View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16951_low_1 (Length: 1314)

Name: NF16951_low_1
Description: NF16951
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16951_low_1
NF16951_low_1
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-1305)||(14605083-14606387)
chr7 (131-1305)||(16024396-16025564)
chr7 (1-1305)||(16102067-16103372)
chr7 (1-1305)||(16171745-16173040)
chr7 (170-1035)||(17847885-17848750)
chr7 (626-1035)||(15676975-15677384)
chr7 (642-1035)||(15670573-15670966)
chr7 (235-1038)||(15665138-15665941)
chr7 (158-1060)||(17825963-17826851)
chr7 (1226-1306)||(17848932-17849012)
chr7 (1-45)||(14604795-14604839)
chr7 (493-552)||(15677464-15677523)
chr7 (1199-1305)||(15664871-15664977)
[»] scaffold0289 (6 HSPs)
scaffold0289 (493-1038)||(18006-18557)
scaffold0289 (981-1038)||(5464-5521)
scaffold0289 (981-1038)||(14297-14354)
scaffold0289 (1199-1305)||(5197-5303)
scaffold0289 (1199-1305)||(14030-14136)
scaffold0289 (235-419)||(18631-18809)
[»] chr1 (19 HSPs)
chr1 (782-1056)||(15032424-15032698)
chr1 (740-1056)||(15010924-15011240)
chr1 (740-1056)||(15036944-15037260)
chr1 (740-1056)||(15002031-15002347)
chr1 (805-1036)||(14532637-14532868)
chr1 (740-1043)||(15017039-15017342)
chr1 (217-407)||(15010401-15010585)
chr1 (217-315)||(15001508-15001606)
chr1 (733-1057)||(14522495-14522819)
chr1 (217-313)||(15016516-15016612)
chr1 (215-407)||(14503381-14503567)
chr1 (733-880)||(14467720-14467867)
chr1 (733-880)||(14481902-14482049)
chr1 (1227-1302)||(14522256-14522331)
chr1 (782-933)||(15025083-15025234)
chr1 (1001-1056)||(15040929-15040984)
chr1 (224-315)||(15040164-15040255)
chr1 (215-265)||(14467202-14467252)
chr1 (215-261)||(14533412-14533458)
[»] scaffold0400 (4 HSPs)
scaffold0400 (788-1057)||(12751-13020)
scaffold0400 (798-1043)||(6473-6715)
scaffold0400 (215-381)||(12178-12338)
scaffold0400 (235-315)||(5910-5990)
[»] scaffold0365 (4 HSPs)
scaffold0365 (788-1057)||(13394-13663)
scaffold0365 (798-1043)||(7117-7359)
scaffold0365 (215-381)||(12821-12981)
scaffold0365 (235-315)||(6554-6634)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1257; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1257; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1305
Target Start/End: Original strand, 14605083 - 14606387
Alignment:
1 taactctctctcaggtgaaatcccaccaacaattggaaacttgagcgacatactatatctttcatttcctggaaactatctcactgggaaattaccaaca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14605083 taactctctctcaggtgaaatcccaccaacaattggaaacttgagcgacatactatatctttcatttcctggaaactatctcactgggaaattaccaaca 14605182  T
101 gaaatgaacatgcttgtcaacttggatcgcctgctaatctatgataatgactttatcggtcagctgccgcacaacatttgcattggtgggaatttgaaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14605183 gaaatgaacatgcttgtcaacttggatcgcctgctaatctatgataatgacttcatcggtcagctgccgcacaacatttgcattggtgggaatttgaaat 14605282  T
201 acttggctgttatgaataaccacttcacaggctcagttccaaagagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14605283 acttggctgttatgaataaccacttcacaggctcagttccaaagagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttac 14605382  T
301 tggaaatataacagagattatagattttggagtatatccaaatttggtttacatgcaattaagtcaaaacaatttttatggacacctttcatccaattgg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14605383 tggaaatataacagagattatagattttggagtatatccaaatttggtttacatgcaattaagtcaaaacaatttttatggacacctttcatccaattgg 14605482  T
401 ggaaagttccataatctgataaccttcaatatttccaataataatatatcaggccatataccaccagaaataggaggggcacccattttgggttcacttg 500  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14605483 ggaaagttccataatctgacaaccttcaatatttccaataataatatatcaggccatataccaccagaaataggaggggcacccattttgggttcacttg 14605582  T
501 acttatcttcaaaccatctcacagggaaaattccgaaggagttaagcaacttatctttgtccaatctcttgataagcaacaaccatctctcaggaaacat 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14605583 acttatcttcaaaccatctcacagggaaaattccgagggagttaagcaacttatctttgtccaatctcttgataagcaacaaccatctctcaggaaacat 14605682  T
601 tcctgtagaaatatcatccttagagcttgagaccttagaccttgcagaaaatgatctaagtggcttcatcacaaaacaacttgcaaatttgcctaaggta 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14605683 tcctgtagaaatatcatccttagagcttgagaccttagaccttgcagaaaatgatctaagtggcttcatcacaaaacaacttgcaaatttgcctaaggta 14605782  T
701 tggaacttaaatttgagccataacaaattcacaggaaatattcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttt 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14605783 tggaacttaaatttgagccataacaaattcacaggaaatattcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttt 14605882  T
801 tggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagcttcga 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14605883 tggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagcttcga 14605982  T
901 tcagatgttcagcttaacgtctgttgatatatcatataaccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtggtg 1000  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14605983 tcagatgttcagcttaacatctgttgatatatcatataaccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtggtg 14606082  T
1001 agaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggcttagagcactgcccaacatcaagcatggaatctcatcatcatcatacgatgaaagtcttattga 1100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
14606083 agaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggcttagagccctgcctaatatcaagcattgaatctcatcatcatcattcgaagaaagtcttattga 14606182  T
1101 tagttttaccctttgtagctgttggaactctagttctagccttattttgcttcaaattctcacatcatctcttccaaagatcaaccaccaatgaaaatca 1200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14606183 tagttttaccctttgtagctgttggaactctagttctagccttattttgcttcaaattctcacatcatctcttccaaagatcaaccaccaatgaaaatca 14606282  T
1201 ggttggagggaacatcattgtaccacaaaatgtacttacaatatggaactttgatggaaaatttttgtatgagaatattttggaagccacagaagatttt 1300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
14606283 ggttggagggaacatcagtgtaccacaaaatgtacttacaatatggaactttgatggaaaatttttgtatgagaacattttggaagccacagaagatttt 14606382  T
1301 gatga 1305  Q
    |||||    
14606383 gatga 14606387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 1000; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 131 - 1305
Target Start/End: Original strand, 16024396 - 16025564
Alignment:
131 ctgctaatctatgataatgactttatcggtcagctgccgcacaacatttgcattggtgggaatttgaaatacttggctgttatgaataaccacttcacag 230  Q
    |||| ||| |||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |   |||||||||||||| |    
16024396 ctgcaaatgtatggtaatgacttcattggtcagctgcctcacaacatttgcattggtgggaaattgaaatacttggctgctcaaaataaccacttcactg 16024495  T
231 gctcagttccaaagagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttactggaaatataacagagattatagattttgg 330  Q
    ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||      ||| |||||    
16024496 gccgcgttccaaagagtttgaagaattgctctagcattataagacttcgacttgaacaaaaccaacttactggaaatataaccga------agactttgg 16024589  T
331 agtatatccaaatttggtttacatgcaattaagtcaaaacaatttttatggacacctttcatccaattggggaaagttccataatctgataaccttcaat 430  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||    
16024590 tgtatatccagatttggtttacatgcaattaagtcaaaacaatttttatggacacctttcatccaattgggaaaagttccataacctgacaaccttcaat 16024689  T
431 atttccaataataatatatcaggccatataccaccagaaataggaggggcacccattttgggttcacttgacttatcttcaaaccatctcacagggaaaa 530  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
16024690 atttccaataataatatatcaggccatataccaccagaaataggaggggcacccaatttgggttcacttgacttatcttcaaaccatctcacaggggaaa 16024789  T
