View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF16917_low_5 (Length: 377)
Name: NF16917_low_5
Description: NF16917
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16917_low_5 |
 | |
|
| [»] scaffold0697 (2 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 13341043 - 13340688
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatagg |
110 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13341043 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatagg |
13340944 |
T |
|
| Q |
111 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13340943 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
13340844 |
T |
|
| Q |
211 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaagcatgtcttgcatag |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
13340843 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatag |
13340744 |
T |
|
| Q |
311 |
tttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13340743 |
tttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
13340688 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 11 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 13330128 - 13330030
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatag |
109 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13330128 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatag |
13330030 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 5670576 - 5670221
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatagg |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5670576 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatagg |
5670477 |
T |
|
| Q |
111 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
210 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5670476 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatatgttaggtatatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
5670377 |
T |
|
| Q |
211 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaagcatgtcttgcatag |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
5670376 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatag |
5670277 |
T |
|
| Q |
311 |
tttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5670276 |
tttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
5670221 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 11 - 366
Target Start/End: Original strand, 10639164 - 10639519
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatagg |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10639164 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatataga |
10639263 |
T |
|
| Q |
111 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10639264 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
10639363 |
T |
|
| Q |
211 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaagcatgtcttgcatag |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
10639364 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatag |
10639463 |
T |
|
| Q |
311 |
tttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10639464 |
tttatgggttttaacttcagttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
10639519 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 11 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 32716447 - 32716092
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatagg |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32716447 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatataga |
32716348 |
T |
|
| Q |
111 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32716347 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatttatgttttacctggttgggagggatcagctgctgact |
32716248 |
T |
|
| Q |
211 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaagcatgtcttgcatag |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| | ||||||||||| |
|
|
| T |
32716247 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatacgtcttgcatag |
32716148 |
T |
|
| Q |
311 |
tttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32716147 |
tttatgggttttaacttcagttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
32716092 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 11 - 366
Target Start/End: Original strand, 26662965 - 26663320
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatagg |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26662965 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgctggaagctgacaaaagtagatataga |
26663064 |
T |
|
| Q |
111 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663065 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
26663164 |
T |
|
| Q |
211 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaagcatgtcttgcatag |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
26663165 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatag |
26663264 |
T |
|
| Q |
311 |
tttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663265 |
tttatggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
26663320 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 11 - 366
Target Start/End: Original strand, 22903224 - 22903579
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatagg |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903224 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatataga |
22903323 |
T |
|
| Q |
111 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903324 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
22903423 |
T |
|
| Q |
211 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaagcatgtcttgcatag |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| | ||||||||||| |
|
|
| T |
22903424 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatacgtcttgcatag |
22903523 |
T |
|
| Q |
311 |
tttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903524 |
tttatgggttttaacttcagttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
22903579 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 39 - 366
Target Start/End: Original strand, 34149051 - 34149379
Alignment:
| Q |
39 |
aattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatataggacaaggaagggtgagatagctacaaatg |
138 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| | |
|
|
| T |
34149051 |
aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgcccgaagctgacaaaactagattcagaacaaggaagggtgagatagcaacaaacg |
34149150 |
T |
|
| Q |
139 |
tgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttagagatgctatttctcg |
238 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
34149151 |
tgttgggtgtatgctcaccagatatgcaatttatatatgtgttgcctgggtgggaaggttcagctgctgattctagagtcctcagaaatgctatttctcg |
34149250 |
T |
|
| Q |
239 |
accaaatggtttaaaggttcctcaaggtaca-atagcatagattaatattaaaataaagcatgtcttgcatagtttata-gattttaactattgttttat |
336 |
Q |
| |
|
| ||||||| |||| |||||||||||||| | | | |||| ||| || |||| ||| | |||||||| |||| |||||| || ||| | | |||||| |
|
|
| T |
34149251 |
aacaaatgggttaagggttcctcaaggtatacacaacataaattcatgttaatatagaacatgtcttacata-tttataggaaaataattttaattttat |
34149349 |
T |
|
| Q |
337 |
ttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34149350 |
ttgtgatagggtattattatttatgtgatg |
34149379 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0697 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 2)
Name: scaffold0697
Description:
Target: scaffold0697; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 11 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 5680 - 5537
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatagg |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5680 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcattgtgccagaagctgacaaaagtagatataga |
5581 |
T |
|
| Q |
111 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctc |
154 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5580 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctc |
5537 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0697; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 210 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 5529 - 5372
Alignment:
| Q |
210 |
tctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaagcatgtcttgcata |
309 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
5529 |
tctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaagatacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcata |
5430 |
T |
|
| Q |
310 |
gtttataga-ttttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
366 |
Q |
| |
|
|||||| || |||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5429 |
gtttatggatttttaacttcaggtttatttatgacagggtattattatttatgtgatg |
5372 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 39 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 48943486 - 48943430
Alignment:
| Q |
39 |
aattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgac |
95 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
48943486 |
aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgcccgaagctgac |
48943430 |
T |
|
Back To:
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