View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16991_high_1 (Length: 962)

Name: NF16991_high_1
Description: NF16991
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16991_high_1
NF16991_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-958)||(28266825-28267781)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 883; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 883; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 958
Target Start/End: Original strand, 28266825 - 28267781
Alignment:
Q  1 tgtaaacatggtcatctctgctccgaccggaagtggtaaaacagtactctttgagctttgcattttgaggcttctctccaggtccatatcatctgaggga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28266825 tgtaaacatggtcatctctgctccgaccggaagtggtaaaacagtactctttgagctttgcattttgaggcttctctccaggtccatatcatctgaggga 28266924  T
Q  101 agattcatacatgtgaagggatctcttaaaacagtaagtaatttctcacaaaattccggctctgaaaacttttctattagtaatatttctctgtagtagt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28266925 agattcatacatgtgaagggatctcttaaaacagtaagtaatttctcacaaaattccggctctgaaa-cttttctattagtaatatttctctgtagtagt 28267023  T
Q  201 attgatttgtgttcaagaaagataaaactggtagacgggttctctttcttttagtgtcagtggggtaaacccagtacttttttgccacaaagaagactga 300  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  28267024 attgatttgtgttcaagaaaggtaaaactggtagacaggttctctttcttttagtgtcagtggtgtaaacccagtacttttt-gccataaagaagactga 28267122  T
Q  301 tattgtattggtgcataaaaaacagtctacgcttttgtatggtgaatcactgaataatttgaagcttacaacttgaaatctattttcattatcatgtctt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267123 tattgtattggtgcataaaaaacagtctacgcttttgtatggtgaatcactgaataatttgaagcttacaacttgaaatctattttcattatcatgtctt 28267222  T
Q  401 gttaactaattattggtacggttatctttttacttggtgtcaagatctatattgccccatctaaggctttagttcaggagaaggtccgtgattggaatca 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267223 gttaactaattattggtacggttatctttttacttggtgtcaagatctatattgccccatctaaggctttagttcaggagaaggtccgtgattggaatca 28267322  T
Q  501 gaaatttggaccatgggggatttgttgcctggagctgacaggtgacaatgaatcttacactccaagaaatataaatgaagcagatatcattctaaccact 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267323 gaaatttggaccatgggggatttgttgcctggagctgacaggtgacaatgaatcttacactccaagaaatataaatgaagcagatatcattctaaccact 28267422  T
Q  601 ccagaggtcagtattcaaatgagagttatctaaacataagtataccaagacactttaatctttagtgtactttcctgtttc-nnnnnnnncctttgaaat 699  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||    
T  28267423 ccagaggtcagtattcaaatgagagttatctaaacataagtataccaagacactttaatctttagtgtactttcctgtttctttttttttcctttgaaat 28267522  T
Q  700 attaaatggacatagatttcaaagtaatcataaattatgatgtttatgcacgtattcctcaatccaaagagacacaataaacatttatttttcctgtcag 799  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267523 attaaatggacatagatttcaaagcaatcataaattatgatgtttatgcatgtattcctcaatccaaagagacacaataaacatttatttttcctgtcag 28267622  T
Q  800 actgacacacacactgactgatttgttgacactatgaggtggctaaagttcatttttcaatgaatagaaatttgatgcagtgtcgcgatatggtatagaa 899  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267623 actgacacacacactgactgatttgttgacactatgaggtggctaaagttcatttttcaatgaatagaaatttgatgcagtgtcgcgatatggtatagaa 28267722  T
Q  900 agcggtggtttgagttttttcagtgacatagcacttctactaattgatgatgtccatct 958  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28267723 agcggtggtttgagttttttcagtgacatagcacttctactaattgatgaagtccatct 28267781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University