View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16965_low_1 (Length: 836)

Name: NF16965_low_1
Description: NF16965
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16965_low_1
NF16965_low_1
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (1-463)||(44109956-44110432)
chr3 (475-823)||(54346747-54347095)
chr3 (502-823)||(27156033-27156354)
chr3 (518-794)||(43812988-43813263)
chr3 (475-816)||(46428575-46428915)
chr3 (635-816)||(42794505-42794686)
chr3 (475-816)||(54812088-54812428)
chr3 (706-816)||(43912322-43912432)
chr3 (700-819)||(51841259-51841377)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (476-823)||(23949710-23950056)
chr1 (476-823)||(5308654-5309001)
chr1 (475-788)||(42677238-42677551)
chr1 (478-818)||(23084754-23085092)
chr1 (475-823)||(50952404-50952754)
chr1 (475-819)||(34553712-34554055)
chr1 (475-816)||(22065041-22065381)
chr1 (637-813)||(2601205-2601380)
chr1 (475-528)||(23723127-23723180)
chr1 (761-817)||(6293939-6293995)
chr1 (635-681)||(8059860-8059906)
chr1 (625-683)||(16855002-16855060)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (475-823)||(8019584-8019931)
chr7 (479-823)||(48618946-48619290)
chr7 (479-814)||(29213572-29213907)
chr7 (624-816)||(24473467-24473659)
chr7 (624-736)||(24468599-24468711)
chr7 (625-683)||(8035768-8035826)
chr7 (761-817)||(46045830-46045886)
chr7 (625-683)||(5350051-5350109)
chr7 (625-683)||(38110666-38110724)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (477-823)||(1636010-1636356)
chr8 (475-823)||(26616565-26616911)
chr8 (475-823)||(456201-456547)
chr8 (624-816)||(44145724-44145915)
chr8 (626-816)||(38560608-38560798)
chr8 (475-563)||(45093618-45093706)
chr8 (490-563)||(42000452-42000525)
chr8 (635-683)||(35808259-35808307)
chr8 (625-683)||(42000332-42000390)
chr8 (625-683)||(45093498-45093556)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (475-823)||(13186900-13187247)
chr2 (475-737)||(40426006-40426268)
chr2 (583-823)||(7305027-7305267)
chr2 (475-764)||(6598990-6599280)
chr2 (519-788)||(37307177-37307446)
chr2 (501-823)||(40190284-40190606)
chr2 (475-816)||(17290048-17290388)
chr2 (475-543)||(7304957-7305024)
chr2 (761-817)||(42865840-42865896)
chr2 (580-715)||(26381210-26381345)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (475-823)||(34389644-34389992)
chr4 (506-823)||(36894286-36894603)
chr4 (626-816)||(47597580-47597770)
chr4 (624-699)||(4228307-4228382)
chr4 (497-683)||(1217216-1217402)
chr4 (720-816)||(43270874-43270970)
chr4 (625-683)||(44307581-44307639)
chr4 (761-817)||(1369357-1369413)
chr4 (761-817)||(28945496-28945552)
chr4 (625-683)||(1369491-1369549)
chr4 (625-683)||(28945360-28945418)
chr4 (475-549)||(44307715-44307789)
chr4 (475-508)||(28099577-28099610)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (475-823)||(18258978-18259326)
chr5 (479-823)||(22540222-22540566)
chr5 (501-823)||(34080606-34080925)
chr5 (624-816)||(4560304-4560496)
chr5 (475-816)||(18934072-18934412)
chr5 (626-816)||(18883400-18883590)
chr5 (499-574)||(13236721-13236796)
chr5 (700-819)||(32216808-32216927)
chr5 (761-817)||(14024858-14024914)
chr5 (625-683)||(239963-240021)
chr5 (625-683)||(14024992-14025050)
chr5 (625-683)||(32386545-32386603)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (707-816)||(1223033-1223142)
chr6 (475-675)||(1222820-1223019)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 1 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 44110432 - 44109956
Alignment:
Q  1 tgccatcttgaatttggggacaaagtgaggaatcattcatcgcaattccgagtgggcatagtcaggcaagcttgctgttgttgttgtcttgtagtaaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||  ||| |||||| ||  |||| ||||||||||||||    
T  44110432 tgccatcttgaatttggggacaaaatgaggaatcattcatctcaattccgaatggtcatagtcatacaaccttgctttt--tgttatcttgtagtaaatg 44110335  T
Q  101 gaggcctgtcagtgttgcccatgtgtgcatgtcttatgcactaggtccggacacaatgaaagttgtgacagaaaattgtatcgattaaggatgtaatgtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44110334 gaggcctgtcagtgttgcccatgtgtgcatgtcttatgcactaggtccggacgcaatgaaagttgtgacagaaaattgtatcgattaaggatgtaatgtg 44110235  T
Q  201 ttcgatttgattcagttttgtttttgatag-----------aaactaataaaaattagccaacgtggtttaaaaagtttttcgcaaaagatttgaact-- 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  44110234 ttcgatttgattcagttttgtttttgatagaaaataaattcaaactaataaaaattagccaacgtggtttaaaaagtttttcgcaaaagatttgaactaa 44110135  T
Q  288 --------gatgaagaatgtgtcagtatcatttgcttcaattagatttgacttatttacaagactctcagtgtaactatcattaattctttattaatgga 379  Q
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||        
T  44110134 attaaaccgatgaagaatgtgtcagtatcatttgcttcaattagatttgacttatttacaagactgtgagtttaactatcattaattctttattaa---- 44110039  T
Q  380 gtatatggactctttattaattctcattaaattttatcatttgtttcaatcctgatgagcctctataactcaattcacctagac 463  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44110038 -tatatgaactctttattaattctcattaaattttatcatttatttcaatcctcatgagcctctataactcaattcacctagac 44109956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 309; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 475 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 54347095 - 54346747
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  54347095 gtacaagagagggcaaagcccaaaaaaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgtaagccccggataaatcatcaaaaaggattcttt 54346996  T
Q  575 tgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgcca 674  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54346995 tgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgcca 54346896  T
Q  675 agtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 774  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  54346895 agtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatatttccattgaacttgaaattatcagaaatc 54346796  T
Q  775 atgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgagaataat 823  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  54346795 atgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaat 54346747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 502 - 823
Target Start/End: Original strand, 27156033 - 27156354
Alignment:
Q  502 aaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttttgacctcacaaggaggagactccagca 601  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27156033 aaacaaacttaagaagttaatcgaacgttcctaggcatgcaagctccggataaatcattaaaaaggattcttttgacctcacaaggaggagactccaaca 27156132  T
Q  602 caagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaact 701  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27156133 ctagaaaattaaaatgatctgtagaaatgctgaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatggttgagttgaacattccaact 27156232  T
Q  702 catcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactt 801  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27156233 catcttcagcagcttccggatccggtaaactaaaacaggaatattcccattaaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatctttgaatcactt 27156332  T
Q  802 tccactataagatgagaataat 823  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  27156333 tccactataagatgagagtaat 27156354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 518 - 794
Target Start/End: Complemental strand, 43813263 - 43812988
Alignment:
Q  518 ttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttttgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatg 617  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||| |  || |||||||| ||||||||||| || ||  |  ||||||||  |    
T  43813263 ttaatcgaacattcctaggcatacaaactacggataaatcatcaaaaatgagttattggacctcactaggaggagacttcaacaacaacaaattaaac-g 43813165  T
