View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16974_low_7 (Length: 595)

Name: NF16974_low_7
Description: NF16974
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16974_low_7
NF16974_low_7
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (175-547)||(2743228-2743603)
chr5 (224-547)||(13274356-13274678)
chr5 (175-547)||(21101612-21101983)
chr5 (254-544)||(26653768-26654060)
chr5 (254-544)||(26925353-26925645)
chr5 (401-471)||(11800098-11800168)
chr5 (367-471)||(20944066-20944170)
chr5 (175-216)||(13274704-13274745)
chr5 (426-471)||(24208961-24209006)
chr5 (435-471)||(127316-127352)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (224-547)||(34437400-34437725)
chr3 (232-471)||(6778099-6778339)
chr3 (178-543)||(19199373-19199741)
chr3 (402-468)||(22009421-22009487)
chr3 (402-468)||(22185596-22185662)
chr3 (400-469)||(4176307-4176376)
chr3 (400-469)||(4180178-4180247)
chr3 (350-471)||(7313703-7313824)
chr3 (385-463)||(16252833-16252911)
chr3 (435-476)||(22098852-22098893)
chr3 (175-216)||(34437332-34437373)
chr3 (175-213)||(6778362-6778400)
chr3 (401-459)||(11423434-11423492)
chr3 (426-471)||(1696634-1696679)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (175-547)||(40553089-40553463)
chr1 (175-510)||(49000137-49000473)
chr1 (225-547)||(44490030-44490355)
chr1 (174-470)||(33296830-33297127)
chr1 (230-544)||(45152953-45153268)
chr1 (315-543)||(3375613-3375843)
chr1 (400-544)||(43782501-43782646)
chr1 (350-470)||(51394389-51394509)
chr1 (175-213)||(44490386-44490424)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (224-547)||(32305316-32305641)
chr4 (175-547)||(42704712-42705083)
chr4 (224-547)||(39465619-39465937)
chr4 (175-465)||(48577058-48577349)
chr4 (185-544)||(3681095-3681454)
chr4 (462-547)||(25147608-25147695)
chr4 (383-459)||(38653311-38653387)
chr4 (175-213)||(39465967-39466005)
chr4 (246-285)||(38653481-38653520)
chr4 (175-216)||(32305247-32305288)
chr4 (544-584)||(39465556-39465596)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (175-547)||(37227308-37227674)
chr8 (175-439)||(14097015-14097279)
chr8 (350-463)||(15909475-15909588)
chr8 (514-547)||(14096964-14096997)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (230-547)||(28035921-28036248)
chr2 (178-539)||(27333945-27334304)
chr2 (304-544)||(31116594-31116836)
chr2 (378-471)||(11805471-11805564)
chr2 (390-476)||(15421973-15422059)
chr2 (175-216)||(28036282-28036323)
chr2 (228-270)||(31116544-31116586)
chr2 (425-471)||(35679478-35679524)
chr2 (430-471)||(37938140-37938181)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (175-547)||(16552-16926)
[»] scaffold0007 (2 HSPs)
scaffold0007 (224-547)||(256887-257212)
scaffold0007 (183-216)||(256827-256860)
[»] scaffold0010 (2 HSPs)
scaffold0010 (270-547)||(31910-32189)
scaffold0010 (175-267)||(28893-28989)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (329-547)||(35018168-35018384)
chr6 (449-587)||(6285609-6285747)
chr6 (180-312)||(27982872-27983002)
chr6 (175-216)||(4362295-4362336)
chr6 (350-397)||(7984846-7984893)
chr6 (175-216)||(35018403-35018445)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (246-543)||(12627696-12627994)
chr7 (178-538)||(1326426-1326785)
chr7 (224-376)||(38457854-38457996)
chr7 (350-462)||(15820298-15820410)
chr7 (453-547)||(38457757-38457856)
chr7 (350-471)||(13693419-13693541)
chr7 (378-471)||(2848031-2848124)
chr7 (426-476)||(13610675-13610725)
chr7 (350-471)||(24576681-24576803)
chr7 (426-471)||(12349228-12349273)
chr7 (175-216)||(38458023-38458064)
chr7 (246-285)||(15820197-15820236)
[»] scaffold0018 (1 HSPs)
scaffold0018 (224-495)||(179959-180222)
[»] scaffold0408 (2 HSPs)
scaffold0408 (175-439)||(7357-7622)
scaffold0408 (514-547)||(7306-7339)
[»] scaffold0190 (1 HSPs)
scaffold0190 (420-543)||(14113-14239)
[»] scaffold0110 (1 HSPs)
scaffold0110 (366-471)||(25406-25511)
[»] scaffold0088 (1 HSPs)
scaffold0088 (426-471)||(43143-43188)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 175 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 2743603 - 2743228
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaacnnnnnnn-ctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcg 273  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2743603 aagtgttataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaacaaaaaaaactacacaagtcatactggtccatcccgtggattcctactcctcctccgcg 2743504  T
Q  274 aagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgc 373  Q
      ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2743503 gtgccggcacctgctccagcatgctccactcagactgtatgccctgcatcaagcgcataacctcctctgaattatgaaacacaacaggatgtcccattgc 2743404  T
Q  374 accgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggata 473  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |    
T  2743403 accgtccactcttgctctgatgttgctgatgatctggtatgggtctagaggatgtctggcccactgctgctcaacaatatcctcctcataaggagggaca 2743304  T
Q  474 ggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg-agta-gggggttcacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2743303 ggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatggtcgtaggggggttcacaataggatgtgatactctaatga 2743228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 224 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 13274678 - 13274356
Alignment:
Q  224 ctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcgaagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatc 323  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||   ||||||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||    
T  13274678 ctacataagtcatattggtccataccgtggactcctactcctcctccgtagagcc---acctgctccagcatgctccactcagactgtatgccctgcatc 13274582  T
Q  324 aaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggag 423  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  13274581 aagcgcataacctcctctggattatgaaacacagcaggatgtcccattgcactgtccactttggctctgatgttgttgatgatctgttatgggtcttgag 13274482  T
Q  424 aatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaat-ggagta-gggggtt 521  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |  | | |||||||    
T  13274481 gatgtctggcccactgctgctcaacaataacctcctcataaggaggaacaggacaaggaggggcagcaactgcatagtcaggaatagccgcaggggggtt 13274382  T
Q  522 cacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  13274381 cacaataggatgtgatactctaatga 13274356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 175 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 21101983 - 21101612
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaacnnnnnnn-ctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcg 273  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||        |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||   |||    
T  21101983 aagtgtaataggattacaatcaaatccaacaaaatgtcaaacaaaaatatctacacaagtcatattggtccatcccgtagactcctactcctcc---gcg 21101887  T
Q  274 aagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgc 373  Q
     |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||   |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||    
T  21101886 gagccggcacctgctccagcatgctccactcagactatatgccatgcatcaagcggataacctcctctggattatgaaacacaacag--tgttccattgc 21101789  T
Q  374 accgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggata 473  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| || | || ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  21101788 accgtccactctggccttgatgttgttgatgatttggtatggttcggaaggatgtctggcccactactgctcaacaagaacctcctcgtaaggagggaca 21101689  T
Q  474 ggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg-agta--gggggttcacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
    ||||||||||||||| || |||  |||||||||||||  | |  ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21101688 ggacgaggaggggcaacaactgtgtagtcaggaatggccgcaaggggggttcacaataggatgcgatactctaatga 21101612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 254 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 26654060 - 26653768
Alignment:
Q  254 actcctactcctcctccgcgaagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaac 353  Q