531 ttccgaaggagttaagcaacttatctttgtccaatctcttgataagcaacaaccatctctcaggaaacattcctgtagaaatatcatccttagagcttga 630  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16024790 ttccaaaggagttaagcaacttatctttgtcaaacctcttgataagcaataaccatctctcaggaaacattcctgtagaaatatcatccttagagcttga 16024889  T
631 gaccttagaccttgcagaaaatgatctaagtggcttcatcacaaaacaacttgcaaatttgcctaaggtatggaacttaaatttgagccataacaaattc 730  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16024890 gaccttagaccttgcagaaaatgatctaagtggcttcatcacaaaacaacttgcaaatttgcctaaggtatggaacttaaatttgagccataacaaattc 16024989  T
731 acaggaaatattcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacac 830  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16024990 acaggaaatattcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacac 16025089  T
831 agttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagcttcgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatat 930  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16025090 agttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagcttcgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatat 16025189  T
931 atcatataaccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtc 1030  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16025190 atcatataaccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtc 16025289  T
1031 tctggcttagagcactgcccaacatcaagcatggaatctcatcatcatcatacgatgaaagtcttattgatagttttaccctttgtagctgttggaactc 1130  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16025290 tctggcttagagccctgcccaacatcaagcattgaatctcatcatcatcattcgaagaaagtcttattgatagttttaccctttgtagctgttggaactc 16025389  T
1131 tagttctagccttattttgcttcaaattctcacatcatctcttccaaagatcaaccaccaatgaaaatcaggttggagggaacatcattgtaccacaaaa 1230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
16025390 tagttctagccttattttgcttcaaattctcacatcatctcttccaaagatcaaccaccaatgaaaatcaggttggagggaacatcagtgtaccacaaaa 16025489  T
1231 tgtacttacaatatggaactttgatggaaaatttttgtatgagaatattttggaagccacagaagattttgatga 1305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
16025490 tgtacttacaatatggaactttgatggaaaatttttgtatgagaacattttggaagccacagaagattttgatga 16025564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 697; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1305
Target Start/End: Original strand, 16102067 - 16103372
Alignment:
1 taactctctctcaggtgaaatcccaccaacaattggaaacttgagcgacatactatatctttcatttcctggaaactatctcactgggaaattaccaaca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||  | |||| | | ||||||||| ||   ||| |||||| ||||||| ||||||      
16102067 taactctctctcaggtgaaatcccgccgacaattggaaacttaagtaatatacaacaactttcattttctctgaacaatctcaatgggaaactaccaatg 16102166  T
101 gaaatgaacatgcttgtcaacttggatcgcctgctaatctatgataatgactttatcggtcagctgccgcacaacatttgcattggtgggaatttgaaat 200  Q
    | |||||| |||||| | |  |||||    |||| ||| | |||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
16102167 ggaatgaatatgcttttgagtttggaaaatctgcaaatatttgataatgacttcattggtcagctgcctcataacatttgcattggtgggaatttgaaat 16102266  T
201 acttggctgttatgaataaccacttcacaggctcagttccaaagagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttac 300  Q
      |||| || | | |||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||    
16102267 ttttgggtgctctaaataaccacttcaccggccgagttcctaagagtttgaagaattgctctagcattataagacttagacttgaccaaaaccaacttac 16102366  T
301 tggaaatataacagagattatagattttggagtatatccaaatttggtttacatgcaattaagtcaaaacaatttttatggacacctttcatccaattgg 400  Q
    ||||||||||||| |      ||||||| | || ||||||||||||  ||||||  | |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
16102367 tggaaatataacaca------agattttagtgtttatccaaatttgaattacatagacttaagtgaaaacaatttttacggacacctttcatcgaattgg 16102460  T
401 ggaaagttccataatctgataaccttcaatatttccaataataatatatcaggccatataccaccagaaataggaggggcacccattttgggttcacttg 500  Q
    |||||||  || || || | || |||||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  |||||    
16102461 ggaaagtgtcaaaacctaacaagcttcataatttcccataataatatatcaggtcatataccaccagaaataggaagggcacccaatttgggtatacttg 16102560  T
501 acttatcttcaaaccatctcacagggaaaattccgaaggagttaagcaacttatctttgtccaatctcttgataagcaacaaccatctctcaggaaacat 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
16102561 acttatcttcaaaccatctcacagggaaaattccgaaggagttaagcaacttgtctttgtccaaacttttgataagcaacaaccatctctccggaaacat 16102660  T
601 tcctgtagaaatatcatccttaga---gcttgagaccttagaccttgcagaaaatgatctaagtggcttcatcacaaaacaacttgcaaatttgcctaag 697  Q
    |||||| |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16102661 tcctgtcgaaatatcatccttagatgagcttgagatcttagaccttgcagaaaatgatctaagtggcttcatcacaaaacaacttgcaaatttgcctaag 16102760  T
698 gtatggaacttaaatttgagccataacaaattcacaggaaatattcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaatt 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||| ||| ||| ||||| ||||||||||    
16102761 gtatggaacttaaatttgagccataacaaattgataggaaatattcctgttgaattgggacaatttaaaatccttcaaagccttgatctgagtggaaatt 16102860  T
798 ttttgga-tggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagct 896  Q
    ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
16102861 tttttaaatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggctttattccctctagct 16102960  T
897 tcgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatatatcatataaccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagt 996  Q
    | ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
16102961 ttgatcaaatgttaagcttgacatctgttgatatatcatataaccaattggagggtccactccccaacattcgagctttcagaaacgctacaatcgaagt 16103060  T
997 ggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggcttagagcactgcccaacatcaagcatggaatctcatcatcatcat---acgatgaaagtc 1093  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||   || |  ||| ||    
16103061 gttgagaaataataaagacttgtgtggtaatgtctctggcttagagccctgcccgacatcaagcattgaatctcatcatcatcatcatactaacaaaatc 16103160  T
1094 ttattgatagttttaccctttgtagctgttggaactctagttctagccttattttgcttcaaattctcacatcatctcttccaaagatcaaccaccaatg 1193  Q
    |||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||| |  ||   |||||||| ||||||| |||| || |||||||||||| ||||| |||||| |    
16103161 ttattgatagttttgccccttatagctgttggaactctaatgttaatattattttgtttcaaatactcatataatctcttccaaacatcaaacaccaacg 16103260  T
1194 aaaatcaggttggagggaacatcattgtaccacaaaatgtacttacaatatggaactttgatggaaaatttttgtatgagaatattttggaagccacaga 1293  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| || ||| |||||||||||||    
16103261 aaaaccaggctggagagaacatcattgtaccagaaaatgtatttacaatatggaactttgatggaaaaattgtgtttgaaaacattgtggaagccacaga 16103360  T
1294 agattttgatga 1305  Q
    ||||||||||||    
16103361 agattttgatga 16103372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 587; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1305
Target Start/End: Original strand, 16171745 - 16173040
Alignment:
1 taactctctctcaggtgaaatcccaccaacaattggaaacttgagcgacatactatatctttcatttcctggaaactatctcactgggaaattaccaaca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||  | |||| | | ||||||||| ||   ||| |||||| ||||||| ||||||      
16171745 taactctctctcaggtgaaatcccgccgacaattggaaacttaagtaatatacaacaactttcattttctctgaacaatctcaatgggaaactaccaatg 16171844  T
101 gaaatgaacatgcttgtcaacttggatcgcctgctaatctatgataatgactttatcggtcagctgccgcacaacatttgcattggtgggaatttgaaat 200  Q
    | |||||| |||||| | |  |||||    |||| ||| | |||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
16171845 ggaatgaatatgcttttgagtttggaaaatctgcaaatatttgataatgacttcattggtcagctgcctcataacatttgcattggtgggaatttgaaat 16171944  T
