View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16929_low_6 (Length: 579)

Name: NF16929_low_6
Description: NF16929
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16929_low_6
NF16929_low_6
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (25-324)||(3001721-3002022)
chr8 (175-519)||(2711538-2711882)
chr8 (179-519)||(2988861-2989201)
chr8 (356-564)||(3002021-3002229)
chr8 (177-515)||(3142422-3142763)
chr8 (207-519)||(9851352-9851667)
chr8 (201-411)||(2916491-2916701)
chr8 (175-341)||(2979945-2980111)
chr8 (198-425)||(2911477-2911704)
chr8 (197-417)||(13790825-13791045)
chr8 (197-271)||(3282983-3283057)
chr8 (25-95)||(2978920-2978990)
chr8 (352-417)||(3282852-3282917)
chr8 (538-566)||(2711491-2711519)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (179-519)||(18355258-18355598)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (175-519)||(10755912-10756256)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (198-519)||(3919404-3919728)
[»] scaffold0065 (2 HSPs)
scaffold0065 (177-519)||(44973-45317)
scaffold0065 (199-519)||(50163-50486)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (175-403)||(8572564-8572792)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (175-403)||(28698524-28698752)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 25 - 324
Target Start/End: Original strand, 3001721 - 3002022
Alignment:
Q  25 tttttgaaggatgactgcacatattgcatacggtgttgctacacgcctcattaataggtgacttcattttcgaccttttattatcatgattcatacat-- 122  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  3001721 ttttttaaggatgactgcacatattgcatacggtgttgctacacgcctcattaataggtgacttcattttcaaccttttattatcatgattcatacatat 3001820  T
Q  123 gagttttcttaaaatttgtacaagggatgtcaaaatgaaaacagtgattttatttgctgaaaattttgttttcgtaggttggcttctgcagcctttcgtg 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  3001821 gagttttcttaaaatttgtacaagggatgtcaaaatgaaaacagtgattttatttgctgaaaattttgttttcgtaggttggcttctgcagcctttgatg 3001920  T
Q  223 aatttggacggattaatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaaga 322  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  3001921 aatttggaaggattaatggtgttatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctccttgatgctgaagacaaacaaga 3002020  T
Q  323 gc 324  Q
    ||    
T  3002021 gc 3002022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 175 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 2711882 - 2711538
Alignment:
Q  175 tttgctgaaaattttgttttcgtaggttggcttctgcagcctttcgtgaatttggacggattaatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacac 274  Q
    |||||| || ||||| | |||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  || ||||||||    
T  2711882 tttgctaaatattttctgttcgcaggttggcttctgcggcctttcgtgaacttggacggatttatggtgttatggatgaattggaaatactcaagaacac 2711783  T
Q  275 agttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactgggttagaaggctcaaagacgtgcttctt 374  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2711782 agttgaatccatcaaagctgtcctccttgatgctgaagacaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactgggttagaaggctcaaagatgtgcttctt 2711683  T
Q  375 cctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaagctgataagaacaaagtgacacaggtatttcattccttct 474  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  2711682 cctgctgatgatttgatagatgagtttcttattgaagatatgatacataaaagggataaagctcataacaacaaagtgactcaggtatttcattccttat 2711583  T
Q  475 ctctaagcagagctgcttttcgccataaaatggctcatgagattg 519  Q
    |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2711582 ccataagcagagctgcttttcgccgtaaaatggctcatgagattg 2711538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 179 - 519
Target Start/End: Original strand, 2988861 - 2989201
Alignment:
Q  179 ctgaaaattttgttttcgtaggttggcttctgcagcctttcgtgaatttggacggattaatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagtt 278  Q
    ||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||    
T  2988861 ctgaatattttctcttcataggttggcttctgcagcctttcgtgaatttggacgaatttatggtgtcatggatgaattagaaagacttaaaaacacaatt 2988960  T
Q  279 gaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactgggttagaaggctcaaagacgtgcttcttcctg 378  Q
    |||  ||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2988961 gaagtcatcagagctgtactccttgatgctgaggagaaacaagagaaaagtcctgctgtacaagtctgggtaagaaggctcaaagacgtgcttcttcctg 2989060  T
Q  379 ctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaagctgataagaacaaagtgacacaggtatttcattccttctctct 478  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |     
