View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16991_low_3 (Length: 811)

Name: NF16991_low_3
Description: NF16991
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16991_low_3
NF16991_low_3
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (120-488)||(25382723-25383090)
chr5 (685-799)||(25382105-25382219)
chr5 (17-133)||(25383109-25383241)
chr5 (600-685)||(25382512-25382597)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (120-488)||(10123322-10123690)
chr6 (120-488)||(19306734-19307118)
chr6 (685-799)||(19307622-19307736)
chr6 (600-684)||(19307246-19307329)
chr6 (31-133)||(10123185-10123303)
chr6 (80-133)||(19306662-19306715)
chr6 (628-685)||(10123824-10123880)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (120-488)||(28245078-28245463)
chr1 (216-461)||(11474694-11474939)
chr1 (216-461)||(11502734-11502979)
chr1 (685-799)||(11473992-11474106)
chr1 (685-799)||(50019513-50019627)
chr1 (717-799)||(28245962-28246044)
chr1 (31-133)||(28244941-28245059)
chr1 (600-682)||(50019058-50019139)
chr1 (628-685)||(11474398-11474454)
chr1 (628-684)||(28245597-28245652)
chr1 (220-262)||(11474970-11475012)
chr1 (220-262)||(11503010-11503052)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (123-488)||(22490323-22490703)
chr7 (80-135)||(22490249-22490304)
chr7 (17-76)||(22490164-22490223)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (216-488)||(38252027-38252299)
chr2 (216-488)||(43157243-43157515)
chr2 (685-799)||(38252760-38252874)
chr2 (685-799)||(43156668-43156782)
chr2 (628-685)||(38252412-38252468)
chr2 (628-685)||(43157074-43157130)
chr2 (220-262)||(38251954-38251996)
chr2 (220-262)||(43157546-43157588)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (162-411)||(48795375-48795628)
chr4 (404-488)||(48794550-48794634)
chr4 (17-84)||(48795637-48795704)
chr4 (17-133)||(44574345-44574476)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 120 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 25383090 - 25382723
Alignment:
Q  120 acacaatgtacatgtattatgaaacaactcaatataattgtaaatatttaattcaatatggatgtgcaattgaaacaattcaataagcgaaaaaatgcat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25383090 acacaatgtacatgtattatgaaacaactcaatataattgttaatatttaattcaatatggatgtgcaattgaaacaactcaataagcgaaaaaatgcat 25382991  T
Q  220 aaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaattaggctagcaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagtcaatgtatggcagaggc 319  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25382990 aaatagaatcgaacaaatgacagaggctgctataacacaattaggctagcaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagtcaatgtatggcagaggc 25382891  T
Q  320 tgctataacactactactataattcagcaggnnnnnnntgggacaaaccccaaaaaatacccaccatggggaactaaagctgctgctataacaacttagc 419  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25382890 tgctataacactactgctataattcagcagg-aaaaaatgggacaaaccccaaaaaatacccaccatggggaactaaagctgctgctataacaacttagc 25382792  T
Q  420 agaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacaggagccaaaataacactactaagtggtttt 488  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25382791 agaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacaggagccaaaataacactactaagtggtttt 25382723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 685 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 25382219 - 25382105
Alignment:
Q  685 cttttttctttaggtggagtgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgagtcgtaccc 784  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  25382219 cttttttctttaggtggagcgcggctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtacct 25382120  T
Q  785 tgaactcctttgctt 799  Q
    ||||| |||||||||    
T  25382119 tgaacccctttgctt 25382105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 17 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 25383241 - 25383109
Alignment:
Q  17 aagaaattatgtaaatgaggtggtaaaaatgttcaatatgatgaagtgtaatgtttcaaagaca----------------tcaaattggtggaagatgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||| ||||||||    
T  25383241 aagaaattatgtaaatgaggtgctaaaaatgttcaatatgatgaagtgtaatgtttcaaagacatcaatggaaatcaatatcaaattggtgaaagatgaa 25383142  T
Q  101 gcagagaaagttgttgacaacacaatgtacatg 133  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25383141 gcagagaaagttgttgacaacacaatgtacatg 25383109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 600 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 25382597 - 25382512
Alignment:
Q  600 cagcaaaaacagttactgcactttcatgaatgcagcagcgccagtgcccccctatgcattcattccattcaaataggttggccccc 685  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25382597 cagcaaaaacaattgctacactttcatgaatgcaacagtgctagtgcccccctatgcattcattccattcaaataggttggccccc 25382512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 120 - 488
Target Start/End: Original strand, 10123322 - 10123690
Alignment:
Q  120 acacaatgtacatgtattatgaaacaactcaatataattgtaaatatttaattcaatatggatgtgcaattgaaacaattcaataagcgaaaaaatgcat 219  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  10123322 acacaatgtacatgtattataaaacaactcaatataattgttaatatttaattcaatatggatgtgcaattgaaacaactcaataagcgaaaaaacgcat 10123421  T
