View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF16903_high_3 (Length: 403)
Name: NF16903_high_3
Description: NF16903
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16903_high_3 |
 | |
|
| [»] chr6 (4 HSPs) |
| |
|
| [»] chr4 (1 HSPs) |
| |
|
| [»] chr2 (3 HSPs) |
| |
|
| [»] chr7 (2 HSPs) |
| |
|
| [»] chr5 (2 HSPs) |
| |
|
| [»] chr3 (2 HSPs) |
| |
|
| [»] scaffold0164 (1 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 4443899 - 4443503
Alignment:
| Q |
7 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
106 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4443899 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacctagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
4443800 |
T |
|
| Q |
107 |
gggttcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
206 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4443799 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
4443700 |
T |
|
| Q |
207 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcgacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaaaagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4443699 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
4443600 |
T |
|
| Q |
307 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
403 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4443599 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
4443503 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 403
Target Start/End: Original strand, 13512217 - 13512613
Alignment:
| Q |
7 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
106 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13512217 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacctagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
13512316 |
T |
|
| Q |
107 |
gggttcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
206 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
13512317 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccagcaggac |
13512416 |
T |
|
| Q |
207 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcgacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaaaagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13512417 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
13512516 |
T |
|
| Q |
307 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
403 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13512517 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
13512613 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 184 - 403
Target Start/End: Original strand, 28694555 - 28694774
Alignment:
| Q |
184 |
cccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcgacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaaaagcaaggctg |
283 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
28694555 |
cccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctg |
28694654 |
T |
|
| Q |
284 |
gaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtg |
383 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
28694655 |
gaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtg |
28694754 |
T |
|
| Q |
384 |
tatggtgagggcgaagagga |
403 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28694755 |
tatggtgagggcgaagagga |
28694774 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 297 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 10082356 - 10082253
Alignment:
| Q |
297 |
caaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcg |
396 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10082356 |
caaggtgttgggcagcggagtggaagccgacaaaatgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcg |
10082257 |
T |
|
| Q |
397 |
aaga |
400 |
Q |
| |
|
|||| |
|
|
| T |
10082256 |
aaga |
10082253 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 38966223 - 38965827
Alignment:
| Q |
7 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
106 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38966223 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
38966124 |
T |
|
| Q |
107 |
gggttcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
206 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38966123 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
38966024 |
T |
|
| Q |
207 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcgacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaaaagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38966023 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
38965924 |
T |
|
| Q |
307 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
403 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38965923 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
38965827 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 403
Target Start/End: Original strand, 35600303 - 35600699
Alignment:
| Q |
7 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
106 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35600303 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
35600402 |
T |
|
| Q |
107 |
gggttcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
206 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35600403 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
35600502 |
T |
|
| Q |
207 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcgacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaaaagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35600503 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
35600602 |
T |
|
| Q |
307 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
403 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35600603 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
35600699 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 403
Target Start/End: Original strand, 40656105 - 40656501
Alignment:
| Q |
7 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
106 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40656105 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
40656204 |
T |
|
| Q |
107 |
gggttcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
206 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40656205 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
40656304 |
T |
|
| Q |
207 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcgacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaaaagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40656305 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
40656404 |
T |
|
| Q |
307 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
403 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40656405 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
40656501 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 37364384 - 37363991
Alignment:
| Q |
7 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
106 |
Q |
| |
|
|||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37364384 |
gtgagaagaaaaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
37364285 |
T |
|
| Q |
107 |
gggttcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
206 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37364284 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactcccaaaatgcgggatatgatcactaggttgactcaagaacagcttgtttcccatatgcaaacccaacaggac |
37364185 |
T |
|
| Q |
207 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcgacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaaaagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37364184 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacaagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaataggaatgagcaaggtgttg |
37364085 |
T |
|
| Q |
307 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaaga |
400 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37364084 |
ggcagcagagtggaagccgacaaaatgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaaga |
37363991 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 18334809 - 18334413
Alignment:
| Q |
7 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
106 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18334809 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
18334710 |
T |
|
| Q |
107 |
gggttcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
206 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18334709 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
18334610 |
T |
|
| Q |
207 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcgacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaaaagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18334609 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagatcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
18334510 |
T |
|
| Q |
307 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
403 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18334509 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