201 acttggctgttatgaataaccacttcacaggctcagttccaaagagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttac 300  Q
      |||| || | | |||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||    
16171945 ttttgggtgctctaaataaccacttcaccggccgagttcctaagagtttgaagaattgctctagcattataagacttagacttgaccaaaaccaacttac 16172044  T
301 tggaaatataacagagattatagattttggagtatatccaaatttggtttacatgcaattaagtcaaaacaatttttatggacacctttcatccaattgg 400  Q
    ||||||||||||| |      ||||||| | || ||||||||||||  ||||||  | |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
16172045 tggaaatataacaca------agattttagtgtttatccaaatttgaattacatagacttaagtgaaaacaatttttacggacacctttcatcgaattgg 16172138  T
401 ggaaagttccataatctgataaccttcaatatttccaataataatatatcaggccatataccaccagaaataggaggggcacccattttgggttcacttg 500  Q
    |||||||  || || || | || |||||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||  |||||    
16172139 ggaaagtgtcaaaacctaacaagcttcataatttcccataataatatatcaggtcatataccaccagaaataggaagggcatccaatttgggtatacttg 16172238  T
501 acttatcttcaaaccatctcacagggaaaattccgaaggagttaagcaacttatctttgtccaatctcttgataagcaacaaccatctctcaggaaacat 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
16172239 acttatcttcaaaccatctcacagggaaaattccgaaggagttaagcaacttgtctttgtccaaacttttgataagcaacaaccatctctccggaaacat 16172338  T
601 tcctgtagaaatatcatccttaga---gcttgagaccttagaccttgcagaaaatgatctaagtggcttcatcacaaaacaacttgcaaatttgcctaag 697  Q
    |||||| |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16172339 tcctgtcgaaatatcatccttagatgagcttgagatcttagaccttgcagaaaatgatctaagtggcttcatcacaaaacaacttgcaaatttgcctaag 16172438  T
698 gtatggaacttaaatttgagccataacaaattcacaggaaatattcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaatt 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||| ||| ||| ||||| ||||||||||    
16172439 gtatggaacttaaatttgagccataacaaattgataggaaatattcctgttgaattgggacaatttaaaatccttcaaagccttgatctgagtggaaatt 16172538  T
798 ttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagctt 897  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
16172539 ttttaaatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggatttattccctctagctt 16172638  T
898 cgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatatatcatataaccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtg 997  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| | |||||| |||||||||    
16172639 cgatcagatgttcagtttaacgtctgttgatatatcatataaccaattggaaggtccactccccaacatccgagctttcagtagcgctaccattgaagtg 16172738  T
998 gtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggcttagagcactgcccaacatcaagcatggaatctcatcatcatcatacgatgaaagtcttat 1097  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||  |||| | || |   |||| | | ||| | | |  |  |||||  |||    
16172739 ttgagaaataataatggcttgtgtggtaatatctctggcttggagccttgcttaacaccgagaagtaaatcgcctgatcgtaagattaaaaaagtactat 16172838  T
1098 tgatagttttaccctttgtagctgttggaactctagttctagccttattttgcttcaaattctcacatcatctcttccaaagatcaaccaccaatgaaaa 1197  Q
    |||||||||||||  |||||    | ||||||||| | |||||   |  ||| |||||||||| | ||||||||| ||| | ||||||||     |||||    
16172839 tgatagttttacctcttgta---ctaggaactctaatgctagc---aacttgtttcaaattcttatatcatctctaccatacatcaaccataggagaaaa 16172932  T
1198 tcaggttggagggaacatcattgtaccacaaaatgtacttacaatatggaactttgatggaaaatttttgtatgagaatattttggaagccacagaagat 1297  Q
     ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||| || ||||||||| |  | || ||||| || |||||||||||| |||||    
16172933 ccaggtaggagggaacattattgtacctcaaaatgtttttacaatatggaatttcgatggaaaaatggtctacgagaacatcttggaagccacacaagat 16173032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 170 - 1035
Target Start/End: Original strand, 17847885 - 17848750
Alignment:
170 cacaacatttgcattggtgggaatttgaaatacttggctgttatgaataaccacttcacaggctcagttccaaagagtttgaagaattgctctagcatta 269  Q
    ||||| ||||||| |||||| || ||||||||||| |||||| || ||||||| ||||| ||  | ||||| | |||||||||||||||||| ||||||     
17847885 cacaatatttgcactggtggaaacttgaaatacttcgctgttttggataaccatttcactggtcctgttccgatgagtttgaagaattgctcaagcattg 17847984  T
270 ttaggattagacttgaacaaaaccaacttactggaaatataacagagattatagattttggagtatatccaaatttggtttacatgcaattaagtcaaaa 369  Q
    | || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |       ||||| || ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||    
17847985 taagaattaggcttgaacaaaaccaactttctggaaatataacagatttc------tttggtgtgtatccgaatttggattacatgcatttgagtcaaaa 17848078  T
370 caatttttatggacacctttcatccaattggggaaagttccataatctgataaccttcaatatttccaataataatatatcaggccatataccaccagaa 469  Q
     ||||||||||| ||  ||||| | || ||||| || |  | ||  |||| |  | ||||| | ||||||||||| ||||| |||  |||||||||||||    
17848079 taatttttatggccagatttcaccgaactgggggaaatgtcgtagcctgacattcctcaatgtctccaataataacatatctggcggtataccaccagaa 17848178  T
470 ataggaggggcacccattttgggttcacttgacttatcttcaaaccatctcacagggaaaattccgaaggagttaagcaacttatctt---tgtccaatc 566  Q
     |||| | |||| |||||||   | | || ||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||  |||   |||| || |    
17848179 ctaggcgaggcaaccattttatatgcgctcgacttatcttcaaattatctcacaggaaaaattccaaaggagttaggtaacttgacttcattgtctaaac 17848278  T
567 tcttgataagcaacaaccatctctcaggaaacattcctgtagaaatatcatccttagag---cttgagaccttagaccttgcagaaaatgatctaagtgg 663  Q
    ||||||||  |||||||| ||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||  || ||   |||||||||||| | ||||| | |||| ||||||||||    
17848279 tcttgatacacaacaaccgtctttcaggaaacgttcctgtacaaataacatcactaaagaaacttgagaccttaaatcttgccgtaaattatctaagtgg 17848378  T
664 cttcatcacaaaacaacttgcaaatttgcctaaggtatggaacttaaatttgagccataacaaattcacaggaaatattcctattgaatttggacaattt 763  Q
    ||||||||||| | |||| | | |||| ||||   ||| |||| | |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
17848379 cttcatcacaagagaactaggatattttcctagattattgaacatgaatttgagccataacaaatttaaaggaaatattcctgttgagtttggccaattt 17848478  T
764 aatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcac 863  Q
    || |||||| |||  || ||||| ||||| |||||| |  | ||||||||||| |||| |||| | ||  ||| |||||| ||| |||||||||| ||||    
17848479 aaagtccttcaaagtcttgatcttagtgggaattttctcaacggaacaataccgtcaacgcttgctcaactgatatacttagaatcattgaatatatcac 17848578  T
864 ataataatctttctggttttattccctctagcttcgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatatatcatataaccaattggagggtccactccccaa 963  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| | ||| ||||| ||| | || ||    || ||||| ||||| | ||||||||| ||||||||  | || ||    
17848579 ataataacctttctggatttattccctcgaactttgatcatatgctgagtttgttatcggttgacatatcgtttaaccaattagagggtccggttccaaa 17848678  T
964 tattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctgg 1035  Q
     |||| ||||||||  || || || ||||||||  |||||||||||| | |  ||||||||||||| |||||    
17848679 cattccagctttcaataaagcaaccattgaagttttgagaaataatacaagactgtgtggtaatgtttctgg 17848750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 626 - 1035
Target Start/End: Complemental strand, 15677384 - 15676975
Alignment:
626 cttgagaccttagaccttgcagaaaatgatctaagtggcttcatcacaaaacaacttgcaaatttgcctaaggtatggaacttaaatttgagccataaca 725  Q
    ||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||||||||| | |||||| | | |||  ||| ||| ||||||||||||||    
15677384 cttgaaaccttagatgttgcagaaaataatctaagcggtttcatcccaaaacaacttgccattttgcccaggttattcaacctaagtttgagccataaca 15677285  T
726 aattcacaggaaatattcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgct 825  Q
    ||||||  |||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||| ||||| | ||| | |||||| |||||||    
