View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16965_high_6 (Length: 446)

Name: NF16965_high_6
Description: NF16965
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16965_high_6
NF16965_high_6
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (1-446)||(32211762-32212207)
chr2 (118-446)||(32110328-32110656)
chr2 (118-446)||(32157622-32157949)
chr2 (125-446)||(32156512-32156833)
chr2 (138-436)||(32206824-32207122)
chr2 (143-446)||(32174288-32174591)
chr2 (143-446)||(32182374-32182677)
chr2 (143-446)||(32118592-32118895)
chr2 (246-446)||(32152439-32152639)
chr2 (274-446)||(2821156-2821328)
chr2 (374-446)||(32147683-32147755)
chr2 (386-446)||(32153446-32153506)
chr2 (1-47)||(32174743-32174789)
chr2 (1-29)||(32158502-32158530)
chr2 (3-47)||(32182782-32182826)
chr2 (410-446)||(32534269-32534305)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Original strand, 32211762 - 32212207
Alignment:
Q  1 tgataatggatacaataaggtatgtatttttctttaaatatatcattcaaagtttcatttatactgaaattccagaggtttagaagaatatggcatgggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32211762 tgataatggatacaataaggtatgtatttttctttaaatatatcattcaaagttccatttatactgaaattccataggtttagaagaatatggcatgggt 32211861  T
Q  101 gaatctagctgctaaggactaatgtttgttgataatttttctacagatgacactttcgggactattgaatgcagtagatggcctttggtcgagctgtgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  32211862 gaatctagctgctaaggactaatgtttgttggtaatttttctacagatgacactttcgggactattgaatgcagtagatggtctttggtcgtgctgtgga 32211961  T
Q  201 gaagaacacataattgttttcacaacaaatcacaaagaaaggcttgatcctgctctattaaggcctggtagaatggacaagcaaattcacttgtcatatt 300  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32211962 gaagaacacataattgttgtcacaacaaatcacaaagaaaggcttgatcctgctctattaaggcctggtagaatggacaagcaaattcacttgtcatatt 32212061  T
Q  301 gcaacttttctgcttttaagcaattggttattaactacctttgcattactgaacatgaactctttgaagagattgaagttcttttaggagaagttcaagt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  32212062 gcaacttttctgcttttaagcaattggttattaactacctttgcattactcaacatgaactctttgaaaagattgaactgcttctaggagaagttcaagt 32212161  T
Q  401 tactccagctgaaattgcagaagagctaacaaaggatgttgatgct 446  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32212162 tactcctgctgaaattgcagaagagctaacaaaggatgttgatgct 32212207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 118 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 32110656 - 32110328
Alignment:
Q  118 actaatgtttgttgataatttttctacagatgacactttcgggactattgaatgcagtagatggcctttggtcgagctgtggagaagaacacataattgt 217  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  32110656 actaatgtttgttgatactttttcaacagatgacactttcaggactattgaatgcagtagatggtctttggtcatgctgtggagaagaacacataattgt 32110557  T
Q  218 tttcacaacaaatcacaaagaaaggcttgatcctgctctattaaggcctggtagaatggacaagcaaattcacttgtcatattgcaacttttctgctttt 317  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32110556 tttcacaacaaatcacaaagacagacttgatcctgctctgctaaggcctggtagaatggacaagcaaattcacttgtcatattgcaacttttctgctttt 32110457  T
Q  318 aagcaattggttattaactacctttgcattactgaacatgaactctttgaagagattgaagttcttttaggagaagttcaagttactccagctgaaattg 417  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32110456 aagcaattggttgttaactacctttgtattactgaacatgaactctttgaaaagattgaagttcttttaggagaagttcaagttactccagctgaaattg 32110357  T
Q  418 cagaagagctaacaaaggatgttgatgct 446  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  32110356 cagaagtgttaacaaaggatgttgatgct 32110328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 118 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 32157949 - 32157622
Alignment:
Q  118 actaatgtttgttgataatttttctacagatgacactttcgggactattgaatgcagtagatggcctttggtcgagctgtggagaagaacacataattgt 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32157949 actaatgtttgt-gataatttttctacagatgacactttcgggactattgaatgcgacagatggtctctggtcgtgctgtggagaagaacacataattgt 32157851  T
Q  218 tttcacaacaaatcacaaagaaaggcttgatcctgctctattaaggcctggtagaatggacaagcaaattcacttgtcatattgcaacttttctgctttt 317  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32157850 tttcacaacaaatcacaaagacaggcttgatcctgctctattaaggcctggtagaatggacaagcaaattcacttgtcatattgcaacttttctgctttt 32157751  T
Q  318 aagcaattggttattaactacctttgcattactgaacatgaactctttgaagagattgaagttcttttaggagaagttcaagttactccagctgaaattg 417  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32157750 aagaaattggttactaactacctttgcattactgaacatgaactctttgaaaagattgaagtgcttctaggagaagttcaagttactcctgctgaaattg 32157651  T
Q  418 cagaagagctaacaaaggatgttgatgct 446  Q
     ||||||||| |||||||||  |||||||    
