View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16955_high_9 (Length: 270)

Name: NF16955_high_9
Description: NF16955
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16955_high_9
NF16955_high_9
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (15-255)||(11004320-11004560)
chr3 (59-255)||(9105275-9105471)
chr3 (60-270)||(21850184-21850396)
chr3 (45-255)||(9697586-9697798)
chr3 (45-256)||(43547722-43547935)
chr3 (60-257)||(21847107-21847306)
chr3 (102-270)||(54167344-54167516)
chr3 (102-256)||(54171924-54172082)
chr3 (99-255)||(39399124-39399279)
chr3 (60-179)||(43554645-43554764)
chr3 (187-270)||(43554277-43554361)
chr3 (99-209)||(38175787-38175896)
chr3 (74-194)||(755891-756012)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (39-270)||(8892561-8892793)
chr4 (43-255)||(10317008-10317220)
chr4 (60-256)||(31670089-31670286)
chr4 (59-256)||(53722006-53722203)
chr4 (45-255)||(27186142-27186356)
chr4 (45-270)||(50627889-50628102)
chr4 (102-270)||(44151543-44151715)
chr4 (45-248)||(43683621-43683813)
chr4 (102-255)||(44147023-44147180)
chr4 (102-255)||(3770842-3770999)
chr4 (39-159)||(35842843-35842963)
chr4 (99-270)||(31359136-31359306)
chr4 (99-255)||(41884925-41885079)
chr4 (99-256)||(49274514-49274669)
chr4 (160-255)||(31354678-31354772)
chr4 (185-225)||(35842800-35842840)
chr4 (73-221)||(53785880-53786028)
chr4 (153-207)||(45976223-45976277)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (39-270)||(43591762-43591993)
chr1 (60-255)||(16588440-16588635)
chr1 (69-255)||(39793831-39794017)
chr1 (60-270)||(26315998-26316196)
chr1 (60-255)||(26311522-26311705)
chr1 (99-256)||(10504435-10504591)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (39-255)||(33071918-33072134)
chr8 (54-255)||(42234650-42234851)
chr8 (60-255)||(28644562-28644757)
chr8 (60-255)||(30410291-30410486)
chr8 (102-270)||(43807485-43807655)
chr8 (102-270)||(197684-197856)
chr8 (102-270)||(312521-312693)
chr8 (102-255)||(43812044-43812199)
chr8 (60-255)||(38757003-38757186)
chr8 (60-270)||(30405782-30405975)
chr8 (102-256)||(202202-202360)
chr8 (102-256)||(317039-317197)
chr8 (149-270)||(41949787-41949908)
chr8 (178-255)||(41945339-41945416)
chr8 (80-243)||(27435172-27435329)
chr8 (242-270)||(1291309-1291337)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (15-256)||(35705633-35705874)
chr7 (60-270)||(27761382-27761592)
chr7 (56-249)||(47419536-47419729)
chr7 (60-255)||(22901154-22901351)
chr7 (60-255)||(27756846-27757041)
chr7 (39-255)||(7466464-7466669)
chr7 (102-270)||(7940083-7940255)
chr7 (102-255)||(7944636-7944793)
chr7 (45-188)||(733614-733756)
chr7 (153-243)||(37355573-37355663)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (60-270)||(27552072-27552282)
chr6 (60-255)||(17096236-17096431)
chr6 (69-270)||(8315474-8315676)
chr6 (39-255)||(17895664-17895881)
chr6 (39-270)||(17886789-17887015)
chr6 (39-255)||(14531728-14531945)
chr6 (69-255)||(8320013-8320199)
chr6 (56-255)||(17779914-17780114)
chr6 (69-256)||(27574709-27574885)
chr6 (149-270)||(17163610-17163734)
chr6 (99-217)||(6440862-6440979)
chr6 (152-242)||(17159610-17159701)
chr6 (153-243)||(7888213-7888305)
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (39-255)||(32485926-32486143)
chr5 (56-255)||(30695293-30695492)
chr5 (39-255)||(19502307-19502525)
chr5 (46-270)||(26336753-26336979)
chr5 (39-255)||(36632314-36632518)
chr5 (102-270)||(7099374-7099546)
chr5 (102-270)||(12023274-12023446)
chr5 (102-270)||(16798654-16798826)
chr5 (113-255)||(40371750-40371892)
chr5 (15-204)||(20830246-20830434)
chr5 (59-270)||(40367572-40367772)
chr5 (81-235)||(43384972-43385126)
chr5 (102-255)||(7103943-7104100)
chr5 (102-255)||(12018731-12018888)
chr5 (102-255)||(16794108-16794265)
chr5 (102-270)||(37682021-37682182)
chr5 (153-269)||(10277190-10277306)
chr5 (99-255)||(10274546-10274701)
chr5 (102-255)||(37658732-37658878)
chr5 (133-204)||(20808675-20808746)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (69-270)||(8055377-8055578)
chr2 (69-255)||(8050839-8051025)
chr2 (60-255)||(12999426-12999622)
chr2 (102-270)||(36675036-36675208)
chr2 (102-256)||(36670502-36670660)
chr2 (60-255)||(6463400-6463583)
chr2 (99-270)||(35950440-35950610)
chr2 (93-255)||(13270980-13271131)
chr2 (99-255)||(41093824-41093979)
chr2 (149-242)||(29767953-29768047)
[»] scaffold0440 (2 HSPs)
scaffold0440 (102-270)||(7491-7662)
scaffold0440 (102-270)||(2965-3137)
[»] scaffold0044 (2 HSPs)
scaffold0044 (102-270)||(44865-45037)
scaffold0044 (102-255)||(49445-49602)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (146-253)||(60194-60302)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 15 - 255
Target Start/End: Original strand, 11004320 - 11004560
Alignment:
Q  15 agagataatggaattgaaaaatgaaaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagca 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11004320 agagataatggaattgaaaaatgaaaattgttattgatacttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaggttgcttgaagca 11004419  T
Q  115 caagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattg 214  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11004420 caaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattattcactgattg 11004519  T
Q  215 tgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11004520 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 11004560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 59 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 9105471 - 9105275
Alignment:
Q  59 gaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaac 158  Q
    ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  9105471 gaaaatatacaaaggaggtagctcatatacaatgtctagttaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaac 9105372  T
Q  159 aaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9105371 aaacttgtaacatacttcataacaaactaaagcaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 9105275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 60 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 21850396 - 21850184
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  21850396 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 21850297  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaatt-aaaacaaactaacatc 257  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21850296 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaaacaaactaacatc 21850197  T
Q  258 ctcccttaattca 270  Q
    |||||||||||||    
T  21850196 ctcccttaattca 21850184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 45 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 9697798 - 9697586
Alignment:
Q  45 ttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 144  Q
    |||||||| || | ||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9697798 ttattgattctcatgaaaatatacaaaggaggcagcttatatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgttacaaactctagatcttatt 9697699  T
Q  145 tgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagct-aaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaatta 242  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  9697698 tgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgattaatcactaattgtgattatcactaaaactaaacttgaatta 9697599  T
Q  243 aaacaaactaaca 255  Q
    |||||||||||||    
T  9697598 aaacaaactaaca 9697586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 45 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 43547935 - 43547722
Alignment:
Q  45 ttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 144  Q
    |||||||| || | ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43547935 ttattgattctgatgaaaatatacaaaggagatagcttatatacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 43547836  T
Q  145 tgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagct-aaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaatta 242  Q
    || |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  43547835 tgttaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtaattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaatta 43547736  T
Q  243 aaacaaactaacat 256  Q
    |||||| |||||||    
T  43547735 aaacaagctaacat 43547722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 60 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 21847306 - 21847107