15677284 aattcattggaaatattccttttgagtttggacaatttaaagtccttgaaagtcttgatctcagtggaaatgttttgaaaggagccataccaccaatgct 15677185  T
826 tacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagcttcgatcagatgttcagcttaacgtctgtt 925  Q
    |  | |  |||||  ||| |||||||||||||| |||||||| | ||||| |||  | || || |||  ||| ||||||||| | || ||  | | ||||    
15677184 tggaaacctgaaacgcttagaaacattgaatatttcacataacattctttttggactgatcccttcttcctttgatcagatgattagtttgtcctttgtt 15677085  T
926 gatatatcatataaccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggta 1025  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||    
15677084 gatatttcatataaccaattggagggtccacttccaaacatgcgagcattcaataacgctacaattgaagtgttgagaaataatataggcttgtgcggta 15676985  T
1026 atgtctctgg 1035  Q
    |||| |||||    
15676984 atgtttctgg 15676975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 642 - 1035
Target Start/End: Complemental strand, 15670966 - 15670573
Alignment:
642 ttgcagaaaatgatctaagtggcttcatcacaaaacaacttgcaaatttgcctaaggtatggaacttaaatttgagccataacaaattcacaggaaatat 741  Q
    |||||| |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| | |||||| | | ||| |||  ||| |||||||||||| |||||||  ||||||||    
15670966 ttgcagcaaataatctaagtggtttcatcccaaaacaacttgccattttgcccaggttattgaatctaagtttgagccataaaaaattcattggaaatat 15670867  T
742 tcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatac 841  Q
    ||||  ||| |||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||| ||||||||  | |  |||||  |    
15670866 tcctgatgagtttggacaatttaaagtccttgaaagtcttgatctcagtggaaatgttttgaatggagctataccaccaatgcttggaaacctgaaacgc 15670767  T
842 ttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagcttcgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatatatcatataacc 941  Q
    || |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||    || || |||  ||| ||||||||| | || ||  | | ||||||||| ||||||||||    
15670766 ttagaaacattgaatatttcacataacaatctttttggacagatcccttcttcctttgatcagatgattagtttgtcctttgttgatatttcatataacc 15670667  T
942 aattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctgg 1035  Q
    |||||||||||||||| || || || ||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||    
15670666 aattggagggtccacttccaaacatgcgagcattcaataacgctacaattgaagtgttgagaaataatataggcttgtgcggtaatgtttctgg 15670573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 235 - 1038
Target Start/End: Complemental strand, 15665941 - 15665138
Alignment:
235 agttccaaagagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttactggaaatataacagagattatagattttggagta 334  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||| |||||  |   |||||| ||||||||       ||||| || |||    
15665941 agttccaaaaagtttgaagaattgctctagccttattagacttaggcttgaacataaccatatggatggaaacataacagat------gatttgggtgta 15665848  T
335 tatccaaatttggtttacatgcaattaagtcaaaacaatttttatggacacctttcatccaattggggaaagttccataatctgataaccttcaatattt 434  Q
    || ||||||||||  | ||||  |||   | | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||      | || || |    
15665847 tacccaaatttggagttcatgggattggatgacaataatttttatggtcacctttcatccaattggggaaagtttcataacctgaagcaaattaacatct 15665748  T
435 ccaataataatatatcaggccatataccaccagaaataggaggggcacccattttgggttcacttgacttatcttcaaaccatctcacagggaaaattcc 534  Q
    |||| ||||||||||||||   ||||||||| ||| || | |  ||    |  ||   |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
15665747 ccaacaataatatatcaggttgtataccacccgaactaagtgaagcggttaacttatattcaattgacttatcttcaaatcatctcacaggaaaaattcc 15665648  T
535 gaaggagttaagcaacttatct---ttgtccaatctcttgataagcaacaaccatctctcaggaaacattcctgtagaaatatcatcctta---gagctt 628  Q
     ||||||||  |||| ||  ||   |||   |  |||||  |||||||||||||||| || || ||  |||||  | ||||| |||| |||   || |||    
15665647 aaaggagttgggcaatttgactaagttgggtagactctttttaagcaacaaccatctttctggcaatgttcctacacaaatagcatcattaaaagaactt 15665548  T
629 gagaccttagaccttgcagaaaatgatctaagtggcttcatcacaaaacaacttgcaaatttgcctaaggtatggaacttaaatttgagccataacaaat 728  Q
    || | ||||||  ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||||  | |||||||| | |||   || |||||||| | || |||||||    
15665547 gaaatcttagatgttgcagaaaataatctaaatggcttcatcagaaaagaacttgtcattttgcctaggatattcgacataaatttgtgtcaaaacaaat 15665448  T
729 tcacaggaaatattcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttac 828  Q
    | | |||||||||||||| |||||||||| ||||||| | |||| |||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||      
15665447 ttagaggaaatattcctaatgaatttggaaaatttaaagcccttcaaagtcttgatctcagtggaaattttttggatggaaccataccaccaacgtttgt 15665348  T
829 acagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagcttcgatcagatgttcagcttaacgtctgttgat 928  Q
    | || ||| |  ||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||   ||| || |||  ||| ||||||||| | || ||  |   |||||||    
15665347 aaagctgatactcttagaaacactgaatatttcacataacaatctttctggcaatatcccttcttcctttgatcagatgattagtttgtcaaatgttgat 15665248  T
929 atatcatataaccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatg 1028  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || || || ||||| ||||   ||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||| |||||||    
15665247 atatcatataaccaattcgagggtccacttccaaacatgcgagcattcaatgacgctaccattgaagttttgagaaataatacaggcttgtgcggtaatg 15665148  T
1029 tctctggctt 1038  Q
    | ||||||||    
15665147 tatctggctt 15665138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 158 - 1060
Target Start/End: Complemental strand, 17826851 - 17825963
Alignment:
158 ggtcagctgccgcacaacatttgcattggtgggaatttgaaatacttggctgttatgaataaccacttcacaggctcagttccaaagagtttgaagaatt 257  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||  |||||| ||| |||||| || | ||||||||||  ||  | ||||| | ||||||||||||||    
17826851 ggtcagctcccacacaatatttgcattggtggaaacctgaaattctttgctgttttggagaaccacttcattggtcctgttcccatgagtttgaagaatt 17826752  T
258 gctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttactggaaatataacagagattatagattttggagtatatccaaatttggtttacatgca 357  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||||| ||||| | ||  ||||||||||| |      ||   | ||||| ||  |||||||||||   ||||||||    
17826751 gctctagcattataagaattaggcttgaaaaaaacaacctatctggaaatatatc------taattactttggtgtgcatccaaatttgtactacatgca 17826658  T
358 attaagtcaaaacaatttttatggacacctttcatccaattggggaaagttccataatctgataaccttcaatatttccaataataatatatcaggccat 457  Q
     || ||| ||||  |||||||||| |||||||||  ||| |||||||| | || ||  |||  |  | ||||  | ||||||||||| ||||||||   |    
17826657 gttgagtgaaaatcatttttatggccacctttcactcaactggggaaaatgccgtagcctggcattcctcaacgtctccaataataacatatcaggtggt 17826558  T
458 ataccaccagaaataggaggggcacccattttgggttcacttgacttatcttcaaaccatctcacagggaaaattccgaaggagttaagcaacttatctt 557  Q
    |||||||||||| |||| | | || ||| |||   |||||| ||||||||||||||  | |||||||| |||||||| ||||||||| | |||||  |||    
17826557 ataccaccagaactaggcgagacaaccaatttatattcactcgacttatcttcaaattacctcacaggaaaaattccaaaggagttaggaaacttgactt 17826458  T
558 ---tgtccaatctcttgataagcaacaaccatctctcaggaaacattcctgtagaaatatcatcctta---gagcttgagaccttagaccttgcagaaaa 651  Q
       |||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||| ||||  ||   || |||||||||||| | ||||||| |||    
17826457 cattgtctaaactcttgataagcaacaaccatctaacaggaaacattccggtacaaataacatcgctaaaggaacttgagaccttaaatcttgcagcaaa 17826358  T
652 tgatctaagtggcttcatcacaaaacaacttgcaaatttgcctaaggtatggaacttaaatttgagccataacaaattcacaggaaatattcctattgaa 751  Q
    |||||| || |||||| ||||||||||||||| | |||| ||||   || |  || | ||||||||||| ||  |||||| ||||||||               
