View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16919_low_22 (Length: 285)

Name: NF16919_low_22
Description: NF16919
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16919_low_22
NF16919_low_22
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (13-270)||(15013004-15013261)
chr2 (13-270)||(31968921-31969178)
chr2 (38-270)||(15019496-15019728)
chr2 (13-269)||(14533757-14534013)
chr2 (13-270)||(15004182-15004439)
chr2 (8-270)||(14519912-14520174)
chr2 (13-254)||(14528538-14528779)
chr2 (13-254)||(14542764-14543005)
chr2 (13-254)||(14512088-14512329)
chr2 (13-251)||(15007613-15007851)
chr2 (13-270)||(14546895-14547152)
chr2 (13-58)||(15023743-15023788)
chr2 (25-73)||(14162259-14162307)
chr2 (25-73)||(14502167-14502215)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-168)||(17357051-17357206)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 13 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 15013261 - 15013004
Alignment:
Q  13 aatatcagataaagaagcaccattggatagaaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttttgatg 112  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15013261 aatatcagataaagaagcaccgttggatataaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttttgatg 15013162  T
Q  113 atgatgcgtatgtcagagtgtgaaaaaccatggttttgaaagaagttgatgactgagtcaggcttatctggggtattgaaacgaacttgcctgaggttga 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15013161 atgatgcgtatgtcagagtgtgaaaaaccatggttttgaaagaagttgatgactgagtcaggattatctggggtattgaaacgaacttgcctgaggttga 15013062  T
Q  213 aagctttgagagctgattcagttgagaaatcaaaattgttgacaaggtatgatacagc 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||    
T  15013061 aagctttgagagctgattcagttgagaaatcaaaattgttgataagataagatacagc 15013004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 13 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 31969178 - 31968921
Alignment:
Q  13 aatatcagataaagaagcaccattggatagaaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttttgatg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31969178 aatatcagataaagaagcaccattggatataaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttttgatg 31969079  T
Q  113 atgatgcgtatgtcagagtgtgaaaaaccatggttttgaaagaagttgatgactgagtcaggcttatctggggtattgaaacgaacttgcctgaggttga 212  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| || || ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  31969078 aagatgcgtatgtcagagtttgaaaaaccatggttttgaaagaaggtgataacagaatcaggattatctgaggtattgaaacgaacctgcttgaggttga 31968979  T
Q  213 aagctttgagagctgattcagttgagaaatcaaaattgttgacaaggtatgatacagc 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||    
T  31968978 aagctttgagagctgattcagttgagaaatcaaaattgttgataagataagatacagc 31968921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 38 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 15019728 - 15019496
Alignment:
Q  38 gatagaaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttttgatgatgatgcgtatgtcagagtgtgaaa 137  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||    
T  15019728 gatagaaagaattgaaactttggcaataacattttgtggggttgtgatgaaagtaaccaaggtgcttttttgatgatgatgcgaatgttggagtttgaaa 15019629  T
Q  138 aaccatggttttgaaagaagttgatgactgagtcaggcttatctggggtattgaaacgaacttgcctgaggttgaaagctttgagagctgattcagttga 237  Q
    | |||| | |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15019628 agccatagctttttaagaagttgatgactgagtcaggcctatctggggtattgaaacgaacgtgcctgaggttgaaagctttgagagctgattcagttga 15019529  T
Q  238 gaaatcaaaattgttgacaaggtatgatacagc 270  Q
    ||||||||||||||||| ||| || ||||||||    
T  15019528 gaaatcaaaattgttgataagataagatacagc 15019496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 14534013 - 14533757
Alignment:
Q  13 aatatcagataaagaagcaccattggatagaaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttttgatg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  14534013 aatatcagataaagaagcaccattggatagaaaaaattgaaactttggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccaaggtgccttttggatg 14533914  T
Q  113 atgatgcgtatgtcagagtgtgaaaaaccatggttttgaaagaagttgatgactgagtcaggcttatctggggtattgaaacgaacttgcctgaggttga 212  Q
    |||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||| |||| || || ||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||    
T  14533913 atgatgcgtatgttggagtttggaaaaccatggttttgaaagaaggtgataacagaatcagcattatctggggtattgaaacgaacctgcttgttgttga 14533814  T
