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 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16991_high_7 (Length: 612)

Name: NF16991_high_7
Description: NF16991
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16991_high_7
NF16991_high_7
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-596)||(34231827-34232422)
chr5 (1-568)||(34239579-34240137)
chr5 (43-499)||(42129461-42129914)
chr5 (91-498)||(41712663-41713070)
chr5 (174-371)||(41571205-41571402)
chr5 (42-276)||(42124306-42124540)
chr5 (181-281)||(41432339-41432439)
chr5 (425-507)||(41571459-41571541)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (41-559)||(12249003-12249515)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (27-499)||(8523613-8524085)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (43-355)||(25522086-25522398)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (179-272)||(11118949-11119042)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 568; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 568; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 596
Target Start/End: Original strand, 34231827 - 34232422
Alignment:
Q  1 gttttcaacagctagttcattttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatct 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34231827 gttttcaacagctagttcgttttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatct 34231926  T
Q  101 atcaaacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaa 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34231927 atcaaacaatcaacttacagggcatatcagtgcaatctcgtcctattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaa 34232026  T
Q  201 tcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactttggcaaacttcaaaatttgt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34232027 tcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactttggcaaacttcaaaatttgt 34232126  T
Q  301 attctttgtccccttcacagaatacacaattatcactaacctttgaatccaatgttagttacaatttttctcatctaagggaattggatttatcttctat 400  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34232127 attctttgtccctttcacagaatacacaattatcactaacctttgaatccaatgtcagttacaatttttctcatctaagggaattggatttgtcttctat 34232226  T
Q  401 caacttgacaaactttcccatattatcagaaaaattcctaagtttggattattttgatttgtccaataacaatcttaatggaagggtgccaaattggttg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34232227 caacttgacaaactttcccatattatcagaaaaattcctaagtttggattattttgatttgtccaataacaatcttaatggaagggtgccaaattggttg 34232326  T
Q  501 tttgaaacagcagaatctttgaacctctctcaaaattgcttcacttcaatagaccaaatctcaaggaatgttgaccagcttggtagtcttgatctt 596  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34232327 tttgaaacagcagaatctttgaacctctctcaaaattgcttcacttcaatagaccaaatctcaaggaatgttgatcagcttggtagtcttgatctt 34232422  T

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Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 568
Target Start/End: Original strand, 34239579 - 34240137
Alignment:
Q  1 gttttcaacagctagttcattttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatct 100  Q
    |||||||| ||||| || ||||  | ||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||  | | |||||    
T  34239579 gttttcaaaagctaatttatttgaggttaaatgacaacttgctaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccttctttggtacttctgtatct 34239678  T
Q  101 atcaaacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaa 200  Q
    ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||| || ||||| ||||||  ||||  |||| ||   ||||||||||||||  |||||||| |     
T  34239679 atcaaacaatcgacttacagggcctatcagtgaaatctcatcatattccttagagtatctatctctatgcaacaacaagctacaaggtgatattccaaat 34239778  T
Q  201 tcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactttggcaaacttcaaaatttgt 300  Q
    |||||||||||||||| |||  ||  |  | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||| |||     
T  34239779 tcaattttcaaccttgcaaacctaattacactatgtctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaagactttacaaaacttcaaaaattgg 34239878  T
Q  301 attctttgtccccttcacagaatacacaattatcactaacctttgaatccaatgttagttacaatttttctcatctaagggaattggatttatcttctat 400  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||  ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| |||||||||| ||||   |||||||||| |||||  |    
T  34239879 attctctgtccctttcacataatagccaattatcactaaactttgaatacaatgttacttaccatttttctcaactaacaaaattggatttgtcttcctt 34239978  T
Q  401 caacttgacaaactttcccatattatcagaaaaattcctaagtttggattattttgatttgtccaataacaatcttaatggaagggtgccaaattggttg 500  Q
     |  |||||  | ||||| | ||||| || ||||   |||      || |   ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | ||||||||     
T  34239979 gagtttgactgaatttcctaaattattaggaaaa---cta------gaatcacttgatttgtccaataacaaacttaatggaacagtgtccaattggtta 34240069  T
Q  501 tttgaaacagcagaatctttgaacctctctcaaaattgcttcacttcaatagaccaaatctcaaggaa 568  Q
     |||||||| ||  ||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34240070 cttgaaacatcaagatctttgaacctctctcaaaacttgttcacatcaatagaccaaatctcaaggaa 34240137  T

