View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17018_low_9 (Length: 510)

Name: NF17018_low_9
Description: NF17018
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17018_low_9
NF17018_low_9
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (1-510)||(9170678-9171187)
chr1 (4-510)||(9200245-9200751)
chr1 (6-510)||(9218761-9219265)
chr1 (5-510)||(9155940-9156445)
chr1 (13-510)||(9161852-9162349)
chr1 (4-510)||(9118094-9118600)
chr1 (1-237)||(9178933-9179169)
chr1 (132-510)||(9229646-9230024)
chr1 (287-407)||(1868389-1868509)
chr1 (296-407)||(1842789-1842900)
chr1 (287-422)||(1856794-1856929)
chr1 (266-422)||(1816115-1816271)
chr1 (179-228)||(1816309-1816358)
chr1 (179-228)||(1856686-1856735)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (357-422)||(37572121-37572186)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 440; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 9171187 - 9170678
Alignment:
Q  1 ggtgatttcttctctatacttgacataccaaaaaaggaaactcatcaagctcaagcaaaaattctttcnnnnnnntggtggttccattttgctacaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  9171187 ggtgatttcttctctatacttgacataccaaaaaaggaaactcatcaagctcaagcaaaaattctttcaaaaaaatggtggttccattttgctacaacaa 9171088  T
Q  101 ctgtctacaagagaagacacttcgcaagcagctcaaatattcacagaagaggaacttaagaaagcccccaaaaactacgatgaaagcttaatcttcggca 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  9171087 ctgtctacaagtgaagacacttcgcaagcagctcaaatattcacagaagaggaacttaagaaagccaccaaaaactacgatgaaagcttaatcattggca 9170988  T
Q  201 gaggaggttttggtacagtttacaaaggagttttacccgacaacaaaatcgtcgctgtnnnnnnntccaaaataattgacgcaaatcaaattgagcaatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9170987 gaggaggttttggtacagtttacaaaggagttttacctgacaacaaaatcgtcgctgtaaaaaaatccaaaataattgacgcaaatcaaattgagcaatt 9170888  T
Q  301 cattaatgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctagggtgttgtctagagacagaagttccttcattggtgtatgaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9170887 cattaatgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctagggtgttgtctagagacagaagttccttcattggtgtacgaa 9170788  T
Q  401 tttgttagcaacggtacacttttcgatttcatacaaagtactaaagataaaacaaataatccaacatggaaaacccgcttaaggatagcagcagagacag 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9170787 tttgttagcaacggtacacttttcgatttcatacaaagcactaaagataaaacaaataatccaacatggaaaacccgcttaaggatagcagcagagacag 9170688  T
Q  501 ctggagcttt 510  Q
    ||||||||||    
T  9170687 ctggagcttt 9170678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 9200751 - 9200245
Alignment:
Q  4 gatttcttctctatacttgacataccaaaaaaggaaactcatcaagctcaagcaaaaattctttcnnnnnnntggtggttccattttgctacaacaactg 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       |||||||||||||||| |||| |||||     
T  9200751 gatttcttctctatacttgacataccaaaaaaggaaactcatcaaactcaagcaaaaattctttcaaaaaaatggtggttccattttggtacagcaacta 9200652  T
Q  104 tctacaagagaagacacttcgcaagcagctcaaatattcacagaagaggaacttaagaaagcccccaaaaactacgatgaaagcttaatcttcggcagag 203  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  9200651 tctacaagagaagacacttctcaagcagcacaaatattcacagaagaggaacttaagaaagccaccaaaaaatacgacgaaagcttaatcatcggtagag 9200552  T
Q  204 gaggttttggtacagtttacaaaggagttttacccgacaacaaaatcgtcgctgtnnnnnnntccaaaataattgacgcaaatcaaattgagcaattcat 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9200551 gaggttttggtacagtttacaaaggagttttacctgataacaaaattgtcgctgtaaaaaaatccaaaataattgacgcaaatcaaattgagcaattcat 9200452  T
Q  304 taatgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctagggtgttgtctagagacagaagttccttcattggtgtatgaattt 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  9200451 taatgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctaggctgttgtctagagacagaagttccttcattagtgtacgaattt 9200352  T
Q  404 gttagcaacggtacacttttcgatttcatacaaagtactaaagataaaacaaataatccaacatggaaaacccgcttaaggatagcagcagagacagctg 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  9200351 gttagcaacggtacacttttcgatttcatacaaagcactaaagataaaacaaataatccaacatggaaaacacgtttaaggatagcagcggagacagctg 9200252  T
Q  504 gagcttt 510  Q
    |||||||    
T  9200251 gagcttt 9200245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 6 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 9219265 - 9218761
Alignment:
