View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16976_low_6 (Length: 585)

Name: NF16976_low_6
Description: NF16976
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16976_low_6
NF16976_low_6
[»] chr2 (21 HSPs)
chr2 (13-567)||(15020154-15020708)
chr2 (135-567)||(31969579-31970011)
chr2 (46-567)||(15013659-15014177)
chr2 (13-567)||(15003230-15003782)
chr2 (46-542)||(15024214-15024703)
chr2 (193-567)||(14849864-14850238)
chr2 (166-567)||(15008252-15008653)
chr2 (221-503)||(14520631-14520913)
chr2 (193-525)||(14547595-14547921)
chr2 (119-512)||(14567857-14568250)
chr2 (194-513)||(14543466-14543785)
chr2 (233-567)||(14552763-14553097)
chr2 (201-512)||(14512791-14513103)
chr2 (193-567)||(14534411-14534785)
chr2 (193-552)||(14529201-14529560)
chr2 (353-564)||(14525328-14525539)
chr2 (30-127)||(15008659-15008757)
chr2 (437-525)||(14847403-14847491)
chr2 (332-405)||(14521196-14521269)
chr2 (157-237)||(14847124-14847204)
chr2 (332-400)||(14158163-14158231)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (437-512)||(38524759-38524834)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (29-63)||(29468941-29468975)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 483; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 483; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 15020708 - 15020154
Alignment:
Q  13 aaaattgaaactagagctgatgataacaaacccaacagtagttcaaattagcacatgaaacactccaacagtactaaccacttatcctgtcctagaaagt 112  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15020708 aaaattgcaactagagctgatgataacaaacccaacagtagttcaaattagcacatgaaacactccaacagtactaaccacttatcctgtcctagaaagt 15020609  T
Q  113 ataagtactacaaatcaaagatggaataagctaaggatagattacaaaagaagaagatcaatacattacacatttggtggatggcatcccattgttctcc 212  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15020608 ataactactacaaatcaaagaaggaataagctaaggatgtattacaaaagaagaagatcaatgcattacacatttggtggatggcatcccattgttctcc 15020509  T
Q  213 gttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgtcgg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15020508 gttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttgttcaagaagatatcgtcgg 15020409  T
Q  313 aataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaa 412  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15020408 aataagcaaatggtctaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgaggctcttggaatgatccttttaggtaa 15020309  T
Q  413 actataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaa 512  Q
    |||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15020308 actaaaagaaaacataagtggatttttagtaagtgccaagggatcccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaa 15020209  T
Q  513 gtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataacatctttatcagacc 567  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15020208 gtcaacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataacatcttcatcagacc 15020154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 135 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 31970011 - 31969579
Alignment:
Q  135 ggaataagctaaggatagattacaaaagaagaagatcaatacattacacatttggtggatggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattt 234  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31970011 ggaataagctaaggatgtattacaaaagaagaagatcaatacattacacatttggtggatggcatcccattgttctccattgcatttgcaagtttcattt 31969912  T
Q  235 tttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaa 334  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||    
T  31969911 tttcgtaatatagcttcaaaagataatcagactcctccttaaagctgaaaacacgcttgttcaagaacatatcctcggaataagcaaatggtctaactaa 31969812  T
Q  335 gctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtgga 434  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  31969811 gctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaaccgaggctcttggaatgatccttttatgtaaactaaaagaaaacataagtgga 31969712  T
Q  435 gatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgac 534  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  31969711 gatttagtaagtgccaagggatcccaacccatttgattaacccaaaaactgatcaacagattaatcttatcaattgaagtcaacatcaaactaggctgac 31969612  T
Q  535 tcctaaatactcgaataacatctttatcagacc 567  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31969611 tcctaaatactcgaataacatcttcatcagacc 31969579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 46 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 15014177 - 15013659
Alignment:
Q  46 aacagtagttcaaattagcacatgaaacactccaacagtactaaccacttatcctgtcctagaaagtataagtactacaaatcaaagatggaataagcta 145  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||  |||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||| |||| ||| ||    
T  15014177 aacagtagttcaaattagtaaatgaaacaagccaacaataccaaccccttatcctggcctagaaagaataagtacttgaaatcaaagaaggaacaagata 15014078  T
Q  146 aggatagattacaaaagaagaagatcaatacattacacatttggtggatggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatat 245  Q
    ||| || ||||||||||||||   |||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15014077 aggttatattacaaaagaaga---tcaaaatcttatacatttggtggatggcatcccattgttctccgttgtatttgcaagtttcattttttcgtcatat 15013981  T
Q  246 agcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttct 345  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||  || ||||||| ||||||  || |||||||||| || |    
T  15013980 agcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacacacttgttcaagaacatattctcagaataagaaaatggtctacctaagctcgcatttt 15013881  T
Q  346 tctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaag 445  Q
    | || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||    
T  15013880 ttttccgcaaacctttcatcaaaataaattgcaaaactgaggctcttggaatgatccgttttggtaaactataaccaaacataagtggagatttagtaag 15013781  T
Q  446 ttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatact 545  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  15013780 ttccaagggatcccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagccaacatcaaactaggctgacacctaaatact 15013681  T
Q  546 cgaataacatctttatcagacc 567  Q
    ||||||||||||| ||||||||    
T  15013680 cgaataacatcttcatcagacc 15013659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 13 - 567
Target Start/End: Original strand, 15003230 - 15003782
Alignment:
Q  13 aaaattgaaactagagctgatgataacaaacccaacagtagttcaaattagcacatgaaacactccaacagtactaaccacttatcctgtcctagaaagt 112  Q
    ||||||| ||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||||   ||||| |     ||||||     
T  15003230 aaaattgcaactaaaactgatgagaacaaaaccaacagtagttcaaattagcagatgaaacaatctaacaatactaacacgttatcgt-----agaaaga 15003324  T
Q  113 a-taagtactacaaatcaaagatggaataagct-aaggatagattacaaaa-gaagaagatcaatacattacacatttggtggatggcatcccattgttc 209  Q
    | |||||||| ||||| ||||| |||| ||||| |||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  15003325 aataagtacttcaaataaaagaaggaacaagcttaaggttaaattacaaaaagaagaagatcaataaattacacatttggtggatggcatgccaatgttc 15003424  T
Q  210 tccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgt 309  Q
    ||  ||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||  |    
T  15003425 tcttttgtatttgcaagtttcattttttcctcatatagctttaatagataatcagactcctccttaaagctgaaaacacacttgttcaagaataaattct 15003524  T
Q  310 cggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttagg 409  Q
    | ||||||| ||| ||   |||||||||||| || || | ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||| |    
T  15003525 cagaataagtaaacggtgaaactaagctcgcatttttttctcgcaaacctttcataaaaagaaattgcagaactgaggcccttggaatgatccttttatg 15003624  T
Q  410 taaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaatt 509  Q
    |||||||||   ||||||| ||||| ||||||||||| |||||  || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15003625 taaactatatccaaacataagtggacatttagtaagtgccaagaaatcccaacccaattgattgacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaatt 15003724  T
Q  510 gaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataacatctttatcagacc 567  Q
    |||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15003725 gaagccaacatcaaactaggctgacacctaaatactcgaataacatcttcatcagacc 15003782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 46 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 15024703 - 15024214
Alignment:
Q  46 aacagtagttcaaattagcacatgaaacactccaacagtactaaccacttatcctgtcctagaaagtataagtactacaaatcaaagatggaataagcta 145  Q
    ||||||| |||||||||| | ||||||||  |||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||| ||| ||    
T  15024703 aacagtatttcaaattagtaaatgaaacaagccaacaataccaaccccttatcctggcctagaaagaata-gtacttcaaatcaaagaaggaacaagata 15024605  T
Q  146 aggatagattacaaaagaagaagatcaatacattacacatttggtggatggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatat 245  Q
    ||| || |||||||||||| | ||   | |  |||||||||||||||||||||| ||| ||||||   ||| |||||||| |||||||||||| | ||      
T  15024604 aggttatattacaaaagaaaatga---aaatcttacacatttggtggatggcatgccaatgttct---ttgtatttgcaaatttcattttttcctcatgc 15024511  T