T  2989061 cagatgatttgatagatgagtttcttattgaagatatgatacacaaacgggataaagctcataagaacaaagtgacacaggtaattcattccttcttacc 2989160  T
Q  479 aagcagagctgcttttcgccataaaatggctcatgagattg 519  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2989161 aagcagaactgcttttcgccgtaaaatggctcatgagattg 2989201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 356 - 564
Target Start/End: Original strand, 3002021 - 3002229
Alignment:
Q  356 gctcaaagacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaagctgataagaacaaagtgaca 455  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3002021 gctcaaagacgtgcttcttcctgctgttgatttgatagatgagtttcttattgaagatatgatacacaaaagggataaagctgataagaacaaagtgaca 3002120  T
Q  456 caggtatttcattccttctctctaagcagagctgcttttcgccataaaatggctcatgagattgnnnnnnnnnnnnnnngttttaatgatgttgtgaaag 555  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||               |||||||||||||||||||||    
T  3002121 caggtatttcattccttctctctaagcagagctgctttttgccataaaatggctcttgagattgaaaaaatacaaaaaagttttaatgatgttgtgaaag 3002220  T
Q  556 atatgtctg 564  Q
    |||||||||    
T  3002221 atatgtctg 3002229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 177 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 3142763 - 3142422
Alignment:
Q  177 tgctgaaaattttgttttcgtaggttggcttctgcagcctttcgtgaatttggacggattaatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacag 276  Q
    ||||| ||||||| ||||   ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  3142763 tgctggaaattttcttttgtcaggttggcttcagcggcctttcgtgaatttggacggatttatggtgtgatggatgaactggaaaggcttaaaaacacag 3142664  T
Q  277 ttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactgggttagaaggctcaaa---gacgtgcttct 373  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||   || || ||||     
T  3142663 ttgaatccatcaaagctgtgctccttgatgctgaagacaaacaagagaaaagtcatgctgtacaaatctggataagaagactcaaagatgatgtacttca 3142564  T
Q  374 tcctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaagctgataagaacaaagtgacacaggtatttcattccttc 473  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||  ||| ||||| |||| ||| ||| | ||| |||||  |||||||||||| ||||||||  ||||||| ||     
T  3142563 tcctgctgatgacttgctagatgaatttgctatcgaagacatgagacaaaaacgggatgaagctcgtaagaacaaagtaacacaggtgcttcattcttta 3142464  T
Q  474 tctctaagcagagctgcttttcgccataaaatggctcatgag 515  Q
    ||||  |  |||  ||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  3142463 tctccgaatagaattgcttttagccgtaaaatggcttatgag 3142422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 207 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 9851667 - 9851352
Alignment:
Q  207 tctgcagcctttcgtgaatttggacggattaatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcctttatg 306  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||| || | || |||||||||| |||    
T  9851667 tctgctgccttgcgtgaatttggacggatcaatggtgttatgaatgaattggaaaagcttaagaacacggttgaatctattagagttgtgctccttgatg 9851568  T
Q  307 ctgaagagaaacaaga---gcaaagtcatgctgtacaaaactgggttagaaggctcaaagacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttct 403  Q
    ||||||||||||||||    |||| ||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| |    
T  9851567 ctgaagagaaacaagaagcacaaaatcatgctgttcgaaattgggtaagaaggctcaaagatgtgcttcatcctgcagatgatttgctagatgaatttgt 9851468  T
Q  404 tattgaagatatgatacacaaaagagataaagctgataagaacaaagtgacacaggtatttcattccttctctctaagcagagctgcttttcgccataaa 503  Q
    ||||||||||||||   ||||||  ||| || || ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||| || || |  | ||||||||| ||||    
T  9851467 tattgaagatatgaggaacaaaatggatgaaactcataagaacaaagtaacaaaggtacttcattccttatctccaaacaaaatttcttttcgccgtaaa 9851368  T
Q  504 atggctcatgagattg 519  Q
    |||||  |||||||||    
T  9851367 atggcatatgagattg 9851352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 201 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 2916701 - 2916491
Alignment:
Q  201 ttggcttctgcagcctttcgtgaatttggacggattaatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcc 300  Q
    ||||||||||  |||| |||||||||| |||||||  ||||||| | | ||||  | || ||||||  | | || |||||||||||||||||||||||||    
T  2916701 ttggcttctgaggcctgtcgtgaatttcgacggatatatggtgttaagtatgaggtcgataggcttcgggagacggttgaatccatcaaagctgtgctcc 2916602  T
Q  301 tttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactgggttagaaggctcaaagacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatt 400  Q
    || ||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||    
T  2916601 ttgatgctgaggagaaacaagaacaaaaccatgctgtacaaaactggattagaagactcaatgatgtgcttcatcctgctgatgacttgctagatgaatt 2916502  T
