View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16981_low_2 (Length: 681)

Name: NF16981_low_2
Description: NF16981
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16981_low_2
NF16981_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-665)||(41861659-41862338)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 529; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 41862338 - 41861659
Alignment:
Q  13 ataatactatggattgaattgaattaaatttacctgaataacattgataatgaggcctgaaagaatgaaaataatgcctacaggaagaataacaattgta 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41862338 ataatattatggattgaattgaattaaatttacctgaataacattgataatgaggcctgaaagaatgaaaataatgcctacaggaagaataacaattgta 41862239  T
Q  113 gctgggaaagccatgtctttcctaaccttctttctatgaagctaattgagaattatgaat----acgagagggatagacagagagaatgtaaaagtgtaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    |||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||    
T  41862238 gctgggaaagccatgtctttcctaaccttctttctattaagctaattgagaattatgaatgaatacgagagggagagagagagagaatgcaaaagtgtaa 41862139  T
Q  209 tttggggagaaaaagaattagatgtttgtgattaaggaataataattatgaatagctagctgtgccacgctgagttaaataaggaagcataattaaatac 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41862138 tttggggagaaaaagaattagatgtttgtgattaaggaataataattatgaatagctagctgtcccacgctgggttaaataaggaagcataattaaatac 41862039  T
Q  309 caactatggtatacaaaaaatcaaataaataagtcaataccatgtggaaaatggaaatgcaaagttggcacttcttcattcacatgttcataataataa- 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41862038 caactatggtatacaaaaaatcaaataaataagtcaataccatgtggaaaatggaaatgcaaagttggcacttcttcattcacatgttcataataataat 41861939  T
Q  408 --taattgaatttcgaagctcagttgaatctgaatgcctctccac----------------------gtaaatccttttacgtatttctattaaaagata 483  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                      ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41861938 aataattgaatttcgaagctcagttgaatctgaatgcctctccacatcaatcttcaatggtatacatgtaaatccttttacgtacttctattaaaagata 41861839  T
Q  484 gttgagttgacaatcaactttgacactatatgacatgaatttctattaaaaatttattaggattcatactaaactttagaattggattaaattgagatag 583  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41861838 gttgagttgacaatcaactttgacactatatgacatgaatttctattaaaaatttattaggattc--actaaactttagaattggataaaattgagatag 41861741  T
Q  584 ccttgagggccaaagtggaaattatcattttaatacacaattttgggtaattcttacacatgaagcaatcaaaagaactaac 665  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41861740 ccttgagggccaaagtggaaattatcattttaatacacaattttgggtaattcttacacatgaagcattcaaaagaactaac 41861659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University