View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1701-Insertion-9 (Length: 649)

Name: NF1701-Insertion-9
Description: NF1701
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1701-Insertion-9
NF1701-Insertion-9
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (8-649)||(48475422-48476062)
chr1 (48-350)||(34588035-34588333)
chr1 (119-350)||(17304338-17304562)
chr1 (48-96)||(34588384-34588432)
chr1 (449-481)||(14123976-14124008)
chr1 (449-477)||(24345167-24345195)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (48-350)||(27857126-27857424)
chr7 (449-481)||(35051016-35051048)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (9-350)||(13857754-13858091)
chr3 (9-349)||(5931742-5932078)
chr3 (48-349)||(5937357-5937654)
chr3 (48-96)||(13857694-13857742)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (26-350)||(29091977-29092297)
chr6 (452-481)||(8532287-8532316)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (9-200)||(48813519-48813713)
chr4 (9-200)||(47997214-47997408)
chr4 (35-113)||(12389791-12389869)
chr4 (9-96)||(40142786-40142873)
chr4 (52-193)||(16047491-16047639)
chr4 (298-358)||(47997485-47997546)
chr4 (449-481)||(20006358-20006390)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 596; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 596; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 48476062 - 48475422
Alignment:
Q  8 gcatcaacattagagtgtataagtcacaagagcttactg-tttaagtaacaataaaatgaacttcagtttaaagtataaagatgtacaatcattatttag 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48476062 gcatcaacattagagtgtataagtcacaagagcttactgctttaagtaacaataaaatgaacttcagtttaaagtataaagatgtacaatcattatttag 48475963  T
Q  107 ttactctcagcacatacttgcataagttaatagtatcaagatccttccaagtaaaattattataatggtaacacaaaataaagctaaatatttaaaatga 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48475962 ttactctcagcacatacttgcataagttaatagtatcaagatccttccaagtaaaattattataatggtaacacaaaataaagctaaatatttaaaatga 48475863  T
Q  207 aatagcagacatcttctttctttcaacaagtggcaaataactttaaccttgaagtcctagttgatccttgtctatatgaatattgttgagcattcatatg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  48475862 aatagcagacatcttctttctttcaacaagtggctaataactttaaccttgaagttctagttgatccttgtctatatgaatattgttgagcattcatat- 48475764  T
Q  307 ctgttggccctccaaaccaaaaagacatgaatgaagtgaattggtattttaatagcaaaactttaccatattacctcaaaataaagagccaataaaaatg 406  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48475763 -tgttggccctccaaaacaaaaagacatgaatgaagtgaattggtattttaatagcaaaactttaccatattacctcaaaataaagagccaataaaaatg 48475665  T
Q  407 cagcataagtttgcttgtttgcacctgatttgttgtattggtatattcttgatttggattgaagggagctaaattatctaaaataccactcttttgaaca 506  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48475664 cagcacaagtttgcttgtttgcacctgatttgttgcattggtatattcttgatttggattgaagggagctaaattatctaaaataccactcttttgaaca 48475565  T
Q  507 tgtcttgctcacaccgtaaatatatacaaacagaataaattgtcatattaacaatcaaaatagctaatactttttatttaaacaatcaaaattgaagctt 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48475564 tgtcttgctcacaccgtaaatatatacaaacagaataaattgtcatattaacaatcaaaatagctaatactttttattcaaacaatcaaaattgaagctt 48475465  T
Q  607 tattgagtttgatgttgtgtgatttttgttgagaatcgtacca 649  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  48475464 tattgagtttgatgttgtgtgattttggttgagaatcgtacca 48475422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 48 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 34588333 - 34588035
Alignment:
Q  48 ttaagtaacaataaaatgaacttcagtttaaagtataaagatgtacaatcattatttagttactctcagca---catacttgcataagttaatagtatca 144  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||| ||||| |||  |||||||||| ||  |   |||||||||||||||||||||  |||    
