View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17018_low_2 (Length: 674)

Name: NF17018_low_2
Description: NF17018
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17018_low_2
NF17018_low_2
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (17-655)||(2032579-2033205)
chr8 (21-655)||(2053830-2054452)
chr8 (21-537)||(2049824-2050337)
chr8 (21-533)||(10767222-10767731)
chr8 (21-597)||(1950385-1950949)
chr8 (22-532)||(2036639-2037149)
chr8 (22-532)||(2046016-2046526)
chr8 (21-537)||(2028047-2028560)
chr8 (399-487)||(2057165-2057253)
chr8 (59-106)||(2021932-2021979)
chr8 (411-448)||(2022290-2022327)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (21-537)||(48908694-48909210)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (292-481)||(28713332-28713521)
chr2 (285-481)||(28736606-28736802)
chr2 (285-465)||(28743248-28743428)
chr2 (417-487)||(28786155-28786225)
chr2 (59-104)||(28713715-28713760)
chr2 (59-104)||(28743615-28743660)
chr2 (59-104)||(28736989-28737034)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (66-109)||(16419767-16419810)
chr1 (60-109)||(16443101-16443150)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 553; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 553; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 655
Target Start/End: Original strand, 2032579 - 2033205
Alignment:
Q  17 aggcacaaccaagcctaaccttgattctatattgagtgaacgcaaagaatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcaggacttaag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2032579 aggcacaaccaagcctaaccttgattctatattgagtgaacgcaaagaatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcaggacttaag 2032678  T
Q  117 aagataccaagcttattccatcatcaacctgacaaatatgagaaagccaacaacatgagccatgttattcctgtcatagaccttaaagatattgataata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2032679 aagataccaagcttattccatcatcaacctgacaaatatgagaaagccaacaacatgagccatgctattcctgtcatagaccttaaagatattgataata 2032778  T
Q  217 aagatccaagtattcaccaagggatagttgacaatatcaaggaagcatgtgaaacttggggnnnnnnncaagttgttaatcatggaatccctttgagtgt 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2032779 aagatccaagtattcaccaagggatagttgacaatatcaaggaagcatgtgaaacttggggttttttccaagttgttaatcatggaatccctttgagtgt 2032878  T
Q  317 tcttgaggagttgaaagatggtgtcaagaggttttatgaacaggatacagaagtcaaaaaagaattgtatactagagatagcaatagatcctttgtttat 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2032879 tcttgaggagttgaaagatggtgtcaagaggttttatgaacaggatacagaagtcaaaaaagaattgtatactagaaatagcaatagatcctttgtttat 2032978  T
Q  417 aatagtaattttgatatttatagctcaccagcactcaattggagggatagttttatgtgttacttggctccacctgatactatcaaaccacaagagtttc 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2032979 aatagtaattttgatatttatagctcaccagcactcaattggagggatagttttatgtgttacttggctccacctgatactctcaaaccacaagagtttc 2033078  T
Q  517 ctgtggtatgcaggtatgtttatgggtatgtttatgcatatgtgtaaaatttatttgctccttgaaatttggttattatcatttgtagcactgaaatttc 616  Q
    ||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  2033079 ctgtggtatgca------------ggtatgtttatgcatatgtgtaaaatttatttgctccttgaaatttggtcattatcatttgtagcaccgaaatttc 2033166  T
Q  617 agattggatgcgcgttgagtgtctgacatgtgtttgtgt 655  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2033167 agattggatgcgcgttgagtgtctaacatgtgtttgtgt 2033205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 655
Target Start/End: Original strand, 2053830 - 2054452
Alignment:
Q  21 acaaccaagcctaaccttgattctatattgagtgaacgcaaagaatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcaggacttaagaaga 120  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  2053830 acaaccaagcctaaccttgattccacattcaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcaggagttgagaaga 2053929  T
Q  121 taccaagcttattccatcatcaacctgacaaatatgagaaagccaacaacatgagccatgttattcctgtcatagaccttaaagatattgataataaaga 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  2053930 taccaagcttattccatcatcaaccagacaaatatgagatagccaacaatacaagcaatgttattcctgttatagaccttgatgatattgataataaaga 2054029  T