Q  401 tcttattgaag 411  Q
    | |||||||||    
T  2916501 tgttattgaag 2916491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 175 - 341
Target Start/End: Original strand, 2979945 - 2980111
Alignment:
Q  175 tttgctgaaaattttgttttcgtaggttggcttctgcagcctttcgtgaatttggacggattaatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacac 274  Q
    ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  2979945 tttgctgaatattttctttacgtaggttggcttctgttgccttacgcgaatttggacggattaataatgtgatggatgaattagaaagacttaaaaacac 2980044  T
Q  275 agttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaa 341  Q
    | |||||  ||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2980045 aattgaagtcatcagagctgtactccttgatgctgaggagaaacaagagaaaagtcatgctgtacaa 2980111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 198 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 2911704 - 2911477
Alignment:
Q  198 aggttggcttctgcagcctttcgtgaatttggacggattaatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgc 297  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| |||||| | ||  ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||| |  ||| |    
T  2911704 aggttggcatctgcggcctttcgtgagtttggaggaatctatggtgttatgaatgagttggaaaggcttaagaatacagttgagtctatcagaaatgtac 2911605  T
Q  298 tcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactgggttagaaggctcaaagacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatga 397  Q
    ||||| ||||||| || |||||||| ||||  ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| |||||   |  ||||||  | ||| |||||||    
T  2911604 tccttgatgctgaggacaaacaagaacaaaaccatgctgtaaaaaactggattagaagactcaaagatgtgctgaattttgctgacaacttgctagatga 2911505  T
Q  398 atttcttattgaagatatgatacacaaa 425  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  2911504 atttgttattgaagatttgagacacaaa 2911477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 197 - 417
Target Start/End: Original strand, 13790825 - 13791045
Alignment:
Q  197 taggttggcttctgcagcctttcgtgaatttggacggattaatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtg 296  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||   ||  |||||| |||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||| | | | || ||||    
T  13790825 taggttgacttcggcagcctttcgtgaacttggacaagtttttggtgttatggatgagttggaaagacttaagaactctgttgaatgcgtaagagttgtg 13790924  T
Q  297 ctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactgggttagaaggctcaaagacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatg 396  Q
    |||||| | ||  | || ||||| || |||| |  || |||||| || ||| | |||||||||| ||| ||||||| || ||| ||||| ||| ||||||    
T  13790925 ctccttgacgcccaggataaacaggaacaaaattttgttgtacagaattggataagaaggctcacagatgtgcttcatcttgcagatgacttgctagatg 13791024  T
Q  397 aatttcttattgaagatatga 417  Q
    ||||| ||||||||| |||||    
T  13791025 aatttattattgaaggtatga 13791045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 197 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 3283057 - 3282983
Alignment:
Q  197 taggttggcttctgcagcctttcgtgaatttggacggattaatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaa 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||  |||||| |||||||| || ||||| ||||||||    
T  3283057 taggttggcttctgcagcctttcgtgaacatggacgaatttttggtgttatggatgagttagaaagacttaagaa 3282983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 25 - 95
Target Start/End: Original strand, 2978920 - 2978990
Alignment:
Q  25 tttttgaaggatgactgcacatattgcatacggtgttgctacacgcctcattaataggtgacttcattttc 95  Q
    ||||||||||||| ||| ||| ||| ||||| ||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||    
T  2978920 tttttgaaggatggctgaacaaattccatacagtgttgctacaagtctcgttaacaggtgacttcattttc 2978990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 352 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 3282917 - 3282852
Alignment:
Q  352 gaaggctcaaagacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatga 417  Q
    ||||||||||||| ||||||| || ||| ||||| ||| ||||||||||  ||||||||| |||||    
T  3282917 gaaggctcaaagatgtgcttcatcttgcagatgacttgctagatgaattcattattgaaggtatga 3282852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 538 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 2711519 - 2711491
Alignment:
Q  538 ttaatgatgttgtgaaagatatgtctgtg 566  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2711519 ttaatgatgttgtgaaagatatgtctgtg 2711491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 179 - 519
Target Start/End: Original strand, 18355258 - 18355598
Alignment:
Q  179 ctgaaaattttgttttcgtaggttggcttctgcagcctttcgtgaatttggacggattaatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagtt 278  Q
    ||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  18355258 ctgaatattttctcttcataggttggcttctgcagcctttcgtgaaattggacgaatttatggtgtcatggatgaactggaaaggcttaagaagacagtt 18355357  T
Q  279 gaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactgggttagaaggctcaaagacgtgcttcttcctg 378  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  18355358 gaatccatcaaagctgtgctccttgatgctgaagacaaacaagagcaaagtcatgctgtacaactctgggttagaaggctcaacgacctgcttcttcctg 18355457  T
Q  379 ctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaagctgataagaacaaagtgacacaggtatttcattccttctctct 478  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |     
T  18355458 cagatgatttgatagatgaattttttattgaagatatgatacacaaaagggataaagctcataagaacaaagtgaaacaggtatttcattccttctcacc 18355557  T
Q  479 aagcagagctgcttttcgccataaaatggctcatgagattg 519  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18355558 aagcagaactgcttttcgccgtaaaatggctcatgagattg 18355598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 165; Significance: 6e-88; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 175 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 10756256 - 10755912
Alignment:
Q  175 tttgctgaaaattttgttttcgtaggttggcttctgcagcctttcgtgaatttggacggattaatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacac 274  Q
    |||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||  |||||  |||||||| ||||| |||| ||| ||    
T  10756256 tttgctgacatttttcttttcataggttggcttctgttgccttacgtgaatttggacggattaataatgtgaaagatgaattagaaagccttacgaagac 10756157  T
Q  275 agttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactgggttagaaggctcaaagacgtgcttctt 374  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  | ||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||    
T  10756156 agttgaatccatcagagctgtgctccttgatgctgagaacaaacaagagaaaagtctttgtgtacaaaactgggttacaaggctcaaagatgtgcttgtt 10756057  T
Q  375 cctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaagctgataagaacaaagtgacacaggtatttcattccttct 474  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||    
T  10756056 gctgcagatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacgcaaaagggatgaagctcataagaacaaagtaacaaaggtacttcattctttct 10755957  T
Q  475 ctctaagcagagctgcttttcgccataaaatggctcatgagattg 519  Q
    || |||||| ||||| |||| | | |||||||||||  |||||||    
T  10755956 ctttaagcaaagctgttttttgtcgtaaaatggctctagagattg 10755912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 139; Significance: 2e-72; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 198 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 3919728 - 3919404
Alignment:
Q  198 aggttggcttctgcagcctttcgtgaatttggacggattaatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgc 297  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||| || | ||||||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||    
T  3919728 aggttggcttctgcagcgtttcgtgaatttgggcggatttatggtgttatgcatcagttggaaaggcttaagagtacagttcaatccatcagagctgtgc 3919629  T
Q  298 tcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactgggttagaaggctcaaa---gacgtgcttcttcctgctgatgatttgataga 394  Q
    ||||| |||| || ||||||||| | |||| ||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||   || ||||||| |||||||||||| ||| | ||    
T  3919628 tccttgatgccgaggagaaacaacaacaaaatcatggtgtgcaaaactggataagaaggctcaaagatgatgtgcttcatcctgctgatgacttgctcga 3919529  T
Q  395 tgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaagctgataagaacaaagtgacacaggtatttcattccttctctctaagcagagctgctttt 494  Q
    ||||||| ||||| | ||||||| ||||||||  ||  ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||| || ||||  |||||||    
T  3919528 tgaatttgttattcacgatatgagacacaaaattgaggaagctgataagaacaaagtaacaaaggtacttcattccttatctccaaacagatttgctttt 3919429  T
Q  495 cgccataaaatggctcatgagattg 519  Q
    |||| ||||||||||||||||||||    
T  3919428 cgccgtaaaatggctcatgagattg 3919404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065 (Bit Score: 136; Significance: 1e-70; HSPs: 2)
Name: scaffold0065
Description:

Target: scaffold0065; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 177 - 519
Target Start/End: Original strand, 44973 - 45317
Alignment:
Q  177 tgctgaaaattttgttttcgtaggttggcttctgcagcctttcgtgaatttggacggattaatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacag 276  Q
    ||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| || |    