T  34588333 ttaagtaacaataaaatcaacttcattttgaagcataaagatgcacaataattccttagttactcacaatacatcatacttgcataagttaatagagtca 34588234  T
Q  145 agatccttccaagtaaaattattataatggtaacacaaaataaagctaaatatttaaaatgaaatagcagacatcttctttctttcaacaagtggcaaat 244  Q
    | ||||||||||  |||| ||||| |||   || ||||||||||||||||| ||||      |||||||||||||    |||| ||||||||| |  |||    
T  34588233 acatccttccaaagaaaactattacaataacaaaacaaaataaagctaaatgttta-----taatagcagacatc----ttctctcaacaagtagttaat 34588143  T
Q  245 aactttaaccttgaagtcctagttgatccttgtctatatgaa-tattgttgagcattcatatgctgttggccctccaaaccaaaaagacatgaa-tgaag 342  Q
    ||||| ||| ||||||||| | ||||||  || || |||||| |||  |||| |||||||||| | | |||||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  34588142 aacttcaactttgaagtccaaattgatctctgactttatgaattatgtttgatcattcatatggtatgggccctgcaaaacaaaaagacatgaattgaag 34588043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 119 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 17304562 - 17304338
Alignment:
Q  119 catacttgcataagttaatagtatcaagatccttccaagtaaaattattataatggtaacacaaaataaagctaaatatttaaaatgaaatagcagacat 218  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||  |||| ||||| |||   || ||||||||||||||||| ||||      ||||||||||||    
T  17304562 catacttgcataagttaatagagtcaacatccttccaaagaaaactattacaataacaagacaaaataaagctaaatgttta-----taatagcagacat 17304468  T
Q  219 cttctttctttcaacaagtggcaaataactttaaccttgaagtcctagttgatccttgtctatatgaa-tattgttgagcattcatatgctgttggccct 317  Q
    |    |||| ||||||||| |  |||||||| ||| ||||||||| | ||||||  || || |||||| |||  |||| |||||||||| | | ||||||    
T  17304467 c----ttctctcaacaagtagttaataacttcaactttgaagtccaaattgatctctgactttatgaattatgtttgatcattcatatggtatgggccct 17304372  T
Q  318 ccaaaccaaaaagacatg-aatgaagtgaattgg 350  Q
     |||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  17304371 gcaaaacaaaaagacatgaaatgaagtgaattgg 17304338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 48 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 34588432 - 34588384
Alignment:
Q  48 ttaagtaacaataaaatgaacttcagtttaaagtataaagatgtacaat 96  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||||    
T  34588432 ttaagtaacaataaaatcaacttcagtttgaagcataaagatgcacaat 34588384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 449 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 14124008 - 14123976
Alignment:
Q  449 atattcttgatttggattgaagggagctaaatt 481  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14124008 atatttttgatttggattgaagggagctaaatt 14123976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 449 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 24345195 - 24345167
Alignment:
Q  449 atattcttgatttggattgaagggagcta 477  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24345195 atattcttgatttggattgaagggagcta 24345167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 93; Significance: 6e-45; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 48 - 350
Target Start/End: Original strand, 27857126 - 27857424
Alignment:
Q  48 ttaagtaacaataaaatgaacttcagtttaaagtataaagatgtacaatcattatttagttactctcagca---catacttgcataagttaatagtatca 144  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||  |||||||||||||  |   |||||||||||||||||||||  |||    
T  27857126 ttaagtaacaataaaatcaacttcagtttgaagtataaagatgcacaataattccttagttactctcaatagatcatacttgcataagttaatagagtca 27857225  T
Q  145 agatccttccaagtaaaattattataatggtaacacaaaataaagctaaatatttaaaatgaaatagcagacatcttctttctttcaacaagtggcaaat 244  Q
    | ||||||||||  |||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||      |||||||||||||    |||| ||||||||| || |||    