Q  618 atctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttc 717  Q
    |||| ||||||||||| | ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| || || |||     
T  43813164 atctatagaaatgcttaagttagcgagtcaatcagcactccaatttccttcacgccaattatggttgagttgaacatttcaactcatctgcaacaacttt 43813065  T
Q  718 cggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttga 794  Q
     |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  43813064 tggatccggtaaactaaaacatgaatattgccattacatttgaaattatcagaaatcatatcgatcaaaatctttga 43812988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 475 - 816
Target Start/End: Complemental strand, 46428915 - 46428575
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    |||||| |||||| ||||||||| |||||| ||| | | ||| |||| || |||||||||||||||||| || |||| | ||||||||| ||||  ||||    
T  46428915 gtacaaaagagggcaaagcccaagagaaaagaaact-acgaaattaaacggacattcctaggcatgcaagcctcggaaatatcatcaaacatgag-cttt 46428818  T
Q  575 tgac-ctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgcc 673  Q
     ||  ||||  |||||||| |||||  | ||  ||||| |||||||    | |||||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||    
T  46428817 cgaagctcaataggaggagtctccaaaataatcaaattcaaatgattcacataaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcatgcc 46428718  T
Q  674 aagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaat 773  Q
    |||||||| ||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| |||||| | |||||||| ||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  46428717 aagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgatacgatgaactaaaataggcatattcccattaaacttgaacttgtcagaaat 46428618  T
Q  774 catgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatga 816  Q
    |||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||    
T  46428617 catgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatga 46428575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 635 - 816
Target Start/End: Complemental strand, 42794686 - 42794505
Alignment:
Q  635 aattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaa 734  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| |||||| | ||||||    
T  42794686 aattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgatacgatgaactaa 42794587  T
Q  735 aacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatga 816  Q
    || ||| ||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||    
T  42794586 aataggcatattcccattaaacttgaacttgttagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatga 42794505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 475 - 816
Target Start/End: Original strand, 54812088 - 54812428
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |   ||| |||| || |||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||| ||||  ||||    
T  54812088 gtacaatagagggcaaagcccaaaagaaaagaaactgc-gaaattaaccggacattcctaggcatgcaagcccgggaaatatcatcaaacatgag-cttt 54812185  T
Q  575 tgac-ctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgcc 673  Q
     ||  ||||  |||||||| ||||   | ||  ||||| |||||||    |||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  54812186 cgaagctcaataggaggagtctccgaaataatcaaattcaaatgattcacagaaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgcc 54812285  T
Q  674 aagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaat 773  Q
    |||||||| ||| ||| |||| | ||  |||  |||||||||||| |||||| | |||||||| ||| | ||||||||| |||||||| |  ||||||||    
T  54812286 aagtatggttgatttgcacatgctaatccattctcagcagcttcctgatacgatgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaactcgtcagaaat 54812385  T
Q  774 catgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatga 816  Q
    |||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||    
T  54812386 catgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatga 54812428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 706 - 816
Target Start/End: Original strand, 43912322 - 43912432
Alignment:
Q  706 ttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttcca 805  Q
    |||| |||||||| |||||| | | |||||| ||  ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||| |    
T  43912322 ttcaacagcttcctgatacgatgagctaaaatagagatattcccattaaacttgaacttctcagaaatcatgttgatcaatatctttgagtcactttcaa 43912421  T
Q  806 ctataagatga 816  Q
    |||||||||||    
T  43912422 ctataagatga 43912432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 700 - 819
Target Start/End: Original strand, 51841259 - 51841377
Alignment:
Q  700 ctcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcac 799  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||| | |||||||| ||| ||| |||| ||||| |||||||| |||||| | ||||||||||| |  ||||| ||||    
T  51841259 ctcatcttcagaacctttcggatacgctcaactaaaatagggatagtccctttgaaattgaaattgtcagaagt-atgtcgatcaataactttgagtcac 51841357  T
Q  800 tttccactataagatgagaa 819  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  51841358 tctccactataagatgagaa 51841377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 476 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 23950056 - 23949710
Alignment:
Q  476 tacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattctttt 575  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23950056 tacaagagagg-taaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattctttt 23949958  T
Q  576 gacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaa 675  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23949957 gacctcacaaggaggagactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaa 23949858  T
Q  676 gtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 775  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23949857 gtatggttgagttgaacattctaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 23949758  T
Q  776 tgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgagaataat 823  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23949757 tgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagattaat 23949710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 476 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 5309001 - 5308654
Alignment:
Q  476 tacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattctttt 575  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||    
T  5309001 tacaagagagggcaaagcccaaaagtaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaagtcctggataaatcatcaaaaatgattctttt 5308902  T
Q  576 gacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaa 675  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5308901 gacctcacaaggaggagactccaacacaagaaaattaaaatgatatgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaa 5308802  T
Q  676 gtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 775  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5308801 gtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagattccggatacggtaaactaaaacaggaatatttccattgaacttgaaattatcagaaatca 5308702  T
Q  776 tgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgagaataat 823  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5308701 tgtcgatcaaaatctttgattcactttccactataagatgagagtaat 5308654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 475 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 42677551 - 42677238
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  42677551 gtacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaatattcctaggcatgcaagccccagataaatcatcaaaaaggattcttt 42677452  T
Q  575 tgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgcca 674  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42677451 tgacctcacaaggaggagactccaacactagaaaattaaaaagatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgcca 42677352  T
