View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16995_high_1 (Length: 773)

Name: NF16995_high_1
Description: NF16995
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16995_high_1
NF16995_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-756)||(48797252-48797982)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 658; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 658; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 756
Target Start/End: Original strand, 48797252 - 48797982
Alignment:
Q  17 atgaatggccatgtttcatcatccgttgctcaaaagaataggtagagataataaggaacaaggattgcaatttgactgttacaataacttacttcatcaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48797252 atgaatggccatgtttcatcatccgttgctcaaaagaataggtagagataataaggaataaggattgcaatttgactgttacaataacttacttcatcaa 48797351  T
Q  117 ccatggcacttgctcaagctcaatcctctgcttctcttcctgtctctcttcgaggtaacccgttattctcaagtctcaaccctctgttccatttctattg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48797352 ccatggcacttgctcaagctcaaccctctgcttctcttcctgtctctcttcgaggtaacccgttattctcaagtctcaaccctctgttccatttctattg 48797451  T
Q  217 tagcactcaatttaactatattacctgtgttgcagatgcacgtgttttcacagcaagaaacaaccctgcaacctctgctcaatttcctaaaccaactttg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  48797452 tagcactcaatttaactatattacctgtgttgcagatgcacgtgttttcacagcaagaaacaaccctgcaacatctgctcaatttcctaaaccaactttg 48797551  T
Q  317 gttcctgctagagcatcctttgcaactggttccccactaagtaacatttctaattcttgtcatctcttattattattaannnnnnnngaaaggagttact 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||    
T  48797552 gttcctgctagagcatcctttgcaactggttccccactaagtaacatttctaattcttgtcatctcttattattattaa-tttttttgaaaggagttact 48797650  T
Q  417 tattaattctttatcatatgttctacttgatatgtagtgtagactaccgatattatattggcttttagaatttcattttgtagtatgagggtaattagca 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48797651 tattaattctttatcatatgttctacttgatatgtagtgtagactaccgatattatattggcttttagaatttcaatttgtagtatgagggtaattagca 48797750  T
Q  517 ttacttttggatactagacttgattttagctacaattaatacaagccctccacttaatatcttatataaaaaataaatgatctataattttatctcattc 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48797751 ttacttttggatactagacttgattttagctacaattaatacaagccctccacttaatatcttatataaaaaataaatgatctataattttatctcattc 48797850  T
Q  617 tattgcaaaatctgcatattcatatagacgaaaagattagtatttgactatttgtgttataagctaaagcttcttaatttagatagaccgagctaatttg 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48797851 tattgcaaaatctgcatattcatatagacgaaaagattag--------tatttgtgttataagctaaagcttcttaatttagatagaccgagctaatttg 48797942  T
Q  717 aagcaactgtgagaaatggtagtgctaatgctcatactat 756  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  48797943 aagcaagtgtcagaaatggtagtgctaatgctcatactat 48797982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University