T  27857226 acatccttccaaagaaaactattacaatggcaaaacaaaataaagctaaatgttta-----taatagcagacatc----ttctctcaacaagtagctaat 27857316  T
Q  245 aactttaaccttgaagtcctagttgatccttgtctatatgaa-tattgttgagcattcatatgctgttggccctccaaaccaaaaagacatgaa-tgaag 342  Q
    ||||| ||| ||||||||| | ||||||  || || |||||| |||  |||| |||||||||| | |||||||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  27857317 aacttcaactttgaagtccaaattgatctctgactttatgaattatgtttgatcattcatatggtattggccctgcaaaacaaaaagacatgaattgaag 27857416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 449 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 35051048 - 35051016
Alignment:
Q  449 atattcttgatttggattgaagggagctaaatt 481  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35051048 atatttttgatttggattgaagggagctaaatt 35051016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 76; Significance: 8e-35; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 9 - 350
Target Start/End: Original strand, 13857754 - 13858091
Alignment:
Q  9 catcaacattagagtgtataagtcacaagagcttactgtttaagtaacaataaaatgaacttcagtttaaagtataaagatgtacaatcattatttagtt 108  Q
    ||||||||| ||||  ||||| ||| ||||| ||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||| |||  ||||||    
T  13857754 catcaacataagagcatataaatcataagagtttaatccttaagtaacaataaaatcaacttcagtttgaagcataaagatgcacaataattccttagtt 13857853  T
Q  109 actctcagca---catacttgcataagttaatagtatcaagatccttccaagtaaaattattataatggtaacacaaaataaagctaaatatttaaaatg 205  Q
    |||||||  |   |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||  |||| ||||| ||||  || ||||||||||||||||| ||||         
T  13857854 actctcaatacatcatacttgcataagttaatagagtcaacatccttccaaagaaaactattacaatgacaaaacaaaataaagctaaatgttta----- 13857948  T
Q  206 aaatagcagacatcttctttctttcaacaagtggcaaataactttaaccttgaagtcctagttgatccttgtctatatgaa-tattgttgagcattcata 304  Q
     |||||||||||||    |||| ||||||||| |  |||||||| ||| ||||||| | | ||||||  || || |||||| |||  |||| ||||||||    
T  13857949 taatagcagacatc----ttctctcaacaagtagttaataacttcaactttgaagttcaaattgatctctgactttatgaattatgtttgatcattcata 13858044  T
Q  305 tgctgttggccctccaaaccaaaaagacatgaa-tgaagtgaattgg 350  Q
    || | | |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  13858045 tggtatgggccctgcaaaacaaaaagacatgaattgaagtgaattgg 13858091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 9 - 349
Target Start/End: Original strand, 5931742 - 5932078
Alignment:
Q  9 catcaacattagagtgtataagtcacaagagcttactgtttaagtaacaataaaatgaacttcagtttaaagtataaagatgtacaatcattatttagtt 108  Q
    ||||||||| ||||   |||| ||| ||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||  |||| |||  ||||||    
T  5931742 catcaacataagagcacataaatcataagagcttaatccttaagtaacaataaaatcaacttcagtttgaagcataaagatgcccaataattccttagtt 5931841  T
Q  109 actctcagca---catacttgcataagttaatagtatcaagatccttccaagtaaaattattataatggtaacacaaaataaagctaaatatttaaaatg 205  Q
    |||||||  |   |||||||| ||||||||||||  |||| ||||||||||  |||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||         
T  5931842 actctcaatacatcatacttggataagttaatagagtcaacatccttccaaagaaaactattacaatggcaaaacaaaataaagctaaatgttta----- 5931936  T
Q  206 aaatagcagacatcttctttctttcaacaagtggcaaataactttaaccttgaagtcctagttgatccttgtctatatgaa-tattgttgagcattcata 304  Q
     ||||||||| |||    |||| ||||||||| || |||||||| ||| ||||||||| | ||||||  || || |||||| |||  |||| ||||||||    
T  5931937 taatagcagatatc----ttctctcaacaagtagctaataacttcaactttgaagtccaaattgatctctgactttatgaattatgtttgatcattcata 5932032  T
Q  305 tgctgttggccctccaaaccaaaaagacatgaa-tgaagtgaattg 349  Q
