View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17014_low_4 (Length: 238)

Name: NF17014_low_4
Description: NF17014
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17014_low_4
NF17014_low_4
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (7-221)||(42533562-42533776)
chr4 (4-164)||(5274249-5274409)
chr4 (4-159)||(22047140-22047295)
chr4 (4-159)||(44432639-44432794)
chr4 (4-159)||(4839750-4839905)
chr4 (4-164)||(46692752-46692911)
chr4 (6-164)||(55326162-55326320)
chr4 (4-164)||(26069069-26069228)
chr4 (14-164)||(19248407-19248556)
chr4 (39-165)||(6639355-6639481)
chr4 (14-159)||(8894230-8894374)
chr4 (47-159)||(35417446-35417557)
chr4 (4-116)||(30219044-30219155)
chr4 (47-159)||(40996292-40996404)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-164)||(24835147-24835310)
chr5 (4-164)||(11723889-11724049)
chr5 (4-164)||(30607794-30607954)
chr5 (4-159)||(14343885-14344040)
chr5 (4-159)||(7314378-7314533)
chr5 (4-159)||(9403713-9403868)
chr5 (4-159)||(33434000-33434155)
chr5 (4-159)||(34455587-34455742)
chr5 (4-164)||(11766144-11766304)
chr5 (4-159)||(6269309-6269465)
chr5 (14-159)||(34870293-34870437)
chr5 (4-154)||(30422188-30422337)
chr5 (71-125)||(42748256-42748310)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (4-164)||(29223102-29223262)
chr2 (4-164)||(29336401-29336561)
chr2 (4-159)||(8684053-8684209)
chr2 (4-164)||(32522383-32522534)
chr2 (14-159)||(36668463-36668607)
chr2 (98-164)||(29226728-29226794)
chr2 (98-164)||(29340027-29340093)
chr2 (80-164)||(31757713-31757798)
chr2 (98-157)||(29792577-29792636)
chr2 (14-164)||(27256908-27257057)
chr2 (14-125)||(5785012-5785123)
chr2 (80-159)||(40199502-40199582)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (4-165)||(38122650-38122811)
chr1 (4-159)||(16833363-16833518)
chr1 (4-159)||(12168789-12168944)
chr1 (7-159)||(33492812-33492963)
chr1 (4-156)||(13218648-13218800)
chr1 (4-159)||(39453350-39453504)
chr1 (4-159)||(13829598-13829752)
chr1 (41-159)||(25242410-25242528)
chr1 (47-159)||(16129004-16129115)
chr1 (46-125)||(7062711-7062789)
chr1 (71-125)||(13249909-13249963)
chr1 (83-159)||(432869-432945)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (1-165)||(4755468-4755632)
chr3 (7-164)||(3587788-3587945)
chr3 (4-159)||(27031400-27031555)
chr3 (4-159)||(52045496-52045651)
chr3 (4-164)||(8614913-8615072)
chr3 (4-159)||(52308606-52308761)
chr3 (7-169)||(7653837-7653998)
chr3 (30-159)||(10407589-10407718)
chr3 (4-173)||(36470043-36470211)
chr3 (54-159)||(11263597-11263703)
chr3 (4-159)||(33247302-33247455)
chr3 (4-60)||(11260413-11260469)
chr3 (80-112)||(25804553-25804585)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (4-159)||(27347440-27347595)
chr8 (4-164)||(27353515-27353675)
chr8 (4-164)||(28926757-28926917)
chr8 (4-159)||(3298195-3298350)
chr8 (4-159)||(22179903-22180058)
chr8 (4-165)||(8743981-8744142)
chr8 (7-159)||(9068783-9068935)
chr8 (4-164)||(36737474-36737633)
chr8 (28-159)||(1606596-1606726)
chr8 (88-159)||(16957901-16957972)
chr8 (106-164)||(28369584-28369642)
chr8 (80-164)||(4435537-4435621)
chr8 (47-159)||(24040006-24040117)
chr8 (80-159)||(21687382-21687462)
chr8 (80-159)||(21691706-21691786)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (4-159)||(22817832-22817987)
chr7 (4-166)||(7143044-7143206)
chr7 (4-165)||(23794481-23794642)
chr7 (4-159)||(10346919-10347074)
chr7 (4-159)||(22322497-22322652)
chr7 (4-159)||(31158889-31159044)
chr7 (7-164)||(2630809-2630965)
chr7 (4-159)||(12183259-12183414)
chr7 (4-164)||(19472873-19473033)
chr7 (4-159)||(45501244-45501400)
chr7 (4-159)||(2477074-2477229)
chr7 (4-164)||(2798154-2798314)
chr7 (4-159)||(31878015-31878170)
chr7 (79-159)||(31001376-31001456)
chr7 (78-150)||(8139848-8139920)
chr7 (81-159)||(31665265-31665343)
chr7 (71-164)||(24169396-24169489)
chr7 (14-164)||(20403074-20403224)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (4-159)||(26511114-26511269)
chr6 (4-159)||(26516230-26516385)
chr6 (4-159)||(3538441-3538596)
chr6 (4-159)||(9934598-9934753)
chr6 (4-164)||(34005893-34006053)
chr6 (4-164)||(24161838-24161997)
chr6 (4-156)||(26603622-26603773)
chr6 (4-159)||(31131280-31131434)
chr6 (4-116)||(15641761-15641872)
chr6 (14-159)||(5671660-5671804)
chr6 (71-159)||(2298290-2298378)
chr6 (14-159)||(24878410-24878554)
chr6 (71-125)||(18751341-18751395)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (4-159)||(354353-354508)
[»] scaffold1494 (1 HSPs)
scaffold1494 (4-164)||(954-1113)
[»] scaffold0015 (2 HSPs)
scaffold0015 (4-164)||(174033-174193)
scaffold0015 (4-164)||(185191-185351)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (8-164)||(117248-117404)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (4-159)||(17086-17241)
[»] scaffold0744 (1 HSPs)
scaffold0744 (4-159)||(1851-2005)
[»] scaffold0014 (2 HSPs)
scaffold0014 (73-159)||(79922-80008)
scaffold0014 (1-61)||(79869-79929)
[»] scaffold0458 (1 HSPs)
scaffold0458 (4-159)||(10170-10324)
[»] scaffold0871 (1 HSPs)
scaffold0871 (82-165)||(4325-4408)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 7 - 221
Target Start/End: Original strand, 42533562 - 42533776
Alignment:
Q  7 cttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaac 106  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42533562 cttgtcatttcctgcataaaatggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaac 42533661  T
Q  107 aagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagcatcaagcaagaatttgtgttgctgttgaaaaccattgcgg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  42533662 aagtcactaatttgcctaagttagcacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaagcatcaagcaagaatctgtgttgctgttgaaaaccattgagg 42533761  T
Q  207 aagatgtgaattcgt 221  Q
    |||||||||||||||    
T  42533762 aagatgtgaattcgt 42533776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Original strand, 5274249 - 5274409
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5274249 ttgcttgtcatttcctgcataaattgcgtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 5274348  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5274349 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 5274409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 22047295 - 22047140
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22047295 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 22047196  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22047195 aacaaatcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 22047140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 44432639 - 44432794
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44432639 ttgcttgtcgtatcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 44432738  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44432739 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 44432794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 4839750 - 4839905
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4839750 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttcctcagataacttgcaa 4839849  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4839850 aacaaatcactaattcgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 4839905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Original strand, 46692752 - 46692911