18334413 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 144 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 38702990 - 38702731
Alignment:
| Q |
144 |
cgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcgacgagaattcc |
243 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
38702990 |
cgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccagcaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcc |
38702891 |
T |
|
| Q |
244 |
tagactctcagttggacacatttaggcaaaagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcc |
343 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38702890 |
tagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcc |
38702791 |
T |
|
| Q |
344 |
tccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
403 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38702790 |
tccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
38702731 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 33887311 - 33886915
Alignment:
| Q |
7 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
106 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33887311 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacctagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
33887212 |
T |
|
| Q |
107 |
gggttcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
206 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
33887211 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccagcaggac |
33887112 |
T |
|
| Q |
207 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcgacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaaaagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33887111 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
33887012 |
T |
|
| Q |
307 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
403 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33887011 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
33886915 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 7 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 37567703 - 37567328
Alignment:
| Q |
7 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
106 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37567703 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaacttccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
37567604 |
T |
|
| Q |
107 |
gggttcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
206 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37567603 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
37567504 |
T |
|
| Q |
207 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcgacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaaaagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
37567503 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagca---------------------aggtgttg |
37567425 |
T |
|
| Q |
307 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
403 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37567424 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
37567328 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 33901855 - 33901459
Alignment:
| Q |
7 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
106 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33901855 |
gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
33901756 |
T |
|
| Q |
107 |
gggttcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
206 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33901755 |
gggttcttctcggcaacctgagctcactccagaaatccgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggag |
33901656 |
T |
|
| Q |
207 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcgacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaaaagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
33901655 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtggtg |
33901556 |
T |
|
| Q |
307 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
403 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33901555 |
ggcagcatagtggaagccgagagagtgtgagggctcctctagtgtgtgatgatgatgcggaagacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
33901459 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 151 - 403
Target Start/End: Original strand, 26249191 - 26249443
Alignment:
| Q |
151 |
tgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcgacgagaattcctagactc |
250 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26249191 |
tgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactc |
26249290 |
T |
|
| Q |
251 |
tcagttggacacatttaggcaaaagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtg |
350 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
26249291 |
tcagttggacacatttaggcaagagcaaggcttgaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccaggg |
26249390 |
T |
|
| Q |
351 |
tgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
403 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26249391 |
tgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
26249443 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 34676883 - 34676491
Alignment:
| Q |
7 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
106 |
Q |
| |
|
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
34676883 |
gtgagaagaaaaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgttgggga |
34676784 |
T |
|
| Q |
107 |
gggttcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
206 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34676783 |
gggctcttctcggcaacctgagctcactcccgaaatgcgggatatgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
34676684 |
T |
|
| Q |
207 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcgacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaaaagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34676683 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggaca-atttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
34676585 |
T |
|
| Q |
307 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaaga |
400 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34676584 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtttgtgctgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaaga |
34676491 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0164 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 1)
Name: scaffold0164
Description:
Target: scaffold0164; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 66 - 403
Target Start/End: Original strand, 1 - 338
Alignment:
| Q |
66 |
ggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctggggagggttcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttga |
165 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1 |
ggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctggggagggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttga |
100 |
T |
|
| Q |
166 |
ctcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcgacgagaattcctagactctcagttggacacatt |
265 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
101 |
ctcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatt |
200 |
T |
|
| Q |
266 |
taggcaaaagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcg |
365 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
201 |
taggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtattaggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcg |
300 |
T |
|
| Q |
366 |
gatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
403 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
301 |
gatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagagga |
338 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 7 - 393
Target Start/End: Original strand, 9764075 - 9764461
Alignment:
| Q |
7 |
gtgagatgaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
106 |
Q |
| |
|
|||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9764075 |
gtgagaagaaaaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga |
9764174 |
T |
|
| Q |
107 |
gggttcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac |
206 |
Q |
| |
|
||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |
|
|
| T |
9764175 |
gggctcttgtcggcaacctgagctcactcccgaaatgcgggatatgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccaaatgcaaacccaacaagag |
9764274 |
T |
|
| Q |
207 |
ctgatccatgaggtggttaggaagcgacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaaaagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg |
306 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9764275 |
ctgatccagaaggtggttaggaagcaacaagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagaacaaggctggaataggaatgagcaaggtgttg |
9764374 |
T |
|
| Q |
307 |
ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagg |
393 |
Q |
| |
|
||||||| ||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9764375 |
ggcagcatagtagaagccgacaaaatgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagg |
9764461 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University