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  21847306 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 21847207  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaatt-aaaacaaactaacatc 257  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21847206 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaaacaaactaacatc 21847107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 102 - 270
Target Start/End: Original strand, 54167344 - 54167516
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatc--ttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaat-gt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   |  ||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | ||    
T  54167344 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacacccttatttggtaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 54167443  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactgaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54167444 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 54167516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 102 - 256
Target Start/End: Original strand, 54171924 - 54172082
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  54171924 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 54172023  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaacat 256  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54172024 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 54172082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 99 - 255
Target Start/End: Original strand, 39399124 - 39399279
Alignment:
Q  99 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 198  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  |||||  |||||| ||||||||||||  |||||||||| || || | ||||||    
T  39399124 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgt 39399222  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39399223 gattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 39399279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 60 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 43554764 - 43554645
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    |||||||| ||| |||||| || |||||||||||||  ||| |||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  43554764 aaaatatacaaaagaggtagctcatatacaatgtcttactaagttgcttgaaacagaagcaatgtaataaactctagatcttatttgttaacctctaaca 43554665  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcata 179  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  43554664 aacttgtaacaaacttcata 43554645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 187 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 43554361 - 43554277
Alignment:
Q  187 aaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  43554361 aaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatctccccttaattca 43554277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 99 - 209
Target Start/End: Original strand, 38175787 - 38175896
Alignment:
Q  99 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 198  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| |||||||  |||||  |||||| ||||||||||||  |||||||||| || |||| ||||||    
T  38175787 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-atcttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaaactaaatgt 38175885  T
Q  199 gattaatcact 209  Q
    |||||| ||||    
T  38175886 gattaaccact 38175896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 756012 - 755891
Alignment:
Q  74 aggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctaga-tcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaat 172  Q
    ||||| ||||||||||   ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||   | ||||| | ||   |||||||||||||||||||     
T  756012 aggtagcttatatacaccatctagttaggtagcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctaaccttttattagttacactctaacaaacttgtaacaaa 755913  T
Q  173 cttcataacaagctaaaacaaa 194  Q
    ||||| ||||| ||||||||||    
T  755912 cttcaaaacaaactaaaacaaa 755891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 39 - 270
Target Start/End: Original strand, 8892561 - 8892793
Alignment:
Q  39 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 138  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  8892561 aaattgttattgatacttgtgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcgatgtaacaaactctatat 8892660  T
Q  139 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttg 237  Q
    ||||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  8892661 cttatttgctaatctctaacaaatttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttg 8892760  T
Q  238 aattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8892761 aattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 8892793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 43 - 255
Target Start/End: Original strand, 10317008 - 10317220
Alignment:
Q  43 tgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatctta 142  Q
    ||||||| || |||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317008 tgttattaattcttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatctta 10317107  T
Q  143 tttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaatta 242  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  10317108 tttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactacaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattataactaaactaaacttgaatta 10317207  T
Q  243 aaacaaactaaca 255  Q
    |||||||||||||    
T  10317208 aaacaaactaaca 10317220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 60 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 31670286 - 31670089
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  31670286 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcagaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 31670187  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 256  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31670186 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 31670089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 59 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 53722203 - 53722006
Alignment:
Q  59 gaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaac 158  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||    
T  53722203 gaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatatagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctagcctctaac 53722104  T
Q  159 aaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 256  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53722103 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 53722006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 45 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 27186356 - 27186142
Alignment:
Q  45 ttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 144  Q
    |||||||| || | ||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27186356 ttattgattctcatgaaaatatacaaaggaggcagcttatatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgttacaaactctagatcttatt 27186257  T
Q  145 tgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataac-aagct--aaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaat 240  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  27186256 tgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaaactaaaaaacaaaatgtgattaatcactaattgtgattatcactaaaactaaacttgaat 27186157  T
Q  241 taaaacaaactaaca 255  Q
    |||||||||||||||    
T  27186156 taaaacaaactaaca 27186142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 45 - 270
Target Start/End: Original strand, 50627889 - 50628102
Alignment:
Q  45 ttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 144  Q
    |||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50627889 ttattgattctgatgaaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 50627988  T
Q  145 tgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaa 243  Q
    ||||||| |||||||||||||            |||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||    
T  50627989 tgctaacctctaacaaacttg------------taacaaactaaaaaaaaaagtgattaatcactgattgtgatta-cactaaaactaatcttgaattaa 50628075  T
Q  244 aacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  50628076 aacaaactaacatcctcccttaattca 50628102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 102 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 44151715 - 44151543
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaat-gt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | ||    
