View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF16967_low_2 (Length: 789)
Name: NF16967_low_2
Description: NF16967
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16967_low_2 |
 | |
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| [»] chr8 (6 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 743; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 743; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 789
Target Start/End: Original strand, 4122864 - 4123639
Alignment:
| Q |
18 |
cctatcaccccagcaattacaatgattaaaaaactcttctcgtgtcctttttcctttttaacagcaactgtagcaactgtataagatacaa----ttaga |
113 |
Q |
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| T |
4122864 |
cctatcaccccagcaattacaatgattaaaaaactcttgttgtgtcctttttcctttttaacagcaactgtagcaactgtataagatacaaattattaga |
4122963 |
T |
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| Q |
114 |
ataaataaaagcttaaacaaattaatacattatagattttcgtaattgaaacaaaaagaatgtttgtcaatgaggtgtcaacttgatggtaaaagtctaa |
213 |
Q |
| |
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|
| T |
4122964 |
ataaataaaagcttaaacaaattaatacattatagattttcgtaattgaaacaaaaagaatgtttgtcaatgaggtgtcaacttgatggtaaaagtctaa |
4123063 |
T |
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| Q |
214 |
tgcgtaacttaaagtgacggtgttcaaatgtatgaaacaattgtaaaatagttactagtctcgctgtttgtaataaaaataaacaaaaggctctttaaaa |
313 |
Q |
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| T |
4123064 |
tgcgcaacttaaagtgacggtgttcaaatgtatgaaacaattgtaaaatagttactagtctcgctgtttgtaataaaaataaacaaaaggctctttaaaa |
4123163 |
T |
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| Q |
314 |
gaaagagagaaaagctgataccaagttctgcgcccggcactcgaatgaagagatcaactccaccataaggaaatttctgcaaatcaattaactctccagt |
413 |
Q |
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| T |
4123164 |
gaaagagagaaaagctgataccaagttctgcgcccggcactcgaatgaagagatcaactccaccataaggaaatttctgcaaatcaattaactctccagt |
4123263 |
T |
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| Q |
414 |
ccaatacatacaaaatatagaaggatcatatgcatatgccaaacaagaacaatttgccaaacaatcttctccacacttatctatatcaacatttaatctc |
513 |
Q |
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| T |
4123264 |
ccaatacatacaaaatatagaaggatcatatgcatatgccaaacaagaacaatttgccaaacaatcttctccacacttatctatatcaacatttaatctc |
4123363 |
T |
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| Q |
514 |
tcagcaaaatcaggaactttcatattatgatacaccttaaatccatcttgcttaactacagttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaatc |
613 |
Q |
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| T |
4123364 |
tcagcaaaatcaggaactttcatattatgatacaccttaaatccatcttgcttaactacagttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaatc |
4123463 |
T |
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| Q |
614 |
cctctttcctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccattccacagaattctttgcctcaaacccatcaaaacaactacaaattggcacaacaga |
713 |
Q |
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| T |
4123464 |
cctctttcctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccattccacagaattctttgcctcaaacccatcaaaacaactacaaattggcacaacaga |
4123563 |
T |
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| Q |
714 |
attatcacagttaccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaaaactaagaagt |
789 |
Q |
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| T |
4123564 |
attatcacagttaccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaaatctaagaagt |
4123639 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 778
Target Start/End: Original strand, 4152234 - 4152978
Alignment:
| Q |
18 |
cctatcaccccagcaattacaatgattaaaaaactcttctcgtgtcctttttcctttttaacagcaactgtagcaactgtataagatacaattagaataa |
117 |
Q |
| |
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| T |
4152234 |
cctatcaccccagcaattacaatgattaaaaaactcttgttgtgtcctttttcctttttaacagcaactgta--aattatacaaatta---ttagaatta |
4152328 |
T |
|
| Q |
118 |
ataaaagcttaaacaaattaatacattatagattttcgtaattgaaacaaaaagaatgtttgtcaatgaggtgtcaacttgatggtaaaagtctaatgcg |
217 |