Q  221 tccaagtattcaccaagggatagttgacaatatcaaggaagcatgtgaaacttggggnnnnnnncaagttgttaatcatggaatccctttgagtgttctt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |  ||       || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2054030 tccaagtattcaccaagggatagttgagaaagtcaaggaagcatgtgaaacattaggtttttttcaggttgttaatcatggaatccctttgagtgttctt 2054129  T
Q  321 gaggagttgaaagatggtgtcaagaggttttatgaacaggatacagaagtcaaaaaagaattgtatactagagatagcaatagatcctttgtttataata 420  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||||||   || ||||| |||||||   | ||||||||| |||| ||||    
T  2054130 gaggagttgaatgatggggtgaaaaggttttatgaacaggatacagaagccaaaaaaagtttctatacaagagatatgcagagatcctttatttacaata 2054229  T
Q  421 gtaattttgatatttatagctcaccagcactcaattggagggatagttttatgtgttacttggctccacctgatactatcaaaccacaagagtttcctgt 520  Q
    | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||   ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  2054230 gcaatgttgatatttatagctctccagcactcaattggaaggatagttttggttgtaacttggctccacctgatactctcaaaccagaagagtttcctgt 2054329  T
Q  521 ggtatgcaggtatgtttatgggtatgtttatgcatatgtgtaaaatttatttgctccttgaaatttggttattatcatttgtagcactgaaatttcagat 620  Q
    ||||||||            |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2054330 ggtatgca------------ggtatgtttatgtacatctgtaaaatttatttgctccttgatattttgttattatcatttgtagcactgaaatttcagat 2054417  T
Q  621 tggatgcgcgttgagtgtctgacatgtgtttgtgt 655  Q
    |||||||||||||||||| | |||  |||||||||    
T  2054418 tggatgcgcgttgagtgtattacacatgtttgtgt 2054452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 21 - 537
Target Start/End: Original strand, 2049824 - 2050337
Alignment:
Q  21 acaaccaagcctaaccttgattctatattgagtgaacgcaaagaatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcaggacttaagaaga 120  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2049824 acaaccaagcctaactttgattctatattgagtgagcgcatagcatttgatgaaacaaaagcaggtgtaaaaggacttgttgatgcaggagttaagaaga 2049923  T
Q  121 taccaagcttattccatcatcaacctgacaaatatgagaaagccaacaacatgagccatgttattcctgtcatagaccttaaagatattgataataaaga 220  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2049924 taccaaccttattccatcatcaaccagacaaatatgaggaagccaacaacacaagccatgttattcctgtcatagaccttaaagatattgataatcaaga 2050023  T
Q  221 tccaagtattcaccaagggatagttgacaatatcaaggaagcatgtgaaacttggggnnnnnnncaagttgttaatcatggaatccctttgagtgttctt 320  Q
     || |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2050024 ccctagtattcatcaaggaattgtcgacaatatcaaggaagcatgtgaaacttggggtttttttcaggttgttaatcatggaatccctttgagtgttctt 2050123  T
Q  321 gaggagttgaaagatggtgtcaagaggttttatgaacaggatacagaagtcaaaaaagaattgtatactagagatagcaatagatcctttgtttataata 420  Q
    ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| |||||||| |||||||   |||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  2050124 gaggagttgaaagatggggtgaaaaggttttatgaacaggctacagaagccaaaaaaagtttgtatacaagagatatgaatagatcctttgtttataata 2050223  T
Q  421 gtaattttgatatttatagctcaccagcactcaattggagggatagttttatgtgttacttggctccacctgatactatcaaaccacaagagtttcctgt 520  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||   |||||||||  ||||||| |||| ||||| |     
T  2050224 gtaattttgatatttatagctctccggcactcaattggagggatagttttgcgtgttacttggct---cctgatactcccaaaccagaagattttcccgc 2050320  T
Q  521 ggtatgcaggtatgttt 537  Q
     || |||||||||||||    
T  2050321 agtgtgcaggtatgttt 2050337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 21 - 533
Target Start/End: Original strand, 10767222 - 10767731
Alignment:
Q  21 acaaccaagcctaaccttgattctatattgagtgaacgcaaagaatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcaggacttaagaaga 120  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  10767222 acaaccaagcctaaccttgattctttattgaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatggaggacttaacaaga 10767321  T
Q  121 taccaagcttattccatcatcaacctgacaaatatgagaaagccaacaacatgagccatgttattcctgtcatagaccttaaagatattgataataaaga 220  Q
    | || | ||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||||||| |||||    
T  10767322 tccctaccttattccatcatcaacctgataaatatgagttagcctacaacacaagccatgttattcctatcatagatcttgcagatattgataacaaaga 10767421  T
Q  221 tccaagtattcaccaagggatagttgacaatatcaaggaagcatgtgaaacttggggnnnnnnncaagttgttaatcatggaatccctttgagtgttctt 320  Q