Q  213 aagctttgagagctgattcagttgagaaatcaaaattgttgacaaggtatgatacag 269  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||  ||||||||||||  |||||||||||||    
T  14533813 aagctttgagagcagattcatgtgagaatccaaaattgttgatgaggtatgatacag 14533757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 13 - 270
Target Start/End: Original strand, 15004182 - 15004439
Alignment:
Q  13 aatatcagataaagaagcaccattggatagaaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttttgatg 112  Q
    |||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  15004182 aatatcagaggaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttgacaataaacctttgtggggttgcgatgaaagtaaccaaggtgcttttgtgatg 15004281  T
Q  113 atgatgcgtatgtcagagtgtgaaaaaccatggttttgaaagaagttgatgactgagtcaggcttatctggggtattgaaacgaacttgcctgaggttga 212  Q
    ||||||||||||| |  | ||||||||||||| |||||||||||| |||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||    
T  15004282 atgatgcgtatgttatcgagtgaaaaaccatgattttgaaagaaggtgataacagaatcaggattatctggggtattgaaacgaacctgcttgttgttga 15004381  T
Q  213 aagctttgagagctgattcagttgagaaatcaaaattgttgacaaggtatgatacagc 270  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15004382 aagctttgagagttgattcagttgagaaaccaaaattgttgacaaggtatgatacagc 15004439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 8 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 14520174 - 14519912
Alignment:
Q  8 cgaagaatatcagataaagaagcaccattggatagaaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttt 107  Q
    |||| |||||||||  |||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14520174 cgaataatatcagaggaagaagcacctttggagagtaaaaattgaaactttggcaataccattttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttg 14520075  T
Q  108 tgatgatgatgcgtatgtcagagtgtgaaaaaccatggttttgaaagaagttgatgactgagtcaggcttatctggggtattgaaacgaacttgcctgag 207  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||||||||||||||| |||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||      
T  14520074 tgatgatgatgcgtatgttatcgtgtgaaaagccatggttttgaaagaaggtgataacagaatcaggattatctggggtattgaaacgaacctgtctgtt 14519975  T
Q  208 gttgaaagctttgagagctgattcagttgagaaatcaaaattgttgacaaggtatgatacagc 270  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||    
T  14519974 gttgaaagctttgagagccgattcatgtgagaaaccaaatttgttgacgaggtatgatacagc 14519912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 13 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 14528779 - 14528538
Alignment:
Q  13 aatatcagataaagaagcaccattggatagaaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttttgatg 112  Q
    |||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||     
T  14528779 aatatcagaggaagaagcagcattggatagaaaaaattgaaactttggcaaaaaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgctcttctgatc 14528680  T
Q  113 atgatgcgtatgtcagagtgtgaaaaaccatggttttgaaagaagttgatgactgagtcaggcttatctggggtattgaaacgaacttgcctgaggttga 212  Q
    |||||||||||||    ||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14528679 atgatgcgtatgttgtcgtgtgaaaagccatgattttgaaagaaggtgatgactgaatcaggtttatctgcggtattgaaacgaacttgcttgaggttga 14528580  T
Q  213 aagctttgagagctgattcagttgagaaatcaaaattgttga 254  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  14528579 aagctttgagagcagattcatgtgagaacccaaaattgttga 14528538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 13 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 14543005 - 14542764
Alignment:
Q  13 aatatcagataaagaagcaccattggatagaaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttttgatg 112  Q
    |||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||     
T  14543005 aatatcagaggaagaagcagcattggatagaaaaaattgaaactttggcaaaaaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgctcttctgatc 14542906  T
Q  113 atgatgcgtatgtcagagtgtgaaaaaccatggttttgaaagaagttgatgactgagtcaggcttatctggggtattgaaacgaacttgcctgaggttga 212  Q
    |||||||||||||    ||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14542905 atgatgcgtatgttgtcgtgtgaaaagccatgattttgaaagaaggtgatgactgaatcaggtttatctgcggtattgaaacgaacttgcttgaggttga 14542806  T
Q  213 aagctttgagagctgattcagttgagaaatcaaaattgttga 254  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  14542805 aagctttgagagcagattcatgtgagaacccaaaattgttga 14542764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 13 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 14512329 - 14512088
Alignment:
Q  13 aatatcagataaagaagcaccattggatagaaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttttgatg 112  Q
    |||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||     
