View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17024_low_3 (Length: 439)

Name: NF17024_low_3
Description: NF17024
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17024_low_3
NF17024_low_3
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (1-421)||(30060662-30061082)
chr5 (1-421)||(30749936-30750356)
chr5 (1-421)||(30400367-30400784)
chr5 (1-358)||(29853604-29853961)
chr5 (1-368)||(30483694-30484061)
chr5 (1-421)||(29872467-29872884)
chr5 (1-368)||(30337971-30338338)
chr5 (1-368)||(30436109-30436473)
chr5 (1-421)||(30712824-30713238)
chr5 (1-421)||(30241777-30242188)
chr5 (1-357)||(30206815-30207171)
chr5 (123-368)||(30676734-30676979)
chr5 (36-372)||(30521067-30521403)
chr5 (36-372)||(30561407-30561743)
chr5 (1-357)||(17983200-17983547)
chr5 (18-372)||(30475685-30476039)
chr5 (253-358)||(17418049-17418154)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-366)||(26707625-26707990)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (1-366)||(20296030-20296395)
chr4 (18-344)||(52352269-52352595)
chr4 (1-357)||(13616890-13617244)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-357)||(7581176-7581532)
chr1 (1-357)||(7099714-7100070)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (289-344)||(25293411-25293466)
chr3 (1-137)||(25293601-25293737)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 421
Target Start/End: Original strand, 30060662 - 30061082
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060662 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 30060761  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060762 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 30060861  T
Q  201 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060862 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattgcatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 30060961  T
Q  301 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagagacaagacaaacgatgatgagtttggtatgttcttgtgattgttg 400  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  30060962 ttgtgatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagagagaagacaaacgatgatgagtttggtatgttcctgtgatcgttg 30061061  T
Q  401 caacaacttcatcacgggtgg 421  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  30061062 caacaacttcatcacgggtgg 30061082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 421
Target Start/End: Original strand, 30749936 - 30750356
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749936 ttagccatccaaagccaaatcaatttttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 30750035  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30750036 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactatctttaattttaagccattccttttcatctttcct 30750135  T
Q  201 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30750136 tgagttcattaaacttcccaatgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 30750235  T
Q  301 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagagacaagacaaacgatgatgagtttggtatgttcttgtgattgttg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  30750236 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacagccaacattcactatcagagagagaagacaaacgatgatgagtttggcatgttcctgtgattgttg 30750335  T
Q  401 caacaacttcatcacgggtgg 421  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  30750336 caacaacttcatcacgggtgg 30750356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 421
Target Start/End: Original strand, 30400367 - 30400784
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||| || | ||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |  | |||||    
T  30400367 ttagccatccaaagctgaatcaattcttctttcaagatttccctatccttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgctttagggtcggtgttaaat 30400466  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 200  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||  ||||||| |||| |||| ||||||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||  | |||||    
T  30400467 aaaagtaactcaacctcaaagaacgcaaaatataattttcttctggtaaagcccaaagctcagtgtctttaatatcaagccattccttttctccattcct 30400566  T
Q  201 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 300  Q
    |||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||    
T  30400567 tgagctcatcaaacctcccaatgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgctacaagttctgcacgctcttct 30400666  T
Q  301 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagagacaagacaaacgatgatgagtttggtatgttcttgtgattgttg 400  Q
     | |||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||   |||| |||| ||||||   |||||||||    
T  30400667 ctataatgtcccaatgcatattctttgaacaacaaccaacattcactatcagagagaccagacaaa-ga--gtgagcttggcatgttcccatgattgttg 30400763  T
Q  401 caacaacttcatcacgggtgg 421  Q
    ||||||||| |||||||||||    
T  30400764 caacaactttatcacgggtgg 30400784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Original strand, 29853604 - 29853961