    ||||||||||||||||||||  | || || ||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||||| || | ||||||||||| ||||||||||    
T  26654060 actcctactcctcctccgcggtgtcgacatctgctccagcatgctccactcagactgtatgccctgcatcaagcgaagaacctcctctgaattatgaaac 26653961  T
Q  354 acatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataa 453  Q
    |||||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||| |  | ||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||| |||||||||| ||    
T  26653960 acatcaggatgctccattgcaccgttcactctggatctgatgatactcatgatctggtatgagtcgggaggatgtatggctcactgttgctcaacaagaa 26653861  T
Q  454 cctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg--agtagggggttcacaataggatgtgatactctaa 544  Q
    |||| ||||| ||||||| | |||||||| ||||| || |||  |||||||||||||  |   ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26653860 cctcttcgtagggagggacacgacgaggatgggcatcaactgtgtagtcaggaatggctacaggggggttcacaataggatgtgatactctaa 26653768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 254 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 26925645 - 26925353
Alignment:
Q  254 actcctactcctcctccgcgaagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaac 353  Q
    ||||||||||||||||||||  | || || ||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||||| || | ||||||||||| ||||||||||    
T  26925645 actcctactcctcctccgcggtgtcgacatctgctccagcatgctccactcagactgtatgccctgcatcaagcgaagaacctcctctgaattatgaaac 26925546  T
Q  354 acatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataa 453  Q
    |||||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||| |  | ||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||| |||||||||| ||    
T  26925545 acatcaggatgctccattgcaccgttcactctggatctgatgatactcatgatctggtatgagtcgggaggatgtatggctcactgttgctcaacaagaa 26925446  T
Q  454 cctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg--agtagggggttcacaataggatgtgatactctaa 544  Q
    |||| ||||| ||||||| | |||||||| ||||| || |||  |||||||||||||  |   ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26925445 cctcttcgtagggagggacacgacgaggatgggcatcaactgtgtagtcaggaatggctacaggggggttcacaataggatgtgatactctaa 26925353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 401 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 11800168 - 11800098
Alignment:
Q  401 gatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggaggga 471  Q
    |||||||||| ||||||| ||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  11800168 gatgatctggaatgggtcaggagcctgtctggcccactgctgctcatcaataacctcctcgtagggaggga 11800098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 367 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 20944170 - 20944066
Alignment:
Q  367 ccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaagg 466  Q
    |||||||||  |||||||||||| ||||||| | |||||||||   ||| || |||   ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20944170 ccattgcactatccactctggctatgatgttctcgatgatctgaagtggttcgggaacctgtcttgcccactgctgctcaacaataacctccttgtaagg 20944071  T
Q  467 aggga 471  Q
    |||||    
T  20944070 aggga 20944066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 175 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 13274745 - 13274704
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13274745 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtaaaac 13274704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 426 - 471
Target Start/End: Original strand, 24208961 - 24209006
Alignment:
Q  426 tgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggaggga 471  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24208961 tgtctggcccactgcttctcaacaataacctcctcgtaaggaggga 24209006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 435 - 471
Target Start/End: Original strand, 127316 - 127352
Alignment:
Q  435 cactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggaggga 471  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  127316 cactgctgctcaacaataacatcctcgtagggaggga 127352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 224 - 547
Target Start/End: Original strand, 34437400 - 34437725
Alignment:
Q  224 ctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcgaagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatc 323  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||    
T  34437400 ctacacaagtcatactgatccatcccgtggactcctaatcctcctccgcggagccggcacctgctccagcatgctccactcagactgtatgctctgcatc 34437499  T
Q  324 aaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggag 423  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34437500 aagcgcataacctcctctggattatgaaacacagcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgctgatgatctggtatgggtctggag 34437599  T
Q  424 aatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaat-ggagtaggg-ggtt 521  Q
     |||||| || |||||||||| |||||||||||| || |||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || | |||| ||||    
T  34437600 gatgtctagcccactgctgcttaacaataacctcatcataaggagggacaggatgaggagggccagcagctgcatagtcaggaatgggcgcagggaggtt 34437699  T
Q  522 cacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  34437700 cacaataggatgtgatactctaatga 34437725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 232 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 6778339 - 6778099
Alignment:
Q  232 gtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcgaagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatc-tgcatcaaacgca 330  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||||  | |||||||| ||||    
T  6778339 gtcatactggtccatcctgtggactcctactcctcctccgcagagccggcatctgctccatcatgctccactcagactgtatgcccatgcatcaagcgca 6778240  T
Q  331 taacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtct 430  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  |||||||| ||||  |||||    
T  6778239 taacctcctctggattatgaaacacaacaggatgtcccattgcaccgtccactctggccttgatgttgttgatgatctattatgggtcaggagggtgtct 6778140  T
Q  431 ggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggaggga 471  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6778139 ggcctactgctgctcaacaataacctcctcgtaaagaggga 6778099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 178 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 19199741 - 19199373
Alignment:
Q  178 tgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaacnnnnnnnctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctcc---gcga 274  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||        ||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||   |||     
T  19199741 tgtaataggattacatccaaatccgacaaaatgt--aataaaaaaactacaaaagtcataatgctccatcccgtggactactactcctcctcctccgcgg 19199644  T
Q  275 agccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgca 374  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| || || |||| ||||  |||||||||  | | ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  19199643 agccggcatctgctcctgcatgctccactcggactatatgccctgcatcaagagaagaacctcctctggattactaaacacatcaggatgtcccattgca 19199544  T
Q  375 ccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggatag 474  Q
    |  |||||||||||||| |||||  ||| ||||| ||||||||| |||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |     
T  19199543 ctttccactctggctctcatgttaatgaagatcttgtatgggtcgggaggatgtctgacccactgctgctcaacaagaacctcctcgtagggagggacat 19199444  T
Q  475 gacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgga-gta-gggggttcacaataggatgtgatactcta 543  Q
    ||||| || ||||| || |||  |||||||||||||| | | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19199443 gacgatgatgggcatcaactgtgtagtcaggaatggacgcaggggggttcataataggatgtgatactcta 19199373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 402 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 22009487 - 22009421
Alignment:
Q  402 atgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggag 468  Q
    ||||||||| |||||||  | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22009487 atgatctggaatgggtcgagtggatgtctggcccactgctgctcaacaataacctcctcgtagggag 22009421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 402 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 22185662 - 22185596
Alignment:
Q  402 atgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggag 468  Q
    ||||||||| |||||||  | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22185662 atgatctggaatgggtcgagtggatgtctggcccactgctgctcaacaataacctcctcgtagggag 22185596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 400 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 4176376 - 4176307
Alignment:
Q  400 tgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagg 469  Q
    |||| ||||||||||| || |||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| || |||||    
T  4176376 tgatcatctggtatggatcgggaggatgtctggcccaccgctgctcaacaataacctcctcatagggagg 4176307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 400 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 4180247 - 4180178
Alignment:
Q  400 tgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagg 469  Q
    |||| |||||||||||||| |||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| || |||||    
T  4180247 tgatcatctggtatgggtcgggaggatgtccggcccaccgctgctcaacaataacctcctcatagggagg 4180178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 350 - 471
Target Start/End: Original strand, 7313703 - 7313824
Alignment:
Q  350 aaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaaca 449  Q
    |||||||||||||||  ||||||||   |||||| ||   |||||||| |  |||||||||  |||||| |||   ||| |||| ||||| |||||||||    
T  7313703 aaacacatcaggatgctccattgcattatccactatgcgcctgatgttctcaatgatctggagtgggtcgggaacttgtatggcccactgttgctcaaca 7313802  T
Q  450 ataacctcctcgtaaggaggga 471  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  7313803 ataacctcctcgtaaggaggga 7313824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 385 - 463
Target Start/End: Original strand, 16252833 - 16252911
Alignment:
Q  385 tggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgta 463  Q
    |||||||||| || | ||||| || | |||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  16252833 tggctctgatattttggatgaccttgaatgggtatggaggatgtctggcccactgttgctcaacaataatctcctcgta 16252911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 435 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 22098893 - 22098852
Alignment:
Q  435 cactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggatagga 476  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  22098893 cactgctgctcaacaataatctcctcgtaaggagggacagga 22098852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 175 - 216
Target Start/End: Original strand, 34437332 - 34437373
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaac 216  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34437332 aagtgttacaggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaac 34437373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 175 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 6778400 - 6778362
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtca 213  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  6778400 aagtgtaataggtttacaactaaatccaacaaaatgtca 6778362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 401 - 459
Target Start/End: Original strand, 11423434 - 11423492
Alignment:
Q  401 gatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcct 459  Q
    ||||| |||| |||| || |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  11423434 gatgacctggaatggatcgggaggatgtctggcccactcctgctcaacaataacctcct 11423492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 426 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 1696679 - 1696634
Alignment:
Q  426 tgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggaggga 471  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  1696679 tgtctagcccactgctgctcaacaataacctccttgcaaggaggga 1696634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 175 - 547
Target Start/End: Original strand, 40553089 - 40553463
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaacnnnnnnnc-tacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcg 273  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  40553089 aagtgtactaggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaacaaaaaaacctacacaagtcatattggtccatcccgtggactcctactcctcctctacg 40553188  T
Q  274 aagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgc 373  Q
     |||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  40553189 gagccggcacctgcttcagcatgctccactcagattgtatgtcctgcatcaagcgcataacctcctctggattctgaaacacaacaggatgtcccattgc 40553288  T
Q  374 accgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggata 473  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |    
T  40553289 accgtccactctggctctggtgttgctgatgaactggtatggatctggaggatgtctgacccactgctgctcaacaataacctcctcataaggaggcaca 40553388  T
Q  474 ggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg-agtagggggttcacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
     ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40553389 tgacaaggaggggcagcaactgcatagtcaggaatggccgcagggggttcacaataggatgtgatactctaatga 40553463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 175 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 49000473 - 49000137
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaacnnnnnnn-ctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcg 273  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49000473 aagtgttataggattacaagcaaatccaacaaaatgtcaaacaaaaaaaactacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcg 49000374  T
Q  274 aagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgc 373  Q
     ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  49000373 gagccggcaccttctccagcatgctccactcagactgtatgtcttgcatcaagcgcataacctcctctgaattatgaaacgcagcaggatgtcccattgc 49000274  T
Q  374 accgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggata 473  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| |    
T  49000273 accgtccactctagctctgatgttgctgatgatttggtatgggtctggaggatgtctggcccactgctgctcaacaatagcctcctcatagggagggaca 49000174  T
Q  474 ggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49000173 ggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg 49000137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 225 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 44490355 - 44490030
Alignment:
Q  225 tacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcgaagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatca 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||  ||||||||    
T  44490355 tacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcggagccggcacctgctccaacatgctccactcagactgtatgccctgcatca 44490256  T
Q  325 aacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggaga 424  Q
    | ||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||| ||||||     
T  44490255 agcgcatgacctcctatggattatgaaacacagcaggatgtcacattgcaccgtccactctggctctaatgttgctggtgatctggtatgggcctggagg 44490156  T
Q  425 atgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatg---gagtagggggtt 521  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   |  | |||||||    
T  44490155 atgtctggcccactgctgctcaacaataatctcctcataaggagggacaggatgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatggccgcatggggggtt 44490056  T
Q  522 cacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
    ||||||||| | ||||||| ||||||    
T  44490055 cacaataggttatgatactataatga 44490030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 174 - 470
Target Start/End: Original strand, 33296830 - 33297127
Alignment:
Q  174 taagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaacnnnnnnn-ctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgc 272  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33296830 taagtgttataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaacaaaaaaaactacacaagtcatattggtccatcccgtggactcttactcctcctccgc 33296929  T
Q  273 gaagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattg 372  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||  || |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||||    
T  33296930 ggagccggcacctgctccagcatgctccgctcagactgtatgccctacatcaagctcataacctcctttggattatgaaacacagtaggatgtctcattg 33297029  T
