View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16993_high_2 (Length: 392)

Name: NF16993_high_2
Description: NF16993
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16993_high_2
NF16993_high_2
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-392)||(11780124-11780516)
chr1 (13-185)||(10424593-10424765)
chr1 (13-183)||(1624838-1625008)
chr1 (37-96)||(30731478-30731537)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-387)||(17158540-17158930)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (1-336)||(14977470-14977808)
chr6 (128-299)||(11776308-11776482)
chr6 (128-184)||(9352421-9352477)
chr6 (128-176)||(24353638-24353686)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-316)||(12101751-12102064)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (13-299)||(5781902-5782191)
chr5 (13-299)||(19069420-19069709)
chr5 (25-122)||(17763963-17764060)
chr5 (128-185)||(11724701-11724758)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (18-185)||(16311632-16311799)
chr3 (18-185)||(18488416-18488583)
chr3 (18-185)||(18492626-18492793)
chr3 (33-196)||(19829018-19829181)
chr3 (47-185)||(16314023-16314161)
chr3 (47-185)||(18495017-18495155)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (29-185)||(17459431-17459587)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 392
Target Start/End: Original strand, 11780124 - 11780516
Alignment:
Q  1 tgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780124 tgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagctcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgaga 11780223  T
Q  101 gcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatgcaa-cc 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |     
T  11780224 gcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgcttcactctctcagaatgcatttcatcatgcaatcg 11780323  T
Q  200 gggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780324 gggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaacgctgtcaaacacgttatgtagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 11780423  T
Q  300 tgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactgatgatgtagaattaacaaccggccccatgtgtgagctagcaataatagg 392  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11780424 tgatgtcctgggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactgctgaagtagaattaacaaccgaccccatgtgtgagctagcaataatagg 11780516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Original strand, 10424593 - 10424765
Alignment:
Q  13 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 112  Q
    ||||||||||||||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |    
T  10424593 gatgaatgtggtacacgctcgtaggaacccttaggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagaga 10424692  T
Q  113 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 185  Q
    |||| || || ||  ||||||||||  |||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||    
T  10424693 catcatccaccacggggttctccaatacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactctctcagaatgcac 10424765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 13 - 183
Target Start/End: Original strand, 1624838 - 1625008
Alignment:
Q  13 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 112  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||| ||||| ||| | |||| ||||  ||| ||||||||||||||  | |||||   ||| |    
T  1624838 gatgaatgtggtacacgctcgtgggaacccttgggactctcgaccagctcccgcgggctcgaactattgtgttccacatcatcataaagcgtaacagtga 1624937  T
Q  113 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgc 183  Q
    |||| || ||     ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||| |||||    
T  1624938 catcatccaccgtggggttccccaacacctcccgcgatgtcagatgcaactgttctactctctcaaaatgc 1625008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 37 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 30731537 - 30731478
Alignment:
Q  37 gcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatcc 96  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |  ||||| |||||||||| |||||    
T  30731537 gcacccttgggactctccaccagctcctgtgggctcacatgatcatgttccacaccatcc 30731478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 387
Target Start/End: Original strand, 17158540 - 17158930
Alignment:
Q  1 tgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgaga 100  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||  | ||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17158540 tgcttaacaattgatgaatgtagtacatgctcatggtcccccttgggactctccaccaactactaggggtgcgaatgattatgctccacatcatccgaga 17158639  T
Q  101 gcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctcc-actctctcagaatgcacttcatcatgc---a 196  Q
    | || | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||   |    
T  17158640 gtgtcgcagtaacatcgtcaaccacagggttctccaactcctcccgcgatatcggatgcgactgatcccactctctcagaatgcacttcatcgtgcgcaa 17158739  T
Q  197 accgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacga 296  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  17158740 actaggaaacaatttcaaacactggcgtagcgagtggcagcttttcactagaaatgttgtcaaacacgttatgtagtggaaagctgaaaggtgttgacga 17158839  T
Q  297 caatgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactgatgatgtagaattaacaaccggccccatgtgtgagctagcaata 387  Q