Q  246 agcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttct 345  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||   ||  || ||| | | ||||||  |||||||||| || ||||    
T  15024510 agctttaagagataatcagactcctccttaaagctgaaaacaaacttgttcaagaacgaattctcagaacatgtaaatggtgtaactaagcttgcattct 15024411  T
Q  346 tctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaag 445  Q
    | | |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||| |||    
T  15024410 tttgtcgcaaaccttttatcaaaagaaattgccaaactgaggctcttggaatgatccttttatgtaaactataacaaaacatatttggaaatttagcaag 15024311  T
Q  446 ttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaat 542  Q
    |||||| | || |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| |||  ||| ||||||||||||    
T  15024310 ttccaatgaattccaatccaattgattgacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaaaccaacattaaattaggttgactcctaaat 15024214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 193 - 567
Target Start/End: Original strand, 14849864 - 14850238
Alignment:
Q  193 atggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatactt 292  Q
    ||||||| |||||||||||| |||  | |||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  14849864 atggcatgccattgttctcctttgtgtatgcaagtttcattttttcctcatatagctttaatagataatcagactcctccataaatctgaaaacaaactt 14849963  T
Q  293 ggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctctt 392  Q
    | ||||||| ||||  || ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||    
T  14849964 gctcaagaacatattctcagaataagcaaatggtgtaactaagctcgcattcttttttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcataactgaggccctt 14850063  T
Q  393 ggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcacca 492  Q
    || |||||||||||    |||||||||||||||||||||||    || |||||| |||||| || |||||||| | |||| |||||||||||||| | ||    
T  14850064 gggatgatccttttctccaaactataagaaaacatatgtggccgcttggtaagtgccaaggaattccaacccaatcgattgacccaaaaactcattaaca 14850163  T
Q  493 aattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataacatctttatcagacc 567  Q
    ||| |||||||| |||||||    |||| |||  ||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14850164 aatcaatcttataaattgaaacaaacattaaaataggttgaatcctaaatactcgaataacatcttcatcagacc 14850238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 166 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 15008653 - 15008252
Alignment:
Q  166 aagatcaatacattacacatttggtggatggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcaga 265  Q
    |||||||| | ||||||||||||| ||  ||||| | | |||||||  ||| |||||||||||||  |||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  15008653 aagatcaacaaattacacatttggaggtaggcatgctagtgttctcttttgtatttgcaagtttctgtttttcattatatagctttaatagataatcaga 15008554  T
Q  266 ctcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatc 365  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |  |  || ||||||| ||||||   ||||||||| || ||||| | |||||||||||||||     
T  15008553 ctcctcctcaaagctgaaaacaaacttgttcaagaacagcttctcagaataagtaaatggtgcaactaagcttgcattcttttctcgcaaacctttcata 15008454  T
Q  366 aaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaaccca 465  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||  |||||||  |||| |||||||||||||||||| || ||||||||    
T  15008453 aatagaaattgcaaaactgatgcccttggaatgatcctttgatgtaaactataaccaaacataattggacatttagtaagttccaaggaatcccaaccca 15008354  T
Q  466 tttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataacatctttatcaga 565  Q
     |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| |||| | |||  | |  ||| | |||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  15008353 attgattgacccaaaaaatcatcaacaaattaatcttttcaatggaagccaacaaaatattaggataactcctaaatgctcgaataacatcttcatcaga 15008254  T
Q  566 cc 567  Q
    ||    
T  15008253 cc 15008252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 221 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 14520913 - 14520631
Alignment:
Q  221 tgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgtcggaataagca 320  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||||| |  |  |||||||||| |    
T  14520913 tgcaaatttcattttttcctcatatagctttaatagataatcagactcctccttaaagcataaaacacacttgctcaagaacaatttctcggaataagta 14520814  T
Q  321 aatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactataag 420  Q
    |||||  |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||     