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  46692752 ttgcttgacatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccttagataacttgcaa 46692851  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  46692852 aacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatattac-tttgagcacttatcaa 46692911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 6 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 55326320 - 55326162
Alignment:
Q  6 gcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaa 105  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  55326320 gcttgtcatttcctgtataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcgtaaatggtacaaatacactcaaatggtagtttttccttagataacttgcagaa 55326221  T
Q  106 caagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||||||||  | ||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  55326220 caagtcactaaacttcctagattaatacataaaatatgttacttttgagcacttatcaa 55326162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 26069228 - 26069069
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaat-caggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaat-ggtagcttttccttagataacttgc 101  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||  || | |||||||||| ||||||||||||||    
T  26069228 ttgcttgtcatttcctgcataaaa-gggaagaattcaggcatgtaaagcataaatggtaaaataacac--aattaggtagctttttcttagataacttgc 26069132  T
Q  102 aaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    | |||||||||||||  ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26069131 agaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttgagcacttatcaa 26069069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 14 - 164
Target Start/End: Original strand, 19248407 - 19248556
Alignment:
Q  14 tttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcac 113  Q
    ||||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  19248407 tttcctgcataaattggacaaaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagattttccttagataacttgcaaaacaagccac 19248505  T
Q  114 taatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||  ||||||  ||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||    
T  19248506 taaagtgcctagattaacacataaaatgtgttgcttttgagcacttatcaa 19248556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 39 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 6639481 - 6639355
Alignment:
Q  39 aggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaa 138  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||   |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||| ||||| ||    
T  6639481 aggcatgtaaagcataaatggtaaaattacaacaagttggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcaccaaaatgcctaaattaacacatgaa 6639382  T
Q  139 atatgttacttttgagcacttttcaag 165  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||    
T  6639381 atatattactcttgagcacttatcaag 6639355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 14 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 8894374 - 8894230
Alignment:
Q  14 tttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcac 113  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||| |||||  |||||||||||||| | || |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8894374 tttcctgcacaaattgggtacaataaggcacataaagcataaatggcataattaca-tcaaattgtagctttaccttagataacttgcaaaacaagtcac 8894276  T
Q  114 taatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||  ||||||| ||| ||||| |||||| | | ||||||||||||    
T  8894275 taaaatgcctaaattaacacatgaaatatatcagttttgagcactt 8894230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 47 - 159
Target Start/End: Original strand, 35417446 - 35417557
Alignment:
Q  47 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtta 146  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| | ||| ||||| ||| ||  ||    
T  35417446 aaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttagataatttgcaaaacaagtcactaaaatgccttatttaacacatgaaagatagta 35417544  T
Q  147 cttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||    
T  35417545 cttttgagcactt 35417557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 116
Target Start/End: Original strand, 30219044 - 30219155
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||| ||  || || || | ||||||||||||||||||| || ||| ||||  ||| || | | ||||||||||||||||||||     
T  30219044 ttgcttgtcatttcctgcacaagttgagtggagtgaggcatgtaaagcataaattgtgaaattacaa-caattgattgtttttccttagataacttgcag 30219142  T
Q  104 aacaagtcactaa 116  Q
    |||||||||||||    
T  30219143 aacaagtcactaa 30219155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 47 - 159
Target Start/End: Original strand, 40996292 - 40996404
Alignment:
Q  47 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttg-caaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtt 145  Q
    |||||||||||||| ||| |||| | ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||  ||| ||||| ||| ||  |    
T  40996292 aaagcataaatggtcaaattacaat-aaatgattgcttttccttagataacttgacaaaacaagtcactaaaatacctattttaacacatgaaagataat 40996390  T
Q  146 acttttgagcactt 159  Q
    ||||||||||||||    
T  40996391 acttttgagcactt 40996404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 144; Significance: 7e-76; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 24835310 - 24835147
Alignment:
Q  1 tctttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttg 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24835310 tctttgcttgtcgtttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttg 24835211  T
Q  101 caaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24835210 caaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 24835147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Original strand, 11723889 - 11724049
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11723889 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 11723988  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11723989 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 11724049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Original strand, 30607794 - 30607954
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30607794 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 30607893  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30607894 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 30607954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 14344040 - 14343885
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14344040 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 14343941  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14343940 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 14343885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 7314533 - 7314378
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7314533 ttgcttgtcatttcctgcataaatttggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 7314434  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7314433 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 7314378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 9403868 - 9403713
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9403868 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatagtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 9403769  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9403768 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 9403713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 33434155 - 33434000