    |||||| ||| | ||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17158840 caatgacgtcttgggcatagggactgtcaactgagaagtaacaactgctgaagtagaagtaacaaccggccccatgtgtgagctagcaata 17158930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 14977808 - 14977470
Alignment:
Q  1 tgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgaga 100  Q
    |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  |||||||||||||||||||||||  || |    
T  14977808 tgctaaacaatggatgaatgtggaacatgctcatgggaacccttgggactctccaccagctcccgcggggtcgaatgattatgttccacatcataagata 14977709  T
Q  101 gcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat--gcaac 198  Q
    |||| | |||||||||||||||     || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  |||||    
T  14977708 gcgtagcagtaacatcgtcaaccgttgggatctgcacctcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcggaatgcacgtcatcgtgcgcaac 14977609  T
Q  199 -cgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgac 297  Q
      |||| ||||  |||| |||||| ||||||  | ||| || ||||||||||||  | ||||||| ||| || | ||| ||||| ||||||||||| |||    
T  14977608 tggggacacaaactcaatcactggtgtagcttctggcaacttctcactagaaatactatcaaacatgttgtgtaatgggaagctaaaagatgttgatgac 14977509  T
Q  298 aatgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagta 336  Q
    || || ||||| |||| ||||||| |||| |||||||||    
T  14977508 aaagacgtcctgggcacagggaccatcatctgagaagta 14977470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 128 - 299
Target Start/End: Original strand, 11776308 - 11776482
Alignment:
Q  128 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatg--caac-cgggaaacaatttcaaacactggcgt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||  |||||||||  || |||||||| ||    
T  11776308 ggttctccaactcctcccgcgatgactgatgcaactgctccactctctcagaatgcacatcatcgtgcacaacaggggaaacaacctctaacactggtgt 11776407  T
Q  225 agctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 299  Q
    | |  || ||| |||||||  |||||| ||||||||| | ||||| | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  11776408 aacatgtggcaactcctcatgagaaattttgtcaaacgcattatgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 11776482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 128 - 184
Target Start/End: Original strand, 9352421 - 9352477
Alignment:
Q  128 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgca 184  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||    
T  9352421 ggttctccaacacctctcgcgatgtcagacgcaactgttccactctctcagaatgca 9352477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 128 - 176
Target Start/End: Original strand, 24353638 - 24353686
Alignment:
Q  128 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctc 176  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||    
T  24353638 ggttctccaactcctcccgcgatgtctgatgcaactgcttcgctctctc 24353686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 12102064 - 12101751
Alignment:
Q  1 tgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattat----gttccacatcatcc 96  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||    |||||||||         
T  12102064 tgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcataggcacccttgggactctccaccagctcccgggggcgcgaatgattatatatgttccacat----- 12101970  T
Q  97 gagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatgca 196  Q
        |  | | ||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  12101969 ----gtatcgtagtaacatcgtcagccatggggttctccaactcctcccgcgatgtcgaatgtgtttgctccgctctctcaggatgcacgtcatcgtgca 12101874  T
Q  197 acc---gggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttga 293  Q
          |||||| ||||||||||||| | || ||| || | |||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12101873 caattggggaaataatttcaaacactcgtgttgcttgtggtagctcctcgctagaaatattgttaaacacgttatgtagtggaaagctgaaagatgttga 12101774  T
Q  294 cgacaatgatgtcctaggcatag 316  Q
    ||||||||| ||| |||||||||    
T  12101773 cgacaatgacgtcataggcatag 12101751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 71; Significance: 5e-32; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 13 - 299
Target Start/End: Original strand, 5781902 - 5782191
Alignment:
Q  13 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 112  Q
    |||||| ||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||   |||||    
T  5781902 gatgaacgtgatacacgctcatgggaacccttgggactctccaccagctcccgcgggatcgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaa 5782001  T
Q  113 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaat 209  Q
    |||| || ||    |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| |  |||||  |||||||||     
T  5782002 catcatccaccgtgtggttctccaactccttccgcgatgtctgatgcaactgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaagggaaacaac 5782101  T
Q  210 ttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 299  Q
     || ||||||||||||||   | |||||||||||  ||||||  | |  ||||| || || | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  5782102 ctctaacactggcgtagcacatggcagctcctcaggagaaattctattgaacacattgtgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 5782191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 13 - 299
Target Start/End: Original strand, 19069420 - 19069709
Alignment:
Q  13 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 112  Q
    |||||||||| || | ||||||||  |||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||||||||| |||||||||||||  || || ||   |||||    
T  19069420 gatgaatgtgatatacgctcatggaaacccttgggactctccaccagctcctgcgggatcgaatgattgtgttccacatcattagaaagggtaacagtaa 19069519  T