T  44973 tgctgaatattttctttt-gcaggttggcttctgcagcttttcatgagtttggacggattcatggtgttatgcatgagttggaaaggcttaagaatactg 45071  T
Q  277 ttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactgggttagaaggctcaaa---gacgtgcttct 373  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||| ||| ||||||||| | ||||| ||||||   || |||||||     
T  45072 ttgaatccgtcagagctgtgctccttgatgctgaggagaaacaacaacaaagtcatggtgtgcaaaactggataagaagactcaaagatgatgtgcttca 45171  T
Q  374 tcctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaagctgataagaacaaagtgacacaggtatttcattccttc 473  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||| ||||||| | ||| |||||   ||||||||||||||||||||| |||||  |||     
T  45172 tcctgctgatgatttgctagatgaattttctattgaagacatgagacacaaacgggatgaagctcgcaagaacaaagtgacacaggtacttcatcgctta 45271  T
Q  474 tctctaagcagagctgcttttcgccataaaatggctcatgagattg 519  Q
    |||| ||  |||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  45272 tctccaaatagaattgcttttagccgtaaaatggctcatgagattg 45317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 199 - 519
Target Start/End: Original strand, 50163 - 50486
Alignment:
Q  199 ggttggcttctgcagcctttcgtgaatttggacggattaatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgct 298  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |  | ||| ||||||||||||| || ||||||||| ||  |||||||||    
T  50163 ggttggcttctgctgcttttcgtgaatttggacggattcatggtgttatgcacaagttgaaaaggcttaagaatactgttgaatccgtctgagctgtgct 50262  T
Q  299 cctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactgggttagaaggctcaaa---gacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagat 395  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | ||||| ||||||   || || |||| |||||||||||| ||| |||||    
T  50263 cctcgatgctgaagagaaacaagagcaaagtaatgctgtacaaatctggataagaagactcaaagatgatgtacttcatcctgctgatgacttgctagat 50362  T
Q  396 gaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaagctgataagaacaaagtgacacaggtatttcattccttctctctaagcagagctgcttttc 495  Q
     ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||  |||||| ||| ||| ||||||| ||||||| || |||| || ||||  ||||||||    
T  50363 aaatttcttattgaagatttgagacacaaacgagatgaagctcgtaagaaaaaactgagacaggtacttcattctttatctccaaacagaattgcttttc 50462  T
Q  496 gccataaaatggctcatgagattg 519  Q
    ||| ||||||||||||||||||||    
T  50463 gccttaaaatggctcatgagattg 50486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 105; Significance: 4e-52; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 175 - 403
Target Start/End: Original strand, 8572564 - 8572792
Alignment:
Q  175 tttgctgaaaattttgttttcgtaggttggcttctgcagcctttcgtgaatttggacggattaatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacac 274  Q
    |||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||||  |||||  |||||||| ||||| |||| ||| ||    
T  8572564 tttgctgacatttttcttttcataggttggcttctgttgccttacgtgaatttggaaggattaataatgtgaaagatgaattagaaagtcttacgaagac 8572663  T
Q  275 agttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactgggttagaaggctcaaagacgtgcttctt 374  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||  | ||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||    
T  8572664 agttgaatccatcagagctgcgctccttgatgctgagaacaaacaagagaaaagtctttgtgtacaaaactgggttacaaggctcaaagatgtgcttgtt 8572763  T
Q  375 cctgctgatgatttgatagatgaatttct 403  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||    
T  8572764 gctgcagatgatttgatagatgaatttct 8572792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 105; Significance: 4e-52; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 175 - 403
Target Start/End: Original strand, 28698524 - 28698752
Alignment:
Q  175 tttgctgaaaattttgttttcgtaggttggcttctgcagcctttcgtgaatttggacggattaatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacac 274  Q
    |||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||||  |||||  |||||||| ||||| |||| ||| ||    
T  28698524 tttgctgacatttttcttttcataggttggcttctgttgccttacgtgaatttggaaggattaataatgtgaaagatgaattagaaagtcttacgaagac 28698623  T
Q  275 agttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactgggttagaaggctcaaagacgtgcttctt 374  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||  | ||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||    
T  28698624 agttgaatccatcagagctgcgctccttgatgctgagaacaaacaagagaaaagtctttgtgtacaaaactgggttacaaggctcaaagatgtgcttgtt 28698723  T
Q  375 cctgctgatgatttgatagatgaatttct 403  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||    
T  28698724 gctgcagatgatttgatagatgaatttct 28698752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University