Q |
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| T |
4152329 |
ataaaagcttaaacaaattaatgcatt------tttagtagttgaaacaaaaagaatgtttgtccatgaggtgtcaactcagtgataaaactttaatgtg |
4152422 |
T |
|
| Q |
218 |
taacttaaagtgacggtgttcaaatgtatgaaacaattgtaaaatagttactagtctcgctgtttgtaataaaaataaacaaaaggctctttaaaagaaa |
317 |
Q |
| |
|
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|
| T |
4152423 |
tagcttaaagtgacagtgctttaatgtatgaaacagttgtaaaatagttatttttgtcacatttattaataaagtaaaacaaa--gctctttaaaagaaa |
4152520 |
T |
|
| Q |
318 |
gagagaaaagctgataccaagttctgcgcccggcactcgaatgaagagatcaactccaccataaggaaatttctgcaaatcaattaactctccagtccaa |
417 |
Q |
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|
| T |
4152521 |
gatagaaaag---atacctagttctgc---cggcacacgaacgaagagatcaactccgccattaggaaatttctgcaaatcaattaactctccagtccaa |
4152614 |
T |
|
| Q |
418 |
tacatacaaaatatagaaggatcatatgcatatgccaaacaagaacaatttgccaaacaatcttctccacacttatctatatcaacatt---taatctct |
514 |
Q |
| |
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|
| T |
4152615 |
tacatacaaaatatagaaggatcatatgcatatgccaaacaagaacaatttgccaaacaatctgctccacacttatcttgatcagcattatttgttctca |
4152714 |
T |
|
| Q |
515 |
cagcaaaatcaggaactttcatattatgatacaccttaaatccatcttgcttaactacagttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaatcc |
614 |
Q |
| |
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| T |
4152715 |
cattaaaatcaggaggtttcatattatgatacaccttaaatccatcttgtttaactatacttgatccattcttcaccatctcacactttaagttcattcc |
4152814 |
T |
|
| Q |
615 |
ctctttcctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccattccacagaattctttgcctcaaacccatcaaaacaactacaaattggcacaacagaa |
714 |
Q |
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|
| T |
4152815 |
ttctttcctcacacaaccattagtccaattgcctaaactccattccacagaattctttggctcaaacccatcaaaacaactacaaattggcacagtagaa |
4152914 |
T |
|
| Q |
715 |
ttatcacagttaccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaa |
778 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4152915 |
ttatcacagttaccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaa |
4152978 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 332 - 778
Target Start/End: Original strand, 4144532 - 4144975
Alignment:
| Q |
332 |
taccaagttctgcgcccggcactcgaatgaagagatcaactccaccataaggaaatttctgcaaatcaattaactctccagtccaatacatacaaaatat |
431 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
4144532 |
taccaagttctgc---cggcacacgaatgaagagatcaactccgccggtaggaaatttctgcaaatcaattaactcgctactccaatacatacaacctat |
4144628 |
T |
|
| Q |
432 |
agaaggatcatatgcatatgccaaacaagaacaatttgccaaacaatcttctccacacttatctatatcaacatttaatctctcagcaaaatcaggaact |
531 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| || | || | |||||||| |||||||||| | |
|
|
| T |
4144629 |
agaaggatcatatgcatatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttccacatttatcttgattaccagctgatctctcattaaaatcaggaggt |
4144728 |
T |
|
| Q |
532 |
ttcatattatgatacaccttaaatccatcttgcttaactacagttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaatccctctttcctcacacaac |
631 |
Q |
| |
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||||||||||||| |||| |||| ||||||| || |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| |
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|
| T |
4144729 |
ttcatattatgatgcaccaaaaatgcatcttgtttcactagatttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaatccttctgttctcacacaac |
4144828 |
T |
|
| Q |
632 |
cattagtccaatttcctaaactccattccacagaattctttgcctcaaacccatcaaaacaactacaaattggcacaacagaattatcacagttaccaaa |
731 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4144829 |
cattagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaacaactacaaattggtacactagaattatcacaatttccaaa |
4144928 |
T |
|
| Q |
732 |
tggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaa |
778 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4144929 |
tggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaa |
4144975 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 355 - 768
Target Start/End: Original strand, 4162905 - 4163321
