View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16958_low_3 (Length: 425)

Name: NF16958_low_3
Description: NF16958
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16958_low_3
NF16958_low_3
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-425)||(32192512-32192935)
chr3 (1-241)||(32190113-32190358)
chr3 (5-424)||(32249408-32249832)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (8-424)||(8843948-8844369)
chr7 (8-424)||(8823499-8823921)
chr7 (28-421)||(8808063-8808460)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (71-413)||(36375702-36376045)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 425
Target Start/End: Original strand, 32192512 - 32192935
Alignment:
Q  1 ttgcaaagaaaataaactcagatattgatgaggaaaaaatgagggtctatgtcctgtgaaatatcatagcggtttcattgatctttatgacagtggaaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32192512 ttgcaaagaaaataaactcagatattgatgaggaaaaaatgagggtccatgtcctgtgaaatatcatagcggtttcattgatctttatgacagtggaaat 32192611  T
Q  101 tcttctgatactcttccagtttacaaatctaaacactgctcatgaatacatctgctgaacaacacgtgattttacataaaatgcagaagaaaatggctaa 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32192612 tcttatgatactcttccagtttacaaatctaaatactgctcatgaatacatctgctgaacaacacgtgattttacataaaatgcagaagaaaatggctaa 32192711  T
Q  201 gtgtacaagttatcctcttgaggttgaaattttgataacactcgggtcgatacctccatagttgatcaaaaacagcagccacatgtgcagcgaagttttt 300  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32192712 gtgtacaagttatactcttgaggttgaaattttgataacactcgggtcgatacatccatagttgatc-aaaacagcagccacatgtgcagcgaagttttt 32192810  T
Q  301 ctccaaagaaaaattgaagagactagaaggaagaaaattttacttgaggaaaggttctaaaatatgttttgtttgagcctaatctcacgtgtaacgaaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32192811 ctccaaagaaaaattgaagagactagaaggaagaaaattttacttgaggaaaggttctaaaataagttttgtttgagcctaatctcacgtgtaacgaaaa 32192910  T
Q  401 atgaaaagattcttagcttttgtct 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  32192911 atgaaaagattcttagcttttgtct 32192935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 32190358 - 32190113
Alignment:
Q  1 ttgcaaagaaaataaactcagatattgatgaggaaaaaatgaggg---tctatgtcctgtgaaatatca-tagcggtttcattgatctttatgacagtgg 96  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||   | ||||| ||| |||| |||| |||  ||||||| ||| |||||||||||||    
T  32190358 ttgcaaagaaatttaactcagatattgatgaggaaaaaatgaagggtatatatgtgctgcgaaaaatcactagtcgtttcatcgatgtttatgacagtgg 32190259  T
Q  97 aaattcttctgatactcttccag-tttacaaatctaaacactgctcatgaatacatctgctgaacaacacgtgattttacataaaatgcagaagaaaatg 195  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||| |||| |||| |||||||||    
T  32190258 aaattcttctgatactcttccaggtttacaaatctaaacactgctcatgaatacatctgatgaacaacacgaagttttacgtaaactgcaaaagaaaatg 32190159  T
Q  196 gctaagtgtacaagttatcctcttgaggttgaaattttgataacac 241  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  32190158 gctaagtgcactggttatcctcttgaggttgtgcttttgataacac 32190113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 32249832 - 32249408
Alignment:
Q  5 aaagaaaataaactcagatattgatgaggaaaaaatg-agggtctat--gtcctgtgaaatatca-tagcggtttcattgatctttatgacagtggaaat 100  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||| |||||||||  || ||| |||| |||| |  | |||| |||||| | || ||||||||||||    
T  32249832 aaagaaaattaactcggatattgatgaggagaagatgcagggtctatatgtgctgcgaaaaatcacttccagttttattgatgtgtacgacagtggaaat 32249733  T
Q  101 tcttctgatactcttccag-tttacaaatctaaacactgctcatgaatacatctgctgaacaacacgtgattttacataaaatgcagaagaaaatggcta 199  Q
    |||||||| |||||||| | ||||||||| || ||| ||||||||||||| || |  ||||| || | |||| |||| ||| | ||||||||||||||      
T  32249732 tcttctgagactcttcctggtttacaaatatatacattgctcatgaatacgtccgacgaacagcatgagattgtacagaaacttcagaagaaaatggccg 32249633  T