Q  6 tttcttctctatacttgacataccaaaaaaggaaactcatcaagctcaagcaaaaattctttcnnnnnnntggtggttccattttgctacaacaactgtc 105  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||       ||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  9219265 tttcatctctatacttgacgtaccaaaaaaggaaactcatcaaactaaagcaaaaattctttcaacaaaatggtggttctattttgctacaacaactatc 9219166  T
Q  106 tacaagagaagacacttcgcaagcagctcaaatattcacagaagaggaacttaagaaagcccccaaaaactacgatgaaagcttaatcttcggcagagga 205  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||    
T  9219165 aacaagagaagacacttcgcaatcagctcaaatattcacggaagaggaacttaagaaagccaccaaaaactacgacgaaagcttaatcatcggtagagga 9219066  T
Q  206 ggttttggtacagtttacaaaggagttttacccgacaacaaaatcgtcgctgtnnnnnnntccaaaataattgacgcaaatcaaattgagcaattcatta 305  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||       ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||    
T  9219065 ggttttggtacagttttcaaaggaattttgcccgataacaaaattgtcgctgtcaaaaagtccaaaataatagacgcaaatcagatcgagcaattcatta 9218966  T
Q  306 atgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctagggtgttgtctagagacagaagttccttcattggtgtatgaatttgt 405  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9218965 atgaggtagttgttctgtcccaaataaatcataggaacgttgtcaaacttttagggtgttgtttggagacagaagttccttcgttggtgtatgaatttgt 9218866  T
Q  406 tagcaacggtacacttttcgatttcatacaaagtactaaagataaaacaaataatccaacatggaaaacccgcttaaggatagcagcagagacagctgga 505  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||| |  |||||||||| |||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||     
T  9218865 tagcaacggaacactttttgatttcatacaaaattgtaaagataaagcaaacaatccagcatggaaaacacgtttaaggatagcagcagagacagctggt 9218766  T
Q  506 gcttt 510  Q
    |||||    
T  9218765 gcttt 9218761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 5 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 9156445 - 9155940
Alignment:
Q  5 atttcttctctatacttgacataccaaaaaaggaaactcatcaagctcaagcaaaaattctttcnnnnnnntggtggttccattttgctacaacaactgt 104  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9156445 atttcttctctatacttgacattccaaaaaaggaaattcatcaaactaaagcaaaaattctttcaacaaaatggtggttccattttgctacaacaactat 9156346  T
Q  105 ctacaagagaagacacttcgcaagcagctcaaatattcacagaagaggaacttaagaaagcccccaaaaactacgatgaaagcttaatcttcggcagagg 204  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||    
T  9156345 ctacaagagaagacacctcgcaatcagctgaaatattcactgaagaggaacttaagaaagccaccaaaaactacgatgaaaacttaatcattggcagagg 9156246  T
Q  205 aggttttggtacagtttacaaaggagttttacccgacaacaaaatcgtcgctgtnnnnnnntccaaaataattgacgcaaatcaaattgagcaattcatt 304  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||       || |||||||| || ||||||||||| ||||| || |||    
T  9156245 aggttttggtacagttttcaaaggagttttacccgacaacaaaatcgttgctgtaaaaaaatcaaaaataatagatgcaaatcaaatcgagcagtttatt 9156146  T
Q  305 aatgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctagggtgttgtctagagacagaagttccttcattggtgtatgaatttg 404  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||||||||| || ||||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |    
T  9156145 aatgaggtagttgtcctatcccaaataaatcacagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttagagacagaagttccttccttggtttatgaattcg 9156046  T
Q  405 ttagcaacggtacacttttcgatttcatacaaagtactaaagataaaacaaataatccaacatggaaaacccgcttaaggatagcagcagagacagctgg 504  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||    
T  9156045 ttagcaatggtacactttttgatttcatacatagtactaaagataaaacaaacaatccaacatggaaaacccgtttaaagatagcagcagagacagccgg 9155946  T
Q  505 agcttt 510  Q
    ||||||    
T  9155945 agcttt 9155940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 13 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 9162349 - 9161852
Alignment:
Q  13 tctatacttgacataccaaaaaaggaaactcatcaagctcaagcaaaaattctttcnnnnnnntggtggttccattttgctacaacaactgtctacaaga 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||        || ||||| || ||||||||||| || || ||||||    
T  9162349 tctatacttgacgtaccaaaaaaggaaattaatcaaactaaagcaaaaattctttcaaaaaaacggaggttctatattgctacaacagctatcaacaaga 9162250  T
Q  113 gaagacacttcgcaagcagctcaaatattcacagaagaggaacttaagaaagcccccaaaaactacgatgaaagcttaatcttcggcagaggaggttttg 212  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9162249 gaagacacttcgcaatcagctcaaatattcacagaagaggaactaaagaaagccaccaaaaactacgatgatagcttaatcatcggcagaggaggttttg 9162150  T
Q  213 gtacagtttacaaaggagttttacccgacaacaaaatcgtcgctgtnnnnnnntccaaaataattgacgcaaatcaaattgagcaattcattaatgaggt 312  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||       ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  9162149 gtacagttttcaaaggagtcttaccagataacaaaatcgtcgctgtcaaaaaatccaaaataatagatgcaaatcaaattgagcagttcattaacgaggt 9162050  T