Q  220 aaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaattaggctagcaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagtcaatgtatggcagaggc 319  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10123422 aaatagaaacgaacaaatgatagaggctgctataacacaattaggctaacaaaatattgtatattgcattcaaaatacaaagtcaatgtatggcagaagc 10123521  T
Q  320 tgctataacactactactataattcagcaggnnnnnnntgggacaaaccccaaaaaatacccaccatggggaactaaagctgctgctataacaacttagc 419  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10123522 tgctataaaactactgctataattcagcaggaaaaaaatgggacaaaccgcaaaaaatacccaccatggggaactaaagttgctgctataacaacttagc 10123621  T
Q  420 agaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacaggagccaaaataacactactaagtggtttt 488  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10123622 agaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacaggatccaaaataacactactaagtggtttt 10123690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 120 - 488
Target Start/End: Original strand, 19306734 - 19307118
Alignment:
Q  120 acacaatgtacatgtattatgaaacaactcaatataattgtaaatatttaattcaatatggatgtgcaattgaaacaattcaataa-------------- 205  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||                  
T  19306734 acacaatgtacatgtattataaaacaactcaatataattgttaatatttaattcaatatggatgtgcaattgaaacaacttaataagcgaaaaaattcat 19306833  T
Q  206 --gcgaaaaaatgcataaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaattaggctagcaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagtc 303  Q
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19306834 aagcgaaaaaacgcataaatagaaacgaacaaatgatagaggctgctataacacaattaggctagcaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagtc 19306933  T
Q  304 aatgtatggcagaggctgctataacactactactataattcagcaggnnnnnnntgggacaaaccccaaaaaatacccaccatggggaactaaagctgct 403  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19306934 aatgtatggcagaagctgctataacactactgctataattcagcaggaaaaaaatgggacaaaccccaaaaaatacccaccatggggaactaaagctgct 19307033  T
Q  404 gctataacaacttagcagaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacaggagccaaaataacactactaagtggtttt 488  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  19307034 gctataacaacttagcagaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacaggatccaaaataacactactaagtgatttt 19307118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 685 - 799
Target Start/End: Original strand, 19307622 - 19307736
Alignment:
Q  685 cttttttctttaggtggagtgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgagtcgtaccc 784  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19307622 cttttttctttaggtggagcgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccaaacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccc 19307721  T
Q  785 tgaactcctttgctt 799  Q
    ||||| |||||||||    
T  19307722 tgaacccctttgctt 19307736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 600 - 684
Target Start/End: Original strand, 19307246 - 19307329
Alignment:
Q  600 cagcaaaaacagttactgcactttcatgaatgcagcagcgccagtgcccccctatgcattcattccattcaaataggttggcccc 684  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19307246 cagcaaaaacagttgctgcactttcatgaatgcagcaacgccagtg-ccccctatgaattcattccattcaaataggttggcccc 19307329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 31 - 133
Target Start/End: Original strand, 10123185 - 10123303
Alignment:
Q  31 atgaggtggtaaaaatgttcaatatgatgaagtgtaatgtttcaaagac----------------atcaaattggtggaagatgaagcagagaaagttgt 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  10123185 atgaggtgctaaaaatgttcaatatgatgaagtgtaatgtttcaaagacatcaatggaaaccaatatcaaattggtgaaagatgaaacagagaaagttgt 10123284  T
Q  115 tgacaacacaatgtacatg 133  Q
    |||||||||||||||||||    
T  10123285 tgacaacacaatgtacatg 10123303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 80 - 133
Target Start/End: Original strand, 19306662 - 19306715
Alignment:
Q  80 atcaaattggtggaagatgaagcagagaaagttgttgacaacacaatgtacatg 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19306662 atcaaattggtgaaagatgaagcagagaaagttgttgacaacacaatgtacatg 19306715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 628 - 685
Target Start/End: Original strand, 10123824 - 10123880
Alignment:
Q  628 aatgcagcagcgccagtgcccccctatgcattcattccattcaaataggttggccccc 685  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10123824 aatgcagcaacgccagtgcccc-ctatgcattcattccattcaaataggttggccccc 10123880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 265; Significance: 1e-147; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 120 - 488
Target Start/End: Original strand, 28245078 - 28245463
Alignment:
Q  120 acacaatgtacatgtattatgaaacaactcaatataattgtaaatatttaattcaatatggatgtgcaattgaaacaattcaataagcgaaaaaatgcat 219  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28245078 acacaatgtacatgtattataaaacaactcaatataattgttaatatttaattcaatatggatgtgcaattgaaacaactcaataagcgaaaaaatgcat 28245177  T
Q  220 aa-----------------atagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaattaggctagcaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagt 302  Q
    ||                 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28245178 aagcgaaaaaaacgcataaatagaaacaaacaaatgacagaggctgctataacacaattaggctaacaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagt 28245277  T