Q  200 agtgtacaagttatcctcttgaggttgaaattttgataacactcgggtcgatacctccatagttgatcaaaaacagcagccacatgtgcagcgaagtttt 299  Q
    || |||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| || |||| ||||| ||||||| |||||||| ||  |||||||| | |||||||    
T  32249632 agagtaccagttaccctcttgaggttgagcttttgataacactcggatcaatacatccatggttgatc-aaaacagctgcatcatgtgcaactaagtttt 32249534  T
Q  300 tctccaaagaaaaattgaagagactagaaggaagaaaattttacttgaggaaaggttctaaaatatgttttg-tttgagcctaatctcacgtgtaacgaa 398  Q
    |  |  | ||| ||||||||| |||||||  ||| |||||| | ||||| ||| |||| ||| || | |||| |||||||||||||||||| |||  |||    
T  32249533 ttgcggaggaagaattgaagaaactagaaataagcaaatttgatttgagaaaaagttccaaagtaagatttgttttgagcctaatctcacgagtagtgaa 32249434  T
Q  399 aaatgaaaagattcttagcttttgtc 424  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||    
T  32249433 aaatgaaaaggttcttatcttttgtc 32249408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 116; Significance: 7e-59; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 8 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 8844369 - 8843948
Alignment:
Q  8 gaaaataaactcagatattgatgaggaaaaaatg-agggtcta--tgtcctgtgaaatatcata-gcggtttcattgatctttatgacagtggaaattct 103  Q
    |||||| ||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||  ||| ||| |||| |||| | || ||||||| ||  ||||||| |||||||||||     
T  8844369 gaaaattaactcagataacgatgaagaaaaaatgcagggtctacatgtgctgcgaaagatcacaagcagtttcatcgacgtttatgaaagtggaaattcc 8844270  T
Q  104 tctgatactcttccag-tttacaaatctaaacactgctcatgaatacatctgctgaacaacacgtgattttacataaaatgcagaagaaaatggctaagt 202  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||  | |||||| |  | ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||    
T  8844269 tctgatacacttcctggtttacaaatatatacactgctcatgaatacatacgatgaacagcttgagattttacagaaactgcagaagaaaatggctgagt 8844170  T
Q  203 gtacaagttatcctcttgaggttgaaattttgataacactcgggtcgatacctccatagttgatcaaaaacagcagccacatgtgcagcgaagtttttct 302  Q
    ||||  |||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| || ||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |  ||||||||| |||||||||      
T  8844169 gtactggttaccctcttgaggtagagcttttgataacacttggatcgatacatccatggttgatc-aaaacagcaacagcatgtgcagagaagttttttg 8844071  T
Q  303 ccaaagaaaaattgaagagactagaaggaagaaaattttacttgaggaaaggttctaaaatatgttttgtt-tgagcctaatctcacgtgtaacgaaaaa 401  Q
    |  ||||  |||||||||| |||||  |||  |||||| | || || |||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||    
T  8844070 ctgaagatgaattgaagaggctagacagaatcaaatttgatttaagaaaaggttccaaaataagatttgttctgagcctaatctcacgtgtagtgaaaaa 8843971  T
Q  402 tgaaaagattcttagcttttgtc 424  Q
    ||||||| |||||| ||||||||    
T  8843970 tgaaaaggttcttatcttttgtc 8843948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 8 - 424
Target Start/End: Original strand, 8823499 - 8823921
Alignment:
Q  8 gaaaataaactcagatattgatgaggaaaaaatg-agggtcta--tgtcctgtgaaatatcat-agcggtttcattgatctttatgacagtggaaattct 103  Q
    |||||| |||||| | | |||||||||||||||| ||||||||  ||| |||  ||| ||||  ||| ||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
T  8823499 gaaaattaactcacacaatgatgaggaaaaaatgcagggtctacctgtgctgcaaaagatcacgagcagtttcatcgacgtttatgaaagtggaaattct 8823598  T
Q  104 tctgatactcttccag-tttacaaatctaaacactgctcatgaatacatctgctgaacaacacgtgattttacataaaatgcagaagaaaatggctaagt 202  Q
    |||||||| | ||| | ||||||||| || |||||| ||| |||||| | || ||||||||| | | || || ||||| |||| |||||||||||| |||    
T  8823599 tctgatacacctcctggtttacaaatttatacactggtcaggaatacgtatgatgaacaacatgaggttatatataaactgcaaaagaaaatggctgagt 8823698  T
Q  203 gtacaagttatcctcttgaggttgaaattttgataacactcgggtcgatacctccatagttgatcaaaaacagcagccacatgtgca-gcgaagtttttc 301  Q