17826357 tgatcttagcggcttcgtcacaaaacaacttggatattttcctagattacgtgacatgaatttgagccacaatgaattcaaaggaaata----------- 17826269  T
752 tttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacat 851  Q
     |||| |||||||| |||||| |||  || ||||| ||||| |||||| |  | |||  |||||| | || |||| | ||  ||| ||||||| |  |||    
17826268 -ttggccaatttaaagtccttcaaagtcttgatcttagtgggaattttctcaacggagtaataccgttaacgcttgctcaactgatatacttgaagtcat 17826170  T
852 tgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagcttcgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatatatcatataaccaattggaggg 951  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || | ||| ||||||||| |||||||     ||||||| ||||||| |||||| || |||||    
17826169 tgaatatatcacataataacctttctggatttattccgtcaaactttgatcagatgctcagcttgttaactgttgacatatcatttaaccagtttgaggg 17826070  T
952 tccactccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggcttagagcactgccca 1051  Q
    | || | || || |||| |||||||   || |||||  |||||||  |||||||||||||| |    ||||| |||||||||||||| ||||  ||||||    
17826069 ttcagttccaaacattccagctttccataaagctacttttgaagttttgagaaataataaaag--actgtggcaatgtctctggcttggagccttgccca 17825972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1226 - 1306
Target Start/End: Original strand, 17848932 - 17849012
Alignment:
1226 caaaatgtacttacaatatggaactttgatggaaaatttttgtatgagaatattttggaagccacagaagattttgatgat 1306  Q
    |||||| || |||| |||||||  |||||||||||| |  ||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||    
17848932 caaaatctatttaccatatggagttttgatggaaaaatggtgtatgagagtattattgaagccacagaagattttgatgat 17849012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Original strand, 14604795 - 14604839
Alignment:
1 taactctctctcaggtgaaatcccaccaacaattggaaacttgag 45  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||    
14604795 taactctctctcaggtgaaatccctcgaacaattgaaaacttgag 14604839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 493 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 15677523 - 15677464
Alignment:
493 ttcacttgacttatcttcaaaccatctcacagggaaaattccgaaggagttaagcaactt 552  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |  || |||||||| ||||||||| |||||||    
15677523 ttcaattgacttatcttcaaaccatcttattggtaaaattccaaaggagttaggcaactt 15677464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 1199 - 1305
Target Start/End: Complemental strand, 15664977 - 15664871
Alignment:
1199 caggttggagggaacatcattgtaccacaaaatgtacttacaatatggaactttgatggaaaatttttgtatgagaatattttggaagccacagaagatt 1298  Q
    ||||||||||| |||| |||||  ||  |||||||| ||||||||||||  |||||||| ||| |  |||||||||| ||| | ||||| || ||||| |    
15664977 caggttggaggaaacaacattgctcctaaaaatgtatttacaatatggagttttgatgggaaaatggtgtatgagaacattattgaagcaacggaagagt 15664878  T
1299 ttgatga 1305  Q
    |||||||    
15664877 ttgatga 15664871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289 (Bit Score: 112; Significance: 6e-56; HSPs: 6)
Name: scaffold0289
Description:

Target: scaffold0289; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 493 - 1038
Target Start/End: Complemental strand, 18557 - 18006
Alignment:
493 ttcacttgacttatcttcaaaccatctcacagggaaaattccgaaggagttaagcaacttatct---ttgtccaatctcttgataagcaacaaccatctc 589  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||  |||| ||  ||   |||   |  |||||  ||||||||||||||||     
18557 ttcaattgacttatcttcaaatcatctcacaggaaaaattccaaaggagttgggcaatttgactaagttgggtagactctttttaagcaacaaccatctt 18458  T
590 tcaggaaacattcctgtagaaatatcatcctta---gagcttgagaccttagaccttgcagaaaatgatctaagtggcttcatcacaaaacaacttgcaa 686  Q
    || || ||  |||||  | ||||| |||| |||   || ||||| | ||||||  ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||||  |    
18457 tctggcaatgttcctacacaaatagcatcattaaaagaacttgaaatcttagatgttgcagaaaataatctaaatggcttcatcagaaaagaacttgtca 18358  T
687 atttgcctaaggtatggaacttaaatttgagccataacaaattcacaggaaatattcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatct 786  Q
     |||||||| | |||   || |||||||| | || |||||||| | |||||||||||||| |||||||||| ||||||| | |||| |||  || |||||    
18357 ttttgcctaggatattcgacataaatttgtgtcaaaacaaatttagaggaaatattcctaatgaatttggaaaatttaaagcccttcaaagtcttgatct 18258  T
787 cagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttatt 886  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||  | || ||| |  ||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||   |||     
18257 cagtggaaattttttggatggaaccataccaccaacgtttgtaaagctgatactcttagaaacactgaatatttcacataacaatctttctggcaatatc 18158  T
887 ccctctagcttcgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatatatcatataaccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgcta 986  Q
    || |||  ||| ||||||||| | || ||  |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || || ||||| ||||   ||||||    
18157 ccttcttcctttgatcagatgattagtttgtcaaatgttgatatatcatataaccaattcgagggtccacttccaaacatgcgagcattcaatgacgcta 18058  T
987 caattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggctt 1038  Q
    | ||||||||  |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||    
18057 ccattgaagttttgagaaataatacaggcttgtgcggtaatgtatctggctt 18006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 981 - 1038
Target Start/End: Complemental strand, 5521 - 5464
Alignment:
981 acgctacaattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggctt 1038  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
5521 acgctaccattgaagtgttgagaaataatacaggcttgtgtggtaatgtttctggctt 5464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 981 - 1038
Target Start/End: Complemental strand, 14354 - 14297
Alignment:
981 acgctacaattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggctt 1038  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
14354 acgctaccattgaagtgttgagaaataatacaggcttgtgtggtaatgtttctggctt 14297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 1199 - 1305
Target Start/End: Complemental strand, 5303 - 5197
Alignment:
1199 caggttggagggaacatcattgtaccacaaaatgtacttacaatatggaactttgatggaaaatttttgtatgagaatattttggaagccacagaagatt 1298  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||  |||||||| |||| |||||||  |||||||| ||| |  |||||||||| ||| | |||||||||||||| |    
5303 caggttggaggaaacatcattgctcctaaaaatgtatttactatatggagttttgatgggaaaatggtgtatgagaacattattgaagccacagaagagt 5204  T
1299 ttgatga 1305  Q
    |||||||    
5203 ttgatga 5197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 1199 - 1305
Target Start/End: Complemental strand, 14136 - 14030
Alignment:
1199 caggttggagggaacatcattgtaccacaaaatgtacttacaatatggaactttgatggaaaatttttgtatgagaatattttggaagccacagaagatt 1298  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||  |||||||| |||| |||||||  |||||||| ||| |  |||||||||| ||| | |||||||||||||| |    
14136 caggttggaggaaacatcattgctcctaaaaatgtatttactatatggagttttgatgggaaaatggtgtatgagaacattattgaagccacagaagagt 14037  T
1299 ttgatga 1305  Q
    |||||||    
14036 ttgatga 14030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 235 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 18809 - 18631
Alignment:
235 agttccaaagagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttactggaaatataacagagattatagattttggagta 334  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||| |||||  |   |||||| ||||||||       ||||| || |||    
18809 agttccaaaaagtttgaagaattgctctagccttattagacttaggcttgaacataaccatatggatggaaacataacagat------gatttgggtgta 18716  T
335 tatccaaatttggtttacatgcaattaagtcaaaacaatttttatggacacctttcatccaattggggaaagttccataatctga 419  Q
