View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16943_high_21 (Length: 448)

Name: NF16943_high_21
Description: NF16943
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16943_high_21
NF16943_high_21
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (18-448)||(45247289-45247707)
chr2 (18-442)||(44864864-44865288)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-417)||(28753538-28753937)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 45247707 - 45247289
Alignment:
Q  18 aaacatttctcccaaatggagaaacagagcgatttgaaacatttccgccatgctgttgattgtgctttagaagaggcctcaaggcgcgttgagtttggcc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  45247707 aaacatttctcccaaatggagaaacagagcgatttgaaacatttccgccatgctgttgattgtgctttagaagaggcctccaggcacgttgagtttggcc 45247608  T
Q  118 tgtcttgtccttgtatgcccggacaagtgcttcctaagctgaacacaaagttaaatgctaatgatgcgacatcttttgaaccgacggaacttgtcaattt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45247607 tgtcttgtccttgtatgcccggacaagcgcttcctaag------------ttaaatgctaatgatgcgacatcttttgaaccgacggaacttgtcaattt 45247520  T
Q  218 tgttaaatcattagctcagtcctaacttactgaatttgatagactcgagtttctaagtgctcgtgcccaataatcggccttctatcgctcaaaaggctgt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  45247519 tgttaaatcattagctcagtcctaacttactgaatttgatagactcgagtttgtaagtgctcgtgcccaattgtcggccttctatcgctcaaaaggctgt 45247420  T
Q  318 tctcaactgcctgagtttgcaatgcttgatcggttgtttgagaatgatatggaaattctacctgaaaggaagaaacaccagtgccatgatcaaattaatg 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45247419 tctcaactgcctgagtttgcaatgcttgatcggttgtttgagaatgatatggaaattctacctgaaagggagaaacaccagtgcgatgatcaaattaatg 45247320  T
Q  418 gctaacttttgatgaaaacctatgacggatt 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45247319 gctaacttttgatgaaaacctatgacggatt 45247289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 18 - 442
Target Start/End: Original strand, 44864864 - 44865288
Alignment:
Q  18 aaacatttctcccaaatggagaaacagagcgatttgaaacatttccgccatgctgttgattgtgctttagaagaggcctcaaggcgcgttgagtttggcc 117  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||||  |||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  44864864 aaacatttcaccgaaatgaagaaacagaatgatttggaaaatttccgtcatgctgttgattgtgctttagaagaagcctcaagacgcgttgaatttggcc 44864963  T
Q  118 tgtcttgtccttgtatgcccggacaagtgcttcctaagctgaacacaaagttaaatgctaatgatgcgacatcttttgaaccgacggaacttgtcaattt 217  Q
    | ||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||| | ||  | ||||  ||||||| |||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  44864964 tttcttgtccttgtatgaccggagaagtgtctcctaagctggagacgcaattaacggctaatgctgcggcatcttttgaacctacgcaacttgtcaattt 44865063  T
Q  218 tgttaaatcattagctcagtcctaacttactgaatttgatagactcgagtttctaagtgctcgtgcccaataatcggccttctatcgctcaaaaggctgt 317  Q
    ||| |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |    
T  44865064 tgtcaaatcattagctcagtcaccacttactgaatttgatagactcgagtttgtaagttctcgtgcccaattgtcggctttctatcgctcaaaaggctat 44865163  T
Q  318 tctcaactgcctgagtttgcaatgcttgatcggttgtttgagaatgatatggaaattctacctgaaaggaagaaacaccagtgccatgatcaaattaatg 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  |||| ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  44865164 tctcaactgcctgagtttgcaatgcttgatcggttgtttgagagtgatatggaaattctgcctataagggagaaacagcagtgcgatgatcaaattaatg 44865263  T
Q  418 gctaacttttgatgaaaacctatga 442  Q
       || |||||||||||||| ||||    
T  44865264 agcaagttttgatgaaaacccatga 44865288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 18 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 28753937 - 28753538
Alignment:
Q  18 aaacatttctcccaaatggagaaacagagcgatttgaaacatttccgccatgctgttgattgtgctttagaagaggcctcaaggcgcgttgagtttggcc 117  Q
    |||||||| ||  |||||||||||||||| ||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||    
T  28753937 aaacatttttctgaaatggagaaacagagtgatatggaaaatttccgccatgccgttgattgtgctttagaagaggcctcaagacgggttgagtttgtcc 28753838  T
Q  118 tgtcttgtccttgtatgcccggacaagtgcttcctaagctgaacacaaagttaaatgctaatgatgcgacatcttttgaaccgacggaacttgtcaattt 217  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||  |  |||| ||||||| || ||  ||| ||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28753837 tgtcttgtccttgtatgcctggagaaacgtatcctgagctgaaaacgaaagtaattgctaacaatgcggcatcttttgaaccgatggaacttgtcaattt 28753738  T
Q  218 tgttaaatcattagctcagtcctaacttactgaatttgatagactcgagtttctaagtgctcgtgcccaataatcggccttctatcgctcaaaaggctgt 317  Q
    ||||||||| ||||| || ||   ||||||||||||||||||| | || ||| |||||||  |||| | ||  || || |||||||||||||||||||      
T  28753737 tgttaaatcgttagcccaatctccacttactgaatttgatagattggattttgtaagtgcatgtgctcgattgtcagctttctatcgctcaaaaggctac 28753638  T
Q  318 tctcaactgcctgagtttgcaatgcttgatcggttgtttgagaatgatatggaaattctacctgaaaggaagaaacaccagtgccatgatcaaattaatg 417  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || |  | |||||| |||||||||||||||    
T  28753637 tctcaactgcctgaatttgcaatgcttgatcggttgtttgagaatgatatggaaattctacttgtaagggagcatgagcagtgcgatgatcaaattaatg 28753538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University