View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16905_high_4 (Length: 757)

Name: NF16905_high_4
Description: NF16905
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16905_high_4
NF16905_high_4
[»] chr5 (35 HSPs)
chr5 (5-740)||(30434653-30435391)
chr5 (14-740)||(30339068-30339797)
chr5 (18-740)||(30242919-30243644)
chr5 (14-740)||(30482235-30482964)
chr5 (14-740)||(29871017-29871746)
chr5 (5-740)||(30748474-30749212)
chr5 (33-740)||(29852130-29852852)
chr5 (5-684)||(30677702-30678387)
chr5 (120-679)||(30398957-30399516)
chr5 (121-683)||(30059245-30059807)
chr5 (121-547)||(30714087-30714513)
chr5 (226-599)||(4380630-4381003)
chr5 (128-682)||(30205399-30205956)
chr5 (5-101)||(30713956-30714052)
chr5 (121-358)||(17418822-17419059)
chr5 (14-101)||(30059842-30059929)
chr5 (441-674)||(30203047-30203280)
chr5 (423-682)||(29709864-29710123)
chr5 (28-103)||(30399548-30399623)
chr5 (473-583)||(30474363-30474473)
chr5 (25-91)||(30206008-30206074)
chr5 (125-210)||(30474733-30474818)
chr5 (25-97)||(17418711-17418783)
chr5 (497-585)||(30429934-30430022)
chr5 (705-740)||(30059119-30059154)
chr5 (705-740)||(30678477-30678512)
chr5 (436-585)||(30522599-30522748)
chr5 (436-585)||(30562939-30563088)
chr5 (127-162)||(4381005-4381040)
chr5 (136-199)||(30522299-30522362)
chr5 (136-199)||(30562639-30562702)
chr5 (337-407)||(17982082-17982152)
chr5 (31-101)||(17982400-17982470)
chr5 (350-404)||(30203318-30203372)
chr5 (24-101)||(30474854-30474931)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (120-685)||(26706218-26706783)
chr7 (25-103)||(26706815-26706893)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (25-680)||(20297145-20297818)
chr4 (705-740)||(20297912-20297947)
chr4 (353-400)||(52351128-52351175)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (337-650)||(7098336-7098649)
chr1 (337-541)||(7582597-7582801)
chr1 (24-101)||(7098897-7098974)
chr1 (24-101)||(7582272-7582349)
chr1 (624-682)||(7582884-7582942)
chr1 (115-176)||(7582378-7582439)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 491; Significance: 0; HSPs: 35)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 491; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 30435391 - 30434653
Alignment:
Q  5 gagtagcataggattaaacaatgttggtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggag 104  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  30435391 gagtatcaaaggattaaacaatgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgaagggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcgtgg-at 30435293  T
Q  105 agtg----atgaatctataattagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggatta 200  Q
    |  |    | ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30435292 atcgcaacaggaatctataattagatctgagcaattactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggatta 30435193  T
Q  201 tcgttgccaagttggataagccttcttagtaatttaatttctcttaaactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttagtaaactaccat 300  Q
    ||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  30435192 tcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttaaacttggggattgcaacaaaattgtgcggcttccgttatttggtaaactaccat 30435093  T
Q  301 ctctaaaacaactgaaattaattcttatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctgga 400  Q
    |||||||| |||| | | ||  |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  30435092 ctctaaaaaaacttagagtatatggtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggctttcccatctttgga 30434993  T
Q  401 ggtactccatttactatggctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgc 500  Q
    ||||||| | ||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||   || |||    
T  30434992 ggtactcgaattacatgggttaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatctggaaatgc 30434893  T
Q  501 cctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtctta 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30434892 cctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcggtgtcgatggacgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtctta 30434793  T
Q  601 ctcagcttaccctaaatagtggtgaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctgttagtaatttgtttccc 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || ||| ||    
T  30434792 ctcagcttaccctaaatagtggtgaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatccctgtttgtaacttttttacc 30434693  T
Q  701 tcaattggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtctt 740  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30434692 acaattggagtccttaccagagcaaaactgggaaggtctt 30434653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 740
Target Start/End: Original strand, 30339068 - 30339797
Alignment:
Q  14 aggattaaacaatgttggtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggagagtg----a 109  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | |  |    |    
T  30339068 aggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcgtgg-atatcgcaaca 30339166  T
Q  110 tgaatctataattagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttgcca 209  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    |||||| |||||| ||||||||||| |||    
T  30339167 ggaatctataattagtgctgagcaagtgctcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaattccttgacagtaaatttctatgaaggattatcgttacca 30339266  T
Q  210 agttggataagccttcttagtaatttaatttctcttaaactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttagtaaactaccatctctaaaac 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||     
T  30339267 agttggataagccttcttagtaatttaatttctcttaatctttggaattgcaacaaaattgtgctgcttcagttacttggtaaactaccatctctaaaaa 30339366  T
Q  310 aactgaaattaattcttatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcca 409  Q
    | || | | ||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30339367 atcttagagtatatcgtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcta 30339466  T
Q  410 tttactatggctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgccctaaactt 509  Q
     |||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  | ||||||||||| ||    
T  30339467 cttacaacgcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaacttgacaatctcctattgccctaaaatt 30339566  T
Q  510 ggactgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagctta 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339567 ggactgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgttgagggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagctta 30339666  T