Q  113 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaat 209  Q
    |||| || ||     |||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| |  |||||  |||||| ||     
T  19069520 catcttccaccgtggggttctccaactcctctcgcgatgtctgatgcaaccgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaggggaaataac 19069619  T
Q  210 ttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 299  Q
     || ||||||||||||||  || ||||||||| |  |||||| ||||||||| | || || | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  19069620 ctctaacactggcgtagcacgtggcagctccttaggagaaattttgtcaaacgcattgtgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 19069709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 25 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 17764060 - 17763963
Alignment:
Q  25 acatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaac 122  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||| |   ||   |||||||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||| |||||    
T  17764060 acatgctcatgggaacccttgagactctccaccagctcccgccagcttaaatgattatgttccacatcatcagaaagcgtagcagtaacatcatcaac 17763963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 11724758 - 11724701
Alignment:
Q  128 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 185  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||  |||||| |||||||||    
T  11724758 ggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgctctgctctcttagaatgcac 11724701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 16311799 - 16311632
Alignment:
Q  18 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 117  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  16311799 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 16311700  T
Q  118 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 185  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  16311699 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 16311632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 18488583 - 18488416
Alignment:
Q  18 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 117  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18488583 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18488484  T
Q  118 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 185  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18488483 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18488416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 18492793 - 18492626
Alignment:
Q  18 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 117  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18492793 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18492694  T
Q  118 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 185  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18492693 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18492626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 33 - 196
Target Start/End: Original strand, 19829018 - 19829181
Alignment:
Q  33 atgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttc 132  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||   |||||||||||  |||    |||||    
T  19829018 atgggaacccttgggactctccaccagctcccgcgggttcgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaacatcgttcactgtggggttc 19829117  T
Q  133 tccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatgca 196  Q
    ||||||||| || | |||||| | ||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  19829118 tccaactccccctgtgatgtctggtgcaaccgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgca 19829181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 16314161 - 16314023
Alignment:
Q  47 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccg 146  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| |||||||    
T  16314161 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 16314062  T
Q  147 cgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 185  Q
     |||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  16314061 tgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 16314023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 18495155 - 18495017
Alignment:
Q  47 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccg 146  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| |||||||    
T  18495155 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 18495056  T
Q  147 cgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 185  Q
     |||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18495055 tgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18495017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 29 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 17459587 - 17459431
Alignment:
Q  29 gctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatg 128  Q
    ||||||||| ||| ||  ||||||||||||  ||| | |||| ||||||||| |||||||||||||  || |||||   ||| |||||||| ||||   |    
T  17459587 gctcatggggaccgttgagactctccaccatctcccgcgggctcgaatgattgtgttccacatcattagaaagcgtaacagtgacatcgtccactatggg 17459488  T
Q  129 gttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 185  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||  ||||||| ||||||||    
T  17459487 gttctccaacttttcccgcgatgtcggatgcaattgctctgctctctcggaatgcac 17459431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University