View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16992_low_2 (Length: 1128)

Name: NF16992_low_2
Description: NF16992
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16992_low_2
NF16992_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (25-1109)||(44541854-44542931)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 928; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 928; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 1109
Target Start/End: Original strand, 44541854 - 44542931
Alignment:
Q  25 gatgtcaatattgatggttgttccttttgcagcatagtgaaattcactgtttcgttcaaaattgcttctttttgtactgcatcttcatttccaacatagc 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44541854 gatgtcaatattgatggttgttccttttgcagcatagtgaaattcgctgtttcgttcaaaattgcttctttttgtactgcatcttcatttccaacatagc 44541953  T
Q  125 gtgaaccatcgtttgcatataagtcactgcaaacattgctttcacagtaatatttcttgaattcttgttctatcagcccttccttgtgatcaagggaggt 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44541954 gtgaaccatcgtttgcatataagtcactgcaaacattgctttcacagtaatatttcttgaattcttgttctatcagcccttccttgtcatcaagggaggt 44542053  T
Q  225 agtctcagttgcttttgaggtatcttcgtcagtgtatgtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgttctctgtttctgtggttgttatgtcatcttgaggt 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||                   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44542054 agtctcagttgcttttgaggtatcttcgtcggtgtatgtgacatcatcatcatcatc---ggtgttctctgtttctgtggttgttatgtcatcttgaggt 44542150  T
Q  325 tcatcctctgtttctgtggttgttagtccttctcgaggttcatccttctcttcctctcccgaagattcttcagcaactgcgttttcatttgatgatgatg 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44542151 tcatcctctgtttctgtggttgttaggccttctcgaggttcatccttctcttcctctcccgaagattcttcagcaactgcgttttcatttgatgatgatg 44542250  T
Q  425 cactttctggatgggagtggtcagagaaggcaatttcctgatgatggaagcaagtattactgggctcattgtcgattttcccctcctgaaccaaattcaa 524  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44542251 cactttctggatgggagtggtcagagaaggcaatttcttgatgatggaagcaagtattactgggctcattgttgattttcccctcctgaaccaaattcaa 44542350  T
Q  525 catccaagttaaaggctatatata----ataaaatatcaaacagctgcatttgaataaactataatgaaggatatgaattaccagaatcaatggttgttc 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  44542351 catccaagttaaaggctatatatatataataaaatatcaaacatctgcatttgaataaactataatgaaggat--gaattaccagaatcaatggttgttc 44542448  T
Q  621 agagagcaactcaaaggaactaattgtcttggtgcactcattggatgtcaaacaactgcaacaattgacacaagttaacgatgtaatgaaattttatgta 720  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44542449 agagagcaactcaaaggaactaattgtcttggtgcactcattggatgtcaaacaactgcaacaattgacacaagttaacgatgtaatgaaattttatgta 44542548  T
Q  721 attgaacatgacaaaaggaaggacataattattaataaaagaatgttttaaatcgctgtctgcaaccgcaatcacggcgtaaaggtttgcagcataactg 820  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44542549 attgaacatgacaaaaggaaggacataattattaataaaagaatgttttaaatcgctgtctgcaaccgcaatcacggcataaaggtttgcagcataactg 44542648  T
Q  821 caatggcgatcataactgcaattacgaccgcaatttaaaaagatacacatttaccaatcaactatgtgtgatatgtgtatattaattaattgttatatca 920  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44542649 caatggcgatcataactgcaattacgaccgcaatttaaaaagatacacatttactaatcaactatgtgtgatatgtgtatattaattaattgttatatca 44542748  T
Q  921 tacgatgtggcatcctcctcaagttgggatgttgaattttgaagagagtctttatcgtgagccaataataattgttggtggtgagactgaggatggatga 1020  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||      |||||||||||||    
T  44542749 tacgatgtggcatcctcctcaagttgggatgttgaattttgaagagagtgtttatcgtcagccaataataattgttggtgg------tgaggatggatga 44542842  T
Q  1021 tgggttttttcttatgttgtttgcttccaaaagaagtcacagccatgaaacctgcaatggccaatgctccaccgaacacaagaagtccc 1109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44542843 tgggttttttcttatgttgtttgcttccaaaagaagtcacagccatgaaacctgcaatagccaatgctccaccgaacacaagaagtccc 44542931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University