Q  610 ccctaaatagtggtgaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctgttagtaatttgtttccctcaattgga 709  Q
     | || ||   |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| |||    | | |||||    
T  30339667 tcttatatgaaggtgaaggaataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctgtctatcattagttgtaatgagttgga 30339766  T
Q  710 gtccttaccagagcaaaattgggaaggtctt 740  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339767 gtccttaccagagcaaaattgggaaggtctt 30339797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 740
Target Start/End: Original strand, 30242919 - 30243644
Alignment:
Q  18 ttaaacaatgttggtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggagagtg----atgaa 113  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |       |||||    
T  30242919 ttaaacaatgttggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgg-atatcccaacatgaa 30243017  T
Q  114 tctataattagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttgccaagtt 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || |||||| |||||||| || |||||||    
T  30243018 tctataattagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataagtttctatgagggattatccttaccaagtt 30243117  T
Q  214 ggataagccttcttagtaatttaatttctcttaaactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttagtaaactaccatctctaaaacaact 313  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  30243118 ggataattcttcttagtaatttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatatctaaaaaaact 30243217  T
Q  314 gaaattaattcttatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccattta 413  Q
    | ||||| |    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  30243218 ggaattattcgaaatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctagaggtactccaatta 30243317  T
Q  414 ctatggctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgccctaaacttggac 513  Q
       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||   || ||||||||||||||||    
T  30243318 tcttgtctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatctggaaatgccctaaacttggac 30243417  T
Q  514 tgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaccct 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  30243418 tgccatgtcttccatctcttaaagacctctttgtatgggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaaact 30243517  T
Q  614 aaatagtggtgaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctgttagtaatttgtttccctcaattggagtcc 713  Q
    || |   |||   |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | ||||||| ||||||||||||    
T  30243518 aattcacggtttcggaataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctgtctgtaaatagtttcccacaattggagtcc 30243617  T
Q  714 ttaccagagcaaaattgggaaggtctt 740  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||    
T  30243618 ttaccagagacaaattgggaaggtctt 30243644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 30482964 - 30482235
Alignment:
Q  14 aggattaaacaatgttggtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggagagtg----a 109  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |       |    
T  30482964 aggattaaacaatgttggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgg-atatcccaaca 30482866  T
Q  110 tgaatctataattagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttgcca 209  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||| | |||| || |||||||| |||    
T  30482865 ggaatctataattagtgctgagcaagtacttgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattacaatgaagggttatcgttacca 30482766  T
Q  210 agttggataagccttcttagtaatttaatttctcttaaactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttagtaaactaccatctctaaaac 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  30482765 agttggataagccttcttagtaatttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaa 30482666  T
Q  310 aactgaaattaattcttatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcca 409  Q
    ||||| |||||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||  ||  |||||    
T  30482665 aactggaattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggtgtggaggtgatggttttccgatctctgatggatctcca 30482566  T
Q  410 tttactatggctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatca-attgccctaaact 508  Q
    ||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  |||| ||| |||||| ||||||    
T  30482565 tttacgatacctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttcttacttggaaatc-tcatattgccataaact 30482467  T
Q  509 tggactgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagctt 608  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30482466 tggactgccatctcttccatctcttgaaggcctctatgtggatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagctt 30482367  T
Q  609 accctaaatagtggtgaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctgttagtaatttgtttccctcaattgg 708  Q
    |||||||     |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||  ||| ||||| |||||||    
T  30482366 accctaatggagggtgaaggaataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttgtcttcaatatctggaagtagattggttcccacaattgg 30482267  T
Q  709 agtccttaccagagcaaaattgggaaggtctt 740  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30482266 agtccttaccagagcaaaattgggaaggtctt 30482235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 29871746 - 29871017
Alignment:
Q  14 aggattaaacaatgttggtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggagagtg----a 109  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |  |    |    
T  29871746 aggattaaacaatgttggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatgg-atatcgcaaca 29871648  T
Q  110 tgaatctataattagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttgcca 209  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||| |||||| ||||||||||| |||    
T  29871647 ggaatctataattagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttacca 29871548  T
Q  210 agttggataagccttcttagtaatttaatttctcttaaactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttagtaaactaccatctctaaaac 309  Q
    ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  29871547 agttggataattattcttagtaatttaatttctcttaaacttgaggattgcaacaagattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaa 29871448  T
Q  310 aactgaaattaattcttatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcca 409  Q
    ||||| |||||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||      
T  29871447 aactggaattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggtatggaggtgaggattttcccatctctggaggaactcgt 29871348  T