T  44151715 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44151616  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactgaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44151615 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 44151543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 43683621 - 43683813
Alignment:
Q  45 ttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 144  Q
    ||||| || |||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  43683621 ttattaattcttatgaaaatatacaaaggatgtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctatatcttatt 43683720  T
Q  145 tgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaa 244  Q
    ||||||| |||||||||           ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  43683721 tgctaacctctaacaaa-----------cttcataacaaactaaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaataaacttgaattaaa 43683809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 102 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 44147180 - 44147023
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  44147180 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44147081  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44147080 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 44147023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 102 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 3770999 - 3770842
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  3770999 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3770900  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3770899 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 3770842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 39 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 35842963 - 35842843
Alignment:
Q  39 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 138  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35842963 aaattgttattgatgcttatgaaaatatacaaaggaggtagtttatatacaatgtctaactaagttgcttgaagcacaagcattgtaacaaactctagat 35842864  T
Q  139 cttatttgctaacttctaaca 159  Q
    ||||||||||||| |||||||    
T  35842863 cttatttgctaacctctaaca 35842843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 99 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 31359306 - 31359136
Alignment:
Q  99 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 198  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  |||||  |||||| ||||||||||||  |||||| ||| || || | ||||||    
T  31359306 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcatagcaaactgaatctaaatgt 31359208  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31359207 gattaaccactaattgtgattatcattaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 31359136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 99 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 41885079 - 41884925
Alignment:
Q  99 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 198  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| |||||||  |||||  |||||| ||||||||||||  |||||||||| || || | ||||||    
T  41885079 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-atcttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaa-ttcataacaaactgaatctaaatgt 41884982  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41884981 gattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaaccaaca 41884925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 99 - 256
Target Start/End: Original strand, 49274514 - 49274669
Alignment:
Q  99 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 198  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  |||||  |||||| ||||||||||||  |||||||||| || || | ||||||    
T  49274514 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaa-ttcataacaaactgaatctaaatgt 49274611  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 256  Q
    |||||| |||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49274612 gattaaccactaattatgatcatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 49274669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 160 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 31354772 - 31354678
Alignment:
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    ||||||||||||  |||||||||| || || | |||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31354772 aacttgtaacaaaattcataacaa-ctgaatctaaatgtgattaaccactaattgtaattatcactaaactaaacttaaattaaaacaaactaaca 31354678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 185 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 35842840 - 35842800
Alignment:
Q  185 ctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact 225  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35842840 ctaaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcact 35842800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 53786028 - 53785880
Alignment:
Q  73 gaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaat 172  Q
    |||||| ||||||||| |   |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||  | | ||  ||||  ||||||||||||||||||||     
T  53786028 gaggtagcttatatactagaactagttaggttgcttgaagcacaagctatgtaacaaaccctaactat-ataagctagtttctaacaaacttgtaacaaa 53785930  T
Q  173 cttcataacaagctaaaaca--aaatgtgattaatcactgattgtgattat 221  Q
     ||| |||||| | ||||||  |||||||||||| |||||| |||||||||    
T  53785929 -ttcttaacaaacaaaaacactaaatgtgattaaccactgagtgtgattat 53785880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 153 - 207
Target Start/End: Original strand, 45976223 - 45976277
Alignment:
Q  153 tctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatca 207  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  45976223 tctaaaaaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaagatgtgattaatca 45976277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 39 - 270
Target Start/End: Original strand, 43591762 - 43591993
Alignment:
Q  39 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 138  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43591762 aaattgttattgatgcttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagccaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 43591861  T
Q  139 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttga 238  Q
     |||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43591862 tttatttgctaacctctaacaatattgtaacaaacttcataacaaactaaaataaagtgcgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttga 43591961  T
Q  239 attaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43591962 attaaaacaaactaacatcctcccttaattca 43591993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 60 - 255
Target Start/End: Original strand, 16588440 - 16588635
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||    
T  16588440 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttaaaacacaagcaatgtaacaaactctagatcttatatgataacctctaaca 16588539  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16588540 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccacttattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 16588635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 69 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 39794017 - 39793831
Alignment:
Q  69 aaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 168  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  39794017 aaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 39793918  T
Q  169 caatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39793917 caaacttcataacaaactaaaacagaatgagattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 39793831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 60 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 26316196 - 26315998
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  26316196 aaaatatacaaaggaagtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 26316097  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcct 259  Q
    ||||||||            |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26316096 aacttgta------------acaaactaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcct 26316009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 60 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 26311705 - 26311522
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  26311705 aaaatatacaaaggaagtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 26311606  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    ||||||||            |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311605 aacttgta------------acaaactaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 26311522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 99 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 10504591 - 10504435
