View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF16930_high_9 (Length: 333)
Name: NF16930_high_9
Description: NF16930
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16930_high_9 |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 43076018 - 43076334
Alignment:
| Q |
1 |
ggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagcaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattcataagtaaaga |
100 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
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| T |
43076018 |
ggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagtaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattcttaagtaaaga |
43076117 |
T |
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| Q |
101 |
ataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacacaaaaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtac |
200 |
Q |
| |
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| T |
43076118 |
ataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacacaaaaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtac |
43076217 |
T |
|
| Q |
201 |
atattacaannnnnnnctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaata |
300 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
43076218 |
atattacaatttttttctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaata |
43076317 |
T |
|
| Q |
301 |
ataacaacaacaaaatg |
317 |
Q |
| |
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| T |
43076318 |
ataacaacaacaaaatg |
43076334 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 43086245 - 43086561
Alignment:
| Q |
1 |
ggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagcaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattcataagtaaaga |
100 |
Q |
| |
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| T |
43086245 |
ggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagtaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattcttaagtaaaga |
43086344 |
T |
|
| Q |
101 |
ataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacacaaaaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtac |
200 |
Q |
| |
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|
| T |
43086345 |
ataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacacaaaaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtac |
43086444 |
T |
|
| Q |
201 |
atattacaannnnnnnctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaata |
300 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
43086445 |
atattacaatttttttctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaata |
43086544 |
T |
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| Q |
301 |
ataacaacaacaaaatg |
317 |
Q |
| |
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| T |
43086545 |
ataacaacaacaaaatg |
43086561 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 43089916 - 43090232
Alignment:
| Q |
1 |
ggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagcaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattcataagtaaaga |
100 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
43089916 |
ggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagtaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattcttaagtaaaga |
43090015 |
T |
|
| Q |
101 |
ataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacacaaaaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtac |
200 |
Q |
| |
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| T |
43090016 |
ataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacacaaaaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtac |
43090115 |
T |
|
| Q |
201 |
atattacaannnnnnnctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaata |
300 |
Q |
| |
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| T |
43090116 |
atattacaatttttttctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaata |
43090215 |
T |
|
| Q |
301 |
ataacaacaacaaaatg |
317 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |
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| T |
43090216 |
ataacaacaacaaaatg |
43090232 |
T |
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