Q  410 tttactat-ggctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgccctaaact 508  Q
     ||| |||  | |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||    || ||||||||| |    
T  29871347 atta-tataagttaccaaacatagagggtttattgaaagttgaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatttggaaatgccctaaaat 29871249  T
Q  509 tggactgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagctt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  29871248 tggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcgttgccgatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttttgtggtcttactcagctt 29871149  T
Q  609 accctaaatagtggtgaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctgttagtaatttgtttccctcaattgg 708  Q
     |||||| |   |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||| |||||||||    
T  29871148 gccctaagtgacggtgaaggaataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttctatctctgtttgtatattgtttctctcaattgg 29871049  T
Q  709 agtccttaccagagcaaaattgggaaggtctt 740  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29871048 agtccttaccagagcaaaattgggaaggtctt 29871017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 30749212 - 30748474
Alignment:
Q  5 gagtagcataggattaaacaatgttggtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggg-- 102  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  30749212 gagtatcaaaggattaaacaatgttggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggta 30749113  T
Q  103 -agagtgatgaatctataattagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattat 201  Q
     | |  || |||||||   ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||| |||||| |||||||    
T  30749112 tacaaggaggaatctacggttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattat 30749013  T
Q  202 cgttgccaagttggataagccttcttagtaatttaatttctcttaaactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttagtaaactaccatc 301  Q
    |||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30749012 cgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttgaacttgagatttgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatc 30748913  T
Q  302 tctaaaacaactgaaattaattcttatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggag 401  Q
    ||||||| |||| | ||||  |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  30748912 tctaaaaaaactaagattatatggtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagtatggtatggaggtgagcgttttcccatctctagag 30748813  T
Q  402 gtactccatttactatggctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgcc 501  Q
    | |||| | |||  ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||    ||||||    
T  30748812 gaactcaacttaaaatccctaccaaacatagagggattattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatctgggattgcc 30748713  T
Q  502 ctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttac 601  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || |    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30748712 ctgaacttggactgccatgtcttccatctcttaaatccctccatttatgggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttac 30748613  T
Q  602 tcagcttaccctaaatagtggtgaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctgttagtaatttgtttccct 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | | |||||    |    
T  30748612 tcagcttaccctaaatagtggtgaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctgtgtatcaattgttgtaat 30748513  T
Q  702 caattggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtctt 740  Q
     | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30748512 gagttggagtccttaccagagcaaaactgggaaggtctt 30748474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 29852852 - 29852130
Alignment:
Q  33 agtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggagag---tgatgaatctata---------- 119  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||   ||||| || ||                
T  29852852 agtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaacagacattcatgaattatgtttgtcatgggaaagcaatgatggatttactgagcccccaa 29852753  T
Q  120 --attagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttgccaagttggat 217  Q
      |||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  29852752 ctattcatgatgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggacataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggat 29852653  T
Q  218 aagccttcttagtaatttaatttctcttaaactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttagtaaactaccatctctaaaacaactgaaa 317  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |  ||  |    
T  29852652 aagccttcttagtagtttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttactttgtaaactaccatatctaaaaaagttggta 29852553  T
Q  318 ttaattcttatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccatttactat 417  Q
    ||| |    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  |||| |     
T  29852552 ttattcaaaatggataatctgaaatacttagatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggagatacttctattacaac 29852453  T
Q  418 ggctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatca-attgccctaaacttggactgc 516  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||| ||||||||||||    
T  29852452 gcctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagagggaagatatttccttgtctttctaatttgaaaatc-tcatattgccctgaacttggactgc 29852354  T
Q  517 catgtcttccatctcttaaagacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaaa 616  Q
    |||||||||||||||| |||   ||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||   ||| |    
T  29852353 catgtcttccatctctgaaactgctccatgtattgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttacaaagctttggctaca 29852254  T
Q  617 tagtggtgaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctgttagtaatttgtttccctcaattggagtcctta 716  Q
    |   |||    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  29852253 tgacggtttcagaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctggttgtaaattgtttcccacaattggagtcctta 29852154  T
Q  717 ccagagcaaaattgggaaggtctt 740  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  29852153 ccagagcaaaattgggaaggtctt 29852130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 684
Target Start/End: Original strand, 30677702 - 30678387
Alignment:
Q  5 gagtagcataggattaaacaatgttggtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggg-- 102  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  30677702 gagtatcaaaggattaaacaatgttgctagtttatctgaagctgaagcggctaaattgatggataaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggga 30677801  T