T  32157650 gagaagagctcacaaaggattgtgatgct 32157622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 125 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 32156833 - 32156512
Alignment:
Q  125 tttgttgataatttttctacagatgacactttcgggactattgaatgcagtagatggcctttggtcgagctgtggagaagaacacataattgttttcaca 224  Q
    |||||| ||||||| || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32156833 tttgttcataatttgtcaacaggtgacactttcaggactattgaatgcagtagatggtctttggtcatgctgtggagaagaacacataattgttttcaca 32156734  T
Q  225 acaaatcacaaagaaaggcttgatcctgctctattaaggcctggtagaatggacaagcaaattcacttgtcatattgcaacttttctgcttttaagcaat 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32156733 acaaatcacaaagaaaggcttgatcctgctctattaaggcctggtagaatagacaagcagattcacttgtcatattgcaacttttctgcttttaagaaat 32156634  T
Q  325 tggttattaactacctttgcattactgaacatgaactctttgaagagattgaagttcttttaggagaagttcaagttactccagctgaaattgcagaaga 424  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32156633 tgattattaactacctttgcattactgaacatgaactctttgataagattgaagtgcttctaggagaagttcaagttactcctgctgaaattgcagaaga 32156534  T
Q  425 gctaacaaaggatgttgatgct 446  Q
    ||| ||||||||||||||||||    
T  32156533 gcttacaaaggatgttgatgct 32156512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 138 - 436
Target Start/End: Original strand, 32206824 - 32207122
Alignment:
Q  138 tttctacagatgacactttcgggactattgaatgcagtagatggcctttggtcgagctgtggagaagaacacataattgttttcacaacaaatcacaaag 237  Q
    |||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32206824 tttcaacaggtgacactttcaggactgttgaatgcagtagatggtctttggtcatgctgtggagaagaacacataattgtattcacaacaaatcacaaag 32206923  T
Q  238 aaaggcttgatcctgctctattaaggcctggtagaatggacaagcaaattcacttgtcatattgcaacttttctgcttttaagcaattggttattaacta 337  Q
    | | |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  32206924 acaagcttgatcctgctctgctaagacctggtagaatggacaagcaaattcacttgtcatattgcaacttttctgctttgaagcaattggttgttaacta 32207023  T
Q  338 cctttgcattactgaacatgaactctttgaagagattgaagttcttttaggagaagttcaagttactccagctgaaattgcagaagagctaacaaagga 436  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32207024 cctttgcattactcaacatgaactctttgaagagattgaagtgcttctaggagaagttcaagttactccagctgaaattgcagaagagctaacaaagga 32207122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 143 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 32174591 - 32174288
Alignment:
Q  143 acagatgacactttcgggactattgaatgcagtagatggcctttggtcgagctgtggagaagaacacataattgttttcacaacaaatcacaaagaaagg 242  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  32174591 acaggtgacactttcaggactattgaatgcagtagatggtctttggtcgtgctgtggagaagaacacataattgtattcacaacaaatcacaaagacagg 32174492  T
Q  243 cttgatcctgctctattaaggcctggtagaatggacaagcaaattcacttgtcatattgcaacttttctgcttttaagcaattggttattaactaccttt 342  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |    
T  32174491 cttgatcctgctctgttaaggcctggtagaatggacaaacaaattcacttgtcatattgcaacttttctgcttttaagcaattggttgtcaactacctct 32174392  T
Q  343 gcattactgaacatgaactctttgaagagattgaagttcttttaggagaagttcaagttactccagctgaaattgcagaagagctaacaaaggatgttga 442  Q
    || ||||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||    
T  32174391 gcgttactcaacatgaactctttgataagattgaagtgcttctaggagaagttcaagttactccagctgaaattgcagaagagctaaccaaggattgtga 32174292  T
Q  443 tgct 446  Q
    ||||    
T  32174291 tgct 32174288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 143 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 32182677 - 32182374
Alignment:
Q  143 acagatgacactttcgggactattgaatgcagtagatggcctttggtcgagctgtggagaagaacacataattgttttcacaacaaatcacaaagaaagg 242  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||   |||||| ||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32182677 acaggtgacactttcaggactattgaatgcgacagatggtctttggtcatgttgtggagaggaacacataattgttttcacaacaaatcacaaagaaagg 32182578  T
Q  243 cttgatcctgctctattaaggcctggtagaatggacaagcaaattcacttgtcatattgcaacttttctgcttttaagcaattggttattaactaccttt 342  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32182577 cttgatcctgctctgctaaggcctggtagaatggacaagcaaattcacttgtcatattgcaacttttctggttttaagcaattggttgttaactaccttt 32182478  T
Q  343 gcattactgaacatgaactctttgaagagattgaagttcttttaggagaagttcaagttactccagctgaaattgcagaagagctaacaaaggatgttga 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||    
T  32182477 gcattactgaacatgaactctttgaaaagattgaagtgcttctaggagaagttcaagttactccggctgaaattggagaagagctaacaaaggattgtga 32182378  T
Q  443 tgct 446  Q
    ||||    
