View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1700_low_2 (Length: 528)
Name: NF1700_low_2
Description: NF1700
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1700_low_2 |
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| [»] scaffold0027 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0027 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0027
Description:
Target: scaffold0027; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 63574 - 63074
Alignment:
| Q |
14 |
aggtgagagggcttaaattcgattaaaaagatgtttattacacaggtccttttttgttatgttttgaaatttgaaggttagtctattagtctggtcacaa |
113 |
Q |
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| T |
63574 |
aggtgagagggcttaaattcgattaaaaagatgtttattacacaggtccttttttgttatgttttgaaatttgaaggttagtctattagtctggtcacaa |
63475 |
T |
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| Q |
114 |
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213 |
Q |
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| T |
63474 |
tggtctgatctgctgtgttatttctgaaattgaatatactcattagtgtaagataactcttgaatgttttttttgttcatatataaaccagtgctacttt |
63375 |
T |
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| Q |
214 |
agaagttgattgtatggtactactgtttatcttttattttgtttgtaacaatttgatttttggggcatcatgctcttgaatcgtctcacgctacttttca |
313 |
Q |
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| T |
63374 |
agaagttgattgtatggtactactgtttatcttttattttgtttgtaacaatttgatttttggggcatcatgctcttgaatcgtctcacgctacttttca |
63275 |
T |
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| Q |
314 |
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413 |
Q |
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| T |
63274 |
gtgttttaaaatgtcagtgtggcagtttgttgaactgtataaaccatggtttagttattttagtgctttgaactttgaagtagctgaaccatgataggag |
63175 |
T |
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| Q |
414 |
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513 |
Q |
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| T |
63174 |
ttttgtcgatttgatgtccggtttgattttcaaaatgctgatgtgaatataaaacgttttataatatttatgcacaactttgattttcaatgaaaattgt |
63075 |
T |
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514 |
g |
514 |
Q |
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63074 |
g |
63074 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 514
Target Start/End: Original strand, 21320225 - 21320725
Alignment:
| Q |
14 |
aggtgagagggcttaaattcgattaaaaagatgtttattacacaggtccttttttgttatgttttgaaatttgaaggttagtctattagtctggtcacaa |
113 |
Q |
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| T |
21320225 |
aggtgagagggcttaaattcgattaaaaagatgtttattacacaggtccttttttgttatgttttgaaatttgaaggttagtctattagtctggtcacaa |
21320324 |
T |
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| Q |
114 |
tggtctgatctgctatgttatttctgaaattgaatatactcattagtgtaagataactcttgaatgnnnnnnnngtccatatataaaccagtgctacttt |
213 |
Q |
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| T |
21320325 |
tggtctgatctgctgtgttatttctgaaattgaatatactcattagtgtaagataactcttgaatgttttttttgttcatatataaaccagtgctacttt |
21320424 |
T |
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| Q |
214 |
agaagttgattgtatggtactactgtttatcttttattttgtttgtaacaatttgatttttggggcatcatgctcttgaatcgtctcacgctacttttca |
313 |
Q |
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| T |
21320425 |
agaagttgattgtatggtactactgtttatcttttattttgtttgtaacaatttgatttttggggcatcatgctcttgaatcgtctcacgctacttttca |
21320524 |
T |
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| Q |
314 |
gtgttttaaaatgtcagtgtggcagtttgttgaactgtataaaccatggtttagttattttagtgctttgaactttgaagtagctgaaccatgataggag |
413 |
Q |
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| T |
21320525 |
gtgttttaaaatgtcagtgtggcagtttgttgaactgtataaaccatggtttagttattttagtgctttgaactttgaagtagctgaaccatgataggag |
21320624 |
T |
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| Q |
414 |
ttttgtcgatttgatgtccggtttgattttcaaaatgctgatgtgaatattaaacgttttataatatttatgcacaactatgattttcaatgaaaattgt |
513 |
Q |
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| T |
21320625 |
ttttgtcgatttgatgtccggtttgattttcaaaatgctgatgtgaatataaaacgttttataatatttatgcacaactttgattttcaatgaaaattgt |
21320724 |
T |
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| Q |
514 |
g |
514 |
Q |
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| T |
21320725 |
g |
21320725 |
T |
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