Q  103 -agagtgatgaatctataattagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattat 201  Q
     | |  || |||||||   ||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||   ||||||| ||||||  ||||||    
T  30677802 tacaaggaggaatctacggttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttaaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaagattat 30677901  T
Q  202 cgttgccaagttggataagccttcttagtaatttaatttctcttaaactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttagtaaactaccatc 301  Q
    |||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||  | | |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  30677902 cgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttgaacttgaggaatgcaacaaaattgtgcggcttccgttacgtggtaaactaccatc 30678001  T
Q  302 tctaaaacaactgaaattaattcttatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggag 401  Q
    |||||||  ||||| ||||  || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30678002 tctaaaaagactgagattatctcgtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatgaaggtgagggttttcccatctctggag 30678101  T
Q  402 gtactccatttactatggctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgcc 501  Q
      ||||   |||   |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||   |||||||    
T  30678102 aaactcttattagattctctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaggttggatatctggaattgcc 30678201  T
Q  502 ctaaa---cttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtct 598  Q
    |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678202 ctaaactgcttggactgccatgtcttccatctcttaaagaactcgagatatggggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtct 30678301  T
Q  599 tactcagcttaccctaaatagtggtgaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctgt 684  Q
    |||||||||| ||||| |||  |||   |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678302 tactcagctttccctatataacggtttcggaataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctgt 30678387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 120 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 30399516 - 30398957
Alignment:
Q  120 attagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttgccaagttggataa 219  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  30399516 attagtgctcagcaagtactcgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataaattactatgacggattatcattaccaagttggataa 30399417  T
Q  220 gccttcttagtaatttaatttctcttaaactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttagtaaactaccatctctaaaacaactgaaatt 319  Q
       |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||| |||| |||| || |||||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  30399416 ttattcttagtaatttagtttctcttgaacttgggaattgcaagaaagttgtgcgacttcagttaattggtaaactaccgtctctaaaaaaactggaatt 30399317  T
Q  320 aattcttatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccatttactatgg 419  Q
    |  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  30399316 atctgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggtgtggaggtgagggttttcccatctctggaggaactccatttactatgc 30399217  T
Q  420 ctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgccctaaacttggactgccat 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  |||||    |||||||||||||||| ||||||    
T  30399216 ctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctgagttgagaatcacagcttgccctaaacttggagtgccat 30399117  T
Q  520 gtcttccatctcttaaagacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaaatag 619  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||      
T  30399116 gtcttccatctcttaaatccctctatgtattgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactgagctttccctagatta 30399017  T
Q  620 tggtgaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatc 679  Q
     |||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30399016 cggtagaggaataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatc 30398957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 121 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 30059807 - 30059245
Alignment:
Q  121 ttagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttgccaagttggataag 220  Q
    |||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| || |||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  30059807 ttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaactgcttgaaaataagtttctatgagggattatccttgccaagttggataat 30059708  T
Q  221 ccttcttagtaatttaatttctcttaaactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttagtaaactaccatctctaaaacaactgaaatta 320  Q
      |||||||||||||| ||||||||||||||  |  ||| || ||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||| | ||| |||||    
T  30059707 tattcttagtaatttagtttctcttaaacttaagcgttgtaagaaagttgtgcggcttcagttacttggtatactaccatctttaaaaaacctggaatta 30059608  T
Q  321 attcttatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccatttactat-gg 419  Q
      |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| |||  |    
T  30059607 tcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggaactcgtatta-tatcag 30059509  T
Q  420 ctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgccctaaacttggactgccat 519  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||    | |||| |||||||||||||||||    
T  30059508 ttaccaaacatagagggtttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatctctgaatgccgtaaacttggactgccat 30059409  T
Q  520 gtcttccatctcttaaagacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaaatag 619  Q
    |||||||||||||||||  ||||  |||    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |    
T  30059408 gtcttccatctcttaaatccctcactgtatcggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttttcgtaaatgg 30059309  T
Q  620 tggtgaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 683  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30059308 gggtgaaggaataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30059245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 121 - 547
Target Start/End: Original strand, 30714087 - 30714513
Alignment:
Q  121 ttagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttgccaagttggataag 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||     
T  30714087 ttagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcattaccaagttggataat 30714186  T