T  14520813 aatggtgtaactaagcttgcattcttttttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgaggcccttggaatgatccttttatgtaaactataac 14520714  T
Q  421 aaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatctta 503  Q
     ||||||| ||||| ||||||||||| |||||| || |||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  14520713 caaacataagtggacatttagtaagtgccaaggaatcccaacccaattgattgacccaaaaattcatcaacaaattaatctta 14520631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 193 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 14547921 - 14547595
Alignment:
Q  193 atggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatactt 292  Q
    ||||||| |||||||||||| |||  | |||| |||||||||||||   ||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||      ||| ||||    
T  14547921 atggcatgccattgttctcctttgtgtatgcaggtttcattttttccacatatagctttaatagataatcacactcctccttgaag------acaaactt 14547828  T
Q  293 ggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctctt 392  Q
    | |||||||||  |  |||||||||| ||||||  ||||||||||  | ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  14547827 gctcaagaagaatttctcggaataagtaaatggtgtaactaagctttcattcttatcttgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgaggccctt 14547728  T
Q  393 ggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcacca 492  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||| ||| || |||||||||  |||||| |    
T  14547727 ggaatgatcctttgatgtaaactataaccaaacatatgtggacatttagtaagttccaaggaatcccaacccaattggttgacccaaaaatgcatcacaa 14547628  T
Q  493 aattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaac 525  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  14547627 aattaatcttttcaattgaagtcaacatcaaac 14547595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 119 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 14568250 - 14567857
Alignment:
Q  119 actacaaatcaaagatggaataagctaaggatagattacaaaagaagaagatcaatacattacacatttggtggatggcatcccattgttctccgttgca 218  Q
    |||| |||||||||| |||| ||| ||||| || || ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||      
T  14568250 actaaaaatcaaagaaggaacaagttaaggttaaatcacaaaagaagaagattactaaattacacatttggtggacagcatgccattgttctcctttgtg 14568151  T
Q  219 tttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgtcggaataag 318  Q
    |||||||||||   |||||| | ||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |  || |||||||    
T  14568150 tttgcaagtttgcctttttcctcatatagctttaatagataatcagactcttccttaaagctgaaaacaaacttgctcaagaacattttctcagaataag 14568051  T
Q  319 caaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactata 418  Q
    |||||||  || ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||||||| ||||||||    |||||  |    
T  14568050 caaatggtgtacctaagcttgcattcttttttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcacaaccaatgcccttggaataatccttttctccaaacttaa 14567951  T
Q  419 agaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaa 512  Q
    | |||||| || |||   ||| |||||| |||| | || |||||||| |||||| |||||||||||||| | | ||| |||||||| |||||||    
T  14567950 acaaaacacatttggtagtttggtaagtgccaatgaattccaacccaattgattgacccaaaaactcattaacgaatcaatcttatgaattgaa 14567857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 194 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 14543785 - 14543466
Alignment:
Q  194 tggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttg 293  Q
    |||||| |||||||||||  |||  | ||||||||||| |||||| | ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14543785 tggcatgccattgttctcttttgtgtatgcaagtttcactttttcctcatataactttaatagataatcagactcctccttaaagctgaaaacaaacttg 14543686  T
Q  294 gtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttg 393  Q
     ||||||| || |   | |||||| |||||||   ||||||||| || ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||    
T  14543685 ctcaagaacattttcccagaataaccaaatggtgcaactaagcttgcattcttttctcgcaaacctttcattaaaagaaattgcaaaactgaggcccttg 14543586  T
Q  394 gaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaa 493  Q
    || ||||| |||||   ||||| |||  ||| ||||||||   |||||||||| |||||| || |||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||    
T  14543585 gagtgatcgttttatccaaactgtaactaaaaatatgtggccttttagtaagtgccaaggaattccaacccaattggttgacccagaaactcatcaccaa 14543486  T
Q  494 attaatcttatcaattgaag 513  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  14543485 attaatcttatcaattgaag 14543466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 233 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 14553097 - 14552763