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||  | |||||    
T  29853604 ttagccatccaaagttgaatcaattcttctttcaggatttctccatccttgggaaatatagcgcaaaaggagaaacattgttttagggttggtgttaaat 29853703  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | || |||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||    
T  29853704 aaaagtaactcaacctcaaagcaagcaaaatagaattttcttgtggtaaagcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattccttttcttcattcct 29853803  T
Q  201 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 300  Q
    |||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |  | | ||||||||    
T  29853804 tgagctcatcaaacctcccaatgtttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttacaatctcctttcctatttccacaagctttgtatgctcttct 29853903  T
Q  301 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagagac 358  Q
     || ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29853904 ctgaaatatccaaatgcatattctttgaacaacaaccaacattcactatcagagagac 29853961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 368
Target Start/End: Original strand, 30483694 - 30484061
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||  | |||||    
T  30483694 ttagccatccaaagctgaatcaattcttccttcaggatttctctatctttgggaaatatagcacaaaaggagaaacattgctttagggttggtgttaaat 30483793  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| || |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||| |    
T  30483794 aaaagtaactcaacctcaaagcaggtaaaatagatttttcatgtggtaaatcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattccttttcttcattcat 30483893  T
Q  201 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 300  Q
    ||||  ||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| || |  | | ||||||||    
T  30483894 tgagaccattaaaccccccaatgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttccaatctccacaagctttgtatgctcttct 30483993  T
Q  301 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagagacaagacaaacg 368  Q
    |||| | ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||    
T  30483994 ttgttacgtctaaatgcatgttgtttgaacaacaaccaacaatcactatctgagagaccagataaacg 30484061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 421
Target Start/End: Original strand, 29872467 - 29872884
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||| || ||||||| |  ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||  | |||||    
T  29872467 ttagccatccaaagttgaatcaattcttctttcaggatttttctatccttgggaaatatagcgcaaaaagagaaacattgctttagggttggtgttaaat 29872566  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |  |||||| ||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||| || |||||    
T  29872567 aaaagtaactcaacctcaaagcaagcaaaatagaattttcttgcgataaagcccaaagctcactgtccttaatatcaagccattccttttcttcattcct 29872666  T
Q  201 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 300  Q
    |||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  || |  | | ||||||||    
T  29872667 tgagctcatcaaacctcccaatgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttacaatctcctttcctatttccataagctttgtatgctcttct 29872766  T
Q  301 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagagacaagacaaacgatgatgagtttggtatgttcttgtgattgttg 400  Q
     |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||   |||| |||| ||||||    ||||||||    
T  29872767 ctgtaatatccaaatgcatattctttgaacaacaaccaacattcactatcagagataccagacaaa-ga--gtgagcttggcatgttcccacgattgttg 29872863  T
Q  401 caacaacttcatcacgggtgg 421  Q
    ||||||||| |||||||||||    
T  29872864 caacaactttatcacgggtgg 29872884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 30338338 - 30337971
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||  | |||||    
T  30338338 ttagccatccaaagttgaatcaattcttccttcaggatttctctatctttgggaaatatagcacaaaaggagaaacattgctttagggttggtgttaaat 30338239  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||| || |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||| |    
T  30338238 aaaagtaactcaaactcaaagcaggtaaaatagatttttcatgtggtaaatcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattccttttcttcattcat 30338139  T
Q  201 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 300  Q
    ||||  ||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || |  | |  |||||||    
T  30338138 tgagaccattaaaccccccaatgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttccaatttccacaagctttgtatcctcttct 30338039  T
Q  301 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagagacaagacaaacg 368  Q
    |||| | ||  |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  30338038 ttgttacgtttaaatgcatgttgtttgaacaacaaccaacaatcactatcagagagaccagacaaacg 30337971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 368
Target Start/End: Original strand, 30436109 - 30436473
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  | |||||    