Q  675 agtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 774  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42677351 agtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatatttccattgaacttgaaattatcagaaatc 42677252  T
Q  775 atgtcgatcaaaat 788  Q
    ||||||||||||||    
T  42677251 atgtcgatcaaaat 42677238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 478 - 818
Target Start/End: Original strand, 23084754 - 23085092
Alignment:
Q  478 caagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttttga 577  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23084754 caagagagggcaaagcccaaaa--aaataaaattaaggagttaatcgaacattcctaggtatgcaagctccggataaatcatcaaaaatgattattttga 23084851  T
Q  578 cctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagt 677  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23084852 cctcacaaggaggagactccaacactagaaaattaaaatgatacgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaaat 23084951  T
Q  678 atgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatg 777  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23084952 atggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatccggtaaactaaaacatgaatattcccattgaacttgaaattatcaaaaatcatg 23085051  T
Q  778 tcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgaga 818  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23085052 tcgatcaaaatctttaaatcactttccactataagatgaga 23085092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 475 - 823
Target Start/End: Original strand, 50952404 - 50952754
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| ||||||||| ||||    
T  50952404 gtacaagagagggcaaagtccaaaagaaaacaaaattaagaagctaatcgaacattcctaggtatgcaagccccagataaatcataaaaaatgatacttt 50952503  T
Q  575 tg--acctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgc 672  Q
    |   |  |||||||||||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  50952504 tttaatttcacaaggaggatactccaacactagaaaattaaaaagatctgtagaaatgcttatattagcgagccaatcagcactcctattttcttcacgc 50952603  T
Q  673 caagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaa 772  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50952604 caagtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatccggtaaactaaaacatgaatattcccattgaacttgaaattatcagaaa 50952703  T
Q  773 tcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgagaataat 823  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  50952704 tcatgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagattagagtaat 50952754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 177; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 475 - 819
Target Start/End: Original strand, 34553712 - 34554055
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    ||||||||||| | ||||||||||| |||| |||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||| |||    
T  34553712 gtacaagagagagcaaagcccaaaaaaaaa-aaaactaacaagctaatcgaacattcataggcatgcaagctctggataaatcatcaaaaaggatttttt 34553810  T
Q  575 tgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgcca 674  Q
     |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||| || ||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  34553811 ggacctcactaggaggagactccaacacaagaaaattaaagtgatatgtataaatgtttaaattagcgagtcaatcagcacttctatttccttcacacca 34553910  T
Q  675 agtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 774  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| | || |||||||| || |||||||||||  || |  |||||||||||||||    
T  34553911 agtatggttgagttgaacattctaactcatcttcagcatcttctggatccagtgaactaaaatagaaatattcccatcaaattcaaaattatcagaaatc 34554010  T
Q  775 atgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgagaa 819  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34554011 atgtcgataaaaatctttgaatcactttccactataagatgagaa 34554055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 475 - 816
Target Start/End: Original strand, 22065041 - 22065381
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    |||||| |||||| ||||||||| |||||| ||| | | ||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||  ||||    
T  22065041 gtacaatagagggcaaagcccaagagaaaagaaact-acgaaattaaccggacattcctaggcatgcaagccccggaaatatcatcaaacatgag-cttt 22065138  T
Q  575 tgac-ctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgcc 673  Q
     ||  ||||  |||||||| |||||  | ||  ||||| |||||||    ||| |||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  22065139 cgaagctcaataggaggagtctccaaaataatcaaattcaaatgattcacagatatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgcc 22065238  T
Q  674 aagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaat 773  Q
    |||||||| ||| ||| |||| ||||  |||  |||||||| ||| |||||| | |||||||| ||| | ||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  22065239 aagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcctcctgatacgatgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaacttgtcagaaat 22065338  T
Q  774 catgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatga 816  Q
    |||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||    
T  22065339 catgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatga 22065381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 637 - 813
Target Start/End: Complemental strand, 2601380 - 2601205
Alignment:
Q  637 ttagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaa 736  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||  ||   |||||| |||  ||| ||| |||| |||| |||| ||||||||||||  ||||  || ||||||||    
T  2601380 ttagcaagccaataagcacttatattttgtttgtgccaagaatgattgatttgcacatcccaattcatgttcagcagcttcatgatatagtgaactaaaa 2601281  T
Q  737 caggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataaga 813  Q
     ||  |||||| |||| |||||||| || |||||| |||||||||| || || || |||||||||||||||||||||    
T  2601280 tagttatattctcattaaacttgaatttgtcagaattcatgtcgat-aatatcttagaatcactttccactataaga 2601205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 475 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 23723180 - 23723127
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaaca 528  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| |||| |||||    
T  23723180 gtacaagagagggcaaagccaaaaagaaaacagaattaagaagctaattgaaca 23723127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 761 - 817
Target Start/End: Complemental strand, 6293995 - 6293939
Alignment:
Q  761 aattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgag 817  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  6293995 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgag 6293939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 635 - 681
Target Start/End: Original strand, 8059860 - 8059906
Alignment:
Q  635 aattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgg 681  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||    
T  8059860 aattagcaagccaatcagcacttctatttccctcgcgccaggtatgg 8059906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 625 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 16855060 - 16855002
Alignment:
Q  625 gaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggt 683  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||    
T  16855060 gaaatgctgaaattagcaagccaatctgcacttctgttgccttcccgccaagtatgggt 16855002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 475 - 823
Target Start/End: Original strand, 8019584 - 8019931
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8019584 gtacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcttaggcatgcaagtcccggataaatcatcaaaaaggattcttt 8019683  T