    || ||||||||||  | ||||  |||   | | || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
18715 tacccaaatttggagttcatgggattggatgacaataatttttatggtcacctttcatctaattggggaaagtttcataacctga 18631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 71; Significance: 2e-31; HSPs: 19)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 782 - 1056
Target Start/End: Original strand, 15032424 - 15032698
Alignment:
782 gatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggtt 881  Q
    ||||| ||||| |||||| || ||||||| |||||||||||||||   ||||| ||   ||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||     
15032424 gatcttagtgggaattttatgaatggaaccataccatcaatgcttgggcagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataacaatctctctggta 15032523  T
882 ttattccctctagcttcgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatatatcatataaccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaa 981  Q
      |||||||| ||||| | | | ||||| ||||| ||  ||||||||||||| || ||||| |||||||||||| | || || |||  ||||||||  ||    
15032524 ccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccaattccaaacattacagctttcaaaaa 15032623  T
982 cgctacaattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggcttagagcactgcccaacatc 1056  Q
     ||| |||||||||   ||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||    
15032624 agctccaattgaagcattgacaaataacaaaggcttatgtggtaatgtctctggcctagagccttgctcaacatc 15032698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 740 - 1056
Target Start/End: Original strand, 15010924 - 15011240
Alignment:
740 attcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaat 839  Q
    |||||| |||| ||||| ||||| |||||  ||||||  || ||||| ||||| |||| | || ||||||| |||||| ||||||||   ||||| ||      
15010924 attcctgttgagtttggccaattgaatgttattgaaaatcttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatc 15011023  T
840 acttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagcttcgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatatatcatataa 939  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||   |||||||| ||||| | | | ||||| ||||| ||  ||||||||||||| || ||    
15011024 acttagaaacattgaatctctcacataacaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaa 15011123  T
940 ccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggctta 1039  Q
    |||||||||||||||  | || ||| ||  ||||||||  |  ||| |||||||||   ||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||    
15011124 ccaattggagggtccgattccaaatgttacagctttcaaaagagctccaattgaagcattgacaaataacaaaggcttatgtggtaatgtctctggccta 15011223  T
1040 gagcactgcccaacatc 1056  Q
    ||||  ||| |||||||    
15011224 gagccttgctcaacatc 15011240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 740 - 1056
Target Start/End: Original strand, 15036944 - 15037260
Alignment:
740 attcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaat 839  Q
    |||||| |||| ||||| ||||| |||||  |||||| ||| ||||| ||||| |||| | || ||||||| |||||| ||||||||   ||||| ||      
15036944 attcctgttgagtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatc 15037043  T
840 acttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagcttcgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatatatcatataa 939  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||   |||||||  ||||| | | | ||||| ||||| ||  ||||||||||||| || ||    
15037044 acttagaaacattgaatctctcacataacaatctctctggtaccattcccttaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaa 15037143  T
940 ccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggctta 1039  Q
    ||| |||||||||||  | || || |||  ||||||||  |  ||| |||||||||   ||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||    
15037144 ccagttggagggtccgattccaaacattacagctttcaaaagagctccaattgaagcattgacaaataacaaaggcttatgtggtaatgtctctggccta 15037243  T
1040 gagcactgcccaacatc 1056  Q
    ||||  ||| |||||||    
15037244 gagccttgctcaacatc 15037260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 740 - 1056
Target Start/End: Original strand, 15002031 - 15002347
Alignment:
740 attcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaat 839  Q
    |||||| |||| ||||| ||||| |||||  |||||| ||| ||||| ||||| |||| | || ||||||| |||||| ||||||||   ||||| ||      
15002031 attcctgttgagtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatc 15002130  T
840 acttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagcttcgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatatatcatataa 939  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||   |||||||  ||||| | | | ||||| ||||| ||  ||||||||||||| || ||    
15002131 acttagaaacattgaatctctcacataacaatctctctggtaccattccctaaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaa 15002230  T
940 ccaattggagggtcc-actccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggctt 1038  Q
    ||| ||||||||||| ||| || || |||  |||||||   |  ||| |||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |    
15002231 ccagttggagggtccgact-ccaaacattacagctttcgaaagagctccaattgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaatgtttctggcct 15002329  T
1039 agagcactgcccaacatc 1056  Q
    |||||  ||| |||||||    
15002330 agagccttgctcaacatc 15002347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 805 - 1036
Target Start/End: Complemental strand, 14532868 - 14532637
Alignment:
805 tggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagcttcgatcag 904  Q
    |||||| |||||||||||||||  |||||| ||  ||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||    ||||| |  |||| || | ||    
14532868 tggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcacttacaaacattgaatctttcacataataatctttctggaaccattcctttgagctacggtaag 14532769  T
905 atgttcagcttaacgtctgttgatatatcatataaccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtggtgagaa 1004  Q
    ||||| ||||| ||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |  |||  ||| |||   || ||| |||||||||   | ||||    
14532768 atgttaagcttgacaattgttgatatatcatacaaccaattggagggtccaattccaagcattacagccttccaaaaagctccaattgaagcacttagaa 14532669  T
1005 ataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggc 1036  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
14532668 ataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctggc 14532637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 740 - 1043
Target Start/End: Original strand, 15017039 - 15017342
Alignment:
740 attcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaat 839  Q
    |||||| |||| ||||| ||||| |||||  ||||||  || ||||| ||||| |||| | || ||||||| |||||| ||||||||   ||||| ||      
15017039 attcctgttgagtttggccaattgaatgttattgaaaatcttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatc 15017138  T
840 acttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagcttcgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatatatcatataa 939  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||   |||||||| ||||| | | | ||||| ||||| ||  |||||||| |||| || ||    
15017139 acttagaaacattgaatctctcacataacaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatgtatcttacaa 15017238  T
940 ccaattggagggtcc-actccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggctt 1038  Q
    ||| ||||||||||| ||| || || |||  ||||||| | |  ||| |||||||||   ||| |||||| || ||||||||||||||| |||||||| |    
15017239 ccagttggagggtccgact-ccaaacattacagctttcggaagagctccaattgaagcattgacaaataacaagggcttgtgtggtaatatctctggcct 15017337  T
1039 agagc 1043  Q
    |||||    
15017338 agagc 15017342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 217 - 407