T  30436109 ttagccatccaaagtcgaatcaattcttcttttaggatttctctatccttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgctttagggttggtgttaaat 30436208  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 200  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| | || |||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||    
T  30436209 aaaagtaactcaatctcaaagcgggcaaaatagaattttcttgtggtaaagcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattccttttcttcattcct 30436308  T
Q  201 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 300  Q
    |||| |||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |  |  | | ||   |||    
T  30436309 tgagctcatcaaaccccccaatgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttccaatttccacaaactttgtatgc---tct 30436405  T
Q  301 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagagacaagacaaacg 368  Q
    |||||| ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  30436406 ttgtaacgtctaaatgcatgttgtttgaacaacaaccaacagtcactatcagagagaccagacaaacg 30436473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 30713238 - 30712824
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  | |||||    
T  30713238 ttagccatccaaagtcgaatcaattcttcttttaggatttctctatccttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgctttagggttggtgataaat 30713139  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| | || |||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||||| || |||||    
T  30713138 aaaagtaactcagcctcaaagcaggcaaaatagaattttcttgtggtaaagcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattcattttcttcattcct 30713039  T
Q  201 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 300  Q
    |||| |||| ||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |  |  | | ||   |||    
T  30713038 tgagctcatcaaaccccccaatgcttttgctgcaagtggcaatccattacatttctttgctatctcctttcctatttccacaaactttgtatgc---tct 30712942  T
Q  301 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagagacaagacaaacgatgatgagtttggtatgttcttgtgattgttg 400  Q
    |||||| ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||   | |||||||   ||||||   |||| ||||    
T  30712941 ttgtaacgtctaaatgcatgttgtttgaacaacaaccaacagtcactatcagagagaccagacaaac---ggtgagtttcccatgttcccatgatagttg 30712845  T
Q  401 caacaacttcatcacgggtgg 421  Q
    ||||||| |||||||||||||    
T  30712844 caacaacctcatcacgggtgg 30712824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 30242188 - 30241777
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    |||||||| || |||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  | |||||    
T  30242188 ttagccattcagagctgaatcaattcttccttcaggatttctccatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagagttggtgttaaat 30242089  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||      ||| | ||  ||  ||||||| || || |||||||||| ||||||||||| ||| || |||||    
T  30242088 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaat------ttcttgtggcaaggcccaaagctcgctatctttaatttcaagccattcctcttcttcattcct 30241995  T
Q  201 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 300  Q
    |||| ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| || |  | || |||||||    
T  30241994 tgagctcattaaacctcccaatgctttcgctgcaagaggcaatccattacatttctttacaatctcctttcctattttcacaagctttgtactctcttct 30241895  T
Q  301 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagagacaagacaaacgatgatgagtttggtatgttcttgtgattgttg 400  Q
     | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   || ||||||| ||| ||||   | |||||||    |||| ||||||||||||    
T  30241894 ctataatgtccaaatgcatattgtttgaacaacaaccaacattcatcctcggagagaccagataaac---ggtgagtttcccttgtttttgtgattgttg 30241798  T
Q  401 caacaacttcatcacgggtgg 421  Q
    ||||||| |||||||| ||||    
T  30241797 caacaacctcatcacgagtgg 30241777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Original strand, 30206815 - 30207171
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||| | | || ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||  | |||| || ||  | |||||    
T  30206815 ttagccatccaaagatgaatcaattcttccctcacgaattctgtatctttgggaaacatagcacaaaaagcgaaacaccgctttaaggttggagttaaat 30206914  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 200  Q
     |||||| ||||||||||||||||| |||||  |||| |||| || |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || |||||    
T  30206915 gaaagtagctcaacctcaaagcaggtaaaatataattctcatgtggtaaagcccaaagttcactctctttaatttcaagccattctttttcttcattcct 30207014  T
Q  201 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 300  Q
    |||  |||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| || || ||||||||||||    
T  30207015 tgaactcattagacctcccaatgcttgtgctgcaagaggcaatccatcacatttctttactatctcctttcctatttccacaagctctgcacgctcttct 30207114  T
Q  301 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagaga 357  Q
     | |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30207115 ctattttgtccaaatgcatattgtttgaacaacaaccaacattcattatcagagaga 30207171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 123 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 30676979 - 30676734