    || | ||| |||| || | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  5932033 tggtattgaccctgcataacaaaaagacatgaattgaagtgaattg 5932078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 48 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 5937654 - 5937357
Alignment:
Q  48 ttaagtaacaataaaatgaacttcagtttaaagtataaagatgtacaatcattatttagttactctcagca---catacttgcataagttaatagtatca 144  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| |||  |||||||||||||  |   |||||||||||||||||||||  |||    
T  5937654 ttaagtaacaataaaatcaacttcagtttgaagcataaaaatgcacaataattccttagttactctcaatacatcatacttgcataagttaatagagtca 5937555  T
Q  145 agatccttccaagtaaaattattataatggtaacacaaaataaagctaaatatttaaaatgaaatagcagacatcttctttctttcaacaagtggcaaat 244  Q
    | ||||||||||  |||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||      |||||||||||||    |||| ||||||||| || |||    
T  5937554 acatccttccaaagaaaactattacaatggcaaaacaaaataaagctaaatgttta-----taatagcagacatc----ttctctcaacaagtagctaat 5937464  T
Q  245 aactttaaccttgaagtcctagttgatccttgtctatatgaa-tattgttgagcattcatatgctgttggccctccaaaccaaaaagacatgaa-tgaag 342  Q
    ||||| ||  ||| ||||| | ||||||  || || |||||| |||  |||| |||||||||| | |||||| |  ||| |||||||||| ||| |||||    
T  5937463 aacttcaattttgcagtccaaattgatctctggctttatgaattatgtttgatcattcatatggtattggccttgtaaaacaaaaagacaagaattgaag 5937364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 48 - 96
Target Start/End: Original strand, 13857694 - 13857742
Alignment:
Q  48 ttaagtaacaataaaatgaacttcagtttaaagtataaagatgtacaat 96  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||||    
T  13857694 ttaagtaacaataaaatcaacttcagtttgaagcataaagatgcacaat 13857742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 75; Significance: 3e-34; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 26 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 29092297 - 29091977
Alignment:
Q  26 ataagtcacaagagcttactgtttaagtaacaataaaatgaacttcagtttaaagtataaagatgtacaatcattatttagttactctcagca---cata 122  Q
    |||| ||| ||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||  |||||||||||||  |   ||||    
T  29092297 ataaatcataagagcttaatccttaagtaacaataaaatcaacttcagtttgaagtataaagatgcacaatagttccttagttactctcaatacatcata 29092198  T
Q  123 cttgcataagttaatagtatcaagatccttccaagtaaaattattataatggtaacacaaaataaagctaaatatttaaaatgaaatagcagacatcttc 222  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||||||||||  |||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||      ||||||| ||||||||    
T  29092197 cttgcataagttaatagagtcaacatccttccaaagaaaactattacaatggcaaaacaaaataaagctaaatgttta-----taatagcaaacatcttc 29092103  T
Q  223 tttctttcaacaagtggcaaataactttaaccttgaagtcctagttgatccttgtctatatgaa-tattgttgagcattcatatgctgttggccctccaa 321  Q
    | |||    |||||| || |||||||| ||| ||||| ||| | ||||||  || || |||||| |||  |||| |||||||||| | || ||||| |||    
T  29092102 tctct----acaagtagctaataacttcaactttgaaatccaaattgatctctggctttatgaattatgtttgatcattcatatggtattagccctgcaa 29092007  T
Q  322 accaaaaagacatgaa-tgaagtgaattgg 350  Q
    | |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  29092006 aacaaaaagatatgaattgaagtgaattgg 29091977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 452 - 481
Target Start/End: Original strand, 8532287 - 8532316
Alignment:
Q  452 ttcttgatttggattgaagggagctaaatt 481  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8532287 ttcttgatttggattgaagggagctaaatt 8532316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 73; Significance: 5e-33; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 9 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 48813713 - 48813519
Alignment:
Q  9 catcaacattagagtgtataagtcacaagagcttactgtttaagtaacaataaaatgaacttcagtttaaagtataaagatgtacaatcattatttagtt 108  Q