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33434155 ttgcttgtcgtttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtaacttttccttagataacttgcaa 33434056  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  33434055 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttaagcactt 33434000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 34455742 - 34455587
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34455742 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcgggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 34455643  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34455642 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 34455587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 11766304 - 11766144
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11766304 ttgcttgtcgtttcctgcataaatggggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 11766205  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11766204 aacgagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 11766144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 6269465 - 6269309
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaa-tacactcaaatggtagcttttccttagataacttgca 102  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6269465 ttgcttgtcattttctgtataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgca 6269366  T
Q  103 aaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6269365 aaacaagtcactaaattgcctaggttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 6269309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 14 - 159
Target Start/End: Original strand, 34870293 - 34870437
Alignment:
Q  14 tttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcac 113  Q
    ||||||||||||| |||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  34870293 tttcctgcataaattgggcaaaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagtttttccttagataacttgcaaaacaagccac 34870391  T
Q  114 taatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34870392 taaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttgagcactt 34870437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 4 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 30422337 - 30422188
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || ||||| | || |||||||||||||||||| |||| |||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30422337 ttgcttgtcatttcctgcacaaattgagtagagtaagacatgtaaagcataaatggcaaaattacgat-aaatggtagtttttccttagataacttgcaa 30422239  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgag 154  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  30422238 aacaagtcactaaaatgcctaaattaacacatgaaatatattacttttgag 30422188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 71 - 125
Target Start/End: Original strand, 42748256 - 42748310
Alignment:
Q  71 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaa 125  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  42748256 tcaaattgtagcttttccttaaataacttgcaaaacaagtaactaaagtgcctaa 42748310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 141; Significance: 5e-74; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 29223262 - 29223102
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29223262 ttgcttgtcgtttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 29223163  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29223162 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29223102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 29336561 - 29336401
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29336561 ttgcttgtcgtttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 29336462  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29336461 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29336401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 8684053 - 8684209
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaa-atacactcaaatggtagcttttccttagataacttgca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8684053 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggtatgtaaagcataaatggtaaaaaatacactcaaacggtagcttttccttagataacttgca 8684152  T
Q  103 aaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  8684153 aaacaagtcactaattttcctaagttaacacatgaaatattttacttttgagcactt 8684209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 32522534 - 32522383
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32522534 ttgcttgtcatttcctgcgtaaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccttagataacttgcaa 32522435  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||||||         |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32522434 aacaagtca---------ctaaattaacacataaaatatgttacttttgagcacttatcaa 32522383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 14 - 159
Target Start/End: Original strand, 36668463 - 36668607
Alignment:
Q  14 tttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcac 113  Q
    ||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  36668463 tttcctgcataaattgggcaaaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagccac 36668561  T
Q  114 taatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||  ||||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36668562 taaaatgcctagattaacacataaaatatgttgcttttgagcactt 36668607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 98 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 29226794 - 29226728
Alignment:
Q  98 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29226794 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29226728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 98 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 29340093 - 29340027
Alignment:
Q  98 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29340093 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29340027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 80 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 31757798 - 31757713
Alignment:
Q  80 agcttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  31757798 agcttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcacttatcaa 31757713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 29792636 - 29792577
Alignment:
Q  98 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcac 157  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29792636 ttgcagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttgagcac 29792577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 14 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 27257057 - 27256908
Alignment:
Q  14 tttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcac 113  Q
    |||||| || |||| ||||| | | |||||| | |||||||||||||  |||| || | |||| | ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  27257057 tttcctacacaaaaagggtatagtaaggcatatgaagcataaatggtgtaaatgca-taaaattggagcttttccatagataacttgtagaacaagtcac 27256959  T
Q  114 taatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||  ||||||| ||| || |  |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  27256958 taaaatgcctaaattaacataagaaatatatcacttttgagcacttatcaa 27256908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 14 - 125
Target Start/End: Original strand, 5785012 - 5785123
Alignment:
Q  14 tttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagc-ttttccttagataacttgcaaaacaagtca 112  Q