Alignment:
Q  123 aggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaat 222  Q
    ||||||||| |||||||  | || |||| ||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| || || ||||||||| |||| ||||  ||||||    
T  30676979 aggcaaaatagaatttttttgtggtaaagcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattccttctcttcattccttgagctcatcaaaccccccaat 30676880  T
Q  223 gattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcatatt 322  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || |  | |  ||||||||||| | ||  |||||||| ||    
T  30676879 gcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttccaatttccacaagctttgtatcctcttctttgttacgtttaaatgcatgtt 30676780  T
Q  323 gttcgaacaacaaccaacattcactatcagagagacaagacaaacg 368  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  30676779 gtttgaacaacaaccaacaatcactatcagagagactagacaaacg 30676734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 36 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 30521403 - 30521067
Alignment:
Q  36 gatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaa 135  Q
    |||||||  |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| || ||    ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||    
T  30521403 gatttctatatctttgggaaacatggcacaaaaagtgaaacattgttttaaggttgggtttaaatgaaagtagctcaaccttaaagcaggcaaaatagaa 30521304  T
Q  136 ttttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaa 235  Q
    || ||||  | ||||  |||||     || |||||||||| ||||||||| |||||  |  ||||||||  |||||  | |||||||| || ||||||||    
T  30521303 ttctcattcggtaaagaccaaatcctgctatctttaatttcaagccattctttttctccactccttgagcacattaggcctcccaatgcttgtgctgcaa 30521204  T
Q  236 gaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaa 335  Q
    ||||||||||   ||| |||||||||||||| ||||||||||  || || ||||   |||  ||| | | ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  30521203 gaggcaatcccccacacttctttactatctcttttcctattgtgacaagctcagtctgctgctctctatcatgtcgaaatgcatattgtttgaacaacaa 30521104  T
Q  336 ccaacattcactatcagagagacaagacaaacgatga 372  Q
    ||||||||||   ||||| |||| ||||||| |||||    
T  30521103 ccaacattcatattcagatagaccagacaaatgatga 30521067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 36 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 30561743 - 30561407
Alignment:
Q  36 gatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaa 135  Q
    |||||||  |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| || ||    ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||    
T  30561743 gatttctatatctttgggaaacatggcacaaaaagtgaaacattgttttaaggttgggtttaaatgaaagtagctcaaccttaaagcaggcaaaatagaa 30561644  T
Q  136 ttttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaa 235  Q
    || ||||  | ||||  |||||     || |||||||||| ||||||||| |||||  |  ||||||||  |||||  | |||||||| || ||||||||    
T  30561643 ttctcattcggtaaagaccaaatcctgctatctttaatttcaagccattctttttctccactccttgagcacattaggcctcccaatgcttgtgctgcaa 30561544  T
Q  236 gaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaa 335  Q
    ||||||||||   ||| |||||||||||||| ||||||||||  || || ||||   |||  ||| | | ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  30561543 gaggcaatcccccacacttctttactatctcttttcctattgtgacaagctcagtctgctgctctctatcatgtcgaaatgcatattgtttgaacaacaa 30561444  T
Q  336 ccaacattcactatcagagagacaagacaaacgatga 372  Q
    ||||||||||   ||||| |||| ||||||| |||||    
T  30561443 ccaacattcatattcagatagaccagacaaatgatga 30561407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Original strand, 17983200 - 17983547
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    ||||||||||||||   ||| | |||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||  | |||||    
T  17983200 ttagccatccaaagatgaattagttcttctttcatgatttctgcttctttgggaaatatagcacaaaaagcgaaacattgttttaaggttggtgataaat 17983299  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 200  Q
     |||||| |||||||| | ||| || ||||| ||||| ||||  | |||| |||| || || || |||||||||| || |||||||||||         |    
T  17983300 gaaagtagctcaaccttagagctgggaaaatagaattctcatgcggtaaagcccagagctcgctctctttaatttcaaaccattcctttt---------t 17983390  T
Q  201 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 300  Q
    ||| | |||||  |  || |||| |||||||||||||||||||||   ||| || |||||||||||||| ||||||  ||| || ||   | ||||||||    
T  17983391 tgaatgcattaggcaccctaatgcttttgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcgaaaggctcttct 17983490  T
Q  301 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagaga 357  Q
     | | ||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |||||||||    
T  17983491 ctatcatgcccaaatgcatattgtttgaacaacaactaacattcattgtcagagaga 17983547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 372
Target Start/End: Original strand, 30475685 - 30476039
Alignment:
Q  18 aatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctc 117  Q
