View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1697_high_1 (Length: 705)

Name: NF1697_high_1
Description: NF1697
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1697_high_1
NF1697_high_1
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (19-690)||(30719725-30720417)
chr4 (19-690)||(30880942-30881634)
chr4 (19-686)||(30892025-30892713)
chr4 (387-690)||(44731161-44731464)
chr4 (384-690)||(16867548-16867854)
chr4 (19-320)||(44731545-44731855)
chr4 (19-312)||(16867927-16868229)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (384-688)||(8898943-8899247)
chr5 (19-338)||(8898560-8898888)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (384-618)||(31727101-31727335)
chr2 (237-314)||(31726704-31726781)
chr2 (55-97)||(31726522-31726564)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (248-310)||(54277046-54277108)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 523; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 30720417 - 30719725
Alignment:
Q  19 tataaggatcttcaagaaagagagaatcgtttaaagatattcaaagaaaacgtaaattacattgaagcttccaacaatgct------aacaagccataca 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||  |||||    
T  30720417 tataaggatcttcaagaaagagagaatcgtttaaagatattcaaagaaaacgtaaattacattgaagcttccaacaatgctggcaataacaagttataca 30720318  T
Q  113 agcttggcattaatcaatttgcagacctcaccaacgaggagttcatagcatctagaaacaaattcaaaggtcatatgtgctcctcaatcacaaagacaag 212  Q
    |  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30720317 aattaggcattaatcaatttgcagacctcaccaacgaggagttcatagcatctagaaacaaattcaaaggtcatatgtgctcctcaatcacaaagacaag 30720218  T
Q  213 tagttttaagtatgaaaatgcaagtgttccatcaacagtggattggtgaaagaaaggagcagtaacaccagtgaagaaccaaggtcaatgtggtaagtgt 312  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30720217 tacttttaagtatgaaaatgcaagtgttccatcaacagtggattggagaaagaaaggagcagtaacaccagtgaagaaccaaggtcaatgtggtaagtgt 30720118  T
Q  313 ctatctaacatgtaatgcattcaattacatactatgcatgtgatcaaatattgaattgtcattgaactctg-------------------tttgtaggat 393  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||    ||||||||||||||||||||||| ||||||                    ||||||||||    
T  30720117 ctatctattatgtaatgcattcaattacaaactatg----tgatcaaatattgaattgtcattaaactctagttaattttaatttacctttttgtaggat 30720022  T
Q  394 gttgttgggcattttctgctgttgcggcaaccgaaggaattcataagttgagtactgggaagttggtctctttatcggaacaagaacttgttgattgtga 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30720021 gttgttgggcattttctgctgttgcggcaaccgaaggaatccataagttgagtactgggaagttggtctctttatcggaacaagaacttgttgattgtga 30719922  T
Q  494 cacaaaaggtgtagaccaaggttgtgagggtggtcttatggatgatgctttcaaattcatcattcaaaatcatggactcaacactgaagctcaatatcct 593  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  30719921 cacaaaaggtgtagaccaaggttgtgagggtggtcttatggatgatgctttcaaattcatcattcaaaatcatggactcaacactgaagctcaatacccc 30719822  T
Q  594 tatcaaggtgttgatggaacttgcagtgcaaataaagcatccatccatgcagttaccattaccgggtatgaagatgtccctgccaacaatgagcagg 690  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30719821 tatcaaggtgttgacggaacttgcagtgcaaacaaagcatccatccatgcagttactattaccgggtatgaagatgtccctgccaacaatgagcagg 30719725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 519; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 690
Target Start/End: Original strand, 30880942 - 30881634
Alignment:
Q  19 tataaggatcttcaagaaagagagaatcgtttaaagatattcaaagaaaacgtaaattacattgaagcttccaacaatgct------aacaagccataca 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||  |||||    
