View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF16927_high_1 (Length: 1087)
Name: NF16927_high_1
Description: NF16927
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16927_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 533; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 42695020 - 42694430
Alignment:
| Q |
24 |
atgtcccccatacttggaaagcacaaaattgaacttgaactcttagaatgagcatgcaatacatatgcatgattttgtgtttaagatttttgtaaataaa |
123 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42695020 |
atgtcccccatacttggaaagcacaaaaatgaacttgaactcttagaatgagcatgcaatacatatgcatgattttgtgtttaagatttttgtaaataaa |
42694921 |
T |
|
| Q |
124 |
aaattacgaaaatttctaatttgaaagctcaattccctattcctaactttaataattaaccatactatataatcttatcaaatacta---taaaaggagt |
220 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
42694920 |
aaattacgaaaatttctaatttgaaagctcaattccctattcctaactttaataattaaccatactatataatcttatcaaatactactataaaaggagt |
42694821 |
T |
|
| Q |
221 |
agtagagattggcagaaatctttatgaaataacaaaaggttgtcccttgcatgctttttgtaggatgaaagctcttgtaatttgcacaccttaaaagaga |
320 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42694820 |
tctagagattggcagaaatctttatgaaataacaaaaggttgtcccttgcatgctttttgtaggatgaaagctcttgtaatttgcacaccttaaaagaga |
42694721 |
T |
|
| Q |
321 |
aaacgtaggccttcttgattgaaatgtgtcccctattcccatattccaaaaatgaacatcaacctatttgggcatacaatgtttcatagttcacacacaa |
420 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42694720 |
aaacgtaggccttcttgattgaaatgtgtcccctattcccatattccaaaaatgaacatgaacctatttgggcatacaatgtttcatagttcacacacaa |
42694621 |
T |
|
| Q |
421 |
taagacacactcttggtagctgctatatgagactagacttaaacttggtccaataacataaactcttcatttcatattaaacgtcacatttaaaatattt |
520 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42694620 |
taagacacactcttggtagctgctatatgagactagacttaaacttggtccaataacataaactcttcatttcatattaaacgtcacatttaaaatattt |
42694521 |
T |
|
| Q |
521 |
atatatttttgtctcgtaaaaataactcagttgatagttattagagataatgtgtgtgtaaatcagagtttaaatcctaaattccttactt |
611 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || | ||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
42694520 |
atatatttttgtctcataaaaataactcagttgatagttatcagagataatgtgtgcgtagataaaagtttaaatcctaaatttcttactt |
42694430 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 657 - 1077
Target Start/End: Complemental strand, 42694423 - 42694003
Alignment:
| Q |
657 |
atataaatgaaacacttttcatcatataaattagtatatacgtaattatttcttaaatagtgtgataatcttaatagtttactactaataaatatgaaaa |
756 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42694423 |
atataaatgaaacacatttcatcatataaattagtatatacgtaattatttcttaaatagtgtgataatcttaatagtttactactaataaatatgaaaa |
42694324 |
T |
|
| Q |
757 |
atggaaaaggcttatataatgagaacttgacttttgtgtagtttcttctgtgatctcaccgcccatgttactgctttggggagaaagattacatgcaatg |
856 |
Q |
| |
|
||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42694323 |
atgcaaaaggtttatataatgagaacttgacttttgtgtagtttcttctgtgatctcaccgcccatgttactgctttggggagaaagattacatgcaatg |
42694224 |
T |
|
| Q |
857 |
ttctgtcctttttatccacataatttgtcctattcctatcatcaattaccaaagtttctacttttatacattttaattgttcaactacatgttctgtttt |
956 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42694223 |
ttctgtcctttttatccacataatttgtcctattcctatcatcaattaccaaagtttctacttttatacattttaattgttcaactacatgttctgtttt |
42694124 |
T |
|
| Q |
957 |
gcattttgggcaacatatgggtcccttttatcacatgtgccccatctttagtttggaacaaattctttactcatattttagactatacattttattttac |
1056 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
42694123 |
gcattttgggcaacatatgggtcccttttatcacatgtgccccatctttagtttggaacaaattctttactcatattttagactgtacattttattttac |
42694024 |
T |
|
| Q |
1057 |
attgttatttgttcatttcac |
1077 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
42694023 |
attgttatttgttcatctcac |
42694003 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University