-772)||(55328912-55329678)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 663; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 55329678 - 55328912
Alignment:
Q  20 catcatcaagaagtttgatattagagttgttgttctt------cttctcgagaagcagtgttttggtaatcaaattacagaaaagatagacaaattgaac 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55329678 catcatcaagaagtttgatattagagttgttgttgttgttgttcttctcgagaagcagtgttttggtaatcaaattacagaaaagatagacaaattgaac 55329579  T
Q  114 agaggggttaacgggaatgggataagcaatgcggctgaaagtatggagaggcatagcagaatcaacaagagcgacaattggaatgtgaagtttgaaagcc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55329578 agaggggttaacgggaatgggataagcaatgcggctgaaagtatggagaggcatagcagaatcaacaagagcgacaattggaatgtgaagtttgaaagcc 55329479  T
Q  214 tcgtcaataacagaagacttgctctcggtatcgacaatgacgatgcaatcgggaggctgagtgggaccgaagcaaagtttcttgttgcgagatcgaaact 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55329478 tcgtcaataacagaagacttgctctcagtatcgacaatgacgatgcaatcgggaggctgagtgggaccgaagcaaagtttcttgttgcgagatcgaaact 55329379  T
Q  314 tcttgggactgttgctgttggtgagaaatccaccagtacgccagagagaattggaagagggactgtagcatccaacctttttggacataagttcgaagat 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55329378 tcttgggactgttgctgttggtgagaaatccaccagtacgccagagagaattggaagagggactgtagcatccaacctttttggacataagttcgaagat 55329279  T
Q  414 ttcatcgaagagaggattggtgttgatgaacatgaatcgaccattatggcgagcaagggaagagatgaaattgatagcacttcgcatacaaatcaaagtc 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55329278 ttcatcgaagagaggattggtgttgatgaacatgaatcgaccattatggcgagcaagggaagagatgaaattgatagcacttcgcatacaaatcaaagtc 55329179  T
Q  514 ttatcggaatcgatgattgccattctgttgcgaaggccgtaagtgtaatctttgaaatgatgagtggcgacttgacgaccaatgtgtgcatttgtgctaa 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55329178 ttatcggaatcgatgattgccattctgttgcgaaggccgtaagtgtaatctttgaaatgatgagtggcgacttgacgaccaatgtgtgcatttgtgctaa 55329079  T
Q  614 gaagcttctgtatcactacagaatgaatcgtcatgcttcttctcgattgattccaattccaattcaaaaccttcaatgcttttagggtt--------nnn 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               
T  55329078 gaagcttctgtatcactacagaatgaatcgtcatgcttcttctcgattgattccaattccaattcaaaaccttcaatgcttttagggtttctctctctct 55328979  T
Q  706 nnnnnnnnncctcccttctcaatcaactgtaaaacaaaatttattatacaagaacataagacttgtt 772  Q
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  55328978 ctctctctccctcccttctcaatcaactgtaaaacaaaatttattatacaggaacataaaacttgtt 55328912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University