T  30880942 tataaggatcttcaagaaagagagaatcgtttaaagatattcaaagaaaacgtaaattacattgaagcttccaacaatgctggcaataacaagttataca 30881041  T
Q  113 agcttggcattaatcaatttgcagacctcaccaacgaggagttcatagcatctagaaacaaattcaaaggtcatatgtgctcctcaatcacaaagacaag 212  Q
    |  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30881042 aattaggcattaatcaatttgcagacctcaccaacgaggagttcatagcatctagaaacaaattcaaaggtcatatgtgctcctcaatcacaaagacaag 30881141  T
Q  213 tagttttaagtatgaaaatgcaagtgttccatcaacagtggattggtgaaagaaaggagcagtaacaccagtgaagaaccaaggtcaatgtggtaagtgt 312  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30881142 tacttttaagtatgaaaatgcaagtgttccatcaacagtggattggagaaagaaaggagcagtaacaccagtgaagaaccaaggtcaatgtggtaagtgt 30881241  T
Q  313 ctatctaacatgtaatgcattcaattacatactatgcatgtgatcaaatattgaattgtcattgaactctg-------------------tttgtaggat 393  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||    ||||||||||||||||||||||| || |||                    ||||||||||    
T  30881242 ctatctattatgtaatgcattcaattacaaactatg----tgatcaaatattgaattgtcattaaattctagttaattttaatttacctttttgtaggat 30881337  T
Q  394 gttgttgggcattttctgctgttgcggcaaccgaaggaattcataagttgagtactgggaagttggtctctttatcggaacaagaacttgttgattgtga 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30881338 gttgttgggcattttctgctgttgcggcaaccgaaggaatccataagttgagtactgggaagttggtctctttatcggaacaagaacttgttgattgtga 30881437  T
Q  494 cacaaaaggtgtagaccaaggttgtgagggtggtcttatggatgatgctttcaaattcatcattcaaaatcatggactcaacactgaagctcaatatcct 593  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  30881438 cacaaaaggtgtagaccaaggttgtgagggtggtcttatggatgatgctttcaaattcatcattcaaaatcatggactcaacactgaagctcaatacccc 30881537  T
Q  594 tatcaaggtgttgatggaacttgcagtgcaaataaagcatccatccatgcagttaccattaccgggtatgaagatgtccctgccaacaatgagcagg 690  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30881538 tatcaaggtgttgacggaacttgcagtgcaaacaaagcatccatccatgcagttactattaccgggtatgaagatgtccctgccaacaatgagcagg 30881634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 686
Target Start/End: Original strand, 30892025 - 30892713
Alignment:
Q  19 tataaggatcttcaagaaagagagaatcgtttaaagatattcaaagaaaacgtaaattacattgaagcttccaacaatgct------aacaagccataca 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||  |||||    
T  30892025 tataaggatcttcaagaaagagagaatcgtttaaagatattcaaagaaaacgtaaattacattgaagcttccaacaatgctggcaataacaagttataca 30892124  T
Q  113 agcttggcattaatcaatttgcagacctcaccaacgaggagttcatagcatctagaaacaaattcaaaggtcatatgtgctcctcaatcacaaagacaag 212  Q
    |  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30892125 aattaggcattaatcaatttgcagacatcaccaacgaggagttcatagcatctagaaacaaattcaaaggtcatatgtgctcctcaatcacaaagacaag 30892224  T
Q  213 tagttttaagtatgaaaatgcaagtgttccatcaacagtggattggtgaaagaaaggagcagtaacaccagtgaagaaccaaggtcaatgtggtaagtgt 312  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30892225 tacttttaagtatgaaaatgcaagtgttccatcaacagtggattggagaaagaaaggagcagtaacaccagtgaagaaccaaggtcaatgtggtaagtgt 30892324  T
Q  313 ctatctaacatgtaatgcattcaattacatactatgcatgtgatcaaatattgaattgtcattgaactctg-------------------tttgtaggat 393  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||    ||||||||||||||||||||||| ||||||                    ||||||||||    
T  30892325 ctatctattatgtaatgcattcaattacaaactatg----tgatcaaatattgaattgtcattaaactctagttaattttaatttacctttttgtaggat 30892420  T