    ||||||||| |||| ||||||| | |||||| | |||||||||||||  |||| || | |||| | ||| |||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  5785012 tttcctgcacaaaaagggtagagtaaggcatatgaagcataaatggtgtaaatgca-taaaattggagctttttccatagataacttgtagaacaagtca 5785110  T
Q  113 ctaatttgcctaa 125  Q
    ||||  |||||||    
T  5785111 ctaaaatgcctaa 5785123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 80 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 40199582 - 40199502
Alignment:
Q  80 agcttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||  || ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  40199582 agctttgccatagataatcttgcaaaacaaggcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcactt 40199502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 4 - 165
Target Start/End: Original strand, 38122650 - 38122811
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38122650 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 38122749  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38122750 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 38122811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 16833363 - 16833518
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16833363 ttgcttgtcatttcctgcataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacaatcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 16833462  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16833463 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 16833518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 12168789 - 12168944
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12168789 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 12168888  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12168889 aacaaatcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 12168944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 7 - 159
Target Start/End: Original strand, 33492812 - 33492963
Alignment:
Q  7 cttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaac 106  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33492812 cttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatg-aaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaac 33492910  T
Q  107 aagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33492911 aagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 33492963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 156
Target Start/End: Original strand, 13218648 - 13218800
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13218648 ttgcttatcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatggtagcttttccttagataactttcaa 13218747  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagca 156  Q
    ||||||||||||| || ||||  ||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  13218748 aacaagtcactaaattacctagattaacacatgaaatatgttagttttgagca 13218800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 39453504 - 39453350
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    |||||||||||||||| || ||| || ||||| | |||||  |||||||||||||| |||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39453504 ttgcttgtcatttcctacacaaattgagtagagtaaggcacataaagcataaatggcaaaattacaa-caaatggtagtttttccttagataacttgcaa 39453406  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||  | ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  39453405 aacaagtcactaaaatacctaaattaacacataacatatattacttttgagcactt 39453350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 13829752 - 13829598
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| | || |||||||||||||| |||||||||| |     
T  13829752 ttgcttgtcatttcctgcacaaattgagtagaatcaggcatgtaaagcacaaatagtaaaagtacaat-aattggtagcttttcctcagataacttgtag 13829654  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
     |||||| |||||  ||| ||| ||| ||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  13829653 gacaagttactaaaatgcataatttaacacatgaaatatattacctttgagcactt 13829598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 41 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 25242528 - 25242410
Alignment:
Q  41 gcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaat 140  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |  |   ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||| ||| |||||| |||    
T  25242528 gcatttaaagcataaatggtaaaaaaatgcaacaatagtagcttttccttagataacttgcagaacaagtcattaaaatgcctaaattaacacatagaat 25242429  T
Q  141 atgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  25242428 atgttagttttgagcactt 25242410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 47 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 16129115 - 16129004
Alignment:
Q  47 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtta 146  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||  ||| ||||| ||| ||| ||    
T  16129115 aaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttagataacttgcaaaacaagtcattaaaatgcctattttaacacatgaaagatggta 16129017  T
Q  147 cttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||    
T  16129016 cttttgagcactt 16129004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 46 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 7062789 - 7062711
Alignment:
Q  46 taaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaa 125  Q
    ||||||||||||||||   || || |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  7062789 taaagcataaatggtatttattca-tcaaattgtagtttttctttagataacttgcaaaacaagtaactaaagtgcctaa 7062711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 71 - 125
Target Start/End: Original strand, 13249909 - 13249963
Alignment:
Q  71 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaa 125  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||  |||||||    
T  13249909 tcaaattgtagcttttccttaaataacttgtaaaacaagtaactaaagtgcctaa 13249963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 83 - 159
Target Start/End: Original strand, 432869 - 432945
Alignment:
Q  83 ttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||||||||||  ||||||| ||| || |  |||||| | ||||||||||||||    
T  432869 ttttccatagataacttgtagaacaagtcactaaaatgcctaaattaacataagaaatatatcacttttgagcactt 432945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 165
Target Start/End: Original strand, 4755468 - 4755632
Alignment:
Q  1 tctttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4755468 tctttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaggcataaatggtaaaaatacactcaaatggtaacttttccttagataacttg 4755567  T
Q  101 caaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 165  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4755568 caaaacaagtcactaatttgcctaatttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 4755632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 7 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 3587945 - 3587788
Alignment:
Q  7 cttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaac 106  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3587945 cttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaac 3587846  T
Q  107 aagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3587845 aagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 3587788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 27031400 - 27031555