    ||||||||||||||||   || ||||||||  | ||||||||||||||||| |||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10767422 tccaagtattcaccaaaaaattgttgacaaagtgaaggaagcatgtgaaacatgggggttttttcaagttgttaatcatggaatccctttgagtgttctt 10767521  T
Q  321 gaggagttgaaagatggtgtcaagaggttttatgaacaggatacagaagtcaaaaaagaattgtatactagagatagcaatagatcctttgtttataata 420  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||| ||||||| |||| ||||    
T  10767522 gaggagttgaaagatggtgttaagaggttttatgagcaggatacagaagtcaaaaaagatttgtatacaagagatagacataaatcctttatttacaata 10767621  T
Q  421 gtaattttgatatttatagctcaccagcactcaattggagggatagttttatgtgttacttggctccacctgatactatcaaaccacaagagtttcctgt 520  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||   |||||||||  ||||||| ||||  |||||||    
T  10767622 gtaactttgatatttatagctcaccagcacttaattggagggatacttttacatgttacttggct---cctgatactcccaaaccagaagatattcctgt 10767718  T
Q  521 ggtatgcaggtat 533  Q
     ||||||||||||    
T  10767719 agtatgcaggtat 10767731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 21 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 1950949 - 1950385
Alignment:
Q  21 acaaccaagcctaaccttgattctatattgagtgaacgcaaagaatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcaggacttaagaaga 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||    
T  1950949 acaaccaagcctaaccttgattctacattcaatgaacgtaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatggaggagttgagaaga 1950850  T
Q  121 taccaagcttattccatcatcaacctgacaaatatgagaaagccaacaacatgagccatgttattcctgtcatagaccttaaagatattgataataaaga 220  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1950849 taccaagtttattccatcatcaacctgacaaatatgagatagcctacaacacaagccatgttattcctgtcatagaccttaaagatattgataacaaaga 1950750  T
Q  221 tccaagtattcaccaagggatagttgacaatatcaaggaagcatgtgaaacttggggnnnnnnncaagttgttaatcatggaatccctttgagtgttctt 320  Q
    |||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1950749 tccaagtattcatcaagggattgttggcaaaatcaaggaagcatgtgaaacttgggggttttttcaggttgttaatcatggaatccctttgagtgttctt 1950650  T
Q  321 gaggagttgaaagatggtgtcaagaggttttatgaacaggatacagaagtcaaaaaag---aattgtatactagagatagcaatagatcctttgtttata 417  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||   ||||||||| |  ||||| |   | || || || | |||||| |||| ||| ||| |||| |    
T  1950649 gaggagatgaaggatggtgtgaagaggtttcatgagatggatacagatgctaaaaaggagtacttttacacaaaagatagaaataaatcatttatttaca 1950550  T
Q  418 atagtaattttgatatttatagctcaccagcactcaattggagggatagttttatgtgttacttggctccacctgatactatcaaaccacaagagtttcc 517  Q
    | || ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| || |   ||||||||||||   |||||||||  |||||||||||| |||||    
T  1950549 aaagcaattttgatttgtatagctcaccagcactcaattggagggatacttgtgcttgttacttggct---cctgatactcccaaaccacaagattttcc 1950453  T
Q  518 tgtggtatgcaggtatgtttatgggtatgtttatgcatatgtgtaaaatttatttgctccttgaaatttggttattatca 597  Q
    ||| |||||||            ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1950452 tgttgtatgca------------ggtatgtatatgtatatgtgtaaaatttatttgctccttgaaatttggttattatca 1950385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 22 - 532
Target Start/End: Original strand, 2036639 - 2037149
Alignment:
Q  22 caaccaagcctaaccttgattctatattgagtgaacgcaaagaatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcaggacttaagaagat 121  Q
    |||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  2036639 caaccatgcctaaccttgattctgtaatgaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaatctggtgtgaaaggacttgttgatggaggacttaagaggat 2036738  T
Q  122 accaagcttattccatcatcaacctgacaaatatgagaaagccaacaacatgagccatgttattcctgtcatagaccttaaagatattgataataaagat 221  Q
    |||     ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||    
T  2036739 acctgagatattccattgtcaacctgacaaatacgagaaagccaacaacacaagccatgttattcctgtcatagatcttgtagatattgataataaagat 2036838  T
Q  222 ccaagtattcaccaagggatagttgacaatatcaaggaagcatgtgaaacttggggnnnnnnncaagttgttaatcatggaatccctttgagtgttcttg 321  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| |  ||       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2036839 ccaagtatttaccaagggattgttggcaaaatcaaggaagcatgtgaaacattaggtttttttcaggttgttaatcatggaatccctttgagtgttcttg 2036938  T