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Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 43 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 42129914 - 42129461
Alignment:
Q  43 taaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcaaacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtc 142  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||| |  |||||  ||||||||| ||||   ||||| ||||||||| ||||||||| ||    
T  42129914 taaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccgtctttggttcatttagttctatcaaataatcgtcttacaaggcatatcactgcaatctcatc 42129815  T
Q  143 gtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatca 242  Q
     ||||| ||| ||   ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||| || |  |||||||||||    
T  42129814 atattccttaaagaagctagatctaagcggcaacaagctacaaggcaatattccaaaatctattttcaaccttgcaaacttaactttgctagatctatca 42129715  T
Q  243 tcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactttggcaaacttcaaaatttgtattctttgtccccttcacagaatacacaattatcactaacct 342  Q
    |||||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||  |||||||||| ||||| |  || |||| | |||||| ||||  ||||||||| |||| |    
T  42129714 tcaaacaacttgagtgatgttattgattttcaacacttttccaaacttcaatatttgaaaactctgtcactttcacataatagccaattatcattaacat 42129615  T
Q  343 ttgaatccaatgttagttacaatttttctcatctaagggaattggatttatcttctatcaacttgacaaactttcccatattatcagaaaaattcctaag 442  Q
    ||||| ||||||| | ||||||||||||| |||||    |||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||   ||||||  ||| ||| |      
T  42129614 ttgaacccaatgtcaattacaatttttcttatctatcaaaattggatttgtcttctatcaatttgacagaatttccca---tatcagggaaagtcccatt 42129518  T
Q  443 tttggattattttgatttgtccaataacaatcttaatggaagggtgccaaattggtt 499  Q
     || |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  42129517 gttagattctcttgatttgtccaataacaaacttaatggaaaggtgccagattggtt 42129461  T

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Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 91 - 498
Target Start/End: Original strand, 41712663 - 41713070
Alignment:
Q  91 atttatatctatcaaacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaa 190  Q
    ||||| |||||||||| || | | ||| ||||||||||| ||||||||| || ||||| |||||||  ||| |||||  ||| ||||| ||| |||||||    
T  41712663 atttagatctatcaaataaccgacttatagggcatatcattgcaatctcatcatattccttagaggagctatatctattcggcaacaaactagaaggcaa 41712762  T
Q  191 tattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactttggcaaactt 290  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||  || ||  | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||||   | |||||    
T  41712763 tattccagaatcaattttcaaacttataaacctaactagactagacctatcatcaaacaacttcagtggtgttgttgattttcaatacttctccgaactt 41712862  T
Q  291 caaaat-ttgtattctttgtccccttcacagaatacacaattatcactaacctttgaatccaatgttagttacaatttttctcatctaagggaattggat 389  Q
    |||||| | ||| ||| |||||| |||||  ||||  ||||| ||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  41712863 caaaatctagta-tctctgtccctttcacttaataatcaattgtcactaaactttgaatccattgtcaattacaatttttctcaactaatagaattggat 41712961  T
Q  390 ttatcttctatcaacttgacaaactttcccatattatcagaaaaattcctaagtttggattattttgatttgtccaataacaatcttaatggaagggtgc 489  Q
    ||||||||| | |  |||||    ||| | | |||||||| |||| |   || |||| | ||||||||| |||| ||||||||  |||||||||| ||||    
T  41712962 ttatcttctttgagtttgactcgattttcaaaattatcaggaaaactttcaaatttgaaatattttgatctgtctaataacaaaattaatggaagagtgc 41713061  T
Q  490 caaattggt 498  Q
    |||||||||    
T  41713062 caaattggt 41713070  T