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27031400 ttgcttgtcatttcttgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 27031499  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27031500 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 27031555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 52045496 - 52045651
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52045496 ttgcttgtcatttcctgcataaattggctagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 52045595  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  52045596 aacaagtcacaaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 52045651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 8615072 - 8614913
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8615072 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgc-a 8614974  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8614973 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 8614913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 52308606 - 52308761
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52308606 ttgcttgtcgtttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 52308705  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  52308706 agcaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 52308761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 7 - 169
Target Start/End: Original strand, 7653837 - 7653998
Alignment:
Q  7 cttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaac 106  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7653837 cttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatg-aaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaac 7653935  T
Q  107 aagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagcatc 169  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  7653936 aagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaatcatc 7653998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 30 - 159
Target Start/End: Original strand, 10407589 - 10407718
Alignment:
Q  30 ggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtta 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10407589 ggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtta 10407688  T
Q  130 gcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10407689 acacatgaaatatgttacttttgagcactt 10407718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 173
Target Start/End: Original strand, 36470043 - 36470211
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36470043 ttgcttgtcatttcctgcataaattgg-tagaatcaggcatgtaaagcataattggtataaatacactcaaatggtagcttttccttggataacttgcaa 36470141  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagcatcaagc 173  Q
    ||||| ||||||| |||||||  ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  36470142 aacaaatcactaaattgcctagattaacacattaaatatggtacttttgagcacttatcaaacatcaagc 36470211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 54 - 159
Target Start/End: Original strand, 11263597 - 11263703
Alignment:
Q  54 aaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttac-ttttg 152  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  11263597 aaatggtaaaaatacactcaaatgctagcgttaccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttactttttg 11263696  T
Q  153 agcactt 159  Q
    |||||||    
T  11263697 agcactt 11263703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 33247455 - 33247302
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||| |||||||||||||| | | | | ||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |  | |||||||||||||||||||||||||     
T  33247455 ttgcttgtcgtttcctgcataaaaggtgaata-tcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagaacaca-atttagtagcttttccttagataacttgcag 33247358  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33247357 aacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttgagcactt 33247302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 60
Target Start/End: Original strand, 11260413 - 11260469
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggt 60  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  11260413 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaaacatgtaaaacataaatggt 11260469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 80 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 25804585 - 25804553
Alignment:
Q  80 agcttttccttagataacttgcaaaacaagtca 112  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25804585 agcttttccatagataacttgcaaaacaagtca 25804553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 27347595 - 27347440
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27347595 ttgcttgtcatttcctgcataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 27347496  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27347495 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 27347440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 27353675 - 27353515
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27353675 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatgatagcttttccttagataacttgcaa 27353576  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27353575 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 27353515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Original strand, 28926757 - 28926917
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28926757 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 28926856  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28926857 aaaaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 28926917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 3298350 - 3298195
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3298350 ttgcttgtcgtttcctgcataaatggggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaataaactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 3298251  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3298250 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 3298195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 22180058 - 22179903
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  22180058 ttgcttgtcatttcctgcataaattgagtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagattttccttagataacttgcga 22179959  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  22179958 aacaagtcactaatttgcctaagttaacgcataaaatatgttacttttgagcactt 22179903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 4 - 165
Target Start/End: Original strand, 8743981 - 8744142
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8743981 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaataataatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 8744080  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 165  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8744081 aacaagtcaataatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 8744142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 7 - 159
Target Start/End: Original strand, 9068783 - 9068935
Alignment:
Q  7 cttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaac 106  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9068783 cttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaagttgcactcaaatggtagcttttccttggataacttgcaaaac 9068882  T
Q  107 aagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  9068883 aagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgggcactt 9068935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Original strand, 36737474 - 36737633