Alignment:
Q  99 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 198  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  |||||  |||||| ||||||||||||  |||||||||| || || | ||||||    
T  10504591 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgt 10504493  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 256  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10504492 gattaatcactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 10504435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 39 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 33072134 - 33071918
Alignment:
Q  39 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 138  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33072134 aaattgttattgatgctaatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 33072035  T
Q  139 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttga 238  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33072034 cttatttgctaacctccaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaagaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttga 33071935  T
Q  239 attaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||||||||||||||    
T  33071934 attaaaacaaactaaca 33071918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 54 - 255
Target Start/End: Original strand, 42234650 - 42234851
Alignment:
Q  54 cttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaactt 153  Q
    |||| ||||||||| |||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42234650 cttatgaaaatatacaaagaaggtagtttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacct 42234749  T
Q  154 ctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 253  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42234750 ctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 42234849  T
Q  254 ca 255  Q
    ||    
T  42234850 ca 42234851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 60 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 28644757 - 28644562
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  28644757 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacactgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 28644658  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28644657 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 28644562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 60 - 255
Target Start/End: Original strand, 30410291 - 30410486
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||    
T  30410291 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaaatctagatcttatctactaacctctaaca 30410390  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30410391 aacttgtaacaaacttcataacaaattaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 30410486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 102 - 270
Target Start/End: Original strand, 43807485 - 43807655
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtg 199  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  43807485 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtg 43807584  T
Q  200 attaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43807585 attaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaagctaacatcctcccttaattca 43807655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 102 - 270
Target Start/End: Original strand, 197684 - 197856
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  197684 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 197783  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197784 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 197856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 102 - 270
Target Start/End: Original strand, 312521 - 312693
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  312521 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 312620  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  312621 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 312693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 102 - 255
Target Start/End: Original strand, 43812044 - 43812199
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtg 199  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  43812044 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtg 43812143  T
Q  200 attaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43812144 attaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaagctaaca 43812199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 60 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 38757186 - 38757003
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  38757186 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatatctggctaggttgcttgaatcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 38757087  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    ||||||||            |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38757086 aacttgta------------acaaactaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 38757003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 60 - 270
Target Start/End: Original strand, 30405782 - 30405975
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||    
T  30405782 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaattctagatcttatctactaacctctaaca 30405881  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcct 259  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||                 || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30405882 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaca-----------------gaatgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcct 30405964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 102 - 256
Target Start/End: Original strand, 202202 - 202360
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  202202 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 202301  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 256  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202302 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 202360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 102 - 256
Target Start/End: Original strand, 317039 - 317197
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  317039 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 317138  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 256  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  317139 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 317197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 149 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 41949908 - 41949787
Alignment:
Q  149 aacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaa 248  Q
    ||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||    
T  41949908 aacttgtaaccaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacagagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaagcttgaattaaaagaa 41949809  T
Q  249 actaacatcctcccttaattca 270  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  41949808 actaacatcctcccttaattca 41949787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 178 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 41945416 - 41945339
Alignment:
Q  178 taacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41945416 taacaaactaaaacaaagtgtgattaatcattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 41945339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 80 - 243
Target Start/End: Original strand, 27435172 - 27435329
Alignment:
Q  80 cttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaat-cttcat 178  Q
    |||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||  || ||| |||||      | |||||||||||||||   ||||    
T  27435172 cttatatacaatatctacttaggttgcttgaagcacaagctatgtaacaaaccctaactc-tatgtgcta------atcaaacttgtaacaataactcat 27435264  T
Q  179 aacaagctaaaacaa-aatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaa 243  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| |||| | || |||||||||| || |||||| |||||||    
T  27435265 aacaaactaaaacaataatgtgattaaccactaagtgagattatcact-aagtaaactagaattaa 27435329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 242 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 1291337 - 1291309
Alignment:
Q  242 aaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1291337 aaaacaaactaacatcctcccttaattca 1291309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 156; Significance: 6e-83; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 15 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 35705874 - 35705633
Alignment:
Q  15 agagataatggaattgaaaaatgaaaattgttattgatacttacgaaaatatataaagga-ggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagc 113  Q
    |||||| |||||| |||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  35705874 agagatgatggaaatgaaaagtgaac-ttgttattgatacttatgaaaatatacaaagaaaggtagcttatatacaatgtctagct-ggttgcttgaagc 35705777  T
Q  114 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataa-caagctaaaacaaaatgtgattaatcactgat 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35705776 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaactccataaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgat 35705677  T
Q  213 tgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 256  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35705676 tgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 35705633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 60 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 27761592 - 27761382
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||||||    
T  27761592 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaaca 27761493  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcct 259  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27761492 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcct 27761393  T
Q  260 cccttaattca 270  Q
    |||||||||||    
T  27761392 cccttaattca 27761382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 56 - 249
Target Start/End: Original strand, 47419536 - 47419729
Alignment:
Q  56 tacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttct 155  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||    
T  47419536 tacgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaaacacaaacaatgtaacaaactctagatattatctgctaacctct 47419635  T
Q  156 aacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaa 249  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  47419636 aagaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaa 47419729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 60 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 22901351 - 22901154
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  22901351 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 22901252  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22901251 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaactttaattaaaacaaactaaca 22901154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 60 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 27757041 - 27756846
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||||||    
T  27757041 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaaca 27756942  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27756941 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgcgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27756846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 39 - 255
Target Start/End: Original strand, 7466464 - 7466669
Alignment:
Q  39 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 138  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7466464 aaattgttattgatacttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagat 7466563  T
Q  139 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttg 237  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||            |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  7466564 cttatttgctaacctctaacaaacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttg 7466651  T
Q  238 aattaaaacaaactaaca 255  Q
    ||||||||||||||||||    
T  7466652 aattaaaacaaactaaca 7466669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 102 - 270
Target Start/End: Original strand, 7940083 - 7940255
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  7940083 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7940182  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7940183 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 7940255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 102 - 255
Target Start/End: Original strand, 7944636 - 7944793
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  7944636 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7944735  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7944736 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7944793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 45 - 188
Target Start/End: Original strand, 733614 - 733756
Alignment:
Q  45 ttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 144  Q
    |||||||| |||| |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  733614 ttattgat-cttatgaaagtatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 733712  T
Q  145 tgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaa 188  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||| ||||    
T  733713 tgctaacctctaacaaaattgtaacaaatttcataacaaactaa 733756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 153 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 37355663 - 37355573
Alignment:
Q  153 tctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaa-aatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaa 243  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||||||| ||||| ||| ||| ||||||| |||| | ||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  37355663 tctaagaaacttgtaacaactttcataacaaactaaagcaataatatgattaaccactaagtgtgattatcact-aggtaaacttgaattaa 37355573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 60 - 270
Target Start/End: Original strand, 27552072 - 27552282
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||    
T  27552072 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacgtttaaca 27552171  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcct 259  Q
    ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27552172 aacctgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcct 27552271  T
Q  260 cccttaattca 270  Q
    |||||||||||    
T  27552272 cccttaattca 27552282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 60 - 255
Target Start/End: Original strand, 17096236 - 17096431
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  17096236 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactatagatcttatctgctaacctctaaca 17096335  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17096336 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 17096431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 69 - 270
Target Start/End: Original strand, 8315474 - 8315676
Alignment:
Q  69 aaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 168  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  8315474 aaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 8315573  T
Q  169 caatcttcataacaagctaaaacaaa-atgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaat 267  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8315574 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaat 8315673  T
Q  268 tca 270  Q
    |||    
T  8315674 tca 8315676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 39 - 255
Target Start/End: Original strand, 17895664 - 17895881
Alignment:
Q  39 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 138  Q
    ||||||||||| || |||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17895664 aaattgttatttattcttatgaaaaaatacaaaggaggtagcttatatacaatgcctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaattctagat 17895763  T
Q  139 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttg 237  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  17895764 cttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcagaacaaactaaaataaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttg 17895863  T
Q  238 aattaaaacaaactaaca 255  Q
    ||||||||||||||||||    
T  17895864 aattaaaacaaactaaca 17895881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 39 - 270
Target Start/End: Original strand, 17886789 - 17887015
Alignment:
Q  39 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 138  Q
    |||||| |||| || |||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17886789 aaattgctatttattcttatgaaaaaatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagctgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 17886888  T