Q  303 caatgtatggcagaggctgctataacactactactataattcagcaggnnnnnnntgggacaaaccccaaaaaatacccaccatggggaactaaagctgc 402  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28245278 caatgtatggcagaagctgctataaaactactgctataattcagcaggaaaaaaatgggacaaaccccaaaaaatacccaccatggggaactaaagttgc 28245377  T
Q  403 tgctataacaacttagcagaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacaggagccaaaataacactactaagtggtttt 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  28245378 tgctataacaacttagcagaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacaggatccaaaataacattactaagtggtttt 28245463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 216 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 11474939 - 11474694
Alignment:
Q  216 gcataaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaattaggctagcaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagtcaatgtatggcag 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11474939 gcataaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaattaagctagcaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagtcaatgtatggcag 11474840  T
Q  316 aggctgctataacactactactataattcagcaggnnnnnnntgggacaaaccccaaaaaatacccaccatggggaactaaagctgctgctataacaact 415  Q
    | |||||||||| | | || |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11474839 aagctgctataaaagtgctgctataattcagcaggaaaaaaatgggacaaaccccaaaaaatacccaacatggggaactaaagttgctgctataacaact 11474740  T
Q  416 tagcagaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacagga 461  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11474739 tagcagaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacagga 11474694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 216 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 11502979 - 11502734
Alignment:
Q  216 gcataaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaattaggctagcaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagtcaatgtatggcag 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11502979 gcataaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaattaagctagcaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagtcaatgtatggcag 11502880  T
Q  316 aggctgctataacactactactataattcagcaggnnnnnnntgggacaaaccccaaaaaatacccaccatggggaactaaagctgctgctataacaact 415  Q
    | |||||||||| | | || |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11502879 aagctgctataaaagtgctgctataattcagcaggaaaaaaatgggacaaaccccaaaaaatacccaacatggggaactaaagttgctgctataacaact 11502780  T
Q  416 tagcagaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacagga 461  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11502779 tagcagaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacagga 11502734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 685 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 11474106 - 11473992
Alignment:
Q  685 cttttttctttaggtggagtgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgagtcgtaccc 784  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11474106 cttttttctttaggtggagcgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccc 11474007  T
Q  785 tgaactcctttgctt 799  Q
    ||||| |||||||||    
T  11474006 tgaacccctttgctt 11473992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 685 - 799
Target Start/End: Original strand, 50019513 - 50019627
Alignment:
Q  685 cttttttctttaggtggagtgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgagtcgtaccc 784  Q
    |||||||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  50019513 cttttttctttacgtggagcgcaactagatgtagcgcgactttgctggttttccagaaaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccc 50019612  T
Q  785 tgaactcctttgctt 799  Q
    ||||| |||||||||    
T  50019613 tgaacccctttgctt 50019627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 717 - 799
Target Start/End: Original strand, 28245962 - 28246044
Alignment:
Q  717 agcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgagtcgtaccctgaactcctttgctt 799  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  28245962 agcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggttgtaccctgaacccctttgctt 28246044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 31 - 133
Target Start/End: Original strand, 28244941 - 28245059
Alignment:
Q  31 atgaggtggtaaaaatgttcaatatgatgaagtgtaatgtttcaaagac----------------atcaaattggtggaagatgaagcagagaaagttgt 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  28244941 atgaggtgctaaaaatgttcaatatgatgaagtgtaatgtttcaaagacatcaatggaaaccaatatcaaattggtgaaagatgaaacagagaaagttgt 28245040  T
Q  115 tgacaacacaatgtacatg 133  Q
    |||||||||||||||||||    
T  28245041 tgacaacacaatgtacatg 28245059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 600 - 682
Target Start/End: Original strand, 50019058 - 50019139
Alignment:
Q  600 cagcaaaaacagttactgcactttcatgaatgcagcagcgccagtgcccccctatgcattcattccattcaaataggttggcc 682  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||  || |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  50019058 cagcaaaaacagttgctgcactgtcatgacagccgcagcgcccgtgcccc-ctatgcattcattccattcaaataggctggcc 50019139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 628 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 11474454 - 11474398