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  ||| || |||| |||||||||||||||||||     
T  36737474 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtatagataca-acaattgatagcctttccttagataacttgcag 36737572  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||||||| ||  ||||||  ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  36737573 aacaagtcaccaaaatgcctagattaacacataaaatatggtactttttagcacttatcaa 36737633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 28 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 1606726 - 1606596
Alignment:
Q  28 tgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagt 127  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||  ||| ||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |    
T  1606726 tgggtagaatcagacatgtaaaacataaatggtaaaagtacaa-caattgaaagctttttcttagataacttgcagaacaagtcactaaaatgcctaaat 1606628  T
Q  128 tagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    || ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  1606627 taacacatgaaatatattacttttgagcactt 1606596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 88 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 16957972 - 16957901
Alignment:
Q  88 cttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  16957972 cttagataacttgcaaaacaagtcactaatatgcctagattaacgcataaaatatgttacttttgagcactt 16957901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 28369642 - 28369584
Alignment:
Q  106 caagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28369642 caagtcactaatttacctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 28369584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 80 - 164
Target Start/End: Original strand, 4435537 - 4435621
Alignment:
Q  80 agcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  4435537 agcttttccatagataacttgcaaaacaaatcactaaagtgcctaaattaacacaagaaatatatcacttttgagcacttatcaa 4435621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 24040117 - 24040006
Alignment:
Q  47 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtta 146  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||  ||| ||||| ||| ||  ||    
T  24040117 aaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttatataacttacaaaacaagtcactaaaatgcctattttaacacatgaaagataata 24040019  T
Q  147 cttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||    
T  24040018 cttttgagcactt 24040006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 80 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 21687462 - 21687382
Alignment:
Q  80 agcttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  21687462 agcttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcactt 21687382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 80 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 21691786 - 21691706
Alignment:
Q  80 agcttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  21691786 agcttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcactt 21691706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 22817987 - 22817832
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22817987 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 22817888  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  22817887 aacaagtcactattttgcctaagttaacacctgaaatatgttacttttgagcactt 22817832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 4 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 7143206 - 7143044
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7143206 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 7143107  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagc 166  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7143106 aacaagtcactaattttcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaagc 7143044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 4 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 23794642 - 23794481
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23794642 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagaataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 23794543  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23794542 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 23794481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 10346919 - 10347074
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10346919 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 10347018  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  10347019 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaaaatgttacttttgagcactt 10347074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 22322497 - 22322652
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22322497 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaattaggtatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 22322596  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22322597 aacaagtcgctaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 22322652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 31158889 - 31159044
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31158889 ttgcttgtcgtttcctgcataaatggggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 31158988  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31158989 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 31159044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 7 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 2630965 - 2630809
Alignment:
Q  7 cttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaac 106  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2630965 cttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatg-aaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaac 2630867  T
Q  107 aagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2630866 aagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 2630809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 12183414 - 12183259
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12183414 ttgcttgtcgtttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtgaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 12183315  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||| ||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12183314 aacaggtcactaatttacataagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 12183259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Original strand, 19472873 - 19473033
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  19472873 ttgcttgtcgtttcctgcataaattgggtagaattaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaaaggtagcttttccttagataacttgcaa 19472972  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    || ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  19472973 aataagtcactaatttgcctaaattaacacatgaaatatgttacttttaagcacttatcaa 19473033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 45501244 - 45501400
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||    
T  45501244 ttgcttgtcatttactgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaaacataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccttagataaatttcaa 45501343  T
Q  104 aac-aagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    ||| |||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45501344 aactaagtcactaaattgcctagattagcacatgaaatatgttacttttgagcactt 45501400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 2477229 - 2477074