Target Start/End: Original strand, 15010401 - 15010585
Alignment:
217 taaccacttcacaggctcagttccaaagagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttactggaaatataacagag 316  Q
    |||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||  ||  | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
15010401 taaccagttcacaggcctagttccagagagtttgaagaattgctcaagccttacgagactgaggcttgatcaaaaccaacttactggaaatataacagag 15010500  T
317 attatagattttggagtatatccaaatttggtttacatgcaattaagtcaaaacaatttttatggacacctttcatccaattggggaaagt 407  Q
    |       |||||| || |||||||| ||||  |||||| |||| ||| | || ||||||||||| || |||||  | |||||||||||||    
15010501 a------gttttggtgtgtatccaaacttggactacatggaattgagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagt 15010585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 217 - 315
Target Start/End: Original strand, 15001508 - 15001606
Alignment:
217 taaccacttcacaggctcagttccaaagagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttactggaaatataacaga 315  Q
    |||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||  ||  | |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
15001508 taaccagttcacaggcctagttccagagagtttgaagaattgctcaagccttacgagagtgagacttcaacaaaaccaactgactggaaatataacaga 15001606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 733 - 1057
Target Start/End: Complemental strand, 14522819 - 14522495
Alignment:
733 aggaaatattcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacag 832  Q
    |||||| |||||| ||||| |||| ||||| |||||  |||||   || ||||| || || ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||  ||||    
14522819 aggaaacattcctgttgaacttggtcaattgaatgttattgaagatcttgatcttagcgggaattttttgaatggaaccataccaacaatgcttggacag 14522720  T
833 ttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagcttcgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatatat 932  Q
    || ||   ||| |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||   |||||||  |||||   | | ||||| || || ||  ||||||||||||    
14522719 ttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataataatctctatggtaacattcccttaagcttttttgatatgttaagtttgacaactgttgatatat 14522620  T
933 catataaccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctc 1032  Q
    | || ||||  |||||||||||| | || || |||  ||| |||   |  ||| || ||||||   | |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
14522619 cttacaaccggttggagggtccaattccaaacattacagcattccaaagagctccagttgaagcatttagaaataacaaaggcttgtgcggtaatgtctc 14522520  T
1033 tggcttagagcactgcccaacatca 1057  Q
    |||| ||||||  ||| ||||||||    
14522519 tggcctagagccttgctcaacatca 14522495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 217 - 313
Target Start/End: Original strand, 15016516 - 15016612
Alignment:
217 taaccacttcacaggctcagttccaaagagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttactggaaatataaca 313  Q
    |||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||  ||  | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
15016516 taaccagttcacaggcctagttccagagagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgaacaaaaccaactgactggaaatataaca 15016612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 215 - 407
Target Start/End: Original strand, 14503381 - 14503567
Alignment:
215 aataaccacttcacaggctcagttccaaagagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttactggaaatataacag 314  Q
    |||||||| ||||||||  || ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||  |||| ||| || |||| ||| | ||||||||||||||||    
14503381 aataaccaattcacagggccaattccaaagagtttaaagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactggaaatataacag 14503480  T
315 agattatagattttggagtatatccaaatttggtttacatgcaattaagtcaaaacaatttttatggacacctttcatccaattggggaaagt 407  Q
    |       | |||||| || |||||| ||||||  |||||| |||| ||| |||| ||||| ||||| || || ||| | |||||||||||||    
14503481 a------tggttttggtgtttatccacatttggactacatggaattgagtgaaaataatttgtatggccatctatcaccaaattggggaaagt 14503567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 733 - 880
Target Start/End: Original strand, 14467720 - 14467867
Alignment:
733 aggaaatattcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacag 832  Q
    |||||| |||||| | || ||||| ||||| ||||| ||||||   || ||||| ||||  ||||||||| | ||||| || ||| ||||| ||  ||||    
14467720 aggaaacattcctgtcgagtttggccaattaaatgttcttgaagatcttgatcttagtgagaattttttgaacggaaccattccagcaatgtttggacag 14467819  T
833 ttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggt 880  Q
    || ||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
14467820 ttaaatcacttagaaacattgaatctctcacataataatctttctggt 14467867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 733 - 880
Target Start/End: Original strand, 14481902 - 14482049
Alignment:
733 aggaaatattcctattgaatttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacag 832  Q
    |||||| |||||| | || ||||| ||||| ||||| ||||||   || ||||| ||||  ||||||||| | ||||| || ||| ||||| ||  ||||    
14481902 aggaaacattcctgtcgagtttggccaattaaatgttcttgaagatcttgatcttagtgagaattttttgaacggaaccattccagcaatgtttggacag 14482001  T
833 ttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggt 880  Q
    || ||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
14482002 ttaaatcacttagaaacattgaatctctcacataataatctttctggt 14482049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 1227 - 1302
Target Start/End: Complemental strand, 14522331 - 14522256
Alignment:
1227 aaaatgtacttacaatatggaactttgatggaaaatttttgtatgagaatattttggaagccacagaagattttga 1302  Q
    ||||| || |||||||||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||  | ||||||||||||||||||||    
14522331 aaaatctatttacaatatggagctttgatggaaaaatggtgtatgagaatatcatcgaagccacagaagattttga 14522256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 782 - 933
Target Start/End: Original strand, 15025083 - 15025234
Alignment:
782 gatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggtt 881  Q
    ||||| ||||| |||||| || ||||||| |||||||||||||||   ||||| ||   ||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||     
15025083 gatcttagtgggaattttatgaatggaaccataccatcaatgcttgggcagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataacaatctctctggta 15025182  T
882 ttattccctctagcttcgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatatatc 933  Q
      |||||||| ||||| | | | ||||| ||||| ||  |||||||||||||    
15025183 ccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatc 15025234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 1001 - 1056
Target Start/End: Original strand, 15040929 - 15040984
Alignment:
1001 agaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggcttagagcactgcccaacatc 1056  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
15040929 agaaataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctggcctagagcattgctcaacatc 15040984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 224 - 315
Target Start/End: Original strand, 15040164 - 15040255
Alignment:
224 ttcacaggctcagttccaaagagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttactggaaatataacaga 315  Q
    ||||||||  || |||||||||||||||||||||| || ||  | |  ||  | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
15040164 ttcacaggtccaattccaaagagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagacttgaacaaaaccaacttgctggaaatataacaga 15040255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 215 - 265
Target Start/End: Original strand, 14467202 - 14467252
Alignment:
215 aataaccacttcacaggctcagttccaaagagtttgaagaattgctctagc 265  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||    