Q  221 ccttcttagtaatttaatttctcttaaactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttagtaaactaccatctctaaaacaactgaaatta 320  Q
      |||||||||||||| ||||||||  ||||    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  30714187 tattcttagtaatttagtttctcttgtacttctccattgcaagaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactgagatta 30714286  T
Q  321 attcttatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccatttactatggc 420  Q
      |  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||   || |    
T  30714287 tatggtatcaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccctctctggagatactcgaattatcttgtc 30714386  T
Q  421 taccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgccctaaacttggactgccatg 520  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||||     ||||||||||||||||||||||||    
T  30714387 tacgaaacatagtggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttctctttctaaattggtaatcgattgttgccctaaacttggactgccatg 30714486  T
Q  521 tcttccatctcttaaagacctctatgt 547  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  30714487 tcttccatctcttaaagacctctatgt 30714513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 226 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 4381003 - 4380630
Alignment:
Q  226 ttagtaatttaatttctcttaaactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttagtaaactaccatctctaaaacaactgaaattaattct 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| |||     
T  4381003 ttagtaatttaatttctcttaaactttgtgtttgcaacaaagttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaacatctctaaaaaaattggaattatttcg 4380904  T
Q  326 tatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccatttactatggctacca 425  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||   || ||||||    
T  4380903 tacggataatctgaaatacttggatgatgatgaatttgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcgaattatattgtctacca 4380804  T
Q  426 aacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgccctaaacttggactgccatgtcttc 525  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||   |||   |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4380803 aacataaaggggttattgaaagtggaaagaggggagttgtttccttgtctttctaacttggatatctagaattgccctaaacttggactgccatgtcatc 4380704  T
Q  526 catctcttaaagacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtctt 599  Q
    ||||||||||| |||||  |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4380703 catctcttaaacacctcgttgttgagggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacctttcgtggtctt 4380630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 128 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 30205956 - 30205399
Alignment:
Q  128 tgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattg---ctatgacggattatcgttgccaagttggataagcctt 224  Q
    ||||||| || | |||| ||||||||||||||||||||||||| | |||   |||| |||   |||| || ||||||  || ||||||||||||||  ||    
T  30205956 tgagcaactatttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagaggttg---ataatttgtcactataacagattattcttaccaagttggataagtatt 30205860  T
Q  225 cttagtaatttaatttctcttaaactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttagtaaactaccatctctaaaacaactgaaattaattc 324  Q
    || ||||||||| || |||||  ||||||||||||  | |||  |||||||||||||| | || ||||||||| |||| | ||| ||||    ||   |     
T  30205859 ctcagtaatttagttgctcttgtactttggaattgtgagaaatgtgtgcggcttccgtcatttggtaaactacaatctttgaaaaaactcgctttgcata 30205760  T
Q  325 ttatggataatctgaaatacttggatgatgatgaa---tctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccatttactatggct 421  Q
     |||| || || |||||||||||||||||||||||   ||| | |||||||| | || |||| |||||||||||||||||||||||   |||  |   ||    
T  30205759 atatgaatgatttgaaatacttggatgatgatgaagaatctcaagatggtattgtggcgaggattttcccatctctggaggtactcatattagaaatcct 30205660  T
Q  422 accaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgccctaaacttggactgccatgt 521  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||  | |||  |  |||||||||||||||||||||||||    
T  30205659 accaaacttagaagggttattgaaagtggaaagaggtgagatgtttccttgtctttctcgtttaaccatctccttttgccctaaacttggactgccatgt 30205560  T
Q  522 cttccatctcttaaagacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcag-cttaccctaaatagt 620  Q
    |||  |||||||||| ||||  ||||    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  |||||||||  ||| ||||||||   | |     
T  30205559 cttgtatctcttaaaaacctagatgtattgggatgtaacaatgagttgctgaggtcaatctctagcttttgtggtctta-acagccttaccctcgctgga 30205461  T
Q  621 ggtgaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctct 682  Q
    ||| || ||||||||||||| || || | |||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  30205460 ggtaaaagaataacatccttcccggacgggatgttcaaaaaccttacttgtcttcaagctct 30205399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 5 - 101
Target Start/End: Original strand, 30713956 - 30714052
Alignment:
Q  5 gagtagcataggattaaacaatgttggtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgg 101  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30713956 gagtatcaaaggattaaacaatgttggcagtttatttgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatacttgtcatgg 30714052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 121 - 358
Target Start/End: Original strand, 17418822 - 17419059
Alignment:
Q  121 ttagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttgccaagttggataag 220  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || |||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  17418822 ttagtgctgagcaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataag 17418921  T
Q  221 ccttcttagtaatttaatttctcttaaactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttagtaaactaccatctctaaaacaactgaaatta 320  Q
      |||||||||||||| ||  | ||  |||| | |||||  | ||   |||||||||| ||| | || ||||||||| ||||||||||  |||| |||||    
T  17418922 tattcttagtaatttagttaatgttgcacttagtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttggtaaactacaatctctaaaattactggaatta 17419021  T
Q  321 attcttatggataatctgaaatacttggatgatgatga 358  Q
      |   ||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  17419022 tcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatga 17419059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 14 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 30059929 - 30059842
Alignment:
Q  14 aggattaaacaatgttggtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgg 101  Q