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  2477229 ttgcttgtcatttcctgcataaattaggtagaatcaggcatgtaaaacataaatggtaaaaatacactcaattagtagctttttcttagataagttgcaa 2477130  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||  |||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  2477129 aacaagtcactaaaatgcctaggttaacgcataaaatatgttacttttgatcactt 2477074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Original strand, 2798154 - 2798314
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||     
T  2798154 ttgcttgtcatttcctgcataaattggatagaatcaggtatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgattgtttttccttagataacttgcag 2798253  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  2798254 aacaagtcactaaattgcctagattaacacataaaatatgttatttttgaacacttatcaa 2798314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 31878170 - 31878015
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||     
T  31878170 ttgcttgtcatttcctacataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccctagataacttgcag 31878071  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
     | |||||||||| || ||||  ||| |||||||||||| |||  ||| |||||||    
T  31878070 gataagtcactaaattacctatattaacacataaaatatattaactttaagcactt 31878015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 79 - 159
Target Start/End: Original strand, 31001376 - 31001456
Alignment:
Q  79 tagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31001376 tagctttttcttagataacttggagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttgagcactt 31001456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 78 - 150
Target Start/End: Original strand, 8139848 - 8139920
Alignment:
Q  78 gtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttt 150  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| |||||||    
T  8139848 gtagcttttccttagataacctgcaaaataagtcactaaagtgcctaaaataacacatgaaatatattacttt 8139920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 81 - 159
Target Start/End: Original strand, 31665265 - 31665343
Alignment:
Q  81 gcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||    ||| ||  ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  31665265 gcttttccttagataacttgcataacaagtcactgtaatgcatattttaacacatgaaatatattacttttgagcactt 31665343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 71 - 164
Target Start/End: Original strand, 24169396 - 24169489
Alignment:
Q  71 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||  |||||||  ||  |||| |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  24169396 tcaaattgtaacttttccttaagtaacttgcaaaacaaatcactaaagtgcctaaaataatacatgaaatatatcacttttgagcacttatcaa 24169489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 20403224 - 20403074
Alignment:
Q  14 tttcctgca-taaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttcc-ttagataacttgcaaaacaagtc 111  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| |||||  ||||||||||| || | || | || |||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||| ||    
T  20403224 tttcctgcactaaaaggggtagaataaggcac-taaagcataaacggcataattgca-tcaaattgtagcttttcccttaagtaatttgcaaaacaaatc 20403127  T
Q  112 actaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||  ||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  20403126 actaaagtgcctaaattaacacaagaaatatatcacttttgagcacttatcaa 20403074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 26511114 - 26511269
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26511114 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattatactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 26511213  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26511214 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 26511269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 26516230 - 26516385
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26516230 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattatactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 26516329  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26516330 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 26516385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 3538596 - 3538441
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3538596 ttgcttgtcgtttcctgcataaatggggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 3538497  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3538496 aacgagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 3538441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 9934598 - 9934753
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9934598 ttgcttgtcgtttcctgcataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagtttttccttagataacttgcaa 9934697  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  9934698 aacaagtcactaatttacctaagttaacacatgaaatatgttacttttaagcactt 9934753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 34006053 - 34005893
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34006053 ttgcttgtcattttatgcataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcatttccttagataacttgcaa 34005954  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34005953 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 34005893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Original strand, 24161838 - 24161997
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaa-atacactcaaatggtagcttttccttagataacttgca 102  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24161838 ttgcttgtcatttcctacataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaaatacactcaaatggtagcttttccttatataacttgca 24161937  T
Q  103 aaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  24161938 aaacaagtctctaatttgcctaagttaacacataaa--atgttacttttgagcacttatcaa 24161997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 4 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 26603773 - 26603622
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||  |||||||||||||||||||||    
T  26603773 ttgcttgtcatttcctgcacaaattgagtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagtaca-acaattggtacattttccttagataacttgcaa 26603675  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagca 156  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||| ||||| |||||| | |||||||||||    
T  26603674 aacaagtcactaaaatgcctaaattaacacatgaaatatatcacttttgagca 26603622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 31131434 - 31131280
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| || ||  |||||||||||||||| |||||||  ||| || ||| |||||||||||||||||||||    
T  31131434 ttgcttgtcattttctgcataaattgggcagaattagacacataaagcataaatggtataaatacaa-caattgatagattttccttagataacttgcaa 31131336  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||  ||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31131335 aacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttaagcactt 31131280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 4 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 15641872 - 15641761
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  15641872 ttgcttgtcatttccagcataaaagggttggaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagtaca-acaattggtagcttttccttagataacttgcag 15641774  T
Q  104 aacaagtcactaa 116  Q
    |||||||||||||    