Alignment:
Q  628 aatgcagcagcgccagtgcccccctatgcattcattccattcaaataggttggccccc 685  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11474454 aatgcagcaacgccagtgccccc-tatgcattcattccattcaaataggttggccccc 11474398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 628 - 684
Target Start/End: Original strand, 28245597 - 28245652
Alignment:
Q  628 aatgcagcagcgccagtgcccccctatgcattcattccattcaaataggttggcccc 684  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28245597 aatgcagcaacgccagtgcccc-ctatgcattcattccattcaaataggttggcccc 28245652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 220 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 11475012 - 11474970
Alignment:
Q  220 aaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaatta 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11475012 aaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaatta 11474970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 220 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 11503052 - 11503010
Alignment:
Q  220 aaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaatta 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11503052 aaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaatta 11503010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 123 - 488
Target Start/End: Original strand, 22490323 - 22490703
Alignment:
Q  123 caatgtacatgtattatgaaacaactcaatataattgtaaatatttaattcaatatggatgtgcaattgaaacaattcaataa----------------g 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||                |    
T  22490323 caatgtacatgtattatgaaacaactcaatataattgttaatattcaattcaatattgatgtgcaattgaaacaactcaataagcgaaaaaatgcataag 22490422  T
Q  207 cgaaaaaatgcataaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaattaggctagcaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagtcaat 306  Q
    ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22490423 cgaaaaaactcataaatacaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaattaggctagcaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagtcaat 22490522  T
Q  307 gtatggcagaggctgctataacactactactataattcagcaggnnnnnnntgggacaaaccccaaaaaatacccaccatggggaactaaagctgctgct 406  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22490523 gtatggcagaagctgctataacactactgctataattcagcagg-aaaaaatgggacaaaccccaaaaaatacccaccatggggaaccaaagctgctgct 22490621  T
Q  407 ataacaacttagcagaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacaggagccaaaataacactactaagtggtttt 488  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22490622 ataacaacttagtagaggtgtggctgcacaatcctaagacatcacactaacagcagccaaaataacactactaagtggtttt 22490703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 80 - 135
Target Start/End: Original strand, 22490249 - 22490304
Alignment:
Q  80 atcaaattggtggaagatgaagcagagaaagttgttgacaacacaatgtacatgta 135  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22490249 atcaaattggtgaaagatgaagcagagaaagttgttgacaacacaatgtacatgta 22490304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 76
Target Start/End: Original strand, 22490164 - 22490223
Alignment:
Q  17 aagaaattatgtaaatgaggtggtaaaaatgttcaatatgatgaagtgtaatgtttcaaa 76  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22490164 aagaaattatgtaagtgaggtgctaaaaatgttcaatatgatgaagtgtaatgttacaaa 22490223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 216 - 488
Target Start/End: Original strand, 38252027 - 38252299
Alignment:
Q  216 gcataaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaattaggctagcaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagtcaatgtatggcag 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38252027 gcataaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaattaagctagcaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagtcaatgtatggcag 38252126  T
Q  316 aggctgctataacactactactataattcagcaggnnnnnnntgggacaaaccccaaaaaatacccaccatggggaactaaagctgctgctataacaact 415  Q
    | |||||||||| | | || |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38252127 aagctgctataaaagtgctgctataattcagcaggaaaaaaatgggacaaaccccaaaaaatacccaccatggggaactaaagttgctgctataacaact 38252226  T
Q  416 tagcagaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacaggagccaaaataacactactaagtggtttt 488  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  38252227 tagcagaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacaggatccaaaataacattactaagtggtttt 38252299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 216 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 43157515 - 43157243
Alignment:
Q  216 gcataaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaattaggctagcaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagtcaatgtatggcag 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43157515 gcataaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaattaagctagcaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagtcaatgtatggcag 43157416  T
Q  316 aggctgctataacactactactataattcagcaggnnnnnnntgggacaaaccccaaaaaatacccaccatggggaactaaagctgctgctataacaact 415  Q