    |||||||||||||||||| || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30059929 aggattaaacaatgttggcaggttatttgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatacttgtcatgg 30059842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 441 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 30203280 - 30203047
Alignment:
Q  441 ttgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacc 540  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||   |||  |  || ||||||||||  |||| |||||||||||| | ||||| |||    
T  30203280 ttgaaagtggaaagagaggagatgtttccttgtctttttcaattggatatcgccttttaccctaaacttcaactgtcatgtcttccatatgttaaaaacc 30203181  T
Q  541 tctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaaatagtggtgaaggaataacatcctt 640  Q
    | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||   |||  |||  | ||  ||||||||||||| |||||    
T  30203180 tttatgtaaatgaatgtaacaatgagttactgaggtcgatctctagcttctatggtcttacttcccttgaccttgagagaagtgaaggaataacctcctt 30203081  T
Q  641 accagaggagatgttcaaaaaccttacttctctt 674  Q
     ||| ||| |||||| | ||||||||||| ||||    
T  30203080 cccaaaggggatgtttagaaaccttacttgtctt 30203047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 423 - 682
Target Start/End: Original strand, 29709864 - 29710123
Alignment:
Q  423 ccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgccctaaacttggactgccatgtc 522  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||  |||   |   | | ||||||||| |||| ||||||    
T  29709864 ccaaacttagaggggttagtgaatgtggaaagagaggaggtgtttccttgtccttctattttgaaaattgccctcttcactaaacttgaactgtcatgtc 29709963  T
Q  523 ttccatctcttaaagacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaaatagtgg 622  Q
    |||| ||||||| ||||||| ||||    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||  | ||||||||  || | ||    
T  29709964 ttccgtctcttatagacctcgatgtttcgggatgtaacaatgagttactgagatcaatctctacctcatgtggtcttaccaaacttacccttgatggagg 29710063  T
Q  623 tgaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctct 682  Q
    | |  || |||||||||| | ||||  |||||||| ||||||||| | ||||||| ||||    
T  29710064 taatagagtaacatccttcctagagaggatgttcagaaaccttacctgtcttcaaactct 29710123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 28 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 30399623 - 30399548
Alignment:
Q  28 ttggtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggga 103  Q
    |||| ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30399623 ttggcagtttatctcaagctcaagcggctgatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggga 30399548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 473 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 30474473 - 30474363
Alignment:
Q  473 tctttctaatttgtcaatcatcaattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactg 572  Q
    ||||||||||||| | || ||  |||||||||||||||   ||||||| |||||||| ||||||||||||  |||   ||||||||||||||||||||||    
T  30474473 tctttctaatttgaccattattgattgccctaaacttgtgttgccatgccttccatcccttaaagacctcattgtatttggatgtaacaatgagttactg 30474374  T
Q  573 aggtcaatctc 583  Q
    || ||||||||    
T  30474373 agatcaatctc 30474363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 30206074 - 30206008
Alignment:
Q  25 atgttggtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatg 91  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || | || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  30206074 atgtttgtagtttatctgaagctcaagcagccaatttgatgggtaaaaaagacctccaggaattatg 30206008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 125 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 30474818 - 30474733
Alignment:
Q  125 tgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttgccaa 210  Q
    ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||  || ||||||||||||||  |||||||    
T  30474818 tgctgagcaagtacttgaaatgcttcaacctcactcaaatctcaagaggttgaaaatactttactatgacggattatgcttgccaa 30474733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 25 - 97
Target Start/End: Original strand, 17418711 - 17418783
Alignment:
Q  25 atgttggtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtc 97  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||   ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  17418711 atgttggtaatttatctgaagctcaagaagctaagttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtc 17418783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 497 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 30430022 - 30429934
Alignment:
Q  497 ttgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctcta 585  Q
    ||||| |||||||||  ||||||| ||| ||||| ||||||| |||  |||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  30430022 ttgccttaaacttgggttgccatgcctttcatcttttaaagaactcattgtagatggatgtaacaatgagttactggagtcaatctcta 30429934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 705 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 30059154 - 30059119
Alignment:
Q  705 ttggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtctt 740  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30059154 ttggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtctt 30059119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 705 - 740
Target Start/End: Original strand, 30678477 - 30678512
Alignment:
Q  705 ttggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtctt 740  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678477 ttggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtctt 30678512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 436 - 585
Target Start/End: Original strand, 30522599 - 30522748
Alignment:
Q  436 ggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaa 535  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||  | |||||||| ||| | ||| |   |||||||||||||||  |||||   ||| ||||  ||||    
T  30522599 ggttgttgaaagtggaaacaggggagatttttccccgcctttctaagttggccatcgttggttgccctaaacttgggttgccacacctttcatcgtttaa 30522698  T
Q  536 agacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctcta 585  Q
    ||| |||  |||  ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  30522699 agaactcattgtagatggatgtaacaatgagttgctggagtcaatctcta 30522748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 436 - 585
Target Start/End: Original strand, 30562939 - 30563088
Alignment:
Q  436 ggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaa 535  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||  | |||||||| ||| | ||| |   |||||||||||||||  |||||   ||| ||||  ||||    