Q  139 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttg 237  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||     ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  17886889 cttatttgctaacctctaacaaactt-ta-----ctttataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttg 17886982  T
Q  238 aattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17886983 aattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 17887015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 39 - 255
Target Start/End: Original strand, 14531728 - 14531945
Alignment:
Q  39 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 138  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||| ||||| ||||   ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14531728 aaattgttattgattctaatgaaaatatacaaaggtggtagagtatatacaatgtctagctaagttgcttcaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 14531827  T
Q  139 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttg 237  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  14531828 cttatttgctaacctctaacaaacctgtaacaaacttcataacgaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattataactaaaactaaacttg 14531927  T
Q  238 aattaaaacaaactaaca 255  Q
    ||||||||||||||||||    
T  14531928 aattaaaacaaactaaca 14531945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 69 - 255
Target Start/End: Original strand, 8320013 - 8320199
Alignment:
Q  69 aaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 168  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  8320013 aaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 8320112  T
Q  169 caatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8320113 caaacttcataacaaactaaaacatattgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8320199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 56 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 17780114 - 17779914
Alignment:
Q  56 tacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttct 155  Q
    ||||||||| || ||||||| || |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| | |||    
T  17780114 tacgaaaatgtacaaaggagatagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaaatcttatctactagcctct 17780015  T
Q  156 aacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaatt-aaaacaaactaac 254  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17780014 aacaaacttttaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatctctgattgtgattatcactaaactaaacttgaattcaaaacaaactaac 17779915  T
Q  255 a 255  Q
    |    
T  17779914 a 17779914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 69 - 256
Target Start/End: Original strand, 27574709 - 27574885
Alignment:
Q  69 aaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 168  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||        
T  27574709 aaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactttagatcttatctgctaacctctaacaaactt---- 27574804  T
Q  169 caatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 256  Q
           |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27574805 -------cataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 27574885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 149 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 17163734 - 17163610
Alignment:
Q  149 aacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatc-actgattgtgattatcactgaactaaacttgaatta--aaa 245  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||| |||| ||| ||   ||| |||||| | ||||||||||||||  ||     
T  17163734 aacttctaaccaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaaagtgtgatcaatcaactaatcacgatcatcactaatctaaacttgaattatcaac 17163635  T
Q  246 caaactaacatcctcccttaattca 270  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  17163634 taaactaacatcctcccttaattca 17163610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 99 - 217
Target Start/End: Original strand, 6440862 - 6440979
Alignment:
Q  99 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 198  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  |||||  |||||| ||||||||||||  |||||||||| || || | ||||||    
T  6440862 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgt 6440960  T
Q  199 gattaatcactgattgtga 217  Q
    |||||| |||| |||||||    
T  6440961 gattaaccactaattgtga 6440979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 152 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 17159701 - 17159610
Alignment:
Q  152 ttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatc-actgattgtgattatcactgaactaaacttgaatta 242  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||| ||||| |||||||||| | |||| |||| ||| ||  ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  17159701 ttctaaccaacttgtaacaaacgtcaaaacaaactaaaacaaagtatgatcaatcaactaatcatgattatcactaatctaaacttgaatta 17159610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 153 - 243
Target Start/End: Original strand, 7888213 - 7888305
Alignment:
Q  153 tctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaa-caaaatgtgattaatca-ctgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaa 243  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||| || |   ||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  7888213 tctaacaaagttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaatcaaagtgtgattaatcaactaaacatgattatcactaatgtaaacttgaattaa 7888305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 150; Significance: 2e-79; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 39 - 255
Target Start/End: Original strand, 32485926 - 32486143
Alignment:
Q  39 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 138  Q
    ||||||||||||||  | | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  | | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32485926 aaattgttattgattttaatgaaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaaggaggttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 32486025  T
Q  139 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttg 237  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  32486026 cttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttg 32486125  T
Q  238 aattaaaacaaactaaca 255  Q
    ||||||||||||||||||    
T  32486126 aattaaaacaaactaaca 32486143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 56 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 30695492 - 30695293
Alignment:
Q  56 tacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttct 155  Q
    ||||||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||    
T  30695492 tacgaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatatactaacctct 30695393  T
Q  156 aacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30695392 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 30695293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 39 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 19502525 - 19502307
Alignment:
Q  39 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 138  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  19502525 aaattgttattgattcttatgaaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctatat 19502426  T
Q  139 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtga-ttaatcactgattgtgattatcact-gaactaaactt 236  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  19502425 cttattttctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgatttaatcactgattgtgattatcactaaaactaaactt 19502326  T
Q  237 gaattaaaacaaactaaca 255  Q
     ||||||||||||||||||    
T  19502325 aaattaaaacaaactaaca 19502307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 46 - 270
Target Start/End: Original strand, 26336753 - 26336979
Alignment:
Q  46 tattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttattt 145  Q
    ||||||| || | ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26336753 tattgattctaatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttattt 26336852  T
Q  146 gctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagct-aaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaa 243  Q
    |||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||||    
T  26336853 gctaacctctaacaaacatgtaacaaacatcataacaaactaaaaacaaaatgtgattaatcaccgattgtgattatcactaaaattaaacttgaattaa 26336952  T
Q  244 aacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  26336953 aacaaactaacatcctcccttaattca 26336979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 39 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 36632518 - 36632314