    |||||| ||||||||||  |||||   ||||||||||||||| ||||||||||  |||||  | |||| ||  |  | ||||| |||||| || ||||||    
T  30475685 aatcaaatcttcctttacaatttccatatctttgggaaatatcgcacaaaaagcaaaacaccgctttaaggtcggtgttaaatgaaagtagcttaacctc 30475784  T
Q  118 aaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttc 217  Q
    || || |||||||||||||| |||| || |||   ||| || | |||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||  ||||| || ||    
T  30475785 aaggctggcaaaatggaattctcatatggtaaggtccagagattactgtctttaatttcaagccattcattttcatcactccttgagcgcattagacctc 30475884  T
Q  218 ccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgc 317  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||   ||| |||||||||||| |||| |||||||| || || ||  | || ||||||     |  |||||||||    
T  30475885 ccaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttctttactatcgccttacctattgctacaagctcttcccgttcttctccagcacatccaaatgc 30475984  T
Q  318 atattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagagacaagacaaacgatga 372  Q
    |||||||   |||||||||||||||||  | |||||||||| ||| ||| |||||    
T  30475985 atattgtctaaacaacaaccaacattcgttttcagagagaccagataaatgatga 30476039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 253 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 17418154 - 17418049
Alignment:
Q  253 ttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcag 352  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||  || || ||  | ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  17418154 ttctttactatatccttgcctattgggacaagttcctcgcgctcttctttgtcatttccaaatgcatattgtttgaacaacaaccaacattcattatcag 17418055  T
Q  353 agagac 358  Q
    ||||||    
T  17418054 agagac 17418049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Original strand, 26707625 - 26707990
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  | |||||    
T  26707625 ttagccatccaaagttgaatcaattcttccttcaagatttctctatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgctttagggttggtgttaaat 26707724  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| | || |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||| |    
T  26707725 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatagatttttcttgtggtaaatcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattccttttcttcattcat 26707824  T
Q  201 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 300  Q
    ||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || |  | | ||||||||    
T  26707825 tgagaacattaaacctcccaatgcttttgctgcaagaggtaatccattacatttttttactatctcctttcctatttccacaagctttgtatgctcttct 26707924  T
Q  301 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagagacaagacaaa 366  Q
     ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  26707925 ctgtaatgtctaaatgcatgttgtttgaacaacaaccaacagtcactatcagagagaccagacaaa 26707990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 170; Significance: 4e-91; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 20296395 - 20296030
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||| || | |||||||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||  | |||||    
T  20296395 ttagccatccaaagctgaatcaattcttctttcaagatttctctatccttaggaaatatagcacaaaaagagaaacattgctttagagttggtgttaaat 20296296  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| | || |||| ||||||| ||| |||||||||| | | ||||||||||||| || ||| |    
T  20296295 aaaagtaactcagcctcaaagcaggcaaaatagatttttcttgtggtaaagcccaaaggtcattgtctttaatatcacgccattccttttcttcattcat 20296196  T
Q  201 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 300  Q
    ||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |  | | ||||||||    
T  20296195 tgagaccattaaacctcccaatgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctatttccacaagctttgtatgctcttct 20296096  T
Q  301 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagagacaagacaaa 366  Q
     ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||    
T  20296095 ctgtaatgtctaaatgcatgttgtttgaacaacaaccaacaatcactgtaagagagaccagacaaa 20296030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 344
Target Start/End: Original strand, 52352269 - 52352595
Alignment:
Q  18 aatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaataaaagtaactcaacctc 117  Q
    |||||| || || ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || || || |||||  || ||||||||||||    
T  52352269 aatcaaatcgtcttttaggatttccgtatctttgggaaatatggcacagaaagagaaacattgttttaaggttgacgttaaatggaaataactcaacctc 52352368  T
Q  118 aaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcattaaacttc 217  Q
    || ||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||| |  || |||||||||| || ||||||||||||  | || ||||||  ||||| || ||    
T  52352369 aaggcaggcaaaatagaattctcatctgataaagaccaaagcttgctctctttaatttcaacccattccttttctccatttcttgagcgcattagacctc 52352468  T
Q  218 ccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttctttgtaatgtccaaatgc 317  Q
    | |||| || ||| ||||||||||||||   ||| |||||||||||| | || ||||||||||| || ||  | || |||||| | | |||| |||||||    