Q  322 aggagttgaaagatggtgtcaagaggttttatgaacaggatacagaagtcaaaaaagaattgtatactagagatagcaatagatcctttgtttataatag 421  Q
    |||||||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||  |||||||| ||| |||| |||||    
T  2036939 aggagttgaaagatggggtgaaaaggttttatgaacaagacacagaagtcaaaaaagatttttatacaagagatatgaatagatcttttatttacaatag 2037038  T
Q  422 taattttgatatttatagctcaccagcactcaattggagggatagttttatgtgttacttggctccacctgatactatcaaaccacaagagtttcctgtg 521  Q
     |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||   |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||    
T  2037039 caattatgatatttatagcccaccagcactcaattggagagatacttttgcttgttacttggctccacctgatactcttaaaccagaagagattcctgtg 2037138  T
Q  522 gtatgcaggta 532  Q
    |||||||||||    
T  2037139 gtatgcaggta 2037149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 22 - 532
Target Start/End: Original strand, 2046016 - 2046526
Alignment:
Q  22 caaccaagcctaaccttgattctatattgagtgaacgcaaagaatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcaggacttaagaagat 121  Q
    |||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  2046016 caaccatgcctaaccttgattctgtaatgaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaatctggtgtgaaaggacttgttgatggaggacttaagaggat 2046115  T
Q  122 accaagcttattccatcatcaacctgacaaatatgagaaagccaacaacatgagccatgttattcctgtcatagaccttaaagatattgataataaagat 221  Q
    |||     ||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||    
T  2046116 acctgagatattccattgtcaacctgacaaataccagaaagccaacaacacaagccatgttattcctgtcatagatcttgtagatattgataataaagat 2046215  T
Q  222 ccaagtattcaccaagggatagttgacaatatcaaggaagcatgtgaaacttggggnnnnnnncaagttgttaatcatggaatccctttgagtgttcttg 321  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| |  ||       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2046216 ccaagtatttaccaagggattgttggcaaaatcaaggaagcatgtgaaacattaggtttttttcaggttgttaatcatggaatccctttgagtgttcttg 2046315  T
Q  322 aggagttgaaagatggtgtcaagaggttttatgaacaggatacagaagtcaaaaaagaattgtatactagagatagcaatagatcctttgtttataatag 421  Q
    |||||||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||  |||||||| ||| |||| |||||    
T  2046316 aggagttgaaagatggggtgaaaaggttttatgaacaagacacagaagtcaaaaaagatttttatacaagagatatgaatagatcttttatttacaatag 2046415  T
Q  422 taattttgatatttatagctcaccagcactcaattggagggatagttttatgtgttacttggctccacctgatactatcaaaccacaagagtttcctgtg 521  Q
     |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  2046416 caattatgatatttatagcccaccagcactcaattggagagatacttttgcttgttacttggctccacctgatactctcaaaccagaagagattcctgtg 2046515  T
Q  522 gtatgcaggta 532  Q
    |||||||||||    
T  2046516 gtatgcaggta 2046526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 21 - 537
Target Start/End: Original strand, 2028047 - 2028560
Alignment:
Q  21 acaaccaagcctaaccttgattctatattgagtgaacgcaaagaatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcaggacttaagaaga 120  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||    
T  2028047 acaaccaagcctaaccttgattccacattcaatgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatggaggagttgagaaga 2028146  T
Q  121 taccaagcttattccatcatcaacctgacaaatatgagaaagccaacaacatgagccatgttattcctgtcatagaccttaaagatattgataataaaga 220  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2028147 taccaagtttattccatcatcaacctgacaaatatgagatagcctacaacacaagccatgttattcctgtcatagaccttaaagatattgataacaaaga 2028246  T
Q  221 tccaagtattcaccaagggatagttgacaatatcaaggaagcatgtgaaacttggggnnnnnnncaagttgttaatcatggaatccctttgagtgttctt 320  Q
    |||||||||||| |||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2028247 tccaagtattcatcaagggattgttagcaaaatcaaggaagcatgtgaaacttgggggttttttcaggttgttaatcatggaatccctttgagtgttctt 2028346  T
Q  321 gaggagttgaaagatggtgtcaagaggttttatgaacaggatacagaagtcaaaaaagaattgtatactagagatagcaatagatcctttgtttataata 420  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||   ||| ||||| |  ||||| || || ||||| ||||||    || |||| ||| |||| || |    
T  2028347 gaggagatgaaggatggtgtgaagaggtttcatgagatggagacagatgctaaaaaggagttttatacaagagatttgcatggatcatttatttacaaaa 2028446  T