Q  575 tgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgcca 674  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8019684 tgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaa-tgatctgtagaattacttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgcca 8019782  T
Q  675 agtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 774  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8019783 agtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagattccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 8019882  T
Q  775 atgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgagaataat 823  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8019883 atgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaat 8019931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 479 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 48619290 - 48618946
Alignment:
Q  479 aagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttttgac 578  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  48619290 aagagagggcaaagctcaaaagaaaacaaaattaagaagctaatcgaacattcctaagcatgcaagccccggataaatcatcaaaaaggattcttttgat 48619191  T
Q  579 ctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagta 678  Q
    |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48619190 ctcagaaggaggagactccaacactagaaaattaaaatgatttgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcttatttccttcacgccaagta 48619091  T
Q  679 tgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgt 778  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  48619090 tggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacagtaaactaaaacaggaatattcccattaaacttgaaattatcagaaatcatgt 48618991  T
Q  779 cgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgagaataat 823  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  48618990 caatcaaaatctttgaatcactttccactataagataagagtaat 48618946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 479 - 814
Target Start/End: Original strand, 29213572 - 29213907
Alignment:
Q  479 aagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttttgac 578  Q
    ||||||||| ||||| ||| | ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  29213572 aagagagggcaaagctcaaca-aaaacaaaactaacaagctaatcgaacattcctaggcatgcaagcccaggataaatcatcaaaaaagattctttggac 29213670  T
Q  579 ctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttcctt-cacgccaagt 677  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  29213671 ctcactaggaggagactccaacacaagaaaattaaagtgatctgtagaaatgcttaaattagcgagtcaatcaacactccttttttctttcacgccaagt 29213770  T
Q  678 atgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatg 777  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| |||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29213771 atggttgagttgaacattccaactcatcttcaatagcttctggatccggtgaagtaaaacagaaatatttccattgaacttgaaattatcagaaatcatg 29213870  T
Q  778 tcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagat 814  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  29213871 tcgatcaaaatctttgaatcactttccactacaagat 29213907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 624 - 816
Target Start/End: Complemental strand, 24473659 - 24473467
Alignment:
Q  624 agaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggata 723  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| ||||    
T  24473659 agaaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgata 24473560  T
Q  724 cggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatga 816  Q
    || | |||||||| ||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||    
T  24473559 cgatgaactaaaataggcatattcccattaaacttgaacttgtcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatga 24473467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 624 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 24468711 - 24468599
Alignment:
Q  624 agaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggata 723  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| ||||    
T  24468711 agaaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgata 24468612  T
Q  724 cggtaaactaaaa 736  Q
    || | ||||||||    
T  24468611 cgatgaactaaaa 24468599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 625 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 8035826 - 8035768
Alignment:
Q  625 gaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggt 683  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  8035826 gaaatgctgaaattagcaagccaatctgcacttctgttgccttcacgccaagtatgggt 8035768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 761 - 817
Target Start/End: Complemental strand, 46045886 - 46045830
Alignment:
Q  761 aattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgag 817  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  46045886 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgag 46045830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 625 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 5350109 - 5350051
Alignment:
Q  625 gaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggt 683  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| |||||  | || ||||||||||||||||||||    
T  5350109 gaaatgctgaaattagcaagccaatctgcacttttgttgccttcacgccaagtatgggt 5350051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 625 - 683
Target Start/End: Original strand, 38110666 - 38110724
Alignment:
Q  625 gaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggt 683  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||    
T  38110666 gaaatgctgaaattagcaagccaatctgcacttctgttgccttcccgccaagtatgggt 38110724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 287; Significance: 1e-160; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 477 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 1636356 - 1636010
Alignment:
Q  477 acaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttttg 576  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1636356 acaagagaggacaaagcccaaaagaaaacaaaattaaaaagttaatcgaacatttctaggcatgcaagtcccagataaatcatcaaaaatgattcttttg 1636257  T
Q  577 acctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaag 676  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1636256 atctcaaaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgattaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgctaag 1636157  T
Q  677 tatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcat 776  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1636156 tatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcat 1636057  T
Q  777 gtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgagaataat 823  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1636056 gtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaat 1636010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 475 - 823
Target Start/End: Original strand, 26616565 - 26616911
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||    
T  26616565 gtacaagagagggcaaaacccaaaaaaaaataaaattaagaagctaatcgaacatttctaggcatgcaagcttcggataaatcatcaaaaatgattcttt 26616664  T
Q  575 tgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgcca 674  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  26616665 tgacatcacaaggaggagactccaacactagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagtgagccaatcagtactcatatttccttcacgcca 26616764  T
Q  675 agtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 774  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26616765 agtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccagatccggtaaact--aacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 26616862  T