T  52352469 ctaatgcttgtgcagcaagaggcaatcccccacacttctttactatcgctttgcctattgccactagctcttctcgttcttctatatcatgttcaaatgc 52352568  T
Q  318 atattgttcgaacaacaaccaacattc 344  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||||    
T  52352569 atattgtttgaataacagccaacattc 52352595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Original strand, 13616890 - 13617244
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||||  ||||| || |||||| ||||||| | |||| |||| ||| |||||||| | || || || |||||    
T  13616890 ttagccatccaaagatgaatcaattcttcctttgtgatttttgtatctttaggaaatacaacacagaaagcgaatcattgtttaaaggttggcgataaat 13616989  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 200  Q
      |||||||||| ||||||| |||| ||||| ||||| ||||    |||||||||||| || || ||| |||||| |  ||||||||||||  |  ||||    
T  13616990 -gaagtaactcagcctcaaatcaggaaaaatagaattctcataccgtaaatcccaaagctcgctctctctaatttcacaccattccttttctccactcct 13617088  T
Q  201 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 300  Q
     ||||  |||| |   ||||||| || | ||||||||||||||||   ||| || || ||||||||||||||||||||||  || ||  ||| |||||||    
T  13617089 cgagtgtattagagaccccaatgcttgtcctgcaagaggcaatcctccacactttttaactatctcctttcctattgcca-aagctctacacactcttct 13617187  T
Q  301 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagaga 357  Q
     | | |||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||    
T  13617188 ctatcatgttcgaatgcatattgtttgaacaataaccaacattcaccatcatagaga 13617244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 7581532 - 7581176
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||| | ||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||  | |||||    
T  7581532 ttagccatccaaagatgaatcaattcttccttcatgatttttgtatctttaggaaatatagcacaaaaagcgaaacattgttttaaggttggtgataaat 7581433  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 200  Q
     |||||| ||||| |||| ||| |||||| | ||||| ||||  | |||||||||||| || || |||||||||| || |||||||||||| ||  ||||    
T  7581432 gaaagtagctcaatctcagagctggcaaagtagaattctcatgcggtaaatcccaaagctcgctctctttaatttcaaaccattccttttcttcactcct 7581333  T
Q  201 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 300  Q
    ||||| ||||| ||  ||||||| || ||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |||| |||||||    
T  7581332 tgagtgcattagacaccccaatgcttgtgctgcaagaggcaatcccgcacatttttttactatctccttgcctattgccacaagctctgcactctcttct 7581233  T
Q  301 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagaga 357  Q
     | | |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  7581232 ctatcatgtccaaatgcatattgtttgaacaataaccaacattcatcatcagagaga 7581176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Original strand, 7099714 - 7100070
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||| | ||||| || ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||  | |||||    
T  7099714 ttagccatccaaagatgaatcaattcttccttcatgatttttgtatctttgcgaaatatagcacaaaaagcgaaacattgttttaaggttggtgataaat 7099813  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttcct 200  Q
      ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || |  | |||| |||| |  ||||| ||||||||||  | |||| | ||||| ||  | ||    
T  7099814 ggaagtagctcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttct 7099913  T
Q  201 tgagttcattaaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttct 300  Q
    ||| | ||||| ||  || |||| || ||||||||||||||||||   ||| || |||||||||||||| ||||||  ||| || |||||||||||||||    
T  7099914 tgaatgcattagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttct 7100013  T
Q  301 ttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagaga 357  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||  ||||||||||    
T  7100014 ctgtaatgtccaaatgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagaga 7100070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 44; Significance: 7e-16; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 289 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 25293466 - 25293411
Alignment:
Q  289 gcacgctcttctttgtaatgtccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattc 344  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25293466 gcacactcatctttgtaatgtccaaatgcatattgtttgaacaacaaccaacattc 25293411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 25293737 - 25293601
Alignment:
Q  1 ttagccatccaaagccaaatcaattcttcctttaggatttctgcatctttgggaaatatagcacaaaaagagaaacattgttttagggctgccggtaaat 100  Q
    ||||||||||||||   | |||||||||||||   ||||| || |||||| ||||| |||||||||||||  |||||| | |||| ||  |  | |||||    
T  25293737 ttagccatccaaagatgagtcaattcttccttatcgatttttgtatcttttggaaacatagcacaaaaagcaaaacatcgctttaaggtcggagttaaat 25293638  T
Q  101 aaaagtaactcaacctcaaagcaggcaaaatggaatt 137  Q
    ||||||| ||||||| ||| | ||| ||||| |||||    
T  25293637 aaaagtagctcaaccacaaggaaggaaaaatagaatt 25293601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University