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Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 174 - 371
Target Start/End: Original strand, 41571205 - 41571402
Alignment:
Q  174 aacaagctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttc 273  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||  || ||  | ||   || ||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  41571205 aacaagctacaaggcgatattcctgaatctattttcaaccttgtaaacctaactacactatgcctgtcatcaaacaacttgagtggtattgtcaatttta 41571304  T
Q  274 aacactttggcaaacttcaaaatttgtattctttgtccccttcacagaatacacaattatcactaacctttgaatccaatgttagttacaatttttct 371  Q
    || |||||  |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||  ||||||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41571305 aatacttttccaaacttcaaaatttgaattctctgtccctttcacataatagtcaattatcaccgaactttgaatccaatgtcagttacaatttttct 41571402  T

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Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 42 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 42124540 - 42124306
Alignment:
Q  42 ctaaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcaaacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgt 141  Q
    ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||  ||||  || |||| |||||||| | |||| | |||||||||||||||||| ||| || |    
T  42124540 ctaaatggaacagttccttcctccttgttatctttgccttctttggcaattttagatctatcatataatcgacttacagggcatatcagtgaaatatcat 42124441  T
Q  142 cgtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatc 241  Q
    | ||||| ||| |    |||| |||| ||   |||| |||||||||||||||||| || || |||||||||||   |||  || ||   |||  ||||||    
T  42124440 catattctttaaacatgctaactctaagcaacaacaggctacaaggcaatattcctgagtccattttcaacctaacaaaactatctcacttaattctatc 42124341  T
Q  242 atcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaac 276  Q
     || ||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  42124340 ttcgaacgacttgagtggtcttgtcaattttcaac 42124306  T

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Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 181 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 41432439 - 41432339
Alignment:
Q  181 tacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactt 280  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |  ||   ||   |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| |||    
T  41432439 tacaaggaaatattccagaatcacttttcaaccttgtaaaccttactaacttgtgtctatcttcaaataacttgagtggttttgtcaattttaaactctt 41432340  T
Q  281 t 281  Q
    |    
T  41432339 t 41432339  T

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Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 425 - 507
Target Start/End: Original strand, 41571459 - 41571541
Alignment:
Q  425 atcagaaaaattcctaagtttggattattttgatttgtccaataacaatcttaatggaagggtgccaaattggttgtttgaaa 507  Q
    ||||| ||||||||  ||||||   ||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||    
T  41571459 atcaggaaaattccctagtttgagatatcttgatttgtccaacaacaaactttatggaagagtgcccaattggttgcttgaaa 41571541  T

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Target: chr2 (Bit Score: 118; Significance: 7e-60; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 41 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 12249515 - 12249003
Alignment:
Q  41 tctaaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcaaacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcg 140  Q
    ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||  ||||  | || || | || |||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||     
T  12249515 tctaaacggaacaattcctcccaccttgttatctttgccttctttggaacatctagagctgtcaaacaatcgatttacaggacatatcagtgcaatctca 12249416  T
Q  141 tcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctat 240  Q
    ||||||||||||||  | ||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  ||   || ||  | ||||| |||    
T  12249415 tcgtattcgttagatacgctatatctatctggtaacaagctacaaggcaatattccaaaatccattttcaaccttacaaccctaactagactagatttat 12249316  T
Q  241 catcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactttggcaaacttcaaaatttgtattctttgtccccttcacagaatacacaattatcactaac 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||  |||||||||    |||| || | |||||| |||||| ||||  ||||||||||||||    
T  12249315 catcaaacaacttgagtggtgttgttgattttcaactcttttccaaacttcattggttgttttttctgtccctttcacataatagccaattatcactaac 12249216  T
Q  341 ctttgaatccaatgttagttacaatttttctcatctaagggaattggatttatcttctatcaacttgacaaactttcccatattatcaga-aaaattcct 439  Q
    ||||||||||||||| |||| || ||  || |  |||||   |||| ||||  ||||| |||| |||||| | |||||||       |||   ||||||     
T  12249215 ctttgaatccaatgtcagtttcatttactcccgactaagaatattgtattttccttctgtcaatttgacagaatttccca-------agattgaattccc 12249123  T
Q  440 aagtttggattattttgatttgtccaataacaatcttaatggaagggtgccaaattggttgtttgaaacagcagaatctttgaacctctctcaaaattgc 539  Q
    ||| || |||| | |||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||||| ||  |||  |     
T  12249122 aagattagattctcttgatttgtcaaataataaacttaatggaagcgtgcccaattggttgcttgaaatatcaggatctttgaacctcgctggaaaccgt 12249023  T
Q  540 ttcacttcaatagaccaaat 559  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  12249022 ttcacttccatagaccaaat 12249003  T