Q  775 atgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgagaataat 823  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26616863 atgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaat 26616911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 475 - 823
Target Start/End: Original strand, 456201 - 456547
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    |||||||||| || |||||||||||  |||| ||| ||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  456201 gtacaagagaaggcaaagcccaaaa--aaaccaaactaaaaagataatcaaacattcataggcatgcaagtcccggataaataatcaaaaaggattcttt 456298  T
Q  575 tgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgcca 674  Q
     ||||| |  ||||||| |||||||||| | ||||| ||| ||||  ||||||||| || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||    
T  456299 ggaccttattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtgatacgtagaaatgtttaaattagcgagccaattagcactcctatttccttcgcgtca 456398  T
Q  675 agtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 774  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  456399 agtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagtagcttccggatccggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 456498  T
Q  775 atgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgagaataat 823  Q
    || || |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  456499 atatcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaat 456547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 624 - 816
Target Start/End: Complemental strand, 44145915 - 44145724
Alignment:
Q  624 agaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggata 723  Q
    |||||||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| ||||    
T  44145915 agaaatgctaaaattagcaagtcaatcagcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgata 44145816  T
Q  724 cggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatga 816  Q
    || | |||||||| ||| | ||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||    
T  44145815 cgatgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaactcgtcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccac-ataagatga 44145724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 626 - 816
Target Start/End: Original strand, 38560608 - 38560798
Alignment:
Q  626 aaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacg 725  Q
    |||||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||| ||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||  ||||||    
T  38560608 aaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcgtgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcttgatacg 38560707  T
Q  726 gtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatga 816  Q
     | |||||||| ||| ||||||||||| || |||||  |||||||||||| ||||||||| || || ||  ||||||||||||||||||||    
T  38560708 atgaactaaaatagggatattcccattaaatttgaacctatcagaaatcacgtcgatcaatatcttcgagccactttccactataagatga 38560798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 475 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 45093706 - 45093618
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaa 563  Q
    |||||| |||||| ||||||||||  |||| |||| |||||| |||| || || ||||||||||||||| ||||||| | |||||||||    
T  45093706 gtacaaaagagggcaaagcccaaagaaaaagaaaactaagaaattaaacggacgttcctaggcatgcaagccccggaaatatcatcaaa 45093618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 490 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 42000525 - 42000452
Alignment:
Q  490 aagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaa 563  Q
    |||||||||  |||| |||| |||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||    
T  42000525 aagcccaaagaaaaagaaaactaagaaattaaacgaacattcctatgcatgcaagccccggaaatatcatcaaa 42000452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 635 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 35808307 - 35808259
Alignment:
Q  635 aattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggt 683  Q
    |||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  35808307 aattagcaagccaatctgcacttctgttgccttcacgccaagtatgggt 35808259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 625 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 42000390 - 42000332
Alignment:
Q  625 gaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggt 683  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| |||||  | || ||||||||||||||||||||    
T  42000390 gaaatgctgaaattagcaagccaatctgcacttttgttgccttcacgccaagtatgggt 42000332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 625 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 45093556 - 45093498
Alignment:
Q  625 gaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggt 683  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  45093556 gaaatgctgaaatttgcaagccaatctgcacttctgttgccttcacgccaagtatgggt 45093498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 475 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 13187247 - 13186900
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  13187247 gtacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaagccccgaataaatcatcaaaaaggattcttt 13187148  T
Q  575 tgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgcca 674  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13187147 -gacctcacaaggaggagactccaacacaataaaattaaaatgatatgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgcca 13187049  T
Q  675 agtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 774  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13187048 agtatgattgagttgaacattccaactcgtcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatatttccattgaacttgaaattatcagaaatc 13186949  T
Q  775 atgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgagaataat 823  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13186948 atgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaat 13186900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 475 - 737
Target Start/End: Original strand, 40426006 - 40426268
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40426006 gtacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaagattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaagccccggataaatcatcaaaaaagattcttt 40426105  T
Q  575 tgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgcca 674  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  40426106 tgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagtcaatcagcactcctatttccttcacacca 40426205  T
Q  675 agtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaac 737  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40426206 aatatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaac 40426268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 583 - 823
Target Start/End: Original strand, 7305027 - 7305267
Alignment:
Q  583 caaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatggg 682  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7305027 caaggaggagactccaacactagaaaattaaagtgatctgtagaaatgcttaaattagagagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatggt 7305126  T
Q  683 tgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgat 782  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7305127 tgagttgaaaattccaactcatcttcagcaggttccggatccggtaaagtaaaacaggaatattctcattgaacttgaaattattagaaatcatgtcgat 7305226  T
Q  783 caaaatttttgaatcactttccactataagatgagaataat 823  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7305227 caaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaat 7305267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 475 - 764