Alignment:
Q  233 tttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaact 332  Q
    |||||| | ||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||||| || |   | |||||| |||||||   ||||    
T  14553097 tttttcttcatacagctttaatagataatcagactcttccttaaagctaaaaacaaacttgctcaagaacattttcccagaataatcaaatggtgcaact 14552998  T
Q  333 aagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtg 432  Q
    ||||| || ||||| || | |||||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||    |||||||||  ||| |||||||    
T  14552997 aagcttgcattctttttcctcaaacctttcatcacaagatattgcaaaactgaggcccttggaatgatccttttctccaaactataactaaaaatatgtg 14552898  T
Q  433 gagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctg 532  Q
    |   ||||| |||| |||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||  |    
T  14552897 gccttttagcaagtgccaaggaatcccaacccaattgattgacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcaacaacaagtcaggacg 14552798  T
Q  533 actcctaaatactcgaataacatctttatcagacc 567  Q
    ||  |||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  14552797 acctctaaatgctcgaataacatcttcatcagacc 14552763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 201 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 14513103 - 14512791
Alignment:
Q  201 ccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgtt-atatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaag 299  Q
    |||||||| ||| |||| | ||||| ||||||||||||  | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  14513103 ccattgttttccattgcgtatgcaattttcattttttctctcatatagctttaatagataatcagactcctccttaaatctgaaaacaaacttgctcaag 14513004  T
Q  300 aagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatga 399  Q
    || |  |  || ||||||| ||||||  ||  |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  14513003 aacaatttctcagaataagtaaatggtgtagttaagcttgcattcttttttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgaggcccttggaatga 14512904  T
Q  400 tccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaat 499  Q
    |||||||    ||||||||||||||||| |||||   |||  ||||| |||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||   | ||| |||    
T  14512903 tccttttctccaaactataagaaaacatttgtggtagtttgataagtgccaaggaattccaacccaattgattgacccaaaaactcattgacgaatcaat 14512804  T
Q  500 cttatcaattgaa 512  Q
    ||||| |||||||    
T  14512803 cttatgaattgaa 14512791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 193 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 14534785 - 14534411
Alignment:
Q  193 atggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatactt 292  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||| || ||||||||| |||||||| | ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14534785 atggcatgccattgttttccattgtatatgcaagttttattttttcctcatatatctttaatagataatcagactcctccttaaagctgaaaacaaactt 14534686  T
Q  293 ggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctctt 392  Q
       ||| || |  |  || |||||   ||||||  |||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||  || | |||    
T  14534685 ctccaaaaacaatttttcagaatatctaaatggtgtaactaagctggcattcttttttcgcaagcctttcatcaaaagaaattgcacaaccaatcccctt 14534586  T
Q  393 ggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcacca 492  Q
    ||||  |||| |||    ||||||| ||  || ||||||||   ||| |||||| |||| | || |||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  14534585 ggaacaatccatttctccaaactatgagttaaaatatgtggccgtttggtaagtgccaatgaatcccaacccaattgattgacccaaaaactcatcacca 14534486  T
Q  493 aattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataacatctttatcagacc 567  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||| | |||| |||| ||||||| | || |||||||||| ||||||||    
T  14534485 aattaatcttttcaattgaagtcaacatcatatcaggatgacacctaaatgcccggataacatcttcatcagacc 14534411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 193 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 14529560 - 14529201
Alignment:
Q  193 atggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatactt 292  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||  | ||||| ||||||| |||| |  |||| ||| || |||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  14529560 atggcatgccattgttttccattgggtatgcaattttcattgtttcctcgtataactttaatagataatcggagtccaccttaaagctgaaaacaaactt 14529461  T
Q  293 ggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctctt 392  Q
       ||| || | ||  || ||||||   || ||  |||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||    