Q  373 caccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggaggg 470  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  33297030 caccgtccactctagctctgatgttgctgatgatctggtatgggtctagaggatgtttggcccactgctgctcaacaataacctcctcacaaggaggg 33297127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 230 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 45153268 - 45152953
Alignment:
Q  230 aagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcgaagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgc 329  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| | |||||| || |||||||||| |  |||||||||  |     
T  45153268 aagtcataatgctccatcccgtggactcctactcctcctccacggagccggcatctgctctaacatgctccactcagactgtaagccctgcatcaagtga 45153169  T
Q  330 ataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtc 429  Q
    | ||||||||||| |||| |||||||| ||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||| |||||    
T  45153168 agaacctcctctgaattacgaaacacaccaggatgcctcattgcacagtccactctggctctgatgttgttgatgatttgatatgggtcaggaggatgtc 45153069  T
Q  430 tggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg-agtagggggttcacaata 528  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||  |||||  |||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  45153068 tgactcattgctgctcaacaataacctcctcgtagggagggacgggacgaggatgggcattagctgtgtagtcaggaatggccgcagggggttcacaata 45152969  T
Q  529 ggatgtgatactctaa 544  Q
    ||||||||||||||||    
T  45152968 ggatgtgatactctaa 45152953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 315 - 543
Target Start/End: Original strand, 3375613 - 3375843
Alignment:
Q  315 atctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatg 414  Q
    ||||||||||  || | |||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  3375613 atctgcatcatgcgaagaacctcatctggattaccaaacacatcaggatgccccattgcactgtccactttggctctaatgttgttgattatctagtatg 3375712  T
Q  415 ggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg-agt 513  Q
    ||||| ||  ||||||||| || |||||||||||||||||| | | ||| ||| ||| | |||||||||||| |  || ||  |||||||||||||  |     
T  3375713 ggtctcgattatgtctggcccattgctgctcaacaataaccacatagtagggaaggacaagacgaggaggggaaatagttgggtagtcaggaatggccgc 3375812  T
Q  514 a-gggggttcacaataggatgtgatactcta 543  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3375813 aggggggttcacaataggatgtgctactcta 3375843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 400 - 544
Target Start/End: Original strand, 43782501 - 43782646
Alignment:
Q  400 tgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcata 499  Q
    |||||||||||||| |||  |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| | || ||||| | ||| ||| ||  ||    
T  43782501 tgatgatctggtataggttgggaggatgtctggtccactgctgctcaacaataacctcctcgtagggaaggacatgatgaggatgagcatcagttgtgta 43782600  T
Q  500 gtcaggaatgg-agtagggggttcacaataggatgtgatactctaa 544  Q
    ||| |||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43782601 gtctggaatggtcgcagggggttcacaataagatgtgatactctaa 43782646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 350 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 51394509 - 51394389
Alignment:
Q  350 aaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaaca 449  Q
    ||||| ||||||||  || |||||||  ||||||||||||||||||||    || ||||||  |||||| |||  |||||||   |||||||||| ||||    
T  51394509 aaacatatcaggataccctattgcactatccactctggctctgatgttcgcaataatctggagtgggtcgggaacatgtctgatccactgctgctgaaca 51394410  T
Q  450 ataacctcctcgtaaggaggg 470  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  51394409 ataacctcctcgtaaggaggg 51394389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 44490424 - 44490386
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtca 213  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44490424 aagtgttataggattacaaccaaatccaacaaaatgtca 44490386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 224 - 547
Target Start/End: Original strand, 32305316 - 32305641
Alignment:
Q  224 ctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcgaagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatc 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| || ||| | ||||||  |||||||    
T  32305316 ctacacaagtcatactggtccatcctgtggactcctactcctcctccgcggagccggcacctgctacagcatgctccactcaaagtgtatgccctgcatc 32305415  T
Q  324 aaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggag 423  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  32305416 aagcgcataacctcctctggattatgaaacacagcaggatgtcccattgcaccgtccattctgactctgatgttgctgatgatatggtatgggtctggag 32305515  T
Q  424 aatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg--agtagggggtt 521  Q
     ||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |   |||||||    
T  32305516 gatgtctggcccacaactgctcaacaataacctcctcgtaaggagggacatgacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatggccacatgggggtt 32305615  T
Q  522 cacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  32305616 cacaataggatgtgatactctaatga 32305641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 175 - 547
Target Start/End: Original strand, 42704712 - 42705083
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtca-aacnnnnnnnctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcg 273  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||        |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |     
T  42704712 aagtgtaataggtttacaaccaaatccaacaaaatgtcataaaaaaaaagctacacaagtcatactggtccatcccgtagacttctactcctcctccaca 42704811  T
Q  274 aagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgc 373  Q
     |||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42704812 gagccggcatctgctccatcatgctccactcagactgtatgccctgcatcaagcgcataacctcctctggattatgaaacacagcaggatgtcccattgc 42704911  T
Q  374 accgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggata 473  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  42704912 accgtccactctggccctgatgttgctgatgatctggtatgggtcgggaggatgtctggcccactgctgctcaacaagaacctcctcgtaaggagggaca 42705011  T
Q  474 ggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg-agta-gggggttcacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
     ||||||||||  || | |||||    ||||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42705012 cgacgaggaggaacaactgctgc----tcaggaatggccgcaggggggttcacaataggatgtgatactctaatga 42705083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 224 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 39465937 - 39465619
Alignment:
Q  224 ctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcgaagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatc 323  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||      |||||||| || ||||||||||||  |||||||    
T  39465937 ctacacaagtcatactg-tccatcccgtggactcctactcctcctccgcagagcctgcacc------agcatgctccactcagactgtatgccctgcatc 39465845  T
Q  324 aaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggag 423  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39465844 aagcgcataatctcctctggattatgaaacacagcaggatgtcccattgcaccatccactctggctctgatattgttgatgatctggtatgggtctggag 39465745  T
Q  424 aatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg-agta-gggggtt 521  Q
     ||||||| | ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | |||||||    
T  39465744 gatgtctgacccactgctacttaacaataacctcctcataaggagggacaggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatggccgcaggggggtt 39465645  T
Q  522 cacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  39465644 cacaataggatgtgatactctaatga 39465619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 175 - 465
Target Start/End: Original strand, 48577058 - 48577349
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaacnnnnnnn-ctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcg 273  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  48577058 aagtgttataggattacaaccaaatccaacaaaatgtgaaacaaaaaaagctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgca 48577157  T
Q  274 aagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgc 373  Q
     |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  48577158 gagccagcacctgctccagcatgctccactcagactgtatgccctgcatcaagcgcataacctcctctggattatgaaacatagcaggatgtcccattgc 48577257  T