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Target: chr3 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 27 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 8524085 - 8523613
Alignment:
Q  27 ttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcaaacaatcaaattacagggcata 126  Q
    ||||||||||||   ||||| || ||||||||| |||| |||||||| |||||   |||||||   ||| || ||||||| |||||| |||||||| |||    
T  8524085 ttaaatgacaacttgctaaatggtacaattcctccctccttgttatccttgccatttttgctagtattagatttatcaaataatcaacttacagggaata 8523986  T
Q  127 tcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagc 226  Q
    |||| |||||||| || ||||| ||||||  ||||  |||| |    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  ||      
T  8523985 tcagcgcaatctcatcatattccttagagtttctatctctaagtaacaacaggctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttgcaaacctaag 8523886  T
Q  227 tgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactttggcaaacttcaaaatttgtattctttgtccccttcacagaataca 326  Q
    |  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||  ||| |||||| ||||| | | ||||   | |||| | ||||      
T  8523885 tagactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaatttccaaaacatttccaaccttcaacatttgaaatttttgcagctttcagataatagc 8523786  T
Q  327 caattatcactaacctttgaatccaatgttagttacaatttttctcatctaagggaattggatttatcttctatcaacttgacaaactttcccatattat 426  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||| ||| | ||| | ||||| | |||||| |||||||| ||| |||||| | |  |||||  | ||||| |  || |    
T  8523785 caattatcagtaaactttgaatccagtgtcaattatagtttttttgatctaatggaattgggtttgtcttctttgagtttgactgagtttcctaacttct 8523686  T
Q  427 cagaaaaattcctaagtttggattattttgatttgtccaataacaatcttaatggaagggtgccaaattggtt 499  Q
    |||||||| ||| ||  ||||  ||| ||||| |||| ||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||    
T  8523685 cagaaaaactcccaatgttggtatatcttgatctgtctaataacaaaattagtggaagtgtgccaaattggtt 8523613  T

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Target: chr6 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 43 - 355
Target Start/End: Original strand, 25522086 - 25522398
Alignment:
Q  43 taaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcaaacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtc 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||||||||| ||||||| | |||||||   ||||||||||| ||| ||    
T  25522086 taaatggaacaattccttcctctttgttatctttgccttctttggtatatttatatctatctaacaatcgacttacaggatctatcagtgcaacctcatc 25522185  T
Q  143 gtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatca 242  Q
     ||||| ||||||  | ||||||||  |   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||  || ||    ||  ||||||     
T  25522186 atattccttagagagtttaaatctatacaacaacaagctacaaggcaatattccagaatccattttcaatcttacaaacctaactaatctaattctatct 25522285  T
Q  243 tcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactttggcaaactt-caaaatttgtattctttgtccccttcacagaatacacaattatcactaacc 341  Q
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T  25522286 ttaaacgacttgagtggttttgtcaattttcaacacttttccaaacttacaaatcttcgatt-tttatccctttcatggaatactcaattgtcactaaac 25522384  T
Q  342 tttgaatccaatgt 355  Q
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T  25522385 ttcgaatccaatgt 25522398  T

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Target: chr4 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 179 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 11119042 - 11118949
Alignment:
Q  179 gctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaatttt 272  Q
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T  11119042 gctacaaggcaatattccagaatgcattttcagcctaacaaagctagatgaactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaatttt 11118949  T

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