T  14529460 ctgcaaaaacaaattttcagaataactcaaaggtgtaactaagctagcattctttttttgcaaacctttcattaaaagaaattgcaaaactgaggccctt 14529361  T
Q  393 ggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcacca 492  Q
    ||| |||||||||||   ||||| |||  ||| ||||||||   |||||||||| |||||| || |||||||| ||| || ||||| |||||||||||||    
T  14529360 ggagtgatccttttatccaaactgtaactaaaaatatgtggccttttagtaagtgccaaggaattccaacccaattggttgacccagaaactcatcacca 14529261  T
Q  493 aattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataa 552  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||| |||  ||||| |||  |||||| |||||||||    
T  14529260 aattaatcttatcaattgaagccaacaacaattcaggccgacatctaaatgctcgaataa 14529201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 353 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 14525539 - 14525328
Alignment:
Q  353 caaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaag 452  Q
    |||||||||||||| |||| | |||| |||  |||| |||||||  ||||||||| | ||||| |||  ||| ||| ||||   ||||| |||| |||||    
T  14525539 caaacctttcatcacaagatactgcagaaccaatgcccttggaacaatccttttatgcaaactgtaactaaaaatacgtggccttttagaaagtgccaag 14525440  T
Q  453 ggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataa 552  Q
    | || |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||  |||  |||||| |||||||||    
T  14525439 gaattccaacccaattgattaacccaaaaactgatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcaacaacaattcaggacgacctctaaatgctcgaataa 14525340  T
Q  553 catctttatcag 564  Q
    |||||| |||||    
T  14525339 catcttcatcag 14525328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 30 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 15008757 - 15008659
Alignment:
Q  30 tgatgataacaaac-ccaacagtagttcaaattagcacatgaaacactccaacagtactaaccacttatcctgtcctagaaagtataagtactacaaat 127  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||  | |||| |||||| | ||||||||| ||||||||| |||| |||| |||||    
T  15008757 tgatgataacaaaagccaacagtagttcaaaatagcaaatgaaacaagctaacaatactaaacccttatcctgacctagaaagcataattacttcaaat 15008659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 437 - 525
Target Start/End: Original strand, 14847403 - 14847491
Alignment:
Q  437 tttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaac 525  Q
    ||||| |||| ||||||  | |||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| | |||||||||    
T  14847403 tttagcaagtgccaaggagttccaacccaatagattgacccaaaaactcatcaccaaattaatcttttgaactgaagccaacatcaaac 14847491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 332 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 14521269 - 14521196
Alignment:
Q  332 taagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttt 405  Q
    |||||| || ||||| |||| |||||||||  ||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  14521269 taagcttgcattcttatttctcaaacctttattcagaagaaattgcacaacagctgctcttggaatgatccttt 14521196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 157 - 237
Target Start/End: Original strand, 14847124 - 14847204
Alignment:
Q  157 caaaagaagaagatcaatacattacacatttggtggatggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcatttttt 237  Q
    |||||||||||||| || |  ||||||||||||| || || || || ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||    
T  14847124 caaaagaagaagattaacaagttacacatttggtagaagggatgccgttgttctcctttgtatttgcaaatttcatttttt 14847204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 332 - 400
Target Start/End: Original strand, 14158163 - 14158231
Alignment:
Q  332 taagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgat 400  Q
    |||||| || ||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||  ||||| |||||    
T  14158163 taagcttgcattcttttttcgcaaacctttcttcagaagatattgcaaaactaatgtccttggtatgat 14158231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 437 - 512
Target Start/End: Original strand, 38524759 - 38524834
Alignment:
Q  437 tttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaa 512  Q
    ||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  38524759 tttagtaagtgtcaaggaattccaacccaattgattgacccaaaaactcattaacaaatcaatcttatcaattgaa 38524834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 29 - 63
Target Start/End: Original strand, 29468941 - 29468975
Alignment:
Q  29 ctgatgataacaaacccaacagtagttcaaattag 63  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29468941 ctgatgataacaaaaccaacagtagttcaaattag 29468975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University