Alignment:
Q  39 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 138  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36632518 aaattgttattgatgcttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 36632419  T
Q  139 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttga 238  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||            |||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36632418 cttatttgctaacctctaacaaacttgta------------acaaactaaaacaaagtgtgattattcactgattgtgattatcactaaactaaacttga 36632331  T
Q  239 attaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||||||||||||||    
T  36632330 attaaaacaaactaaca 36632314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 102 - 270
Target Start/End: Original strand, 7099374 - 7099546
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  7099374 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7099473  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7099474 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 7099546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 102 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 12023446 - 12023274
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaat-gt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | ||    
T  12023446 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12023347  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactgaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12023346 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 12023274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 102 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 16798826 - 16798654
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaat-gt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | ||    
T  16798826 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16798727  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactgaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16798726 gattaaccacttattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 16798654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 113 - 255
Target Start/End: Original strand, 40371750 - 40371892
Alignment:
Q  113 cacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgat 212  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  40371750 cacaaacaatgtaataaactctagatcttatctactagcctctaacaaacttgtaacaatcttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatctctgat 40371849  T
Q  213 tgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40371850 tgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 40371892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 15 - 204
Target Start/End: Original strand, 20830246 - 20830434
Alignment:
Q  15 agagataatggaattgaaaaatgaaaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagca 114  Q
    |||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||||||    
T  20830246 agagatgatagaattgaaaagtgagaattgttattgatactgatgaaaatatataa-gtaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagca 20830344  T
Q  115 caagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaa 204  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||||||    
T  20830345 caagcaatgtaacaaacacttgatcttatttgctaatctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaa 20830434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 59 - 270
Target Start/End: Original strand, 40367572 - 40367772
Alignment:
Q  59 gaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggtt-gctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaa 157  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||| |||| | | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||    
T  40367572 gaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctaaccaagtttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactagcctctaa 40367671  T
Q  158 caaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 257  Q
    |||||||||||||| ||            |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40367672 caaacttgtaacaaact------------aaaacaaaatgtgattaatctctgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 40367759  T
Q  258 ctcccttaattca 270  Q
    |||||||||||||    
T  40367760 ctcccttaattca 40367772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 81 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 43385126 - 43384972
Alignment:
Q  81 ttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataa 180  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43385126 ttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataa 43385027  T
Q  181 caagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaact 235  Q
    ||| ||||||  |||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  43385026 caaactaaaagcaaatgtgattaaccactaattatgattatcactaaactaaact 43384972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 102 - 255
Target Start/End: Original strand, 7103943 - 7104100
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  7103943 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7104042  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7104043 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7104100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 102 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 12018888 - 12018731
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  12018888 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12018789  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12018788 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 12018731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 102 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 16794265 - 16794108
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  16794265 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16794166  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16794165 gattaaccacttattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 16794108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 102 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 37682182 - 37682021
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaat-gt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||           |||||||| |||||||||| | ||    
T  37682182 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaacaaacttgt 37682094  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactgaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37682093 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 37682021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 153 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 10277306 - 10277190
Alignment:
Q  153 tctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaacta 252  Q
    |||||| ||||||||||||  |||||||||| || || | |||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10277306 tctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaacta 10277207  T
Q  253 acatcctcccttaattc 269  Q
    |||||||| ||||||||    
T  10277206 acatcctctcttaattc 10277190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 99 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 10274701 - 10274546
Alignment:
Q  99 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 198  Q
    ||||||||| |||| |||||| |  |||||||| ||| | |||||  |||||  |||||| ||||||||||||  |||||||||| || || | ||||||    
T  10274701 taggttgcttgaagtacaagctaaataacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgt 10274603  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10274602 gattaaccattaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 10274546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 102 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 37658878 - 37658732
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaat-gt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||           ||||||||||||||||||| | ||    
T  37658878 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaactt-----------cataacaagctaaaacaaacttgt 37658790  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactgaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||| |||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  37658789 gattaaccactgattatgattatgactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 37658732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 133 - 204