T  32182377 tgct 32182374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 143 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 32118895 - 32118592
Alignment:
Q  143 acagatgacactttcgggactattgaatgcagtagatggcctttggtcgagctgtggagaagaacacataattgttttcacaacaaatcacaaagaaagg 242  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  32118895 acaggtgacactttcaggactattgaatgctgttgatggtctttggtcatgctgcggagaagaacacataattgtattcacaacaaatcacaaagacagg 32118796  T
Q  243 cttgatcctgctctattaaggcctggtagaatggacaagcaaattcacttgtcatattgcaacttttctgcttttaagcaattggttattaactaccttt 342  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  32118795 cttgatcctgctctattaagacctggtagaatggacaagcacattcacttgtcatattgcaacttttctgcttttaagaaattggttattaactacctct 32118696  T
Q  343 gcattactgaacatgaactctttgaagagattgaagttcttttaggagaagttcaagttactccagctgaaattgcagaagagctaacaaaggatgttga 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||    
T  32118695 gcattactgaacatgaactctttgaaaagattgaacagcttctaggacaagttcaagttactccagctgaaattgctgaagagctaacgaaggattgtga 32118596  T
Q  443 tgct 446  Q
    ||||    
T  32118595 tgct 32118592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 246 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 32152639 - 32152439
Alignment:
Q  246 gatcctgctctattaaggcctggtagaatggacaagcaaattcacttgtcatattgcaacttttctgcttttaagcaattggttattaactacctttgca 345  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32152639 gatcatgctctgttaaggcctggtaaaatggacaagcaaattcatttgtcatattgcaacttttctgcttttaagcaattggttgttaactacctttgca 32152540  T
Q  346 ttactgaacatgaactctttgaagagattgaagttcttttaggagaagttcaagttactccagctgaaattgcagaagagctaacaaaggatgttgatgc 445  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  32152539 ttactgaacatgaactctttgaaaagattgaagttcttttaggagaagttcaagttactcctgctgaaattgcagaagagctaacaaaggattgtgatgc 32152440  T
Q  446 t 446  Q
    |    
T  32152439 t 32152439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 274 - 446
Target Start/End: Original strand, 2821156 - 2821328
Alignment:
Q  274 tggacaagcaaattcacttgtcatattgcaacttttctgcttttaagcaattggttattaactacctttgcattactgaacatgaactctttgaagagat 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  2821156 tggacaagcaaattcacttgtcatattgcaacttttctgcttttaagcaattggttattaactacctttgcattactcaacatgaactctttgaaaagat 2821255  T
Q  374 tgaagttcttttaggagaagttcaagttactccagctgaaattgcagaagagctaacaaaggatgttgatgct 446  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  2821256 tgaagttcttctaggagaagttcaagttactccagctgaaattgcagaagagctaacaaaggattgtgatgct 2821328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 374 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 32147755 - 32147683
Alignment:
Q  374 tgaagttcttttaggagaagttcaagttactccagctgaaattgcagaagagctaacaaaggatgttgatgct 446  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  32147755 tgaagtgcttttaggagaagttcaagttactccagctgaaattgcagaagagttaacaaaggattgtgatgct 32147683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 386 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 32153506 - 32153446
Alignment:
Q  386 aggagaagttcaagttactccagctgaaattgcagaagagctaacaaaggatgttgatgct 446  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  32153506 aggacaagttcaagttactccagctgaaattgtagaagagctaacaaaggaggttgatgct 32153446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 47
Target Start/End: Complemental strand, 32174789 - 32174743
Alignment:
Q  1 tgataatggatacaataaggtatgtatttttctttaaatatatcatt 47  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  32174789 tgataatggatacaataaggtatatatttttcttcaaatatatcatt 32174743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 29
Target Start/End: Complemental strand, 32158530 - 32158502
Alignment:
Q  1 tgataatggatacaataaggtatgtattt 29  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32158530 tgataatggatacaataaggtatgtattt 32158502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 3 - 47
Target Start/End: Complemental strand, 32182826 - 32182782
Alignment:
Q  3 ataatggatacaataaggtatgtatttttctttaaatatatcatt 47  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||    
T  32182826 ataatggagacaataaggtatatatttttcttcaaatataccatt 32182782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 410 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 32534305 - 32534269
Alignment:
Q  410 tgaaattgcagaagagctaacaaaggatgttgatgct 446  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  32534305 tgaaattgtagaatagctaacaaaggatgttgatgct 32534269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University