    | |||||||||| | | || |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43157415 aagctgctataaaagtgctgctataattcagcaggaaaaaaatgggacaaaccccaaaaaatacccaacatggggaactaaagttgctgctataacaact 43157316  T
Q  416 tagcagaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacaggagccaaaataacactactaagtggtttt 488  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  43157315 tagcagaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacaggatccaaaataacattactaagtggtttt 43157243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 685 - 799
Target Start/End: Original strand, 38252760 - 38252874
Alignment:
Q  685 cttttttctttaggtggagtgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgagtcgtaccc 784  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38252760 cttttttctttaggtggagcgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccc 38252859  T
Q  785 tgaactcctttgctt 799  Q
    ||||| |||||||||    
T  38252860 tgaacccctttgctt 38252874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 685 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 43156782 - 43156668
Alignment:
Q  685 cttttttctttaggtggagtgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgagtcgtaccc 784  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43156782 cttttttctttaggtggagcgcgcctagatgtagcgcgactatgctgtttttccagacaacttttgtgtcgcttaattcgctttgaaccgggtcgtaccc 43156683  T
Q  785 tgaactcctttgctt 799  Q
    ||||| |||||||||    
T  43156682 tgaacccctttgctt 43156668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 628 - 685
Target Start/End: Original strand, 38252412 - 38252468
Alignment:
Q  628 aatgcagcagcgccagtgcccccctatgcattcattccattcaaataggttggccccc 685  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38252412 aatgcagcaacgccagtgcccc-ctatgcattcattccattcaaataggttggccccc 38252468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 628 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 43157130 - 43157074
Alignment:
Q  628 aatgcagcagcgccagtgcccccctatgcattcattccattcaaataggttggccccc 685  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43157130 aatgcagcaacgccagtgccccc-tatgcattcattccattcaaataggttggccccc 43157074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 220 - 262
Target Start/End: Original strand, 38251954 - 38251996
Alignment:
Q  220 aaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaatta 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38251954 aaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaatta 38251996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 220 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 43157588 - 43157546
Alignment:
Q  220 aaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaatta 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43157588 aaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaatta 43157546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 155; Significance: 7e-82; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 162 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 48795628 - 48795375
Alignment:
Q  162 aatatttaattcaatatggatgtgcaattgaaacaattcaataagcgaaaaaatg-cataaatagaaacgaacaaatgacagaggctgctataacacaat 260  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  48795628 aatattcaattcaatattgatgtgcaattgaaacaactcaacaagcaaaaaaaacacataaatagaaacgaacaaatgacagaggttgttataacacaat 48795529  T
Q  261 taggctagcaaaatattgtatattccattcaaaatacaaagtcaatgtatggcagaggctgctat---aacactactactataattcagcaggnnnnnnn 357  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||| |||           
T  48795528 taggctagcacaatattgtatattccattcaaaatacaaagtcaatgtatggcagaggctgctataacaacactactgctataattcagtaggaaaaaaa 48795429  T
Q  358 tgggacaaaccccaaaaaatacccaccatggggaactaaagctgctgctataac 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  48795428 tgggacaaaccccaaaaaatacccaccatggggaactaaatctgatgctataac 48795375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 404 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 48794634 - 48794550
Alignment:
Q  404 gctataacaacttagcagaggtgtggctgcacaatcctaagacagcacactaacaggagccaaaataacactactaagtggtttt 488  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  48794634 gctataacaacttagcagaggcgtggctgcacaatcctaagacagcacattaacagaagccaaaataacactactaagtggtttt 48794550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 48795704 - 48795637
Alignment:
Q  17 aagaaattatgtaaatgaggtggtaaaaatgttcaatatgatgaagtgtaatgtttcaaagacatcaa 84  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48795704 aagaaattatgtaaatgaggtgctaaaaatgttcaatatgatgaagtgtaatgttacaaagacatcaa 48795637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 133
Target Start/End: Original strand, 44574345 - 44574476
Alignment:
Q  17 aagaaattatgtaaatgaggtggtaaaaatgttcaatatgatgaagtgtaatgtttcaaagacatca----------------aattggtggaagatgaa 100  Q
    |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||                |||||||| ||||||||    
T  44574345 aagaaattatgtta-tgaggtgctaaaaatgttcaatatgatgaagtgtaatgttacagagacatcaatggaaaccaatatcaaattggtgaaagatgaa 44574443  T
Q  101 gcagagaaagttgttgacaacacaatgtacatg 133  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44574444 acagagaaagttgttgacaacacaatgtacatg 44574476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University