Target Start/End: Original strand, 20808675 - 20808746
Alignment:
Q  133 ctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaa 204  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||| ||||||||||||    
T  20808675 ctagatcttatttgttaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaa 20808746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 146; Significance: 6e-77; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 69 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 8055578 - 8055377
Alignment:
Q  69 aaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 168  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||    
T  8055578 aaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgcaa 8055479  T
Q  169 caatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaatt 268  Q
    ||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8055478 caaacttcataacaaactaaaatagaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaatt 8055379  T
Q  269 ca 270  Q
    ||    
T  8055378 ca 8055377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 69 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 8051025 - 8050839
Alignment:
Q  69 aaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 168  Q
    |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  8051025 aaaggaggcagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 8050926  T
Q  169 caatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    ||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8050925 caaacttcataacaaactaaaatagaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8050839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 60 - 255
Target Start/End: Original strand, 12999426 - 12999622
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  12999426 aaaatatacaaaggagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagtaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 12999525  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12999526 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgttattatcactaaaactaaacttaaattaaaacaaactaaca 12999622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 102 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 36675208 - 36675036
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  36675208 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36675109  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36675108 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccgtaattca 36675036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 102 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 36670660 - 36670502
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  36670660 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36670561  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaacat 256  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36670560 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 36670502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 60 - 255
Target Start/End: Original strand, 6463400 - 6463583
Alignment:
Q  60 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 159  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  6463400 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaaataatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 6463499  T
Q  160 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    ||||||            |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6463500 aacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaagacaaactaaca 6463583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 99 - 270
Target Start/End: Original strand, 35950440 - 35950610
Alignment:
Q  99 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 198  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| | ||||   |||||  |||||| ||||||||||||  |||||||||| || || | ||||||    
T  35950440 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttacgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaacctaaatgt 35950538  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35950539 gattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 35950610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 93 - 255
Target Start/End: Original strand, 13270980 - 13271131
Alignment:
Q  93 tctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaaca 192  Q
    |||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||            ||||||| |||||| |    
T  13270980 tctagctaagttgcttgaagcaaaaacaatgtaacaaactttagatcttatttactaacctctaacaaactt------------ataacaaactaaaata 13271067  T
Q  193 aaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271068 aagtgtaattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 13271131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 99 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 41093979 - 41093824
Alignment:
Q  99 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 198  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  |||||  |||||| || |||||||||  |||||||||| || || | |||| |    
T  41093979 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaatttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatat 41093881  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  41093880 gattaatcactaattgtgattatcactaaactaaatttgaattaaaacaaaccaaca 41093824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 149 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 29768047 - 29767953
Alignment:
Q  149 aacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattg-tgattatcactgaactaaacttgaatta 242  Q
    ||||| |||| |||||||||||| ||| | ||||| |||||||||| |||||| ||||| | | |  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29768047 aacttataaccaacttgtaacaaactttaaaacaaactaaaacaaagtgtgatcaatcaattaatcatgattatcactaaactaaacttgaatta 29767953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 2)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 102 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 7662 - 7491
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtg 199  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||    
T  7662 gttgcttgaaacacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaattgtg 7563  T
Q  200 attaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7562 attaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 7491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 102 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 3137 - 2965
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaat-gt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | ||    
T  3137 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3038  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcactgaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3037 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 2965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 2)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 102 - 270
Target Start/End: Original strand, 44865 - 45037
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  44865 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44964  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 270  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44965 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatcctcccttaattca 45037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 102 - 255
Target Start/End: Original strand, 49445 - 49602
Alignment:
Q  102 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  49445 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 49544  T
Q  199 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 255  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  49545 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 49602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 146 - 253
Target Start/End: Original strand, 60194 - 60302
Alignment:
Q  146 gctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaaca-aaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaa 244  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||  || ||||||| ||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||  |  ||   |||||||||||||    
T  60194 gctaatttctaacaaactggtaacaaaatttataacaaactaaaaattaaatgtgattaatcactaattgtgattatatcacaaagtaacttgaattaaa 60293  T
Q  245 acaaactaa 253  Q
    |||||||||    
T  60294 acaaactaa 60302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University