T  30562939 ggttgttgaaagtggaaacaggggagatttttccccgcctttctaagttggccatcgttggttgccctaaacttgggttgccacacctttcatcgtttaa 30563038  T
Q  536 agacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctcta 585  Q
    ||| |||  |||  ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  30563039 agaactcattgtagatggatgtaacaatgagttgctggagtcaatctcta 30563088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 4381040 - 4381005
Alignment:
Q  127 ctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaa 162  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4381040 ctgagcaagtattcgaagagcttcaacctcactcaa 4381005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #30
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 136 - 199
Target Start/End: Original strand, 30522299 - 30522362
Alignment:
Q  136 tactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggatt 199  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||  |||| | ||| || |||||||||||||    
T  30522299 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagatcttgaaaatacatggctatgacggatt 30522362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #31
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 136 - 199
Target Start/End: Original strand, 30562639 - 30562702
Alignment:
Q  136 tactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggatt 199  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||  |||| | ||| || |||||||||||||    
T  30562639 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagatcttgaaaatacatggctatgacggatt 30562702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #32
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 337 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 17982152 - 17982082
Alignment:
Q  337 tgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactc 407  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||| |||    |||||||||||||||| |||||    
T  17982152 tgaaatacttggatgatgatgaatttgaaaatggtgtggagatgataaatttcccatctctggagatactc 17982082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #33
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 31 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 17982470 - 17982400
Alignment:
Q  31 gtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgg 101  Q
    ||||||||||||||| ||||   || ||||| || ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  17982470 gtagtttatctgaagttgaagaagcaaattttataggtaaaaaagacctcaatgaattatgcctgtcatgg 17982400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #34
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 350 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 30203372 - 30203318
Alignment:
Q  350 tgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggta 404  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  30203372 tgatgatgaatctcacaatggtatggaggtgaggattttcccatatttggaggta 30203318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #35
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 30474931 - 30474854
Alignment:
Q  24 aatgttggtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgg 101  Q
    ||||||||||| |||| |||||||  |   || ||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||||||    
T  30474931 aatgttggtagcttatttgaagctcgacatgccaatttgatgggtaaaaaggacctccaagaattatccttgtcatgg 30474854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 120 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 26706783 - 26706218
Alignment:
Q  120 attagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttgccaagttggataa 219  Q
    ||||||| ||||||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||| || ||||||||| |||    
T  26706783 attagtgttgagcagctactcaaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggaaataaagtactacgacggattatcattaccaagttgggtaa 26706684  T
Q  220 gccttcttagtaatttaatttctcttaaactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttagtaaactaccatctctaaaacaactgaaatt 319  Q
    |  |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  26706683 gtattcttagtaatttagtttctcttgaacttggggattgcaagaaatttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctagaaaaactggaatt 26706584  T
Q  320 aattcttatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccatttactatg- 418  Q
    |  |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||     
T  26706583 atcttctatggttaatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggcatggaggtgagggttttcccatctctgaaggtactccactta-tatga 26706485  T
Q  419 gctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgccctaaacttggactgcca 518  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||  |||| ||||   | |||||||||| || |||||||||    
T  26706484 gttaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggaaaggtgtttccttgtctttctcgtttgacaatatactattgccctaagctaggactgcca 26706385  T
Q  519 tgtcttccatctcttaaagacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaaata 618  Q
    ||||||||||||||||||  |||| ||||    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||    
T  26706384 tgtcttccatctcttaaatccctcaatgtttcgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatccctacctttcgtggtcttactgagcttaccctatata 26706285  T
Q  619 gtggtgaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctgtt 685  Q
      || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26706284 acggcgaaggaataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctgtt 26706218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 25 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 26706893 - 26706815
Alignment:
Q  25 atgttggtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggga 103  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||   || ||||||||||| |||||| ||||  |  |||||||||||||||||||    
T  26706893 atgttggcagtttatctgaagctcaagaagccaatttgatggggaaaaaaaacctcgaaaaattatgcttgtcatggga 26706815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 25 - 680
Target Start/End: Original strand, 20297145 - 20297818
Alignment:
Q  25 atgttggtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggagag---tgatgaatctataa- 120  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| ||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||   |||| ||| ||  |     
T  20297145 atgttggcagtatatctgaagctcaagaagccaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcttgggaaagcaatgataaatttaccaa 20297244  T
Q  121 -----------ttagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttgcca 209  Q
               | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||| |||    
T  20297245 gccaccaactgtaagtgctgagaaagtactcgaagtgcttcaacctcagtcaaatctcaagtgcttggaaataaattgctatgatggattgtggttacca 20297344  T
Q  210 agttggataagccttcttagtaatttaatttctcttaaactttggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttagtaaactaccatctctaaaac 309  Q
    ||||||||||   |||||||||||||| ||||| || |||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||     
T  20297345 agttggataattattcttagtaatttagtttcttttgaacttgagaattgcaacgaaattgtgcagcttccgttaattggtaaactaccatctctaaaaa 20297444  T
Q  310 aactgaaattaattcttatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcca 409  Q
    |||||| | ||  |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20297445 aactgacaatatctggtatgtataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcgggatggtagggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcga 20297544  T
Q  410 tttactatggctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgccctaaactt 509  Q
     ||| | || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||  ||| ||||||||||||    
T  20297545 cttattttgtctacaaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttgaaaatctccaaatgccctaaactt 20297644  T
Q  510 ggactgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagctta 609  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  20297645 ggaatgccatgtcttccatctcttaaatccctcgatgtcgatccatgtaacaatgagttactgagatcaatctctactttccgtggtcttactcagcttt 20297744  T
Q  610 cccta---aatagtggtgaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatct 680  Q
    |||||    | ||||  |||  |||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20297745 ccctacttgacagtgaagaaataataacatccttcccagatgggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatct 20297818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 705 - 740
Target Start/End: Original strand, 20297912 - 20297947
Alignment:
Q  705 ttggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtctt 740  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20297912 ttggagtccttaccagagcaaatttgggaaggtctt 20297947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 353 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 52351175 - 52351128
Alignment:
Q  353 tgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctgga 400  Q
    |||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52351175 tgatgaatctcacgatggtgtgggggtgagggttttcccatctctgga 52351128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 90; Significance: 4e-43; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 337 - 650
Target Start/End: Complemental strand, 7098649 - 7098336
Alignment:
Q  337 tgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccatttactatggctaccaaacatagaggg 436  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |  ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||  ||||   ||||   || | |||||| |||||||    
T  7098649 tgaaatacttggatgataatgaatttcacaatggtatggaggtaaggattttcccatctctagagacactcttgttacgcgggatgccaaacttagaggg 7098550  T
Q  437 gttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaa 536  Q
      | ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||  ||||  ||||||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||| |    
T  7098549 actgttgaaagtggaaagagatgagacgtttccttgtctttctattttggaaatcgacaattgccctaaacttgaacttccgtgtcttccatctgttaga 7098450  T
Q  537 gacctctatgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaaatagtggtgaaggaataacat 636  Q
    |||||||||||  ||| |||||| ||| || | |||| ||||||||||| |||   |||||||||    ||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  7098449 gacctctatgtagatgaatgtaataataagatgctgaagtcaatctctagcttttatggtcttaccacccttaccctttatagaggtgaaggaataacat 7098350  T
Q  637 ccttaccagaggag 650  Q
    |||| ||| |||||    
T  7098349 ccttcccaaaggag 7098336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 337 - 541
Target Start/End: Original strand, 7582597 - 7582801
Alignment:
Q  337 tgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactccatttact--atggct-accaaacataga 433  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |  ||||| |||| |||||  ||||||||||||| ||||||||   | || |  ||| || ||||||| ||||    
T  7582597 tgaaatacttggatgatgatgaatttcacaatggtttggaagtgagaattttcccatctcttgaggtact---tataattgatgacttaccaaacttaga 7582693  T
Q  434 ggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcaattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctctt 533  Q
    |||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||   |||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||    
T  7582694 ggggttgttgaaagtggaaaaaaaggagatgtttccttgtctttctattttgaacatcaacaattgccctaaacttgaacttccgtgtcttccatctgtt 7582793  T
Q  534 aaagacct 541  Q
    ||||||||    
T  7582794 aaagacct 7582801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 24 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 7098974 - 7098897
Alignment:
Q  24 aatgttggtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgg 101  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||   || ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  7098974 aatgttggtagtttatctgaagctaaagaagccaatttaatgggtaaaaaagacctcgatgaattatgcttgtcatgg 7098897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 101
Target Start/End: Original strand, 7582272 - 7582349
Alignment:
Q  24 aatgttggtagtttatctgaagctgaaacggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgg 101  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||   || || ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  7582272 aatgtcggtagtttatctgaagctcaagaagccaacttgatgggtaaaaaagacctcgatgaattatgcttgtcatgg 7582349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 624 - 682
Target Start/End: Original strand, 7582884 - 7582942
Alignment:
Q  624 gaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctct 682  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||   ||||||||||| ||| ||||||||    
T  7582884 gaaggaataacatccttcccaaaggagatgtttggaaaccttacttgtctccaatctct 7582942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 115 - 176
Target Start/End: Original strand, 7582378 - 7582439
Alignment:
Q  115 ctataattagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttg 176  Q
    |||| |||||||  || |||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  7582378 ctattattagtgacgatcaagtacttgaagtgcttcaacctcacacaaatctcaagagcttg 7582439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University