14467202 aataaccaattcacaggcccaattccaaagagtttgaagaactgctctagc 14467252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 215 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 14533458 - 14533412
Alignment:
215 aataaccacttcacaggctcagttccaaagagtttgaagaattgctc 261  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||    
14533458 aataaccaattcacaggcccaattccaaagagtttgaagaagtgctc 14533412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 70; Significance: 6e-31; HSPs: 4)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 788 - 1057
Target Start/End: Original strand, 12751 - 13020
Alignment:
788 agtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattc 887  Q
    ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||  |||||| ||  || |  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||    ||||    
12751 agtggaaattttttgaacggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcacatacaaacattgaatctttcacataataatctttctggaaccattc 12850  T
888 cctctagcttcgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatatatcatataaccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgctac 987  Q
    | |  |||| || | ||||||| ||||| ||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || || |||| ||| |||   || ||| |    
12851 ctttgagctacggtaagatgttaagcttgacaattgttgatatatcatacaaccaattggagggtccgattcctaacattccagccttcctaaaagctcc 12950  T
988 aattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggcttagagcactgcccaacatca 1057  Q
    ||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||| ||||||||    
12951 aattgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctggtctagagccttgctcaacatca 13020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 798 - 1043
Target Start/End: Original strand, 6473 - 6715
Alignment:
798 ttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagctt 897  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||||||  | |||| ||   ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||   |||||||  | ||     
6473 ttttgaatggaaccataccaacaatgcttggagagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataataatttttctggtaccattcccttgaccta 6572  T
898 cgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatatatcatataaccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtg 997  Q
     | | ||||||  ||||||||  || ||||||||||||| |||||||| || |||||| | || || |||| ||| ||||  || ||| |||||||||      
6573 tggtgagatgtcaagcttaacaactattgatatatcatacaaccaatttgaaggtccaattccaaacattccagccttcaaaaatgctccaattgaagca 6672  T
998 gtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggcttagagc 1043  Q
     | |||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||    
6673 ttaagaaataacaaaggcttgtgtggtaa---ctctggcttagagc 6715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 215 - 381
Target Start/End: Original strand, 12178 - 12338
Alignment:
215 aataaccacttcacaggctcagttccaaagagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttactggaaatataacag 314  Q
    ||||| || |||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||  |||| ||| || |||| ||| | ||||||||||||||||    
12178 aataatcatttcacaggattagttccaatgagtttgaagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactggaaatataacag 12277  T
315 agattatagattttggagtatatccaaatttggtttacatgcaattaagtcaaaacaatttttatgg 381  Q
    |       | |||||| || |||||| ||||||| |||||| |||||||| | || |||||||||||    
12278 a------tggttttggtgtttatccacatttggtctacatggaattaagtgataataatttttatgg 12338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 235 - 315
Target Start/End: Original strand, 5910 - 5990
Alignment:
235 agttccaaagagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttactggaaatataacaga 315  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| ||| |||  ||  | |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||    
5910 agttccaaagagtttaaaaaattgctcaagccttaagagagtgagacttcaacaaaaccaactgactgcaaatataacaga 5990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 70; Significance: 6e-31; HSPs: 4)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 788 - 1057
Target Start/End: Original strand, 13394 - 13663
Alignment:
788 agtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattc 887  Q
    ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||  |||||| ||  || |  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||    ||||    
13394 agtggaaattttttgaacggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcacatacaaacattgaatctttcacataataatctttctggaaccattc 13493  T
888 cctctagcttcgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatatatcatataaccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgctac 987  Q
    | |  |||| || | ||||||| ||||| ||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || || |||| ||| |||   || ||| |    
13494 ctttgagctacggtaagatgttaagcttgacaattgttgatatatcatacaaccaattggagggtccgattcctaacattccagccttcctaaaagctcc 13593  T
988 aattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggcttagagcactgcccaacatca 1057  Q
    ||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||| ||||||||    
13594 aattgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctggtctagagccttgctcaacatca 13663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 798 - 1043
Target Start/End: Original strand, 7117 - 7359
Alignment:
798 ttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctggttttattccctctagctt 897  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||||||  | |||| ||   ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||   |||||||  | ||     
7117 ttttgaatggaaccataccaacaatgcttggagagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataataatttttctggtaccattcccttgaccta 7216  T
898 cgatcagatgttcagcttaacgtctgttgatatatcatataaccaattggagggtccactccccaatattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtg 997  Q
     | | ||||||  ||||||||  || ||||||||||||| |||||||| || |||||| | || || |||| ||| ||||  || ||| |||||||||      
7217 tggtgagatgtcaagcttaacaactattgatatatcatacaaccaatttgaaggtccaattccaaacattccagccttcaaaaatgctccaattgaagca 7316  T
998 gtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctggcttagagc 1043  Q
     | |||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||    
7317 ttaagaaataacaaaggcttgtgtggtaa---ctctggcttagagc 7359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 215 - 381
Target Start/End: Original strand, 12821 - 12981
Alignment:
215 aataaccacttcacaggctcagttccaaagagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttactggaaatataacag 314  Q
    ||||| || |||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||  |||| ||| || |||| ||| | ||||||||||||||||    
12821 aataatcatttcacaggattagttccaatgagtttgaagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactggaaatataacag 12920  T
315 agattatagattttggagtatatccaaatttggtttacatgcaattaagtcaaaacaatttttatgg 381  Q
    |       | |||||| || |||||| ||||||| |||||| |||||||| | || |||||||||||    
12921 a------tggttttggtgtttatccacatttggtctacatggaattaagtgataataatttttatgg 12981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 235 - 315
Target Start/End: Original strand, 6554 - 6634
Alignment:
235 agttccaaagagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttactggaaatataacaga 315  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| ||| |||  ||  | |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||    
6554 agttccaaagagtttaaaaaattgctcaagccttaagagagtgagacttcaacaaaaccaactgactgcaaatataacaga 6634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University