View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16917_low_3 (Length: 420)

Name: NF16917_low_3
Description: NF16917
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16917_low_3
NF16917_low_3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (14-404)||(49871350-49871740)
chr4 (14-404)||(49865419-49865809)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 49871740 - 49871350
Alignment:
Q  14 atcaatggtctttcaggatttgtgaaagatcttaacttgagctcttttgcaagtgttctgaataataataggaagcttttgtctgaagatggtttgccat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49871740 atcaatggtctttcaggatttgtgaaagatcttaacttgagctcttttgcaagtgctttgaataataataggaagcttttgtctgaagatggtttaccat 49871641  T
Q  114 catgggtttctcaaagtcaaaggaaacttcttgcggctcctcagaacgttaagcctaacattgttgttgcacaagatggtagtggtcaatttaagacttt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49871640 catgggtttctcaaagtcaaaggaaacttcttgcggctcctcagaacgttaagcctaacgttgttgttgcacaagatggtagtggtcaatttaagacttt 49871541  T
Q  214 gactgaggcacttgcaactgttcccaagaagaacaaagttccttttgttattcatgttaaggctggtatctataaggagtatgttgctctggataaccat 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49871540 gactgaggcacttgcaactgttcccaagaagaacaaagttccttttgttattcatgttaaggctggtatctataaggagtatgttgctctggataaccat 49871441  T
Q  314 agggaccatgttactattattggtgatggtcccaaaaagaccatatttactggtggcaaaggctatggtgatggtgtgcagacttacaata 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49871440 agggaccatgttactattattggtgatggtcccaaaaagaccatatttactggtagcaaaagctatggtgatggtgtgcagacttacaata 49871350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 14 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 49865809 - 49865419
Alignment:
Q  14 atcaatggtctttcaggatttgtgaaagatcttaacttgagctcttttgcaagtgttctgaataataataggaagcttttgtctgaagatggtttgccat 113  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49865809 atcaatggactttcaggatttgtaaaagatcttaacttgagctctttaacaagtgttttgaataataataggaagcatttgtctgaagatggtttgccat 49865710  T
Q  114 catgggtttctcaaagtcaaaggaaacttcttgcggctcctcagaacgttaagcctaacattgttgttgcacaagatggtagtggtcaatttaagacttt 213  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  49865709 catgggtttctcaaagccaaaggaaacttctcgcggctcctgagaacgttaagcctaatgctgttgttgcacaagatggtagtggtcaatttaagacatt 49865610  T
Q  214 gactgaggcacttgcaactgttcccaagaagaacaaagttccttttgttattcatgttaaggctggtatctataaggagtatgttgctctggataaccat 313  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  ||    
T  49865609 gactgaggcacttgcactagttcccaagaaaaaccaagttccttttgttattcatgttaaggctggtatctataaggagtatgtttctgtggataaagat 49865510  T
Q  314 agggaccatgttactattattggtgatggtcccaaaaagaccatatttactggtggcaaaggctatggtgatggtgtgcagacttacaata 404  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49865509 agggaccatgttactattattggcgatggtcccacaaagaccatatttactggcagcaaaagctatgctgatggtgtgcagacttacaata 49865419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University