Q  394 gttgttgggcattttctgctgttgcggcaaccgaaggaattcataagttgagtactgggaagttggtctctttatcggaacaagaacttgttgattgtga 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30892421 gttgttgggcattttctgctgttgcggcaaccgaaggaatccataagttgagtactgggaagttggtctctttatcggaacaagaacttgttgattgtga 30892520  T
Q  494 cacaaaaggtgtagaccaaggttgtgagggtggtcttatggatgatgctttcaaattcatcattcaaaatcatggactcaacactgaagctcaatatcct 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||     
T  30892521 cacaaaaggtgtagaccaaggttgtgagggtggtcttatggatgatgctttcaaattcatcattcaaaatcatggactccacactgaagctcaatacccc 30892620  T
Q  594 tatcaaggtgttgatggaacttgcagtgcaaataaagcatccatccatgcagttaccattaccgggtatgaagatgtccctgccaacaatgag 686  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| || | || | || ||| | ||| ||| | || |||||||||||||| || |||||||||    
T  30892621 tatcaaggtgttgacggaacttgcagtgcaaatgaaacttcaacccctgctgctactattgctggatatgaagatgtcccggcaaacaatgag 30892713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 387 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 44731464 - 44731161
Alignment:
Q  387 gtaggatgttgttgggcattttctgctgttgcggcaaccgaaggaattcataagttgagtactgggaagttggtctctttatcggaacaagaacttgttg 486  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44731464 gtaggatgttgttgggcattttcagctgttgcagcaaccgaaggaattactaagttgagtactggaaagttggtctctttatcggaacaagaacttgttg 44731365  T
Q  487 attgtgacacaaaaggtgtagaccaaggttgtgagggtggtcttatggatgatgctttcaaattcatcattcaaaatcatggactcaacactgaagctca 586  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||       
T  44731364 attgtgacacaaaaggtgtggaccaaggttgtgagggtggtcttatggacgatgctttcaaattcatcattcaaaatcacggacttagtactgaagccgc 44731265  T
Q  587 atatccttatcaaggtgttgatggaacttgcagtgcaaataaagcatccatccatgcagttaccattaccgggtatgaagatgtccctgccaacaatgag 686  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44731264 atacccttatcaaggtgttgacggaacatgcaatgcaaacaaagcgtccattcatgcagctaccattaccgggtatgaagatgtccctgccaacaatgag 44731165  T
Q  687 cagg 690  Q
    ||||    
T  44731164 cagg 44731161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 384 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 16867854 - 16867548
Alignment:
Q  384 tttgtaggatgttgttgggcattttctgctgttgcggcaaccgaaggaattcataagttgagtactgggaagttggtctctttatcggaacaagaacttg 483  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |    
T  16867854 tttgtaggatgttgttgggcgttttctgctgttgcagcaaccgaaggaattcataagttgagtactggaaagttgatctctttatcagaacaagaactcg 16867755  T
Q  484 ttgattgtgacacaaaaggtgtagaccaaggttgtgagggtggtcttatggatgatgctttcaaattcatcattcaaaatcatggactcaacactgaagc 583  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||    
T  16867754 ttgactgtgacacgaaaggtgtggaccaaggttgtgagggtggtcttatggacgatgctttcaaattcatcattcaaaatcatggactaaataccgaagc 16867655  T
Q  584 tcaatatccttatcaaggtgttgatggaacttgcagtgcaaataaagcatccatccatgcagttaccattaccgggtatgaagatgtccctgccaacaat 683  Q
      | || ||||||||||||||||| || || ||||  ||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||    
T  16867654 caactacccttatcaaggtgttgacgggacatgcaacgcaaacaaaggatccatcaatgcagttaccattactgggtatgaagatgtcccgaccaacaat 16867555  T
Q  684 gagcagg 690  Q
    |||||||    
T  16867554 gagcagg 16867548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 44731855 - 44731545
Alignment:
Q  19 tataaggatcttcaagaaagagagaatcgtttaaagatattcaaagaaaacgtaaattacattgaagcttccaacaatgct------aacaagccataca 112  Q