T  14512329 aatatcagaggaagaagcagcattggatagaaaaaattgaaactttggcaaaaaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgctcttctgatc 14512230  T
Q  113 atgatgcgtatgtcagagtgtgaaaaaccatggttttgaaagaagttgatgactgagtcaggcttatctggggtattgaaacgaacttgcctgaggttga 212  Q
    |||||||||||||    ||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||| ||  |||||    
T  14512229 atgatgcgtatgttgtcgtgtgaaaagccatgattttgaaagaaggtgatgactgaatcaggtttatctgcggtattgaaacgaacatgcttgtagttga 14512130  T
Q  213 aagctttgagagctgattcagttgagaaatcaaaattgttga 254  Q
    ||| ||||||||||||||||  || |||| ||||||||||||    
T  14512129 aagatttgagagctgattcatgtgtgaaaccaaaattgttga 14512088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 13 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 15007851 - 15007613
Alignment:
Q  13 aatatcagataaagaagcaccattggatagaaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttttgatg 112  Q
    |||||||| | |||||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||    
T  15007851 aatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaatattcaaactttggcaataacattttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggttcttttctaatg 15007752  T
Q  113 atgatgcgtatgtcagagtgtgaaaaaccatggttttgaaagaagttgatgactgagtcaggcttatctggggtattgaaacgaacttgcctgaggttga 212  Q
    |||||||||||||    ||||||||| ||||| |||||||||||| |||  ||||| | |||||| ||  |||||||||||||||| ||  ||  |||||    
T  15007751 atgatgcgtatgttttcgtgtgaaaagccatgattttgaaagaaggtgagaactgaattaggcttttcaagggtattgaaacgaacctgtttgttgttga 15007652  T
Q  213 aagctttgagagctgattcagttgagaaatcaaaattgt 251  Q
    ||||||| ||||| |||| || ||||||| |||||||||    
T  15007651 aagctttaagagcagattgaggtgagaaaccaaaattgt 15007613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 13 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 14547152 - 14546895
Alignment:
Q  13 aatatcagataaagaagcaccattggatagaaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttttgatg 112  Q
    |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |   | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||    
T  14547152 aatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatattgtggggttgtaatgaaagtaaccatggtgcttttctaatg 14547053  T
Q  113 atgatgcgtatgtcagagtgtgaaaaaccatggttttgaaagaagttgatgactgagtcaggcttatctggggtattgaaacgaacttgcctgaggttga 212  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||| || | ||||  ||||| ||||| ||||| | ||| || |||| ||  |||||| |||| ||  ||  |||||    
T  14547052 atgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattaggattttctgcggatttgaaaagaacctgattgttgttga 14546953  T
Q  213 aagctttgagagctgattcagttgagaaatcaaaattgttgacaaggtatgatacagc 270  Q
    |||| |||||||| |||  || ||||||| | |||||||||| |||||||||||||||    
T  14546952 aagccttgagagcagatagaggtgagaaaccgaaattgttgataaggtatgatacagc 14546895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 15023788 - 15023743
Alignment:
Q  13 aatatcagataaagaagcaccattggatagaaaaaattgaaactta 58  Q
    ||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  15023788 aatatgagatgaagaagcacctttggatagaaaaaattcaaactta 15023743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 73
Target Start/End: Original strand, 14162259 - 14162307
Alignment:
Q  25 agaagcaccattggatagaaaaaattgaaacttaggcaataaccttttg 73  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  14162259 agaagcacctttggagagaaaaaattgaaactttggcaacacccttttg 14162307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 14502215 - 14502167
Alignment:
Q  25 agaagcaccattggatagaaaaaattgaaacttaggcaataaccttttg 73  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  14502215 agaagcacctttggagagaaaaaattgaaacttcggcaacacccttttg 14502167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 13 - 168
Target Start/End: Original strand, 17357051 - 17357206
Alignment:
Q  13 aatatcagataaagaagcaccattggatagaaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttttgatg 112  Q
    |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |   | ||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||| |  ||    
T  17357051 aatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaactttggcaaaattatattgtgggattgtaatgaaacaaaccatggtgcttttctattg 17357150  T
Q  113 atgatgcgtatgtcagagtgtgaaaaaccatggttttgaaagaagttgatgactga 168  Q
    ||||| || ||||| ||||||| |||| || | ||||  ||||| ||||| |||||    
T  17357151 atgattcgaatgtcggagtgtgcaaaatcacgatttttgaagaaattgataactga 17357206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University