Q  313 agttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctagggtgttgtctagagacagaagttccttcattggtgtatgaatttgttagcaac 412  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||     
T  9162049 agttgttctgtcccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttagagacagaagttccttcgttggtgtatgaattcgttagcaat 9161950  T
Q  413 ggtacacttttcgatttcatacaaagtactaaagataaaacaaataatccaacatggaaaacccgcttaaggatagcagcagagacagctggagcttt 510  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  9161949 ggtacacttttcgatttcatacataatactaaagataaagcaaacaatccaacatggaaaacacgtttaaagatagcagcagagacagccggagcttt 9161852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 4 - 510
Target Start/End: Original strand, 9118094 - 9118600
Alignment:
Q  4 gatttcttctctatacttgacataccaaaaaaggaaactcatcaagctcaagcaaaaattctttcnnnnnnntggtggttccattttgctacaacaactg 103  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||       |||||||| ||||||||||||| ||||     
T  9118094 gatttcatctctatacttgatataccaaaaaagaaaactcatcaaactaaaacaaaaattctttcaacaaaatggtggtttcattttgctacaaaaactc 9118193  T
Q  104 tctacaagagaagacacttcgcaagcagctcaaatattcacagaagaggaacttaagaaagcccccaaaaactacgatgaaagcttaatcttcggcagag 203  Q
    | ||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||  |||| | |||||| |||||||||||| | || ||||    
T  9118194 tttacaagagaagacacgtctcaatcagctcagatattcacagaaaaggaacttaaaaaagctaccaacagctacgacgaaagcttaatcattggaagag 9118293  T
Q  204 gaggttttggtacagtttacaaaggagttttacccgacaacaaaatcgtcgctgtnnnnnnntccaaaataattgacgcaaatcaaattgagcaattcat 303  Q
    ||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| |||| |||||| |||||       |||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  9118294 gaggtttcggtacaattttcaaaggagttttacccgataacagaatcgtggctgtcaaaaagtccagaataatagacgcaaatcaaatcgagcaattcat 9118393  T
Q  304 taatgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctagggtgttgtctagagacagaagttccttcattggtgtatgaattt 403  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||     
T  9118394 taatgaggtagttattctgtcccaaataaatcataggaatgttgtcaaacttttagggtgttgtttagagacagaagttccttccttggtctatgaattc 9118493  T
Q  404 gttagcaacggtacacttttcgatttcatacaaagtactaaagataaaacaaataatccaacatggaaaacccgcttaaggatagcagcagagacagctg 503  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||| |||| |||| ||  ||||||||||||||||||||||||    
T  9118494 gttagccacggtacacttttcgatttcatacaaaatactaagaataaaataaataatccaagatgggaaacacgtctaaggatagcagcagagacagctg 9118593  T
Q  504 gagcttt 510  Q
    |||||||    
T  9118594 gagcttt 9118600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 9179169 - 9178933
Alignment:
Q  1 ggtgatttcttctctatacttgacataccaaaaaaggaaactcatcaagctcaagcaaaaattctttcnnnnnnntggtggttccattttgctacaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  9179169 ggtgatttcttctctatacttgacataccaaaaaaggaaactcatcaagctcaagcaaaaattctttcaaaaaaatggtggttccattttgctacaacaa 9179070  T
Q  101 ctgtctacaagagaagacacttcgcaagcagctcaaatattcacagaagaggaacttaagaaagcccccaaaaactacgatgaaagcttaatcttcggca 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  9179069 ctgtctacaagtgaagacacttcgcaagcagctcaaatattcacagaagaggaacttaagaaagccaccaaaaactacgatgaaagcttaatcattggca 9178970  T
Q  201 gaggaggttttggtacagtttacaaaggagttttacc 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9178969 gaggaggttttggtacagtttacaaaggagttttacc 9178933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 132 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 9230024 - 9229646
Alignment:
Q  132 ctcaaatattcacagaagaggaacttaagaaagcccccaaaaactacgatgaaagcttaatcttcggcagaggaggttttggtacagtttacaaaggagt 231  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||||||||||||  |||| ||||| || || || |||||  | |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |    
T  9230024 ctcaaattttcaaagaagatgaacttaagaaagctaccaacaactatgaggagagtttaataattggcagaggaggtttcggtacggtttacaaaggaat 9229925  T
Q  232 tttacccgacaacaaaatcgtcgctgtnnnnnnntccaaaataattgacgcaaatcaaattgagcaattcattaatgaggtagttgttctgacccaaata 331  Q
    | || | |||||||  || || ||  |       ||||||||||| || || |  ||| | ||||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||    
T  9229924 tctagcagacaacaggattgttgcaatcaagaagtccaaaataatggatgccacccaagtagagcaattcataaatgaggtggttgttttgtcccaaata 9229825  T