    ||||||||||  |||||||| ||| | |||   |||||||||| || ||| || ||||||||||||| || |||||||| |      ||||||| |||||    
T  44731855 tataaggatccacaagaaagggaggaacgtcacaagatattcacagcaaatgtgaattacattgaagttttcaacaatgatgccaataacaagctataca 44731756  T
Q  113 agcttggcattaatcaatttgcagacctcaccaacgaggagttcatagcatctagaaacaaattcaaaggtcatatgtgctcctcaatcacaaagacaag 212  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||     
T  44731755 agttaggcattaatcaatttgcagacctcaccaatgaagagttcatagcatctagaaacaaattcaagggtcatatgtgctcctcaatcgcgaaaacaac 44731656  T
Q  213 tagttttaagtatgaaaatgcaagtg---ttccatcaacagtggattggtgaaagaaaggagcagtaacaccagtgaagaaccaaggtcaatgtggtaag 309  Q
    || ||||||||||||||||| |||||   | || || |||||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44731655 tacttttaagtatgaaaatgtaagtgcaatcccgtccacagtggattggaggaagaaaggagcagtgacacctgtgaagaaccaaggtcaatgtggtaag 44731556  T
Q  310 tgtctatctaa 320  Q
    | || ||||||    
T  44731555 tatcaatctaa 44731545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 19 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 16868229 - 16867927
Alignment:
Q  19 tataaggatcttcaagaaagagagaatcgtttaaagatattcaaagaaaacgtaaattacattgaagcttccaacaatgct------aacaagccataca 112  Q
    |||||||||  ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||  ||||| || |||||||||||||||| |||||| | |      ||||||| |||||    
T  16868229 tataaggattctcaagaaagggagaaacgtttcaagatattcactgaaaatgtgaattacattgaagctttcaacaaaggtgacaataacaagctataca 16868130  T
Q  113 agcttggcattaatcaatttgcagacctcaccaacgaggagttcatagcatctagaaacaaattcaaaggtcatatgtgctcctcaatcacaaagacaag 212  Q
      || ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  16868129 cactaggcgttaatcaatttgccgacctcaccaacgacgagttcacatcgtctagaaacaagttcaaggggcatatgtgctcttcaatcacaaggacaag 16868030  T
Q  213 tagttttaagtatgaaaatgcaagtg---ttccatcaacagtggattggtgaaagaaaggagcagtaacaccagtgaagaaccaaggtcaatgtggtaag 309  Q
    || |||||||||||||||||||||||   |||||||  | ||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| |    
T  16868029 tacttttaagtatgaaaatgcaagtgcaattccatcctcggtggattggaggaagaaaggagcagttacacctgtgaagaaccaaggacaatgtggtacg 16867930  T
Q  310 tgt 312  Q
    |||    
T  16867929 tgt 16867927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 384 - 688
Target Start/End: Original strand, 8898943 - 8899247
Alignment:
Q  384 tttgtaggatgttgttgggcattttctgctgttgcggcaaccgaaggaattcataagttgagtactgggaagttggtctctttatcggaacaagaacttg 483  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8898943 tttgtaggatgttgttgggcgttttctgctgttgcagcaaccgaaggaattcataagttgagtactggaaagttggtctctttatcagaacaagaacttg 8899042  T
Q  484 ttgattgtgacacaaaaggtgtagaccaaggttgtgagggtggtcttatggatgatgctttcaaattcatcattcaaaatcatggactcaacactgaagc 583  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8899043 ttgattgtgacacaaaaggtgtagaccaaggttgtgagggtggtcttatggatgatgctttcaaattcatcattcaaaatcatggactcaacactgaagc 8899142  T
Q  584 tcaatatccttatcaaggtgttgatggaacttgcagtgcaaataaagcatccatccatgcagttaccattaccgggtatgaagatgtccctgccaacaat 683  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||| || | |||||||||||||||||| || |||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8899143 tcaatacccctatcagggtgttgatggaacatgtaatgcaaataaagcatccattcaagcaactactattaccgggtatgaagatgttcctgccaacaat 8899242  T
Q  684 gagca 688  Q
    |||||    
T  8899243 gagca 8899247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 8e-66
Query Start/End: Original strand, 19 - 338