Target Start/End: Complemental strand, 6599280 - 6598990
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaaca-aaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattctt 573  Q
    |||||| ||| || ||||||||||| |||| | ||| ||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| ||    
T  6599280 gtacaaaagatggcaaagcccaaaaaaaaaaacaaactaaaaagctaaacgaacattcttaggcatgcaagccccggataaatcatcaaaaagtattttt 6599181  T
Q  574 ttgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgcc 673  Q
    | |||||||| |||||||||||||| ||| | ||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6599180 tggacctcactaggaggagactccaacactaaaaaatcaaagtgatatgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcttatttccttcacgcc 6599081  T
Q  674 aagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaatt 764  Q
    || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6599080 aattatggttgagttgaacattccaattcatcttcagcaacttccggatccggtgaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaatt 6598990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 519 - 788
Target Start/End: Original strand, 37307177 - 37307446
Alignment:
Q  519 taatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttttgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatga 618  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||| |||| |||||||| |||||| | || ||||||||||| ||  || |||||||| |||    
T  37307177 taatcgaagattcctaggcatgcaagtcctggataaatcatctaaaaggattctttggacctcgctagaaggagactccaacattagtaaattaaagtga 37307276  T
Q  619 tctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttcc 718  Q
    || |||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| |    
T  37307277 tccgtagaaatgcttaagttaacgagccaatcagcactcctatttccttcacgtcaagtatggttgagttgaacatttcaactcatcttcggcaactttc 37307376  T
Q  719 ggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaat 788  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37307377 agatccggtaaactaaaacaggaatattctcattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaat 37307446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 501 - 823
Target Start/End: Original strand, 40190284 - 40190606
Alignment:
Q  501 aaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttttgacctcacaaggaggagactccagc 600  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||  | |||||||||||| ||||| |||||||  || ||||| ||||||||| |||| |    
T  40190284 aaaacaaaattaaaaagctaatcgaacattcttagacatgcaagtctcggataaatcattaaaaaggattcttcggatctcactaggaggagattccaac 40190383  T
Q  601 acaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaac 700  Q
    || || |||||||| ||||| ||| |||||||| | ||||  || |||||  ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40190384 actagtaaattaaagtgatccgtataaatgcttaagttagtgagtcaatctacactcctatttccttcatgtcaagtatggttgagttgaacattccaac 40190483  T
Q  701 tcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcact 800  Q
    ||||||||||||| ||  ||||  |||  ||||||| ||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  40190484 tcatcttcagcagttttgggatctggtggactaaaataggaatatgttcattgaacttaaaattatcagaaatcatatcgatcaaaatctttgaatcact 40190583  T
Q  801 ttccactataagatgagaataat 823  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  40190584 ttccactataagatgagagtaat 40190606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 475 - 816
Target Start/End: Complemental strand, 17290388 - 17290048
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    |||||| |||||| |||| |||| |||||| ||| | | ||| |||| || ||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||  ||||    
T  17290388 gtacaatagagggcaaagtccaagagaaaagaaact-acgaaattaaccggacatttctaggcatgcaagccccggaaatatcatcaaacatgag-cttt 17290291  T
Q  575 tgac-ctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgcc 673  Q
     ||  ||||  |||||||| |||||  | ||  ||||| |||||||    |||||| ||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  17290290 cgaagctcaataggaggagtctccaaaataatcaaattcaaatgattcacagaaatactaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgcc 17290191  T
Q  674 aagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaat 773  Q
    || ||||| ||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| |||||| | |||||||| ||| | ||||||||| |||||||| |  ||||||||    
T  17290190 aaatatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgatacgatgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaactcgtcagaaat 17290091  T
Q  774 catgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatga 816  Q
    |||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||    
T  17290090 catgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatga 17290048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 475 - 543
Target Start/End: Original strand, 7304957 - 7305024
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaa 543  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  7304957 gtacaagagagggcaaagcccaaaa-aaaacaaaactaagaagctaatcgaacattcttaggcatgcaa 7305024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 761 - 817
Target Start/End: Complemental strand, 42865896 - 42865840
Alignment:
Q  761 aattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgag 817  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  42865896 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgag 42865840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 580 - 715
Target Start/End: Original strand, 26381210 - 26381345
Alignment:
Q  580 tcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtat 679  Q
    |||| |||||||| |||||  ||||  ||||| ||||||||  ||| ||||||    |||||||||||||||  |||  |||||||||||| | ||||||    
T  26381210 tcactaggaggagtctccaaaacaaacaaattcaaatgatccttagtaatgctgatgttagcaagccaatcaaaacttttatttccttcacacgaagtat 26381309  T
Q  680 gggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagct 715  Q
    || ||| ||| |||| ||| ||||||||||| ||||    
T  26381310 ggttgatttgcacatgccatctcatcttcagaagct 26381345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 475 - 823
Target Start/End: Original strand, 34389644 - 34389992
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34389644 gtacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagctaatcgaacattcctaggcatgtaagccccggataaatcatcaaaaaggattcttt 34389743  T
Q  575 tgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgcca 674  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  34389744 tgacctcacaaggaggagactccaacactaaaaaattaaaatgatatgtaaaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgcta 34389843  T
Q  675 agtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 774  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34389844 agtatggttgagttgaacattccaaatcatcttcagcagctttcggatccggtaaactaaaacaagaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 34389943  T
Q  775 atgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgagaataat 823  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34389944 atgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaat 34389992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 506 - 823
Target Start/End: Original strand, 36894286 - 36894603
Alignment:
Q  506 aaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttttgacctcacaaggaggagactccagcacaag 605  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  36894286 aaaattaagaagctaatcgaacattcctaggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattcttttgacctcacaaggaggagactccaacactag 36894385  T
Q  606 aaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaactcatc 705  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36894386 aaaattaaaatgatctgtataaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcctatttccttcacgccaagtatggttgagttgaacattccaactcatc 36894485  T