    ||||||||| ||||   |||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||| ||    
T  48813713 catcaacataagagcacataattcacaagagcttaatccttaagtaacaataaaatcaacttcagtttgaagtataaagatgcacaatcattccttactt 48813614  T
Q  109 actctcagca---catacttgcataagttaatagtatcaagatccttccaagtaaaattattataatggtaacacaaaataaagctaaatattta 200  Q
    |||||||  |   ||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||| ||||| ||||| ||| | || ||||||||||||||||| ||||    
T  48813613 actctcaatacatcatacttgcataagtaaatagggtcaacatccttccaaataaaactattacaatagcaaaacaaaataaagctaaatgttta 48813519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 9 - 200
Target Start/End: Original strand, 47997214 - 47997408
Alignment:
Q  9 catcaacattagagtgtataagtcacaagagcttactgtttaagtaacaataaaatgaacttcagtttaaagtataaagatgtacaatcattatttagtt 108  Q
    ||||||||| ||||   |||| ||||||||| ||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||    
T  47997214 catcaacataagagcacataattcacaagagtttaatccttaagtaacaataaaatcaacttcagtttgaagtataaagatgcacaatcattccttagtt 47997313  T
Q  109 actctcagca---catacttgcataagttaatagtatcaagatccttccaagtaaaattattataatggtaacacaaaataaagctaaatattta 200  Q
    |||||||  |   |||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||| ||||| ||||| |||||  | ||||||||||| ||||| ||||    
T  47997314 actctcaatacatcatacttgcataagttaatagggtcaacatcctttcaaataaaactattacaatggctaaacaaaataaagttaaatgttta 47997408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 113
Target Start/End: Original strand, 12389791 - 12389869
Alignment:
Q  35 aagagcttactgtttaagtaacaataaaatgaacttcagtttaaagtataaagatgtacaatcattatttagttactct 113  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||  |||||||||||    
T  12389791 aagagcttaatccttaagtaacaataaaatcaacttcagtttgaagtataaagatgcacaataattccttagttactct 12389869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 40142873 - 40142786
Alignment:
Q  9 catcaacattagagtgtataagtcacaagagcttactgtttaagtaacaataaaatgaacttcagtttaaagtataaagatgtacaat 96  Q
    ||||||||| ||||   |||| ||| ||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  40142873 catcaacataagagcacataaatcataagagcttaatccttaagtaacaataaaatcaacttcagtttgaagtataaagatgcacaat 40142786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 52 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 16047639 - 16047491
Alignment:
Q  52 gtaacaataaaatgaacttcagtttaaagtata---aagatgtacaatcattatttagttactctcagca---catacttgcataagttaatagtatcaa 145  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||   |||| | ||||| |||  |||||||||| ||  |   |||||||||||||||||||||  ||||    
T  16047639 gtaacaataaaatcaacttcagtttgaagtataaagaagaggcacaataatttcttagttactcacaatacatcatacttgcataagttaatagcgtcaa 16047540  T
Q  146 gat-ccttccaagtaaaattattataatggtaacacaaaataaagctaa 193  Q
     || ||||||||  |||| ||||| ||||| || ||||||| |||||||    
T  16047539 catcccttccaaagaaaactattacaatggcaaaacaaaatcaagctaa 16047491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 298 - 358
Target Start/End: Original strand, 47997485 - 47997546
Alignment:
Q  298 attcatatgctgttggccctccaaaccaaaaagacatgaa-tgaagtgaattggtattttaa 358  Q
    ||||||||| | |||||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  47997485 attcatatggtattggccctacaaaacaaaaagacataaattgaagtgaattagtattttaa 47997546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 449 - 481
Target Start/End: Original strand, 20006358 - 20006390
Alignment:
Q  449 atattcttgatttggattgaagggagctaaatt 481  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20006358 atatttttgatttggattgaagggagctaaatt 20006390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University