Q  332 aatcataggaatgttgtcaaactcctagggtgttgtctagagacagaagttccttcattggtgtatgaatttgttagcaacggtacacttttcgatttca 431  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | || |||||| | |||||| ||||||||| | | || ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |    
T  9229824 aatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctttactagtttatgaatttattagcaatggtacccttttcgatttga 9229725  T
Q  432 tacaaagtactaaagataaaacaaataatccaacatggaaaacccgcttaaggatagcagcagagacagctggagcttt 510  Q
    | || | || ||  || ||   ||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||| || | ||| ||||||||    
T  9229724 tgcacactagtattgaaaaggaaaataatgcaatatggaaaacgcgtttaaggatagcagcggaaatagcaggagcttt 9229646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 287 - 407
Target Start/End: Original strand, 1868389 - 1868509
Alignment:
Q  287 caaattgagcaattcattaatgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctagggtgttgtctagagacagaagttcctt 386  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1868389 caaatcgatcaattcattaatgaggtggttgttctctctcaaataaatcataggaatgttgtcaaactcttggggtgttgtttagagacagaagttcctt 1868488  T
Q  387 cattggtgtatgaatttgtta 407  Q
      ||||| |||||||||||||    
T  1868489 tgttggtttatgaatttgtta 1868509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 296 - 407
Target Start/End: Original strand, 1842789 - 1842900
Alignment:
Q  296 caattcattaatgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctagggtgttgtctagagacagaagttccttcattggtgt 395  Q
    |||||||||||||||||| || ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| |    
T  1842789 caattcattaatgaggtaattattctctctcaaataaatcataggaatgttgtcaaactcttggggtgttgtttagagacagaagttcctttgttggttt 1842888  T
Q  396 atgaatttgtta 407  Q
    ||||||||||||    
T  1842889 atgaatttgtta 1842900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 287 - 422
Target Start/End: Original strand, 1856794 - 1856929
Alignment:
Q  287 caaattgagcaattcattaatgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctagggtgttgtctagagacagaagttcctt 386  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| | |||| |  | ||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1856794 caaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacagaaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctt 1856893  T
Q  387 cattggtgtatgaatttgttagcaacggtacacttt 422  Q
      ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  1856894 tgttggtttatgagtttgttagcaatggtactcttt 1856929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 266 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 1816271 - 1816115
Alignment:
Q  266 tccaaaataattgacgcaaatcaaattgagcaattcattaatgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctagggtgtt 365  Q
    ||||||| ||| |||| ||  |||||||| ||||||||||| ||||| | |||| |  | ||||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||    
T  1816271 tccaaaacaatagacgaaagccaaattgaacaattcattaacgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttggggtgtt 1816172  T
Q  366 gtctagagacagaagttccttcattggtgtatgaatttgttagcaacggtacacttt 422  Q
    ||||||| |||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  1816171 gtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactcttt 1816115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 179 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 1816358 - 1816309
Alignment:
Q  179 gatgaaagcttaatcttcggcagaggaggttttggtacagtttacaaagg 228  Q
    ||||| ||||||||| | || |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1816358 gatgagagcttaatcataggtagaggaggttttggtacagttttcaaagg 1816309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 179 - 228
Target Start/End: Original strand, 1856686 - 1856735
Alignment:
Q  179 gatgaaagcttaatcttcggcagaggaggttttggtacagtttacaaagg 228  Q
    ||||| ||||||||| | || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  1856686 gatgagagcttaatcataggtaaaggaggttttggtacagtttacaaagg 1856735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000007; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 357 - 422
Target Start/End: Original strand, 37572121 - 37572186
Alignment:
Q  357 tagggtgttgtctagagacagaagttccttcattggtgtatgaatttgttagcaacggtacacttt 422  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||   ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  37572121 tagggtgttgtctagaaacagaagttcctcggttggtttatgagtttgttagcaatggtactcttt 37572186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University