View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16928_low_2 (Length: 737)

Name: NF16928_low_2
Description: NF16928
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16928_low_2
NF16928_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (16-727)||(329776-330486)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 593; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 593; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 330486 - 329776
Alignment:
Q  16 catttatttattattcaatgaatttaaaatatgannnnnnnnnncttatatatgagatgagaccgggtgaagtaagatagaaacaaatatatttggcgtc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||          | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  330486 catttatttattattcaatgaatttaaaatatgatttttttt--catatatatgagatgagaccggatgaagtaagatagaaacaaatatattaggcgtc 330389  T
Q  116 gtcgcatatggtgtcagtaatttgttaagagttaagcccgtgagcccaaaccaaaaactagttcattaggtaggagagcctcgtggcttaagtgctctta 215  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  330388 gtcgcatatgatgtcagtaatttgttaagagttaagcccgtgagcccaaatcaaaaactagctcattaggtaggagagcctcgtggcttaagtgctctta 330289  T
Q  216 ggttgcaatcaaggtcacactaacttcatgtgttttaaatacttaagatttgaaacaaatactaaacaagcaaacaaaatccaatacttatgattctcat 315  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  330288 ggttgcaatcaaggccacactaacttcatgtgttttaaatacttaagatttgaaacaaatactaaacaagcaaacaaaatccaatacttatgattctcat 330189  T
Q  316 caaaagaaatgtgtttatagatgcatacagttacaaatagaacaatttctcctatcaaattgaaattttgcacattccattgttggtaattcttaatatt 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  330188 caaaagaaatgtgtttatagatgcatacagttacaaatagaacaatttctcccatcaaattgaaattttgcacattccattactggtaattcttaatatt 330089  T
Q  416 ttatgtaaaatagcaaaatacagagacttgcaatctattggt-nnnnnnncttcatgttcatgtcatgatagacagataaatagatcatatgcatgaaga 514  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  330088 ttatgtaaaatagtaaaatacagagacttgcaatctattggtaaaaaaaactttatgttcatgtcatgatagacagataaatagatcatatgcatgaaga 329989  T
Q  515 agatattgtatgtttgctgcttcgaattgtatgtatatttttcactactcgtactaacttgtttgcgtttgtatattggtgcagttgtgctgctctctgc 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  329988 agatattgtatgtttgctgcttcgaattgtatatatatttttcaccactcgtactaacttgtttgcgtttgtatattggtgcagttgtgctgctctctgc 329889  T
Q  615 tgttgctgcctattagatgcctgcttctaagaagactttactctgcactaataggattgaagtgtgtttaagcattgagctcaatgaaaattgtttcatg 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  329888 tgttgctgcctattagatgcctgcttctaagaagactttactctgcactaataggattgaagtgtgtttaagcattgagctcaatgaaaattgtttcatg 329789  T
Q  715 tttcttttctgtg 727  Q
    |||||||||||||    
T  329788 tttcttttctgtg 329776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University