Q  374 accgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaag 465  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48577258 aacgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgagtctggaggatgtctggcctactgctgctcaacaataacctcctcgtaag 48577349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 185 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 3681454 - 3681095
Alignment:
Q  185 ggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaacnnnnnnn-ctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcgaagccggcac 283  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  3681454 ggattacaaccaaatccaacaaaatgtccaacaaaaaaaactacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctccttcgcggagccggcac 3681355  T
Q  284 ctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccact 383  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||  |||||| |  || | |||||    |||||||  ||||||||||||||| ||||||| || || ||||    
T  3681354 ctgctccagcatgctccactcagactgtatgccctgcataatgcgaagaacctt---tggattaccaaacacatcaggatgccccattgtactgttcact 3681258  T
Q  384 ctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggataggacgaggag 483  Q
     ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||    
T  3681257 atggctctgacgttgttgatgatctgatatgggtctggaggatgtctagctcactgctgctcaataataaccttctcgtaaggtgggacaggacgaggag 3681158  T
Q  484 gggcagcagctgcatagtcaggaatgg-agta-gggggttcacaataggatgtgatactctaa 544  Q
     |||| || ||||||||||||||||||  | | ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3681157 aggcaacaactgcatagtcaggaatggtcgcaggggggttcataataggatgtgatactctaa 3681095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 462 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 25147695 - 25147608
Alignment:
Q  462 taaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg-agta-gggggttcacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25147695 taaggagggataggacgaggagggacagcagctgcatagtcaggaatggccgcaggggggttcacaataggatgtgatactctaatga 25147608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 383 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 38653387 - 38653311
Alignment:
Q  383 tctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcct 459  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  38653387 tctggctctgatgttgccgatgatctggaatgggtcgggaggatgtctggcccactcttgctcaacaataacctcct 38653311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 39466005 - 39465967
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtca 213  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39466005 aagtgttataggattacaaccaaatccaacaaaatgtca 39465967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 246 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 38653520 - 38653481
Alignment:
Q  246 tcccgtggactcctactcctcctccgcgaagccggcacct 285  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38653520 tcccatggactcctactcctcctccgcggagccggcacct 38653481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 216
Target Start/End: Original strand, 32305247 - 32305288
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaac 216  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32305247 aagtgttataagattacaaccaaatccaacataatgtcaaac 32305288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 544 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 39465596 - 39465556
Alignment:
Q  544 atgagcccatggctggttatccaaaaccggatgacccctat 584  Q
    ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  39465596 atgagcccacggctggttatccggaaccggatgacccctat 39465556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 175 - 547
Target Start/End: Original strand, 37227308 - 37227674
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaacnnnnnnn-ctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcg 273  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37227308 aagtgttataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaacaaaaaaaactacacaagtcatactggtccatcccgtggactcatactcctcctccgcg 37227407  T
Q  274 aagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgc 373  Q
     |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||   |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||     
T  37227408 gagccggcacctgctccagcatgctccactcagactgtatgccttgcatcaagcgcataacctcctatggattatgaaacacaacgggatgtcccattgg 37227507  T
Q  374 accgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggata 473  Q
    |||||||||||||||||         ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |    
T  37227508 accgtccactctggctc---------tgatgatctggtatgggactggaggatgtctggcccactgctgctcaacaacaacctcctcataaggagggaca 37227598  T
Q  474 ggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg-agta-gggggttcacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37227599 ggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatggccgcaggggggttcacaataggatgtgatactctaatga 37227674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 175 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 14097279 - 14097015
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtca---aacnnnnnnnctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccg 271  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||   ||        |||||||||||||| |||| |||||  |||||||||||| ||||||||    
T  14097279 aagtgtaataggtttacaacgaaatccaacaaaatgtcataaaaaaaaaagactacacaagtcatattggtacatccaatggactcctacttctcctccg 14097180  T
Q  272 cgaagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccatt 371  Q
    || |||||||| |||||||| |||||| || || || || |||   ||||| |  || | |||||    |||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  14097179 cggagccggcatctgctccatcatgctccactcggattgaatgccttgcattatgcgaaaaacctt---tggattaccaaacacatcaggatgccccatt 14097083  T
Q  372 gcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactg 439  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||  |||| |||| |||| |||||    
T  14097082 gcactttccactctggctctgatgttgccgatgatctggtatgtgttgggaggatgtatggcccactg 14097015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 350 - 463
Target Start/End: Original strand, 15909475 - 15909588
Alignment:
Q  350 aaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaaca 449  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||| |||| ||||||| |||||||    
T  15909475 aaacacattaggataccccattgcactctccactctggctctgatgttgttgatgatctggaatgagtcgggaggatgtgtggcccactgctactcaaca 15909574  T
Q  450 ataacctcctcgta 463  Q
    ||||||||||||||    
T  15909575 ataacctcctcgta 15909588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 514 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 14096997 - 14096964
Alignment:
Q  514 agggggttcacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14096997 agggggttcacagtaggatgtgatactctaatga 14096964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 230 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 28036248 - 28035921
Alignment:
Q  230 aagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcgaa--------gccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgca 321  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |        ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||  |||||    
T  28036248 aagtcattctggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcggatccgcggagccggcacctgcttcagcatgctccactcagactgtatgccctgca 28036149  T
Q  322 tcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctgg 421  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28036148 tcaagcgcataaccttctctggattatgaaacacatcatgatgtcccattgcaccgtccactcaggctctgatgttgctgatgatctggtatgggtctgg 28036049  T
Q  422 agaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg-agta-ggggg 519  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | | |||||    
T  28036048 agtatgtctggcccactgctgctcaacaataacctcctcataaggagggaaaggacaaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatggccgcatggggg 28035949  T
Q  520 ttcacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28035948 ttcacaataggatgtgatactctaatga 28035921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 178 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 27334304 - 27333945