Q  421 gtaattttgatatttatagctcaccagcactcaattggagggatagttttatgtgttacttggctccacctgatactatcaaaccacaagagtttcctgt 520  Q
    | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||| |||||||   |||||||||  ||||||| |||| ||||||||    
T  2028447 gcaattttgatttgtatagctcaccagcactcaattggagggatacttgtacttgttccttggct---cctgatactcccaaaccagaagattttcctgt 2028543  T
Q  521 ggtatgcaggtatgttt 537  Q
     ||||||||||||||||    
T  2028544 tgtatgcaggtatgttt 2028560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 399 - 487
Target Start/End: Original strand, 2057165 - 2057253
Alignment:
Q  399 aatagatcctttgtttataatagtaattttgatatttatagctcaccagcactcaattggagggatagttttatgtgttacttggctcc 487  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  2057165 aatagatcctttgtttacaatagcaatgttgatatttatagctctccggcactcaattggagggatagttttagttgttacttggctcc 2057253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 59 - 106
Target Start/End: Original strand, 2021932 - 2021979
Alignment:
Q  59 caaagaatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgc 106  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  2021932 caaagcatttgatgaaacaaaagatggtgtcaaaggacttgttgatgc 2021979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 411 - 448
Target Start/End: Original strand, 2022290 - 2022327
Alignment:
Q  411 gtttataatagtaattttgatatttatagctcaccagc 448  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  2022290 gtttataatagtaattttgatctttatagttcaccagc 2022327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 183; Significance: 1e-98; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 21 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 48909210 - 48908694
Alignment:
Q  21 acaaccaagcctaaccttgattctatattgagtgaacgcaaagaatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcaggacttaagaaga 120  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||  |||||||||    
T  48909210 acaaccaagcctaactttgattctatattgagtgaacgcaaagcatttgatgaaacaaaagctagtgtaaaaggatttgttgatgaaggtattaagaaga 48909111  T
Q  121 taccaagcttattccatcatcaacctgacaaatatgagaaagccaacaacatgagccatgttattcctgtcatagaccttaaagatattgataataaaga 220  Q
    | |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||||||   |||||||| ||||| |||||||||||  ||| |||||||| |||||    
T  48909110 tcccaagctttttccatcatcaaccagacaaaaatgagatagcctacaacaattgccatgttcttcctatcatagaccttgcagacattgataacaaaga 48909011  T
Q  221 tccaagtattcaccaagggatagttgacaatatcaaggaagcatgtgaaacttggggnnnnnnncaagttgttaatcatggaatccctttgagtgttctt 320  Q
    ||||| ||||||||||   ||  |||||||  | || |||||||||||||| |||||       || |||||||||||||||||||||||||   |||||    
T  48909010 tccaattattcaccaaaaaattattgacaaattgaaagaagcatgtgaaacatggggtttttttcaggttgttaatcatggaatccctttgaacattctt 48908911  T
Q  321 gaggagttgaaagatggtgtcaagaggttttatgaacaggatacagaagtcaaaaaagaattgtatactagagatagcaatagatcctttgtttataata 420  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||| ||| |||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||| | ||||   ||  || |||||  ||||||||    
T  48908910 gaggaattgaaagatggtattaagagatttcatgagcaggatccagaagtaaaaaaagatttgtatacaacagatccgaagggaccctttacttataata 48908811  T
Q  421 gtaattttgat---atttatagctcaccagcactcaattggagggatagttttatgtgttacttggctccacctgatactatcaaaccacaagagtttcc 517  Q
    ||||| ||| |    | | || ||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| |||||||   |||||||||  ||||||| |||| |||||    
T  48908810 gtaatattggtgggttgtctaactcaccagcgctcaattggagggatacttttatttgtttcttggct---cctgatactcccaaaccagaagattttcc 48908714  T
Q  518 tgtggtatgcaggtatgttt 537  Q
    | | ||||||||||||||||    
T  48908713 tctagtatgcaggtatgttt 48908694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 58; Significance: 5e-24; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 292 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 28713521 - 28713332
Alignment:
Q  292 ttaatcatggaatccctttgagtgttcttgaggagttgaaagatggtgtcaagaggttttatgaacaggatacagaagtcaaaaaagaattgtatactag 391  Q
    |||||||||| || ||||||| ||||||||| ||  |||||||||| || ||||| || | |||||| ||||| ||||| || |||||  ||||||||||    
