View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF16905_high_2 (Length: 808)
Name: NF16905_high_2
Description: NF16905
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16905_high_2 |
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| [»] scaffold0027 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0027 (Bit Score: 738; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0027
Description:
Target: scaffold0027; HSP #1
Raw Score: 738; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 792
Target Start/End: Original strand, 63057 - 63838
Alignment:
| Q |
11 |
aagaagccaaacatagacacaattttcattgaaaatcatagttgtgcataaatattataaaacgtttaatattcacatcagcattttgaaaatcaaaccg |
110 |
Q |
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| T |
63057 |
aagaagccaaacatagacacaattttcattgaaaatcaaagttgtgcataaatattataaaacgttttatattcacatcagcattttgaaaatcaaaccg |
63156 |
T |
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| Q |
111 |
gacatcaaatcgacaaaactcctatcatggttcagctacttcaaagttcaaagcactaaaataactaaaccatggtttatacagttcaacaaactgccac |
210 |
Q |
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| T |
63157 |
gacatcaaatcgacaaaactcctatcatggttcagctacttcaaagttcaaagcactaaaataactaaaccatggtttatacagttcaacaaactgccac |
63256 |
T |
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| Q |
211 |
actgacattttaaaacactgaaaagtagcgtgagacgattcaagagcatgatgccccaaaaatcaaattgttacaaacaaaataaaagataaacagtagt |
310 |
Q |
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| T |
63257 |
actgacattttaaaacactgaaaagtagcgtgagacgattcaagagcatgatgccccaaaaatcaaattgttacaaacaaaataaaagataaacagtagt |
63356 |
T |
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| Q |
311 |
accatacaatcaacttctaaagtagcactggtttatatatggacnnnnnnnncattcaagagttatcttacactaatgagtatattcaatttcagaaata |
410 |
Q |
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| T |
63357 |
accatacaatcaacttctaaagtagcactggtttatatatgaacaaaaaaaacattcaagagttatcttacactaatgagtatattcaatttcagaaata |
63456 |
T |
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| Q |
411 |
acatagcagatcagaccattgtgaccagactaatagactaaccttcaaatttcaaaacataacaaaaaaggacctgtgtaataaacatctttttaatcga |
510 |
Q |
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| T |
63457 |
acacagcagatcagaccattgtgaccagactaatagactaaccttcaaatttcaaaacataacaaaaaaggacctgtgtaataaacatctttttaatcga |
63556 |
T |
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| Q |
511 |
atttaagccctctcacctctgattatgcaaacaagttgaatatccttaacttataacttaatgtgtttacaagtcattttaatacatacttagagactaa |
610 |
Q |
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| T |
63557 |
atttaagccctctcacctctgattatgcaaacaagttgaatatccttaacttataacttaatgtgtttacaagtcattttaatacatacttagagactaa |
63656 |
T |
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| Q |
611 |
ccggcccatgccaagatacaggttaagaattattcaaaaccggtgtatggtgtgtcaataatctgttgacagcgatcaaatattcacatgtcagtcaaga |
710 |
Q |
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| T |
63657 |
ccggcccatgccaagatacaggttaagaattattcaaaaccggtgtatggtgtgtcaataatctgttgacagcgatcaaatattcacatgtcagtcaaga |
63756 |
T |
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| Q |
711 |
ctattagcttataactgaattctgtttattcagttgattactggttagttatgttagttggtttagctctgttagttatttt |
792 |
Q |
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| T |
63757 |
ctattagcttataactgaattatgtttattcagttgattactggttagttatgttagttggtttagctctgttagttatttt |
63838 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 671; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 671; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 792
Target Start/End: Complemental strand, 21320742 - 21319976
Alignment:
| Q |
11 |
aagaagccaaacatagacacaattttcattgaaaatcatagttgtgcataaatattataaaacgtttaatattcacatcagcattttgaaaatcaaaccg |
110 |
Q |
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| T |
21320742 |
aagaagccaaacatagacacaattttcattgaaaatcaaagttgtgcataaatattataaaacgttttatattcacatcagcattttgaaaatcaaaccg |
21320643 |
T |
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| Q |
111 |
gacatcaaatcgacaaaactcctatcatggttcagctacttcaaagttcaaagcactaaaataactaaaccatggtttatacagttcaacaaactgccac |
210 |
Q |
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| T |
21320642 |
gacatcaaatcgacaaaactcctatcatggttcagctacttcaaagttcaaagcactaaaataactaaaccatggtttatacagttcaacaaactgccac |
21320543 |
T |
|
| Q |
211 |
actgacattttaaaacactgaaaagtagcgtgagacgattcaagagcatgatgccccaaaaatcaaattgttacaaacaaaataaaagataaacagtagt |
310 |
Q |
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| T |
21320542 |
actgacattttaaaacactgaaaagtagcgtgagacgattcaagagcatgatgccccaaaaatcaaattgttacaaacaaaataaaagataaacagtagt |
21320443 |
T |
|
| Q |
311 |
accatacaatcaacttctaaagtagcactggtttatatatggacnnnnnnnncattcaagagttatcttacactaatgagtatattcaatttcagaaata |
410 |
Q |
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| T |
21320442 |
accatacaatcaacttctaaagtagcactggtttatatatgaacaaaaaaaacattcaagagttatcttacactaatgagtatattcaatttcagaaata |
21320343 |
T |
|
| Q |
411 |
acatagcagatcagaccattgtgaccagactaatagactaaccttcaaatttcaaaacataacaaaaaaggacctgtgtaataaacatctttttaatcga |
510 |
Q |
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| T |
21320342 |
acacagcagatcagaccattgtgaccagactaatagactaaccttcaaatttcaaaacataacaaaaaaggacctgtgtaataaacatctttttaatcga |
21320243 |
T |
|
| Q |
511 |
atttaagccctctcacctctgattatgcaaacaagttgaatatccttaacttataacttaatgtgtttacaagtcattttaatacatacttagagactaa |
610 |
Q |
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| T |
21320242 |
atttaagccctctcacctctgattatgcaagcaagttgaatatccttaacttataacttaatgtg-ttacaagtcattttaatacatacttagagactaa |
21320144 |
T |
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| Q |
611 |
ccggcccatgccaagatacaggttaagaattattcaaaaccggtgtatggtgtgtcaataatctgttgacagcgatcaaatattcacatgtcagtcaaga |
710 |
Q |
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| T |
21320143 |
ccggcccatgccaagatacaggttaagaattattcaaaaccggtgtatggtgtgtcaataatctgttgacagcgatcaaatattcacatgtcagtcaagt |
21320044 |
T |
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| Q |
711 |
ctattagcttataactgaattctgtttattcagttgattactggttagttatgttagttggtttagctctgttagttatttt |
792 |
Q |
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|
| T |
21320043 |
ggattagcttataactgaattctgtttatt--------------ttagttatgttagttggtttagctctgttagttatttt |
21319976 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 58
Target Start/End: Original strand, 44633722 - 44633767
Alignment:
| Q |
13 |
gaagccaaacatagacacaattttcattgaaaatcatagttgtgca |
58 |
Q |
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| T |
44633722 |
gaagccaaacatcgacacaattttcattgcaaatcaaagttatgca |
44633767 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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