Alignment:
Q  178 tgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaacnnnnnnnctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcgaagc 277  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |        ||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  27334304 tgtaataggattacatccacatccaacaaaatgtcata---aaaaactacaaaagtcataatgctccatcc-gtggactcctactcctcctccgcggagc 27334209  T
Q  278 cggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgcaccg 377  Q
    ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||||  || | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |    
T  27334208 cggcatctgctccagcatgctccactcagactgtatgccctgcatcatgcgaagaacctcctctggattacgaaacacatcaggatgtcccattgcattg 27334109  T
Q  378 tccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggataggac 477  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||| ||||||| || ||    
T  27334108 tccactttggctttgatgttgttgatgatcttgtatgggtcgggaggatgtctggcccactgttgcttaataataacctcctcgtagggagggacagaac 27334009  T
Q  478 gaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg-agtag-ggggttcacaataggatgtgatac 539  Q
    ||||| ||||| |||| |  |||| ||||||||  | || ||||||||||||||||||||||||    
T  27334008 gaggatgggcatcagcagtgtagttaggaatggtcgcagaggggttcacaataggatgtgatac 27333945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 304 - 544
Target Start/End: Original strand, 31116594 - 31116836
Alignment:
Q  304 cagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgat 403  Q
    |||| ||||||  ||||||||| || |||||||||| || ||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||| | ||    
T  31116594 cagattgtatgccctgcatcaagcgaataacctcctatgaattatgaaacacagcaggatgcgccattgcatcgtccactctggctcagatgttgctaat 31116693  T
Q  404 gatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcatagtca 503  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| |||| ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||||    
T  31116694 gatctggtatgggtcgggaggatgtttggcccactgtttctcaacaagaacctcctcgtaaggagggacaggacgaggaggcgcatcagctgcgtagtca 31116793  T
Q  504 ggaatgg-agta-gggggttcacaataggatgtgatactctaa 544  Q
    |||||||  | | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31116794 ggaatggccgcaggggggttcacaataggatgtgatactctaa 31116836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 378 - 471
Target Start/End: Original strand, 11805471 - 11805564
Alignment:
Q  378 tccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggaggga 471  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||| | ||||||||||||  ||| || | || || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11805471 tccactctggctctgatgttgccgatgatctagaatgggtctggaggctgtatgacccattgttgctcaacaataacctcctcgtagggaggga 11805564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 390 - 476
Target Start/End: Original strand, 15421973 - 15422059
Alignment:
Q  390 ctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggatagga 476  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||| |||   ||||| |||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  15421973 ctgatgttgtcgatgatctggagtgggtcgggaagctgtctagctcactgctgctttacaataacttccttgtaaggagggatagga 15422059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 175 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 28036323 - 28036282
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaac 216  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28036323 aagtgttataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaac 28036282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 228 - 270
Target Start/End: Original strand, 31116544 - 31116586
Alignment:
Q  228 acaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctcc 270  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  31116544 acaagtcaaactggtccatcccgtagactcctcctcctcctcc 31116586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 425 - 471
Target Start/End: Original strand, 35679478 - 35679524
Alignment:
Q  425 atgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggaggga 471  Q
    ||||||||| || ||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  35679478 atgtctggcccattgctgctaaacaataacctcttcgtaaggaggga 35679524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 430 - 471
Target Start/End: Original strand, 37938140 - 37938181
Alignment:
Q  430 tggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggaggga 471  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37938140 tggcccactactgctcaacaataacctccccgtaaggaggga 37938181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 198; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 175 - 547
Target Start/End: Original strand, 16552 - 16926
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaacnnnnnnnctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcga 274  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| || |||||| |        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  16552 aagtgtaataggtttacaaccaaatccaataagatgtcatagaaaaaagctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactccacctccgcgg 16651  T
Q  275 agccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgca 374  Q
    ||| |||| ||||||   |||||| || ||| ||||||||   |||||||| | |||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  16652 agctggcatctgctctttcatgctccactcaaactgtatgccatgcatcaagcacataacttcctctagattatgaaacacaacaggatgtcctattgca 16751  T
Q  375 ccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggatag 474  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  16752 ccgtccactctggccctgatgttgctgatgatctggtatgggtcgggaggatgtctggcccactgctgctcaacaagaacctcctcgtaaggagggacag 16851  T
Q  475 gacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg-agta-gggggttcacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16852 gatgaggaggagcagcagctgcatagtcaggaatggccgcaggggggttcacaataggatgtgatactctaatga 16926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 2)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 224 - 547
Target Start/End: Original strand, 256887 - 257212
Alignment:
Q  224 ctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcgaagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatc 323  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||| || ||||||  ||||  |||||||    
T  256887 ctacacaagtcatattggtccatcccgtggactcctactcctcctgcacggagccagcacctgctccagcatgctccactcagaccatatgccctgcatc 256986  T
Q  324 aaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggag 423  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  256987 aagcgcataacctcctctggattctgaaacacagaatgatatcccattgcaccgtccactctagttctgatgttgctgatgatcaggtatgggtctggag 257086  T
Q  424 aatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg-agta-gggggtt 521  Q
     || ||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  | || ||||||||||||||  |||||||||||||||||  | | |||||||    
T  257087 gatatcttgcccactgctgctcaacaataacctcctcataaagagggccatgatgaggaggggcagcacttgcatagtcaggaatggccgcaggggggtt 257186  T
Q  522 cacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  257187 cacaataggatgtgatacactaatga 257212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 183 - 216
Target Start/End: Original strand, 256827 - 256860
Alignment:
Q  183 taggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  256827 taggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaac 256860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 148; Significance: 8e-78; HSPs: 2)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 270 - 547
Target Start/End: Original strand, 31910 - 32189
Alignment:
Q  270 cgcgaagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtccca 369  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| || || ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||    
T  31910 cgcggagccggcatctgctccagcatactccactcagactgtatgccctgcatcaagcgcataacctcctctggattatgaaacacaacatgatgttcca 32009  T
Q  370 ttgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagg 469  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| || | || |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  32010 ttgcaccttccactatggccctgatgttgctgatgatctggtatggatcggtaggatgtatggcccactgctgctcaacaataacctccttgtaaggaga 32109  T