Q  706 ttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttcca 805  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36894486 ttcagcaacttccggatccggtaaactaaaacaggaatattcacattgaacttgaaattattagaaatcatgtcgatcaaaatctttgaatcactttcca 36894585  T
Q  806 ctataagatgagaataat 823  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  36894586 ctataagatgagagtaat 36894603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 626 - 816
Target Start/End: Original strand, 47597580 - 47597770
Alignment:
Q  626 aaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacg 725  Q
    |||||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||| | ||||||||||| ||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| |||||     
T  47597580 aaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttcctttatgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgataca 47597679  T
Q  726 gtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatga 816  Q
     | |||||||| ||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||    
T  47597680 atgaactaaaataggcatattcccattaaacttgaacttgtcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatga 47597770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 624 - 699
Target Start/End: Complemental strand, 4228382 - 4228307
Alignment:
Q  624 agaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaa 699  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||    
T  4228382 agaaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgccaa 4228307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 497 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 1217402 - 1217216
Alignment:
Q  497 aaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttttgacctcacaaggaggagactc 596  Q
    |||| ||| |||| |||||| |||| || || ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |  |  || |  | ||||| |||||||| |||    
T  1217402 aaaggaaagaaaactaagaaattaaacggacgttcctaggcatgcaagccccggaaatatcatcaaacaaaagactctgaagctcactaggaggagtctc 1217303  T
Q  597 cagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggt 683  Q
    ||| | | ||||||  |||  ||| || ||||||||  |||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||    
T  1217302 cagaatatgaaaatctaaaaaatccgtcgaaatgctgaaattagcaagccaatctgcacttctgttgccttcccgccaagtatgggt 1217216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 720 - 816
Target Start/End: Original strand, 43270874 - 43270970
Alignment:
Q  720 gatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatga 816  Q
    |||||| | |||||||| ||| ||||| ||||| | ||||||||| ||| |||||||||||||||| || || || |||||||  ||||||||||||    
T  43270874 gatacgatgaactaaaatagggatatttccattaagcttgaaattgtcaaaaatcatgtcgatcaatatcttagagtcacttttaactataagatga 43270970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 625 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 44307639 - 44307581
Alignment:
Q  625 gaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggt 683  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  44307639 gaaatgctgaaattagcaagccaatctgcacttctgttgccttcacgccaagtatgggt 44307581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 761 - 817
Target Start/End: Complemental strand, 1369413 - 1369357
Alignment:
Q  761 aattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgag 817  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  1369413 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgag 1369357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 761 - 817
Target Start/End: Original strand, 28945496 - 28945552
Alignment:
Q  761 aattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgag 817  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  28945496 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgag 28945552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 625 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 1369549 - 1369491
Alignment:
Q  625 gaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggt 683  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||    
T  1369549 gaaatgctgaaattagcaagccaatctgcacttctgttgccttcccgccaagtatgggt 1369491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 625 - 683
Target Start/End: Original strand, 28945360 - 28945418
Alignment:
Q  625 gaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggt 683  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||    
T  28945360 gaaatgctgaaattagcaagccaatctgcacttctgttgccttcccgccaagtatgggt 28945418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 475 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 44307789 - 44307715
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccg 549  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||  |||| |||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  44307789 gtacaaaagagggcaaagcacaaagaaaaagaaaactaagaaattaaacgaacgttcctaggcatgcaagccccg 44307715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 475 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 28099610 - 28099577
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaa 508  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28099610 gtacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaa 28099577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 475 - 823
Target Start/End: Original strand, 18258978 - 18259326
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18258978 gtacaagagagggcaaagcccaaaagaaaataaaatttagaagctaatcgaacattcctaggcatgcaagccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 18259077  T
Q  575 tgacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgcca 674  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  18259078 tgacctcacaaggaggagactccaacactagaaaattaaaatgatctgtcgaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcatatttccttcgcgcca 18259177  T
Q  675 agtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 774  Q
     |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  18259178 ggtatggttgagttgaacatttcaacttatcttcagcagcttccggatccggtaaactaaaacaagaatattcccattgaatttggaattatcagaaatc 18259277  T
Q  775 atgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgagaataat 823  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18259278 atgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaat 18259326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 479 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 22540566 - 22540222
Alignment:
Q  479 aagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttttgac 578  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22540566 aagagagggcaaagcccaaacaaaaacaaaattaagaagctaatcgaacatttctatgcatgcaagctccggataaatcatcaaaaatgattcttttgac 22540467  T
Q  579 ctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagta 678  Q
    ||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  22540466 ctcacaaggaggagacttcaacactagaaaatttaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagtcaatcaacactcctatttcctttacgccaagta 22540367  T
Q  679 tgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgt 778  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  22540366 tggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatccagtaaactaaaacaggaatatttccatcgaacttgaaattatcagaaatcacgt 22540267  T
Q  779 cgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgagaataat 823  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  22540266 cgatcaaaatctttgaatcactttcaactataagatgagagtaat 22540222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 501 - 823
Target Start/End: Original strand, 34080606 - 34080925
