View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF16919_low_7 (Length: 436)
Name: NF16919_low_7
Description: NF16919
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16919_low_7 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 418
Target Start/End: Original strand, 34217217 - 34217617
Alignment:
| Q |
16 |
acagatggggtctcaccttatctctttagcaccaactaaaggcatgtcccatgtccgacaaaaatacaacaccaacacatgtaaatgtaaatgtaaatgt |
115 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
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| T |
34217217 |
acagatggggtctcaccttatctctttagcaccaactaaaggcatgtcccatgtccgacaaaaatacaacaccaacacatgt------aaatgtaaatgt |
34217310 |
T |
|
| Q |
116 |
accaattgcacccgaaattttacttcagtattacaatctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaatattaataatgtat |
215 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
34217311 |
accaattgcacccgaaattttacttcagtattacaatctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaatattaataatgtat |
34217410 |
T |
|
| Q |
216 |
gtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgttgtgaattaacttttccagatttcttatggtttttaaatgaagatactaa |
315 |
Q |
| |
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| T |
34217411 |
gtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgttgtgaattaacttttctagattttttatggtttttaaatgaagatactaa |
34217510 |
T |
|
| Q |
316 |
cagcgccnnnnnnngtaagac----taagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatggttcctatga |
411 |
Q |
| |
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|||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
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| T |
34217511 |
cagcaccaaaaaatgtaagactaattaagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatggttcccatga |
34217610 |
T |
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| Q |
412 |
attgatt |
418 |
Q |
| |
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||||||| |
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| T |
34217611 |
attgatt |
34217617 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 168 - 312
Target Start/End: Original strand, 10242146 - 10242292
Alignment:
| Q |
168 |
gtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaatattaataatgtat--gtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgt |
265 |
Q |
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| T |
10242146 |
gtacctgtagcttgcctttaacatttatgcagagtactaataatatatatgtgattccaaactatgcccttattgatagctataaatgacttgaatctgt |
10242245 |
T |
|
| Q |
266 |
tgtgaattaacttttccagatttcttatggtttttaaatgaagatac |
312 |
Q |
| |
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| T |
10242246 |
tgtgaattaacttttccaaaattgttatgttttttaaattaagatac |
10242292 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 104 - 157
Target Start/End: Original strand, 10241785 - 10241838
Alignment:
| Q |
104 |
aaatgtaaatgtaccaattgcacccgaaattttacttcagtattacaatctaca |
157 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10241785 |
aaatgtaaatgtaccaactgcacccgaaattttacttcagtattacaatctaca |
10241838 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 103 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 2683451 - 2683136
Alignment:
| Q |
103 |
taaatgtaaatgtaccaattgcacccgaaattttacttcagtattacaatctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaat |
202 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2683451 |
taaatgtaaatgtaccaactgcacccgaaattttacttcagtattacaatctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaat |
2683352 |
T |
|
| Q |
203 |
attaataatgtatgtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgttgtgaattaacttttccagatttcttatggtttttaa |
302 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2683351 |
attaataatgtatgtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgttgtgaattaacttttccagatttcttatggtttttaa |
2683252 |
T |
|
| Q |
303 |
atgaagatactaacagcgccnnnnnnngtaagactaagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatgg |
402 |
Q |
| |
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||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2683251 |
atgaagatactaacaacaccaaaaaatgtaagactaagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatgg |
2683152 |
T |
|
| Q |
403 |
ttcctatgaattgatt |
418 |
Q |
| |
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| |||||||||||||| |
|
|
| T |
2683151 |
tgcctatgaattgatt |
2683136 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 9684729 - 9684650
Alignment:
| Q |
18 |
agatggggtctcaccttatctctttagcaccaactaaaggcatgtcccatgtccgacaaaaatacaacaccaacacatgt |
97 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9684729 |
agatggggtctcaccttatatctgatgcaccgaccaaaggcgtgtcttgtgtctgacacaaatacaacaccaacacatgt |
9684650 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 104 - 418
Target Start/End: Original strand, 5479861 - 5480175
Alignment:
| Q |
104 |
aaatgtaaatgtaccaattgcacccgaaattttacttcagtattacaatctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaata |
203 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5479861 |
aaatgtaaatgtaccaactgcacccgaaattttacttcagtattacaatctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaata |
5479960 |
T |
|
| Q |
204 |
ttaataatgtatgtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgttgtgaattaacttttccagatttcttatggtttttaaa |
303 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5479961 |
ttaataatgtatgtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgttgtgaattaacttttccagatttcttatggtttttaaa |
5480060 |
T |
|
| Q |
304 |
tgaagatactaacagcgccnnnnnnngtaagactaagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatggt |
403 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5480061 |
tgaagatactaacaacaccaaaaaatgtaagactaagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatggt |
5480160 |
T |
|
| Q |
404 |
tcctatgaattgatt |
418 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |
|
|
| T |
5480161 |
gcctatgaattgatt |
5480175 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 104 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 45006876 - 45006562
Alignment:
| Q |
104 |
aaatgtaaatgtaccaattgcacccgaaattttacttcagtattacaatctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaata |
203 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45006876 |
aaatgtaaatgtaccaactgcacccgaaattttacttcagtattacattctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaata |
45006777 |
T |
|
| Q |
204 |
ttaataatgtatgtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgttgtgaattaacttttccagatttcttatggtttttaaa |
303 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45006776 |
ttaataatgtatgtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgttgtgaattaacttttccagatttcttatggtttttaaa |
45006677 |
T |
|
| Q |
304 |
tgaagatactaacagcgccnnnnnnngtaagactaagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatggt |
403 |
Q |
| |
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|||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45006676 |
tgaagatactaacaacaccaaaaaatgtaagactaagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatggt |
45006577 |
T |
|
| Q |
404 |
tcctatgaattgatt |
418 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |
|
|
| T |
45006576 |
gcctatgaattgatt |
45006562 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 104 - 205
Target Start/End: Original strand, 25575557 - 25575658
Alignment:
| Q |
104 |
aaatgtaaatgtaccaattgcacccgaaattttacttcagtattacaatctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaata |
203 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25575557 |
aaatgtaaatgtaccaactgcacccgaaattttacttcactattacaatctaaacaatttaaatgtacctatagcttggcttttacatttatgcagaata |
25575656 |
T |
|
| Q |
204 |
tt |
205 |
Q |
| |
|
|| |
|
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| T |
25575657 |
tt |
25575658 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 330 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 5421368 - 5421282
Alignment:
| Q |
330 |
gtaagactaagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatggttcctatgaattga |
416 |
Q |
| |
|
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
5421368 |
gtaagactaactaattattgctataattcatatcatattattgtatatttttttcaatgtatattcattatggttcctatgtattga |
5421282 |
T |
|
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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