T  28713521 ttaatcatggtattcctttgaatgttcttgaagatatgaaagatggagtgaagagattctttgaacaagatactgaagtgaagaaagagatgtatactag 28713422  T
Q  392 agatagcaatagatcctttgtttataatagtaattttgatatttatagctcaccagcactcaattggagggatagttttatgtgttactt 481  Q
    |||| | |  ||  | || ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  28713421 agatcgaacaaggccattggtttataatagcaattttgatttgtatagatcaccagcacttaattggagggatacttttatatgtgactt 28713332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 285 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 28736802 - 28736606
Alignment:
Q  285 caagttgttaatcatggaatccctttgagtgttcttgaggagttgaaagatggtgtcaagaggttttatgaacaggatacagaagtcaaaaaagaattgt 384  Q
    ||||| ||||||||||| || ||| | | ||||||||||||  |||||||||| || |  || || | |||||| ||||  ||||| || |||||  |||    
T  28736802 caagtggttaatcatggtattcctataaatgttcttgaggatatgaaagatggagtgattagattctttgaacaagatattgaagtgaagaaagagatgt 28736703  T
Q  385 atactagagatagcaatagatcctttgtttataatagtaattttgatatttatagctcaccagcactcaattggagggatagttttatgtgttactt 481  Q
    |||||||||||   |  ||  | || ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  28736702 atactagagatcaaacaaggccattggtttataatagtaattttgatttgtatagttcaccagcacttaattggagggatacttttatatgtgactt 28736606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 285 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 28743428 - 28743248
Alignment:
Q  285 caagttgttaatcatggaatccctttgagtgttcttgaggagttgaaagatggtgtcaagaggttttatgaacaggatacagaagtcaaaaaagaattgt 384  Q
    ||||| ||||||||||| || ||| | | ||||||||||||  |||||||||| || |  || || | |||||| ||||| ||||| || |||||  |||    
T  28743428 caagtggttaatcatggtattcctataaatgttcttgaggatatgaaagatggagtgattagattctttgaacaagatactgaagtgaagaaagagatgt 28743329  T
Q  385 atactagagatagcaatagatcctttgtttataatagtaattttgatatttatagctcaccagcactcaattggagggata 465  Q
    |||||||||||   |  ||  | || ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  28743328 atactagagatcaaacaaggccattggtttataatagtaattttgatttgtatagttcaccagcgcttaattggagggata 28743248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 417 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 28786225 - 28786155
Alignment:
Q  417 aatagtaattttgatatttatagctcaccagcactcaattggagggatagttttatgtgttacttggctcc 487  Q
    ||||| |||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||    
T  28786225 aatagcaattttaatctttatagttcatcagcactcaattggagggatacttttgtgtgttccttggctcc 28786155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 28713760 - 28713715
Alignment:
Q  59 caaagaatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgat 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  28713760 caaagcatttgatgaaacaaaagctggtgttaaaggccttgttgat 28713715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 28743660 - 28743615
Alignment:
Q  59 caaagaatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgat 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  28743660 caaagcatttgatgaaacaaaagctggtgttaaaggccttgttgat 28743615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 28737034 - 28736989
Alignment:
Q  59 caaagaatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgat 104  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||    
T  28737034 caaagcatttgatgaaagaaaagctggtgttaaaggccttgttgat 28736989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000006; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 66 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 16419810 - 16419767
Alignment:
Q  66 tttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcagg 109  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  16419810 tttgatgaaacaaaatttggtgtaaaaggacttgttgatgcagg 16419767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 60 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 16443150 - 16443101
Alignment:
Q  60 aaagaatttgatgaaacaaaagctggtgtaaaaggacttgttgatgcagg 109  Q
    ||||| |||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||    
T  16443150 aaagattttgatgaaacaaaacttggtgttaaaggacttgttgatgcagg 16443101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University