Alignment:
| Q |
355 |
cgaatgaagagatcaactccaccataaggaaatttctgcaaatcaattaactctccagtccaatacatacaaaatatagaaggatcatatgcatatgcca |
454 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
4162905 |
cgaatgaagagatcaactccgctagtaggaaatttctgcaaatcaattaactcactactccaatacatacaacgtataaaaggatcatatgcataagcca |
4163004 |
T |
|
| Q |
455 |
aacaagaacaatttgccaaacaatcttctccacacttatctatatcaacatttaatctctcagcaaaatcaggaactttcatattatgatacaccttaaa |
554 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4163005 |
aacaagaacaatttgccaaacaatctgttctacacttatctcgactaacatctgatctctcagcaaaatcaggaggtttcgtattgggatgcaccaaaaa |
4163104 |
T |
|
| Q |
555 |
tccatcttgcttaactacagttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaatccctctttcctcacacaaccattagtccaatttcctaaactc |
654 |
Q |
| |
|
| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| |
|
|
| T |
4163105 |
tttatcttgtttaactacgcttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcattccttctttcctcacacaaccattagtccaattccttgaactc |
4163204 |
T |
|
| Q |
655 |
cattccacagaattctttgcctcaaacccatcaaaacaactacaaa---ttggcacaacagaattatcacagttaccaaatggcccacattttccataaa |
751 |
Q |
| |
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|| ||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
4163205 |
cactccaccaaattctttggctcaaaccctttaaaacaactacaaatatttggtacactagaaatatcacaatttccaaatggcccacattttccataaa |
4163304 |
T |
|
| Q |
752 |
aatcacactcattttga |
768 |
Q |
| |
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|||||||||| |||||| |
|
|
| T |
4163305 |
aatcacactcgttttga |
4163321 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 9e-97
Query Start/End: Original strand, 330 - 778
Target Start/End: Original strand, 4133725 - 4134173
Alignment:
| Q |
330 |
gataccaagttctgcgcccggcactcgaatgaagagatcaactccaccataaggaaatttctgcaaatcaattaactctccagtccaatacatacaaaat |
429 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||| || || ||||||||||||||||| |||| |||||| || |||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||| | |
|
|
| T |
4133725 |
gataccaagttctgc---cgggacacggatgaagagatcaactcctccatgaggaaagttttgcaaaccaattaagtctccactccaatacacgcaacct |
4133821 |
T |
|
| Q |
430 |
atagaaggatcatatgcatatgccaaacaagaacaatttgccaaacaatcttctccacacttatctatatcaacatttaatctctcagcaaaatcaggaa |
529 |
Q |
| |
|
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||||| || | || | |||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
4133822 |
atataacgatcatatgcatatgccaaacaagaacaatttaccaaacaatctgttctacatttatcttgattaccagctgatctctcattaaaatcaggaa |
4133921 |
T |
|
| Q |
530 |
ctttcatattatgatacaccttaaatccatcttgcttaactacagttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaatccctctttcctcacaca |
629 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||| |||| ||| |||||||| |||| | || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| |
|
|
| T |
4133922 |
ctttcatattccgattcaccaaaaaaccatcttgtttaaattcatttgatccggtcttcaacatctcacacttcaagttcattcctgctgtcctcacaca |
4134021 |
T |
|
| Q |
630 |
accattagtccaatttcctaaactccattccacagaattctttgcctcaaacccatcaaaacaactacaaa---ttggcacaacagaattatcacagtta |
726 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| | | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| || |
|
|
| T |
4134022 |
accattagtccaattccttgaactccattccaccaaattctttggctcaaaccctttaaaacaactacaaatatttggtacactagaattatcacaattt |
4134121 |
T |
|
| Q |
727 |
ccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaa |
778 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
4134122 |
ccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatccacctcaa |
4134173 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 25 - 79
Target Start/End: Original strand, 4133395 - 4133449
Alignment:
| Q |
25 |
ccccagcaattacaatgattaaaaaactcttctcgtgtcctttttcctttttaac |
79 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||| |
|
|
| T |
4133395 |
ccccagcaattgaaatgattaaaaaacccttcttgtgccccttttcctttttaac |
4133449 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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