View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17015_high_1 (Length: 799)

Name: NF17015_high_1
Description: NF17015
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17015_high_1
NF17015_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-784)||(38184283-38185059)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 741; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 741; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 784
Target Start/End: Original strand, 38184283 - 38185059
Alignment:
Q  9 acatcatcaggaacagttggtgtagagtcaaacagagatgaaacaattgacaaagtaccaggaagttgactgttaaaagcagaaatcacagaagcagctt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38184283 acatcatcaggaacagttggtgtagagtcaaacagagatgaaacaattgacaaagtaccaggaagttgactattaaaagcagaaatcacagaagcagctt 38184382  T
Q  109 tatccccattattcttctgataatgcaccaatccttttgggaacacaaagatttcacctttt-ttatggacttagaaatgagtttgtttgatgtggtgat 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38184383 tatccccattattcttctgataatgcaccaatccttttgggaacacaaagatttcacctttttttatggacttagaaatgagtttgtttgatgtggtgat 38184482  T
Q  208 aaaacctacatctaattcaccttccaacacaaaaacaacctcagtggcacgagggtgtgtgtgtggtgggttaagacctttaggtttgtagtctattctt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38184483 aaaacctacatctaattcaccttccaacacaaaaacaacctcagtggcacgagggtgtgtgtgtggtgggttaagacctttaggtttgtagtctattctt 38184582  T
Q  308 gataaagacacccctaatgtgttgagtcctggaattttgtcaacatttgctgctgtaaccaaagatcctactgtgttgttgacaactttagggtttgcta 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38184583 gataaagacacccctaatgtgttgagtcctggaattttgtcaacatttgctgcagtaaccaaagatcctactgtgttgttgacaactttagggtttgcta 38184682  T
Q  408 aaccatcaaagaagaaatcaactgctgttacatttgactcttccttgcacgcaaatccattcaccttaacacctacataatacgtaccatatatgttgag 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38184683 aaccatcaaagaagaaatcaactgctgttacatttgactcttccttgcaagcaaatccattcaccttaacacctacataatacataccatatatgttgag 38184782  T
Q  508 ctttcatagacataactctgctacttctattaaaataagttgcaaatgcataaacagttcaattaagtgtttatagcatacactaagtcaaaatattaca 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38184783 ctttcatagacataactctgctacttctattaaaataagttacaaatgcataaacagttcaattaagtgtttatagcatacaataagtcaaaatattaca 38184882  T
Q  608 ataagttatagcttgttttcataatcacacgggagagtttatagtaataagctgaaaattgcttgtatagtgtgtagttcaactcggttgagctaaggga 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38184883 ataagttatagcttgttttcataatcacacgggagagtttatagtaataagctgaaaattgcttgtatagtgtgtagttcaactcggttgagctaaggga 38184982  T
Q  708 attgaaggagttaaagaaccggagttcaaatcttagcgaaagataaaatactaacataaaaactaacatattcaaaa 784  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38184983 attgaaggagttaaagaaccggagttcaaatcttagcgaaagagaaaatactaacataaaaactaacatattcaaaa 38185059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University