T  15641773 aacaagtcactaa 15641761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 14 - 159
Target Start/End: Original strand, 5671660 - 5671804
Alignment:
Q  14 tttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcac 113  Q
    ||||||||| |||| ||||||| | |||||| | |||||||||||||  |||| || | |||| | ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  5671660 tttcctgcacaaaaagggtagagtaaggcatatgaagcataaatggtgtaaatgca-taaaattggagcttttccatagataacttgtagaacaagtcac 5671758  T
Q  114 taatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||  ||||||| ||| || |  |||||| | ||||||||||||||    
T  5671759 taaaatgcctaaattaacataagaaatatatcacttttgagcactt 5671804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 71 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 2298378 - 2298290
Alignment:
Q  71 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||  || ||||| |||||| | |||||||| |||||    
T  2298378 tcaaattgtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaagtgtctaaaataacacatgaaatatatcacttttgaacactt 2298290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 24878554 - 24878410
Alignment:
Q  14 tttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcac 113  Q
    ||||||||| |||| ||||||| | |||||| | |||||||||||||  |||| || | |||| | ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  24878554 tttcctgcacaaaaagggtagagtaaggcatatgaagcataaatggtgtaaatgca-taaaattggagcttttccatagataacttgtagaacaagtcac 24878456  T
Q  114 taatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||  |||||||  || || |  |||||| | ||||||||||||||    
T  24878455 taaaatgcctaaactaacataagaaatatatcacttttgagcactt 24878410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 71 - 125
Target Start/End: Original strand, 18751341 - 18751395
Alignment:
Q  71 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaa 125  Q
    |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  18751341 tcaaattgtagtttttccttaaataacttgcaaaacaagtaactaaagtgcctaa 18751395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 354353 - 354508
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  354353 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 354452  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  354453 aacaagtcactaatttgtctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 354508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1494 (Bit Score: 129; Significance: 7e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold1494
Description:

Target: scaffold1494; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 1113 - 954
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1113 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgc-a 1015  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1014 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 129; Significance: 7e-67; HSPs: 2)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 174193 - 174033
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  174193 ttgcttgtcgtttcctgcataaatggggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 174094  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  174093 aacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 174033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 185351 - 185191
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  185351 ttgcttgtcgtttcctgcataaatggggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttatataacttgcaa 185252  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  185251 aacaagtcattaattttcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 185191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 8 - 164
Target Start/End: Original strand, 117248 - 117404
Alignment:
Q  8 ttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaaca 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  117248 ttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtataaacacactcaaatggtagcttttccttagataactttcaaaaca 117347  T
Q  108 agtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 164  Q
    ||||||||| |||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  117348 agtcactaaattgcctagattaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 117404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 17086 - 17241
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||  | || |||||||||||||||||||||||    
T  17086 ttgcttgtcatttcctgcataaattgggtagaatcaagcacgtaaagcataaatggtacaaatacaatcacttagtggcttttccttagataacttgcaa 17185  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||   ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17186 aacaagtcactaacaagcctaggttaacacataaaatatgttacttttgagcactt 17241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0744 (Bit Score: 84; Significance: 5e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0744
Description:

Target: scaffold0744; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 2005 - 1851
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |  |||||||||||||||||||||||||||     
T  2005 ttgcttgtcatttcctgcataaaagggaggaaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagaacaca-atttggtagcttttccttagataacttgcag 1907  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    ||||||| |||||  ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1906 aacaagtaactaaaatgcctaaattaacacataaaatatgttacttttgagcactt 1851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 79; Significance: 5e-37; HSPs: 2)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 73 - 159
Target Start/End: Original strand, 79922 - 80008
Alignment:
Q  73 aaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  79922 aaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 80008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 61
Target Start/End: Original strand, 79869 - 79929
Alignment:
Q  1 tctttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggta 61  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  79869 tctttgcttgtcatttcctacataaattgggtagaataaggcatgtaaagcataaatggta 79929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0458 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0458
Description:

Target: scaffold0458; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 10170 - 10324
Alignment:
Q  4 ttgcttgtcatttcctgcataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaa 103  Q
    |||||||||||||||| || ||| || ||||||| |||||  |||||||||||||| |||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10170 ttgcttgtcatttcctacacaaattgagtagaataaggcacataaagcataaatggcaaaattacaa-caaatggtagtttttccttagataacttgcaa 10268  T
Q  104 aacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 159  Q
    |||||||||||||  | ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  10269 aacaagtcactaaaatacctaaattaacacataacatatattacttttgagcactt 10324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0871 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0871
Description:

Target: scaffold0871; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 82 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 4408 - 4325
Alignment:
Q  82 cttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 165  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||  |||||||| || ||||| |||| | | |||||||||||||| |||||    
T  4408 cttttccatagataacttgtaaaatcagtcactaaaatgcctaagctaacacatgaaatctatcacttttgagcacttatcaag 4325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University