Alignment:
Q  501 aaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttttgacctcacaaggaggagactccagc 600  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||||||| | ||  ||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||   ||||||| |    
T  34080606 aaaacaaaattaaaaaactaatcgaacatttctaggcatgcaagctccaaataaatcatcaaaaaggattttttggacctcactagga---gactccaac 34080702  T
Q  601 acaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaac 700  Q
    || | ||||||||| |||| |||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34080703 actataaaattaaagtgatatgtaaaaatgtttaaattagcaagccaatcaacactcatgtttccttcacgccaagtatggttgagttgaacattccaac 34080802  T
Q  701 tcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcact 800  Q
     |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||| |||||||    
T  34080803 ccatcttcagcagcttctggatccggtgaactaaaacaagaatattcgcattgaacttgaatttatcagaaatcatatccatcaaaatctttaaatcact 34080902  T
Q  801 ttccactataagatgagaataat 823  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  34080903 ttccactataagatgagagtaat 34080925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 624 - 816
Target Start/End: Original strand, 4560304 - 4560496
Alignment:
Q  624 agaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggata 723  Q
    |||||||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| ||||    
T  4560304 agaaatgctaaaattagcaagtcaatcagcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgata 4560403  T
Q  724 cggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatga 816  Q
    || | |||||||| ||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||    
T  4560404 cgatgaactaaaataggcatattcccattaaacttgaacttttcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatga 4560496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 475 - 816
Target Start/End: Complemental strand, 18934412 - 18934072
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    |||||| |||||| |||| |||| |||||| ||| | | ||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||  ||||    
T  18934412 gtacaatagagggcaaagtccaagagaaaagaaact-acgaaattaaccggacattcctaggcatgcaagccccggaaatatcatcaaacatgag-cttt 18934315  T
Q  575 tgac-ctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgcc 673  Q
     ||  ||||  |||||||| |||||  | ||  ||||| |||||||    |||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  18934314 cgaagctcaataggaggagtctccaaaataatcaaattcaaatgattcacagaaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgcc 18934215  T
Q  674 aagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaat 773  Q
    |||||||| ||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| |||||| | |||||||| ||| | ||||||||| |||||||| |  ||||||||    
T  18934214 aagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgatacgatgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaactcgtcagaaat 18934115  T
Q  774 catgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatga 816  Q
    |||||||||||| || || |  ||||||||||| |||||||||    
T  18934114 catgtcgatcaatatcttcgggtcactttccacaataagatga 18934072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 626 - 816
Target Start/End: Complemental strand, 18883590 - 18883400
Alignment:
Q  626 aaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacg 725  Q
    |||||||  |||||||||||||||| |||   ||||||||||| |||||||||||| ||| ||| ||||  |||  |||  |||| ||||||| |||||     
T  18883590 aaatgctaaaattagcaagccaatcggcatatctatttccttcgcgccaagtatggttgatttgcacatgtcaatccattctcagtagcttcctgataca 18883491  T
Q  726 gtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatga 816  Q
     | |||||||| ||| ||||||||||| ||||| || || || ||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  18883490 atgaactaaaatagggatattcccattaaacttaaacttgtccgaaatcatgtcgatcaatatctttgagtcattttccactataagatga 18883400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 499 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 13236796 - 13236721
Alignment:
Q  499 agaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||    
T  13236796 agaaaataaaattaagaagttaatcgaacattcctaagcatgcaagcctcggataaaacatcaaaaatgattcttt 13236721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 700 - 819
Target Start/End: Complemental strand, 32216927 - 32216808
Alignment:
Q  700 ctcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcac 799  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||| || ||||||| ||| |||||| ||||||| | ||||||  ||| |||||||| ||||||||| ||||| |  |    
T  32216927 ctcatcttcagaagcttctagatacgctagactaaaatagggatattctcattgaaatggaaattgccaggaatcatgttgatcaaaatctttgagttgc 32216828  T
Q  800 tttccactataagatgagaa 819  Q
    | |||||||| |||||||||    
T  32216827 tctccactattagatgagaa 32216808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 761 - 817
Target Start/End: Complemental strand, 14024914 - 14024858
Alignment:
Q  761 aattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttccactataagatgag 817  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  14024914 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgag 14024858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 625 - 683
Target Start/End: Original strand, 239963 - 240021
Alignment:
Q  625 gaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggt 683  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||    
T  239963 gaaatgctgaaattagcaagccaatctgcacttctgttgccttcccgccaagtatgggt 240021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 625 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 14025050 - 14024992
Alignment:
Q  625 gaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggt 683  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||    
T  14025050 gaaatgctgaaattagcaagccaatctgcacttctgttgccttcccgccaagtatgggt 14024992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 625 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 32386603 - 32386545
Alignment:
Q  625 gaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatgggt 683  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||||||  | || ||||||||||||||||||||    
T  32386603 gaaatgctgaaattagcaagtcaatcagcacttatgttgccttcacgccaagtatgggt 32386545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 707 - 816
Target Start/End: Original strand, 1223033 - 1223142
Alignment:
Q  707 tcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatttttgaatcactttccac 806  Q
    |||||||||||| |||||| | |||||||| ||| | ||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||| || || || |||||||||||    
T  1223033 tcagcagcttcctgatacgatgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaactcgtcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccac 1223132  T
Q  807 tataagatga 816  Q
     |||||||||    
T  1223133 aataagatga 1223142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 475 - 675
Target Start/End: Original strand, 1222820 - 1223019
Alignment:
Q  475 gtacaagagagggtaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattcttt 574  Q
    |||||| |||||| ||||||||| |||||| ||| | | ||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||  ||||    
T  1222820 gtacaatagagggcaaagcccaagagaaaagaaact-acgaaattaaccggacattcctaggcatgcaagccccggaaatatcatcaaacatgag-cttt 1222917  T
Q  575 tgac-ctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttgaattagcaagccaatcagcactcctatttccttcacgcc 673  Q
     ||  ||||  |||||||| |||||  | ||  ||||| |||||||    |||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  1222918 cgaagctcaataggaggagtctccaaaataatcaaattcaaatgattcacagaaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgcc 1223017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University