Q  470 gataggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg-agta-gggggttcacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32110 gataggacaaggaagggcatcagctgcgtagtcaggaatggtcgtaggggggttcacaataggatgtggtactctaatga 32189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 175 - 267
Target Start/End: Original strand, 28893 - 28989
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtca----aacnnnnnnnctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcc 267  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    ||        |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28893 aagtgtaataggattacaaccgaatccaacaaaatgtcataaaaaaaaaaaagctacacaagttatactggtccatcctgtggactcctactcctcc 28989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 143; Significance: 8e-75; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 329 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 35018384 - 35018168
Alignment:
Q  329 cataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgt 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |   ||||| |||||| ||||    
T  35018384 cataacctcctctggattatgaaacacagcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgctgatgattt---atggg-ctggaggatgt 35018289  T
Q  429 ctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg-agta-gggggttcacaa 526  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||    
T  35018288 ctggcccactactgctcaacaataacctcctcgtaaggagggacaggacgaggaggggcagtagctgcatagtcaggaatggccgtaggggggttcacaa 35018189  T
Q  527 taggatgtgatactctaatga 547  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  35018188 taggatatgatactctaatga 35018168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 449 - 587
Target Start/End: Original strand, 6285609 - 6285747
Alignment:
Q  449 aataacctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatggagtagggggttcacaataggatgtgatactctaatgag 548  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6285609 aataacctcctcgtaaggagggacaggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatggagcagggggttcacaataggatgtgatactctaatgag 6285708  T
Q  549 cccatggctggttatccaaaaccggatgacccctatgct 587  Q
    ||||  |||||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  6285709 cccacagctggttatccggaaccggatgatccctatgct 6285747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 180 - 312
Target Start/End: Original strand, 27982872 - 27983002
Alignment:
Q  180 taataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaacnnnnnnnctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcgaagccg 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |        ||||| |||||||| || ||||||  || ||||||||||||||||||||  |||||    
T  27982872 taataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcata--aaaaaactacaaaagtcataatgctccatcttgtagactcctactcctcctccgcagagccg 27982969  T
Q  280 gcacctgctccagcatgcttcaatcagactgta 312  Q
    ||| ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  27982970 gcatctgctccagcatgctccactcagactgta 27983002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 175 - 216
Target Start/End: Original strand, 4362295 - 4362336
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaac 216  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4362295 aagtgttataggattacaaccaaatccaacataatgtcaaac 4362336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 350 - 397
Target Start/End: Original strand, 7984846 - 7984893
Alignment:
Q  350 aaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgtt 397  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  |||||| |||||||||||||    
T  7984846 aaacacatcaggatgccccattgcactatccactttggctctgatgtt 7984893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 175 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 35018445 - 35018403
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaat-ccaacaaaatgtcaaac 216  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35018445 aagtgttataggattacaaccaaatcccaacaaaatgtcaaac 35018403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 127; Significance: 3e-65; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 246 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 12627994 - 12627696
Alignment:
Q  246 tcccgtggactcctactcctcctccgcgaagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggat 345  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| || | ||  ||||||   |||||||| || | |||||| |||||||    
T  12627994 tcccgtggactcctacccctcctccgcggagccggcatttgctccagcatgctccacttagtatgtatgccttgcatcaagcgaagaacctcatctggat 12627895  T
Q  346 tatgaaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctc 445  Q
    ||  ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || | ||||| |||||    
T  12627894 taacaaacacatcaggatgccccattgcactttccactctgactccgatgttgttgatgatctggtatgggtcgggaggatgtttgacccactgttgctc 12627795  T
Q  446 aacaataacctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatg-gagtagggggttcacaataggatgtgatactcta 543  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| | |||||||| ||||| ||||||  |||| ||||| |  || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12627794 aacaataacctcctcatagggagggaaaagacgaggatgggcatcagctgtgtagttaggaacgacagcagggggttcacaataggatgtgatactcta 12627696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 178 - 538
Target Start/End: Original strand, 1326426 - 1326785
Alignment:
Q  178 tgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaacnnnnnnnctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcgaagc 277  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| |        ||||| |||||| | || || |||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  1326426 tgtaataagattacatccaaatccgacaaaatgtcata---aaaaactacaaaagtcaaaatgctctatcccgtggactcccactcctcctccgcggagc 1326522  T
Q  278 cggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgcaccg 377  Q
    || || ||||| || |||||| ||    |||||||||  |||||||||||| | |||||| | ||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||| |    
T  1326523 cgacatctgctacaacatgctccaccgggactgtatgccctgcatcaaacgaagaacctcatatggattacgaaacagatcaggatgccccgttgcactg 1326622  T
Q  378 tccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggataggac 477  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |  |     
T  1326623 tccactctggctctgatgttgctgatgatctgatatgggtcgggaggatgtctggcccactgctgctcaacaagaacctcctcgtagggagggacaaaat 1326722  T
Q  478 gaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg--agtagggggttcacaataggatgtgata 538  Q
    ||||| ||| | ||| ||  |||||||||||||  |   ||||||||||||||||||||||||    
T  1326723 gaggatgggaatcagttgtgtagtcaggaatggccacaggggggttcacaataggatgtgata 1326785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 224 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 38457996 - 38457854
Alignment:
Q  224 ctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcgaagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatc 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||          || ||||||| ||||  |||||||    
T  38457996 ctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcggagccggcacctgctc----------cactcagactatatgccctgcatc 38457907  T
Q  324 aaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgcacc 376  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  38457906 aagcgcataacctcctctggattatgaaacaccgcaggaagtcccattgcacc 38457854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 350 - 462
Target Start/End: Original strand, 15820298 - 15820410
Alignment:
Q  350 aaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaaca 449  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| || | ||||| |||| ||||||| |||| ||||||  | ||||||||||||||     
T  15820298 aaacacatcaggatgccccattgcactctccactctggctctgatattttggatgacctggaatgggtcgggaggatgtctaacccactgctgctcaacg 15820397  T
Q  450 ataacctcctcgt 462  Q
    || ||||||||||    
T  15820398 atgacctcctcgt 15820410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 453 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 38457856 - 38457757
Alignment:
Q  453 acctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcag---cagctgcatagtcaggaatgg--agtagggggttcacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||  |   |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38457856 acctcctcataaggagggacaggacgaggaggggcagcaacagctgcatagtcaggaatggccacatgggggttcacaataggatgtgaaactctaatga 38457757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 350 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 13693541 - 13693419
Alignment:
Q  350 aaacacatcaggatgtccc-attgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaac 448  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||||||  || ||| ||||| ||||||| | ||||||||||  |||||| |||   |||||||| |||| |||||||||    
T  13693541 aaacacaccaggatgcccccattgcactatcgactatggctttgatgttctcgatgatctggagtgggtcgggaacctgtctggcccactactgctcaac 13693442  T
Q  449 aataacctcctcgtaaggaggga 471  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  13693441 aataacctcctcgtaaggaggga 13693419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 378 - 471
Target Start/End: Original strand, 2848031 - 2848124
Alignment:
Q  378 tccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggaggga 471  Q
    |||||||||  ||||||||||| |||||||| |  |||||| |||   |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2848031 tccactctgcgtctgatgttgtcgatgatctagagtgggtcaggaagctgtctgacccactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggaggga 2848124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 426 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 13610725 - 13610675
Alignment:
Q  426 tgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggatagga 476  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13610725 tgtctggcccactactgctcaacaataacctcctcgtaaggagggacagga 13610675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 350 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 24576803 - 24576681
Alignment:
Q  350 aaacacatcaggatgtccc-attgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaac 448  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||   |||| | |||||||||||||  ||||||| ||| ||| ||  ||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  24576803 aaacacatcaggatgcccccattgcagtctccattatggctctgatgttactgatgatttggaatgagttgggaggttgtctggcccactgctgctcaac 24576704  T
Q  449 aataacctcctcgtaaggaggga 471  Q
    ||||||||| | ||| |||||||    
T  24576703 aataacctctttgtagggaggga 24576681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 426 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 12349273 - 12349228
Alignment:
Q  426 tgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggaggga 471  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12349273 tgtctggcccactgttgctcaacaataacctcctcgtaaggaggga 12349228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 175 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 38458064 - 38458023
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaac 216  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38458064 aagtgttataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaaac 38458023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 246 - 285
Target Start/End: Original strand, 15820197 - 15820236
Alignment:
Q  246 tcccgtggactcctactcctcctccgcgaagccggcacct 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  15820197 tcccgtggactcctactcctcctccgcggagacggcacct 15820236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0018 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0018
Description:

Target: scaffold0018; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 224 - 495
Target Start/End: Original strand, 179959 - 180222
Alignment:
Q  224 ctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctccgcgaagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatc 323  Q
    ||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| || || || ||||||  |          
T  179959 ctacaaaagtcataatgtttcatcccgtggactcctactcctcctccgcgtagccggcatctgctctagcatgctccattcggattgtatgcccg----- 180053  T
Q  324 aaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggag 423  Q
       || | |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  180054 ---cgaagaacctcctctggattacgaaacacatcaggatgacccattgcactatccactctgactctgatgttgttgatgatctggtatgggtcgggag 180150  T
Q  424 aatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctg 495  Q
     ||||||| | ||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||||| ||||| ||||||    
T  180151 gatgtctgacccactattgctcaacaataaccacctcgtagggagggacatgacgaggatgggcatcagctg 180222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0408 (Bit Score: 65; Significance: 3e-28; HSPs: 2)
Name: scaffold0408
Description:

Target: scaffold0408; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 175 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 7622 - 7357
Alignment:
Q  175 aagtgtaataggattacaaccaaatccaacaaaatgtcaa----acnnnnnnnctacacaagtcatactggtccatcccgtggactcctactcctcctcc 270  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    |        |||||||||||||| |||| |||||  |||||||||||| |||||||    
T  7622 aagtgtaataggtttacaacgaaatccaacaaaatgtcaataaaaaaaaaagactacacaagtcatattggtacatccaatggactcctacttctcctcc 7523  T
Q  271 gcgaagccggcacctgctccagcatgcttcaatcagactgtatgatctgcatcaaacgcataacctcctctggattatgaaacacatcaggatgtcccat 370  Q
    ||| |||||||| |||||||| |||||| || || || || |||   ||||| |  || | |||||    |||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  7522 gcggagccggcatctgctccatcatgctccactcggattgaatgccttgcattatgcgaaaaacctt---tggattaccaaacacatcaggatgccccat 7426  T
Q  371 tgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactg 439  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||  |||| |||| |||| |||||    
T  7425 tgcactttccactctggctctgatgttgccgatgatctggtatgtgttgggaggatgtatggcccactg 7357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0408; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 514 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 7339 - 7306
Alignment:
Q  514 agggggttcacaataggatgtgatactctaatga 547  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7339 agggggttcacagtaggatgtgatactctaatga 7306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0190 (Bit Score: 52; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0190
Description:

Target: scaffold0190; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 420 - 543
Target Start/End: Original strand, 14113 - 14239
Alignment:
Q  420 ggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggagggataggacgaggaggggcagcagctgcatagtcaggaatgg-agta--gg 516  Q
    ||||||||| || | |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | |||  || ||  |||||||||||||  |||  ||    
T  14113 ggagaatgtatgacccactactgctcaacaataacctcctcgtagggagggacaggacgaggatgagcataagttgtgtagtcaggaatggtcgtagggg 14212  T
Q  517 gggttcacaataggatgtgatactcta 543  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  14213 gggttcacaataggatgtgatactcta 14239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0110 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0110
Description:

Target: scaffold0110; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 366 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 25511 - 25406
Alignment:
Q  366 cccattgcaccgtccactctggctctgatgttgttgatgatctggtatgggtctggagaatgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaag 465  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| ||||||  |||||| ||| ||||||| | ||  |||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||||| |    
T  25511 cccattgcactctccactctggctctaatgttgccgatgatttggaatgggtcggaaggctgtctgactcactactgctcaacattaatctcctcgtagg 25412  T
Q  466 gaggga 471  Q
    ||||||    
T  25411 gaggga 25406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0088 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0088
Description:

Target: scaffold0088; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 426 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 43188 - 43143
Alignment:
Q  426 tgtctggctcactgctgctcaacaataacctcctcgtaaggaggga 471  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  43188 tgtctggcacactgctgcttaacaataacctcctcgtaaggaggga 43143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University