Target Start/End: Original strand, 8898560 - 8898888
Alignment:
Q  19 tataaggatcttcaagaaagagagaatcgtttaaagatattcaaagaaaacgtaaattacattgaagcttccaacaatgctaacaagc------cataca 112  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||| | || ||||||||||||| ||| |||| | ||||        ||||||    
T  8898560 tataaggatcatcaagaaagggagaagcgtttcaagatattcacagaaaacatgaaatacattgaagctttcaataatggtgacaataacgaatcataca 8898659  T
Q  113 agcttggcattaatcaatttgcagacctcaccaacgaggagttcatagcatctagaaacaaattcaaaggtcatatgtgctcctcaatcacaaagacaag 212  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||| || |||||     
T  8898660 aactaggcattaatcaatttgcagacctcaccaatgaggagtttgtagcatctaggaacaaattcaagggacatatgtgctcatcaatcataaggacaac 8898759  T
Q  213 tagttttaagtatgaaaatgcaagtg---ttccatcaacagtggattggtgaaagaaaggagcagtaacaccagtgaagaaccaaggtcaatgtggtaag 309  Q
    || ||||||||||||||||| |||||   | ||||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| |    
T  8898760 tacttttaagtatgaaaatgtaagtgcaatcccatctacagtggattggaggaagaaaggagcagtgacacctgtgaagaaccaaggccaatgtggtacg 8898859  T
Q  310 tgtctatctaacatgtaatgcattcaatt 338  Q
    | ||||||||| |  ||||||||| ||||    
T  8898860 tttctatctaaaaactaatgcatttaatt 8898888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 151; Significance: 2e-79; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 384 - 618
Target Start/End: Original strand, 31727101 - 31727335
Alignment:
Q  384 tttgtaggatgttgttgggcattttctgctgttgcggcaaccgaaggaattcataagttgagtactgggaagttggtctctttatcggaacaagaacttg 483  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||  || || || |||||||||||||| |||||||||||||    
T  31727101 tttgtaggatgttgttgggcgttttctgcggttgcatcaaccgaaggaattcataagttgaccacaggaaatttggtctctttatcagaacaagaacttg 31727200  T
Q  484 ttgattgtgacacaaaaggtgtagaccaaggttgtgagggtggtcttatggatgatgctttcaaattcatcattcaaaatcatggactcaacactgaagc 583  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||    
T  31727201 ttgattgtgacacaaatggtgaagaccaaggttgtgagggtggtcttatggatgatgcttttgaattcatcatccaaaataatggacttagcactgaagc 31727300  T
Q  584 tcaatatccttatcaaggtgttgatggaacttgca 618  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31727301 tgaatacccttatcaaggtgttgatggaacatgca 31727335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 237 - 314
Target Start/End: Original strand, 31726704 - 31726781
Alignment:
Q  237 tgttccatcaacagtggattggtgaaagaaaggagcagtaacaccagtgaagaaccaaggtcaatgtggtaagtgtct 314  Q
    |||||||||  ||||||||||| |  || |||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  31726704 tgttccatctgcagtggattggaggcaggaaggagcagtgacacctgtgaaaaatcaaggccaatgtggtaagtgtct 31726781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 55 - 97
Target Start/End: Original strand, 31726522 - 31726564
Alignment:
Q  55 atattcaaagaaaacgtaaattacattgaagcttccaacaatg 97  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||    
T  31726522 atattcaaagaaaatgtgaattacattgaagctttcaacaatg 31726564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 248 - 310
Target Start/End: Original strand, 54277046 - 54277108
Alignment:
Q  248 cagtggattggtgaaagaaaggagcagtaacaccagtgaagaaccaaggtcaatgtggtaagt 310  Q
    |||| |||||| |||||||||| || ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||    
T  54277046 cagttgattggagaaagaaaggtgctgtaaccccggtcaagaatcaaggtcaatgtggtaagt 54277108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University