    |||| |||||  |||||||||| || ||||||||||||||  | || |||| ||||| ||||||| |||| |||| | |||||||||    || |||||     
T  8823699 gtaccagttactctcttgaggtagagattttgataacacttagatccatacatccatggttgatc-aaaatagcaacaacatgtgcatattaattttttt 8823797  T
Q  302 tccaaagaaaaattgaagagactagaaggaagaaaattttacttgaggaaaggttctaaaatatg-ttttgtttgagcctaatctcacgtgtaacgaaaa 400  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||||||||   ||||| | || || |||||||| |||||| | |||| | ||||||||||||||| ||||  |||||    
T  8823798 tccaaagaagaattgaaaaggctagaaggaatcgaatttgatttaagtaaaggttccaaaataagattttttatgagcctaatctcacatgtagtgaaaa 8823897  T
Q  401 atgaaaagattcttagcttttgtc 424  Q
    |||||||| |||||| ||||||||    
T  8823898 atgaaaaggttcttatcttttgtc 8823921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 28 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 8808460 - 8808063
Alignment:
Q  28 atgaggaaaaaatg-agggtcta--tgtcctgtgaaatatcat-agcggtttcattgatctttatgacagtggaaattcttctgatactcttccag-ttt 122  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||  ||  ||||| | ||  ||||||| |||||||||||||||||||| | ||| | |||    
T  8808460 atgaggaaaaaatgcagggtctacctgtcctgtgaaagatcacgagaagtttcctcgacgtttatgaaagtggaaattcttctgatacacctcctggttt 8808361  T
Q  123 acaaatctaaacactgctcatgaatacatctgctgaacaacacgtgattttacataaaatgcagaagaaaatggctaagtgtacaagttatcctcttgag 222  Q
    || |||||| ||| |||| | |||||  |||| | || | || | ||||||||| ||| |||| |||||||||  | ||||||    ||| |||||| ||    
T  8808360 acgaatctatacattgcttaggaatatgtctgattaatagcatgagattttacagaaactgcaaaagaaaatgattgagtgtattgattaccctcttcag 8808261  T
Q  223 gttgaaattttgataacactcgggtcgatacctccatagttgatcaaaaacagcagccacatgtgcagcgaagtttttctccaaagaaaaattgaagaga 322  Q
     | || |||||||||||||| || || |||| ||||| | ||||||||| ||||| | |||||||||   ||||||||  |||||||| ||||||||||     
T  8808260 -tcgagattttgataacacttggatccatacatccatggctgatcaaaa-cagcaacaacatgtgcatataagttttttgccaaagaagaattgaagagg 8808163  T
Q  323 ctagaaggaagaaaattttacttgaggaaaggttctaaaat-atgttttgtttgagcctaatctcacgtgtaacgaaaaatgaaaagattcttagctttt 421  Q
    |||||| |||  |||||| | ||||| |||  ||| ||||| |  ||| || ||||||||||||||| ||||  |||||||||| || |||||| |||||    
T  8808162 ctagaacgaatcaaatttaatttgagaaaaatttccaaaattaaatttggtctgagcctaatctcacctgtagtgaaaaatgaagaggttcttatctttt 8808063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 71 - 413
Target Start/End: Original strand, 36375702 - 36376045
Alignment:
Q  71 ggtttcattgatctttatgacagtggaaattcttctgatactcttccag-tttacaaatctaaacactgctcatgaatacatctgctgaacaacacgtga 169  Q
    ||||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||| ||||| ||||| |||| | ||||||||||| ||    
T  36375702 ggttttatcgatgtttatgacggtggaagttcttctgatactcttcccggtttgcaaatctatacattgctcgtgaatgcatccgatgaacaacacgaga 36375801  T
Q  170 ttttacataaaatgcagaagaaaatggctaagtgtacaagttatcctcttgaggttgaaattttgataacactcgggtcgatacctccatagttgatcaa 269  Q
    || | || ||| |||| ||||||||||      ||||  ||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| |    
T  36375802 ttgtgcagaaactgcaaaagaaaatggtgggcagtaccggttactctcttgaggttgagcttttgataacactcgggtcaatacatccatggttgatc-a 36375900  T
Q  270 aaacagcagccacatgtgcagcgaagtttttctccaaagaaaaattgaagagactagaaggaagaaaattttacttgaggaaaggttctaaaatatgttt 369  Q
    |||||||||   |||||||||| |||||||||||| ||||| | ||  | |||||||||  ||  ||||||   ||||| |||||||| ||| || | ||    
T  36375901 aaacagcagaatcatgtgcagctaagtttttctccgaagaagagttagaaagactagaacaaaacaaatttgctttgagaaaaggttccaaagtaagatt 36376000  T
Q  370 tg-tttgagcctaatctcacgtgtaacgaaaaatgaaaagattct 413  Q
    || ||||||||||||||||||||| | || ||| |||||| ||||    
T  36376001 tgttttgagcctaatctcacgtgtgatgagaaaggaaaaggttct 36376045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University