View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16953_low_1 (Length: 755)

Name: NF16953_low_1
Description: NF16953
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16953_low_1
NF16953_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-745)||(42748095-42748815)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 666; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 666; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 42748815 - 42748095
Alignment:
Q  19 aatgcaatggttcattaaatgtgcacatgtaactgtccacgcaatataaaatatgacttcaaaactttcactttcagccaccaaattcatattcttgtgt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42748815 aatgcaatggttcattaaatgtgcacatgtaactgtccacgcattataaaatatgacttcaaaactttcactttcagccaccaaattcatattcttgtgt 42748716  T
Q  119 tggctcattacattacatcaaccaaaacaactagaataggatagcacgtagtcaattcaattgagnnnnnnnnggcaattctatttgtatgcaactacgg 218  Q
    |||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||    
T  42748715 tggctcattacat-----caaccaaaacaactagaataggatagcacgtagtcaattcaattgagttttttt-ggcaattctatttgtatgcaactacgg 42748622  T
Q  219 aaaggtttccaccgtttgataattaatccaattttggtaccttctttctagtctagacatataatgaaagcaacatttttaatcggtctctcttttatgc 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42748621 aaaggtttccaccgtttgataattaatccaattttggtaccttctttctagtctagacatgtaatgaaagcaacatttttaatcggtctctcttttatgc 42748522  T
Q  319 atttcactttcttatgccaaatgttgaatggggattgatgtaagctgcaatttcgtgccgaatataattacagatactatatagtattatagtactttca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42748521 atttcactttcttatgccaaatgttgaatggggattgatgtaagctgcaatttcgtgccgaatataattacagatactatatagtattatagtactttca 42748422  T
Q  419 aattaaataaactatcttaatagttgttggaacttctatatagaagtatatatagtacattcaaattaaataaataatcttcatagttgttggagcttct 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42748421 aattaaataaactatcttaatagttgttggaacttctatatagaagtatatatagtacattcaaattaaataaataatcttcatagttgttggagcttct 42748322  T
Q  519 atatagtacattcaaattaaacaattttaatagttggagctttctaagaggcttagtccttagttacttgcaatagaaaggtaccagcccactagttata 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42748321 atatagtacattcaaattaaacaattttaatagttggagctttctaagaggcttagtccttagttacttgcaatagaaaggtaccagcccactagttata 42748222  T
Q  619 aaattcacatgttatgtcatcaatgctacggtatttgaggcttgtgagagtgattttcaagttaaaccaaagttgtcacttgcttaaaatacttgccatg 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  42748221 aaattcacatgttatgtcatcaatgctacggtatttgaggcttgtgagagtgattttcaagttaaaccaaagttgtcacttgcttaaaatacttgctatg 42748122  T
Q  719 agtacttttaatatccatttccctatg 745  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  42748121 agtacttttaatatccatttccctatg 42748095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University